ギフト券が余っていたので買った。

実験医学 2019年10月号 Vol.37 No.16 AIとがん研究 その妥当性、有効性
羊土社 / ￥2,090 (2019-09-26)

瀬々先生の機械学習関連の話題をまとめた章が一番参考になったので、関連論文を落としてきて読んでいる。

それから沖先生、太田さんのChip-Atlasの解説がしてあるクローズアップ実験法も参考になった。TogoTVだとこのへん。

• ChIP-Atlasを使って既報のChIP-seqデータをまとめて閲覧する 〜Peak Browserの使い方〜
• ChIP-Atlasを使って興味ある遺伝子リストを制御する可能性の高い転写因子を調べる 〜Enrichment Analysisの使い方〜
• ChIP-Atlasを使って興味のある転写因子を選択しその標的遺伝子候補を検索する 〜Target Genesの使い方〜

WGCNAでモジュール分割してから　ChIP-Atlasでエンリッチメント解析するとどうなるんだろう？と疑問に思ったので今度試してみる。

紙だと結構場所を取るので、Kindleでしかもさっとダウンロードできるのは嬉しい。ただし、レイアウト固定だと7インチFireタブレットでは読みにくいので次は10インチを買おうかなと思っている。持ち歩きどうなんだろうか？という不安はあるけど。

【Newモデル】Fire HD 10 タブレット ブルー (10インチHDディスプレイ) 64GB
Amazon / ￥19,980 (2019-10-30)

積んであった本を読んでいた。

医学のあゆみ メタボローム解析UPDATE 2019年 270巻5号 8月第1土曜特集[雑誌]
医歯薬出版 / ￥2,640 (2019-08-02)

メタボロームってゲノムとかよりは表現系に近いところを観測しているから、文字列の並びとか抽象的なネットワーク図よりはもっと生体システムというかシステムバイオロジーのような定量性をもったシミュレーションができないとメカニズムの解釈しにくいように思うんだけど、そのあたりどうなんかなーって思った。

物化寄りの私としてはネットワークダイアグラムではなくて相分離的なアプローチで解釈していくほうがなんとなくしっくりくるかなぁと思った。

相分離生物学
東京化学同人 / ￥3,520 (2019-08-02)

COVID-19による在宅勤務が増えるに従い、ネットワークの帯域の奪い合いが激化してネットが激重で昼間は仕事にならないことが多い。

イライラしながら計算流すよりも、新しい知識を仕入れるためのまとまった時間と考えたほうが生産的であろうと、普段読めない本や論文を読むようにしている。

というわけで、最近は遺伝統計学の勉強をしている。

遺伝統計学入門 (岩波オンデマンドブックス)
岩波書店 / ￥4,950 (2015-12-10)

最初の方の章を丁寧に数式を追いかけて理解した。これは非常にわかりやすかったのでおすすめ。 それから8章の連鎖不平衡を用いた解析や、11章のノンパラメトリック連鎖解析、12章のQTLあたりが良かった。特に家系を追いかけたりしないけど、一応知識としては頭に入れておかないといけないことを理解した。

実験医学のGWAS特集もタイミングが良かった。ただ、読み物としての側面が強いので、遺伝統計学入門のような教科書っぽいGWASの本があれば嬉しい。

実験医学 2020年3月号 Vol.38 No.4 GWASで複雑形質を解くぞ！
羊土社 / ￥2,090 (2020-02-25)

以下、参考になった特集（あとで読み直すリスト）

• GWASを読み解くための戦略
• Genetics of rheumatoid arthritis contributes to biology and drug discovery
• トランスクリプトームとGWASの統合的解析
• 転写性エンハンサーから紐解くGWAS-SNP (エンハンサーはエンハンスの物理化学的なメカニズムが判明しているのか？)

次はこのあたりでも読む予定

ゲノム医学のための遺伝統計学 (クロスセクショナル統計シリーズ 3)
共立出版 / ￥3,300 (2015-03-24)

ゲノムデータ解析 (統計学One Point 1)
共立出版 / ￥2,420 (2016-09-08)

手持ちのMacBookAirのSSDの容量が10Gないんで、手元で動かすのを諦めて読んだだけだが。

RNA-Seqデータ解析　WETラボのための鉄板レシピ (実験医学別冊)

羊土社 / 4950円 ( 2019-12-04 )

分生で@oec014に「この本役に立つと思うよ」って勧められて購入。自分は完全Dry側で、どっちかというと公開されているデータを自分でいじって何かを見つけ出したいのだけど、そういう人間にとってもかなり有用な本であった。実際、公開データをワシャワシャと解析してみたい気分にさせられた。

全体を通してわかりやすかったのだけど、5章はちょっと説明の丁寧さに欠けているかなと思った（かなり説明端折ってるよね）。それから、ある程度BioinformaticsがわかっているうえでRNA-Seqデータ解析のお作法を知るための本かなーと感じているので、本当の初心者はこっちの本も併せて勉強するといいと思う。

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版
清水厚志
学研メディカル秀潤社 / 6160円 ( 2019-12-14 )

昨日のエントリでハブ遺伝子ってバイオマーカーにはならんのちゃう？って書いたのだけど。

それからハブとなる遺伝子は、細胞としての機能を保つためにはおそらく重要な因子にはなるんだろうけど、疾患の状態に関してはあまり意味がなさそうな感じ。例えばがんとかだったらハブ遺伝子に着目するべきなんだろうけど、painとか精神疾患のような細胞そのものに起因するような状態でなければハブに着目するというよりはその周りの何かを特徴づける少数の因子のほうが重要なんだろうなーと。または共発現ではなく別のネットワークのスケールフリー性に着目するとか。

