個人的には、QSARがMDやMOのようなシミュレーションを併用しているように、QSPRのあたりもPBPKやPK-PDなどのシミュレーションを活用してもっとうまくやる日が来ないかなと願っている。

なんかそんなこと書いてたよなーと探したらいくつか見つけたが、その当時はRに傾倒していたのか…そして8年前か、前職で無駄にサボりすぎたな…

最近Novartisからそのあたりの論文出たので早速読んでみた。こういう論文テンション上がるわ。

• Physiologically Based Pharmacokinetic Modeling in Lead Optimization. 1. Evaluation and Adaptation of GastroPlus To Predict Bioavailability of Medchem Series
• Physiologically Based Pharmacokinetic Modeling in Lead Optimization. 2. Rational Bioavailability Design by Global Sensitivity Analysis To Identify Properties Affecting Bioavailability

尚スライドも見つけたのと、著者を調べたらsimulation plusからnovartisに移ったのかな？でもこのあたり精力的にやるんだろうなぁ。

論文の内容は一部はよくあるQSPRでCLintを予測してPBPKモデル(一部の人達から熱狂的支持をうけるGastroPlus、でもちょっと使いづらい)に渡してBioavailability(F)を予測するというもの。

論文中では実験値もQSPRから予測したCLintでも全然あってない、ｙ=x+aみたいな横棒の線になってた。でもCL(local)っていう局所予測モデルになおすとすごく改善していたので、おーすごいすごいこれはと読んでたけど。これはgastroplusのFに合うようにCL(local)をoptimizeして、それをQSPRで学習したっぽい…　ちょっとずるいけど仕方ないのかなぁ。以前も似たようなことあったし。

Figure.5のランドスケープは有用そう、今度試したい。

2部はPBPKでシミュレーションして、PLSで重要そうなパラメータを出してくるっていう話。スキャフォールド依存的なそういうパラーメータがシミュレーションで見つかると面白いよなぁと思うが、こういうことやるには簡易でスループットの高いPKアッセイ系がないと難しいかなと思った。