04122018 chemoinformatics
ちょっと間が空きましたがMishima.syk #13をやります。
テーマはまだ決まってませんが、構造生成モデルのミニハンズオンなどできればいいなーという話はしております。 やってみたいことはあるんだけど、強化学習のところでCPUでいけるのかGPUないとキツイのかをチェックしてから やるかどうか決めようと思ってます。
尚、今回使用した写真は昨日の飲み会で食べた真鯛のしゃぶしゃぶとなります。
02122018 bioinformatics 横浜
分生に行ってきた
10年以上ご無沙汰していた分生に行ってきました。昔と比べてバイオインフォのセクション減ったよなーというような話をしたら、「バイオインフォなんて技術だから実際の研究の一部として使ってるからポスター散らばってるんだよ！」と言われて、一応全ポスターチェックしたら、確かに散らばっていたので、ポスターチェック大変だなぁと思った。ただ分生のアプリ便利だったので他の学会でも取り入れてほしい。
あとはバイオインフォやってた頃の元同僚とか知り合いとかに会えたので良かった。
一日目は昼くらいに横浜着になってしまったので、何も考えたくないときの定番のポルタの地下の麻婆豆腐のとこにいき、山椒の効いた麻婆豆腐麺を食べた。うまし。
夜は豚の味珍
やかん（焼酎ストレート）と足
頭と舌。舌は後から頼んだけどちょっと多かった。二皿が限界かな。
2日目はシェークシャックに。ハンバーガーは確かにうまいがポテトは重かった。 ハンバーガーだけでよかった。
夜景はきれい
ベアードでスモーク肉でも食べて帰るかと寄ってみたのだけど、まったく肉の気分ではなく ビールを一杯頂いて、ホテルに帰って仕事をしただけであった。夜は近所の揚州商人で軽めの ラーメン。
最終日は夕方までに帰らないといけなかったので、乗り継ぎ駅で家系ラーメン を食べた。菊名乗り換えだったらここもありかなと思うけど、家系ラーメン結構もたれますね。 右側は三島の乗り継ぎで30分くらい空いて暇だったので、果南ちゃんにサイン本をもたせてみた。
夕方いいことがあったので、リパブリューで軽く飲んだ。ポスター賞って学会の中で楽しむものなんかなと考えていて あまり重要視してなかったのだけど、細かいところまでわからない経営層にとってはものすごくわかりやすい指標らしく （社外からの評価ということになるので当然か、、）社内でも成果の一つとして評価されるみたいなので、社外発表する場合には積極的に狙っていくと良いと思います。本人のモチベーションにもなるしね。
02122018 chemoinformatics work life
良い科学は差を生む(2)
良い科学は差を生むので我々は良い科学を行わなければならないわけです。
ここに、N先生のありがたいお言葉をあげておきますが、
一般的な構造式は原子間の化学結合や相互作用については教えてくれないー＞量子力学によってしか記述できない
— kzfm (@fmkz___) 2018年11月17日
つまり、「化合物のグラフ表現ではきちんと化合物を記述することができない」ということを意味しているわけです（自明だけどね）。
なので、機械学習を利用してQM9の値を予測するってのはとても違和感がある。ただ、マテリアルインフォ系の方々と話していると「ab initioだと計算時間がかかるからコンベンショナルな計算方法があると嬉しい」っていう理由でこういう方法が望まれているようなので、そういう目的ではありかな？と思う。(適用範囲(aplicability domain)の問題とかもある半経験的な手法とどっちが良いんかな？と思わないでもないが)
でも、創薬系の活性予測とか物性予測という場面においては、量子化学計算の結果から出てくる値(energyとか双極子モーメント)とかを現状のグラフ由来のデータをつかって深層学習にかけると、なんか特徴量でてくるかもみたいな神頼みみたいな仕事はどうかと思う。そもそも潜在的に記述できてないデータをinputに突っ込んで記述できるようになったら錬金術じゃないのか？