LNとNon-LNの発現プロファイルをWGCNAで解析したらトレイトと強く相関するモジュールを見つけてきてそこから最大次数を持つ遺伝子にCD36があって、これは新たなバイオマーカーとか疾患ターゲットになるんじゃないかと結論付けられている論文があった。

• CD36 identified by weighted gene co-expression network analysis as a hub candidate gene in lupus nephritis

CD36っていろいろ機能が使い回されているが故に次数が高くなっているだろうから、こういうのに着目しちゃうと見誤りませんかね？偽陽性大きくなるとか

この論文は面白かった。GWASの知見を組み合わせている。

• Gene Expression Analysis Reveals Novel Shared Gene Signatures and Candidate Molecular Mechanisms between Pemphigus and Systemic Lupus Erythematosus in CD4+ T Cells

見いだされたSTAT1とかIRF8はこのような性質の遺伝子らしい。

• 遺伝子発現の量およびサイトカインの特異性を制御するSTAT1およびSTAT3の非対称的な作用
• 転写因子IRF8の神経炎症における役割

もっと論文読まなあかんね。

WGCNAを調べていてβの決め方がわからなかったので、理論に関して解説してあるペーパーを読んだ。

今までネットワークを結合している/していないという点でしか捉えていなかったけど0/1の次数を持つ完全グラフと考えると色々幅が広がるということに気付かされた。

シグナム関数をハードな閾値(連続値をバイナリに切り捨ててしまう)とするのに対し、ソフトな閾値としてaij = sij ** βという重みで次数を調整する。

調整の仕方はスケールフリー性を持つようにβの重みを調整する。これはチュートリアルのStep-by-step network construction and module detectionのpdfを読めば良い。

そもそも教師なし学習でのクラスタリング結果が生物学的に同等な意味を持つような遺伝子が固まるようにするためにスケールフリー性を持たすってのがいまいちピンとこないところではあるが、GTOM2で生物学的に意味の有りそうなのが固まっているのを考えるとなんかあるんだろうなとは思う。論文

それからハブとなる遺伝子は、細胞としての機能を保つためにはおそらく重要な因子にはなるんだろうけど、疾患の状態に関してはあまり意味がなさそうな感じ。例えばがんとかだったらハブ遺伝子に着目するべきなんだろうけど、painとか精神疾患のような細胞そのものに起因するような状態でなければハブに着目するというよりはその周りの何かを特徴づける少数の因子のほうが重要なんだろうなーと。または共発現ではなく別のネットワークのスケールフリー性に着目するとか。

静岡に行ってきた。@bonohuの送別会です、鮪です。たのしみ。2週間くらい経ってブログを書いてるけど、今の状況考えるとあのタイミングで送別会がやれてよかったです。私の海外出張は2つとも潰れるんちゃうか？とガクブルしている。ちなみに台湾とバンコクは航空会社の方からキャンセルの連絡来たｗ

富士駅に謎の顔ハメができていた。

ちょっと早くついたので、AOEビールで0次会。 体力でも回復させるかとエリクサー（左）を飲んだけどステータス全回復しなかった。 一杯飲んでもまだ時間があったので、お茶でも飲むかとお茶エール、お茶の香りがちょっとした。

送別会場はみなみ。鮪の旨さは写真を見ればわかるでしょう。日本酒ではなくワインを飲んだ。それがみなみスタイル。

@oec014におすすめされて寄ったラーメン。微妙な汁なしだった。油そばと違い油っぽくなくてよかった。

さらにバーでビールを飲んだ。銘柄忘れた。

そのあと、日本酒が飲みたくなって呑み屋に行ってちょっとだけ飲んだ。満足。

次の日はイッポウという蕎麦屋で蕎麦を食べて帰った。富士にも美味しい蕎麦屋が欲しい。

まぁ色々あるけど、頑張っていきましょう。

最終巻が出ているのに気づいた。

銀の匙 Silver Spoon（１５） (少年サンデーコミックス)
荒川弘
小学館 / ?円 ( 2020-02-18 )

最後バタバタっとまとめちゃった感じになった気がするけど、良かった。

分子レベルで色々わかるのでこの本は楽しい。

分子細胞免疫学　原著第9版
Abul K. Abbas
Elsevier Japan / ?円 ( 2018-03-10 )

前職の新入社員教育で覚えされられたのはただの暗記の授業でまったく身につかなかったが、この本はなるほどなるほどと思いながら読めている。

が、難しい。免疫系の研究者はすごいなーと思う。

自己免疫疾患のデータでこれをやってみたいんよ。そのためには背景知識をぶっこまないといけないからね、、、

Roasted Pork Belly (Lechon Liempo)を作ったが難易度高かった。

豚バラを丸めてオーブンに入れて放置するだけの料理なんだが、皮付きの豚バラが必要だというところが日本でこれを作るときの障害となっている。

肉屋に行けば皮付きの豚バラなんて手に入るだろうという軽い気持ちで注文しに行き判明したことは、日本では（皮を食べるという文化ではないため）基本的に機械で自動的に皮剥いじゃうらしくて、そもそも手に入らないということだ。唯一沖縄県だけがラフテーとかの皮付きの豚肉を食べる習慣があるそうなので、そこから入手すればいいらしい(それ以外は海外産)。

というわけで沖縄産豚バラを冷凍の状態で購入して作ってみたところ、大変美味しかった。

やはり本場のものを食べないとということで、余ったマイルを使って今度行こうと思う。