Fedora core 5のjdkだとJchemPaintが立ち上がらないので、SUNのJDKをインストール
rpm -e jdk rpm -ivh jdk-1_5_0_08-linux-i586.rpm
profileに環境変数書いておく
/etc/profile
#java JAVA_HOME=/usr/java/jdk1.5.0_08 CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/lib/tools.jar:/usr/local/javalib/cdk-20050826.jar:\ /usr/local/javalib/jchempaint-2.0.12.jar
クラスパスってcdkとかjchempaintのjarファイル指定する必要あるんだろうか？わからん。
/usr/bin/javac,java,jarのシンボリックリンクの張りなおしをして作業終了