むしろ、量子化学計算の結果として出てきたパラメータを機械学習のinputとして利用するように色々工夫したほうが良いのではないかと考えている。リガンドとタンパク質の相互作用が化学反応の一種であるならば非占有軌道を考慮できないと正確な予測はできないと思うしね。
基礎量子化学―軌道概念で化学を考えるcurry二種
先週は久しぶりにチキンカレーを作った。
チキンをぶった切ってヨーグルトに漬け込む。クミンとかスパイスを炒めてから玉ねぎを炒めて、トマトを入れたら、ターメリックとか入れて水をちょっと入れてグレービーソースを作る。
その後ヨーグルトに漬けておいたチキンを入れて弱火で煮て、赤っぽい油がいい感じに浮いてきたら終了。大抵１時間弱放っておく。昔はカツ代のレシピで作っていたのだけど、トマト缶一缶入れると酸っぱすぎてカレー感が薄れるので、今は半分から1/3入れてる。フレッシュトマトを一個入れるのが一番美味しい。トマト缶は酸っぱすぎなので使いづらい。
こっちは東京に行ったときに寄ったバンゲラズキッチン。南インドのカレーだそうです、魚主体。
これは本当に美味しかったので次回も行きたい。
22112018 work
AIをもって鶏を割く
今日はちょっとAIに関する発表をしつつパネルディスカッションに行ってきましたが、色々面白かったので書いておく。
要するにAIっぽい仕事をしている人間を集めてショートトークさせた後、パネルディスカッションするっていう構成だったんだけど、パネラーの中で手を動かせて深層学習、機械学習をわかるのはわたし一人で、残りはネットか本かで知識吸収っていう人たちばかりだったのでパネルディスカッション正直めんどくさいなーとしか思っていなかった。あとは事前打ち合わせなしのガチンコパネルディスカッションだったのでドキドキ感はあった。
最初の質問がいきなり「AI人材を育成するには？」という直球の質問で、私が最初の回答者に指名されたので、うっかりナイーブに「機械学習とか深層学習を学んで後はドメイン知識があればいいんじゃないですかね？」というアホな回答をしてしまった。残りのパネラーもわかってない感じの返答していたけど最後のパネラーが「マインドチェンジする必要があるんじゃないかな」みたいなことを言っていて、「ほう！」となった。これはあーなるほど面白いなと。
で、次の質問が私的にはキタのだけど、それは「AIは結局のところ差別化できない方向にすすむので当社の強みにならないと思うのだけど？」という質問でこれは非常に考えさせられた（5秒位ｗ）。で、私が答えたのは「AIは確かに普遍化して差別化ポイントにはならないでしょう、それは技術でツールだから。でもその技術を以て何を為したいのかにオリジナリティがでるのでは？」という返しが出来て、私は実は賢いんじゃないかと思いました。ついでにすかさず先の「AI人材育成質問」を引き合いに出して「うちのチームは1年半前までは深層学習とかできなかったけど、何を為したいかがはっきりしていたから短期間で成果をだして、今は全員当たり前のように毎日ディープラーニングして課題解決しています」というようなアピール出来たので良かった。でもちょっと持ち上げすぎたので、成果よろしくお願いしたい。
あと全然関係ないけど、いい研究しても伝わらないと意味がないので、伝える努力もしたほうがいいかなと思います。よっぽど発表慣れしている人でなければ資料とかポスターのver. 5までは下書きです。査読者のコメントに熟慮を重ねないといけません。学会ポスターなんて多面最適化と一緒であっちの文言帰るとこっちの文言の整合性が取れなくなるし、図をいじると他のデザインとの整合性がとれなくなるので、納得いくまでいじるもんじゃないかなーと思っていたのだけど、こっちの会社に来てみなさんサクッとドラフトっぽいものを印刷出すのでそういう文化なのかなーということで納得しようとしていたら、帰りに一緒に飲んだ同僚（今日の発表資料をさんざん直された）に「そんな文化ないっすよ！」って言われたので書いておきます。
ver. 3で諦めて印刷にまわすのはスラムダンクの三井以下やぞw
今日思いついた一番の名言やと思いましたｗ
それから前の会社でみんなで心がけてた標語を思い出したのでこれも書いておきます。
「理解されてアドバイスもらえるのがベスト、わかってもらうのがベター、わかった気にさせるのがマスト」
まぁそんな感じです
19112018 京都
京都に行ってきた
週末は所要で京都に行ってきた。
昼は今出川でブラックを食べた。ちょっと濃かったかな。
途中、金平糖を入手
日本人初のメダルらしい
立食ではないディナー
帰り道に日本酒バーでちょっと飲んで帰る。
金魚
鴨川と月
18112018 chemoinformatics
Hansch-FujitaのLogPはdesolvation energyでPIEDAのDI termはエンタルピックな項
週末は京都でkumainfoの座長の方々とお会いする機会があったので、予稿集を眺めて気になったところを質問してきました。
特に2B03の回帰式にdesolvation termが入っていたのでその意味を聞いたところHansch-Fujita equationのLogPではないかとのことでほう！となりました。ちなみに調べてみたら1984年くらいに同じこと書いてあった(p. 709)。
となるとPIEDAで出てくるDIはLogPとは関係がなく? スタッキングとかCH-πみたいな純粋なエンタルピックな量になってLLEとよい相関を示すことになるのかな？
一方でLLEは見かけの活性を排除しているわけではなくエントロピックな寄与を排除しているということになるが、これはエントロピックな寄与が一定という割と狭い条件でしか通用しないってことかもしれないですね。
konをいじるデザインも併せて考えると興味深いと思う。
このあたりの整理が出来たので良かった。
13112018 life
signifiant, word2vec, 誰をバスに乗せるか？, そして私
昨日は朝から気が滅入ってなんだかなーと思いつつ仕事をしていたのだが、久しぶりのコーヒータイムでいつもは顔を合わせない面子が集まって雑談を楽しんだので色々と刺激を受けた。 帰りの電車は論文読んだりする気分じゃなかったのでちょっと色々と考え事をしていたのでまとめておく。
自己評価はシニフィアンみたいなもので、他人からの評価がシニフィエなのだろう。
言葉とは何か (ちくま学芸文庫)word2vecに見られるように、wordそのものに着目するよりもその周辺の単語によって、単語の意味が明確になる、つまり、単語そのものにはあまり意味がないように、自己評価そのものにはあまり意味がないように思う。きっと周りからの評価が自己の評価を形成するのだろう。
そういう風に考えると「誰をバスに乗せるか」とか「なにをするかより誰とやるか」という言葉はまた違った風に解釈できますね。
ビジョナリー・カンパニー 2 - 飛躍の法則10112018 chemoinformatics
konをmodifyするような分子設計の可能性について
一通りの大きな発表とかが終わって、今週はゆっくり出来たので積んであった論文などを捌いていたら面白いものを見つけました。
konがどういう因子に支配されているかを調べているのですが、konを変化させるようなdrug designは望まれているけど難しいのでこういうメカニズム解明系の論文は夢があるし、読んでてワクワクしますね。素晴らしい。
ただ、結合過程を化学反応のアナロジーに例えるのはしっくりこなかった。TSって鞍点でしょ？デソルベーション過程って鞍点とみなしていいのかな？イメージできない。それから、apolarな部分のdeslolvationが律速過程みたいな図もちょっと納得できなかった。polarなほうが剥がしにくいし、論文中でもそうなってたしなぁ。
なんかもっと正しいアナロジーまたは解釈の余地は残っている気がする。
それからK4DDって面白そうな活動していますねっていうのと、論文のリンクを探すためにタイトルでググったら被引用論文のリンクがくっついていてグーグル凄いなと思いました。