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25052020 chemoinformatics bioinformatics

今月の分子で興味をひかれたもの

PDBjの今月の分子を眺めて興味が湧いたもののメモ

tRNA

下の図は、PDBエントリー 4tna のフェニルアラニン運搬RNAの構造で、３つの塩基の相互作用を示している。シトシンとグアニンは、DNAでも見られる典型的な塩基対を形成するが、２つ目のグアニンはメチル基（右端中央の灰色の球）が付加されており、通常見られない相互作用を塩基対と形成する。

FMO案件

シャペロン

シャペロンも改めて考えてみるとよくわからん。フォールディングしやすく空間を与えるのか、熱変性しにくくする空間を与えるのか？HSPの名前の由来であれば後者の気もするけど。

多くのシャペロンタンパク質は「熱ショックタンパク質」（heat shock protein）と呼ばれ、HSP-60のように名付けられている。こう呼ばれるのは細胞が熱にさらされた時大量に作られるからである。一般的に熱はタンパク質を不安定化させ、誤った折りたたみをより起きやすくしてしまう。だから本当に熱くなった時、細胞はこれらシャペロンの追加支援を必要とするのである。

Gタンパク質

G蛋白質をあまり丁寧にみたことはなかった。

βサブユニットを見ることにも時間を費やして欲しい。ペプチド鎖を主鎖表現やリボン表現で表示すると、鎖がきれいなプロペラ型の構造をとっているのが分かるだろう

主要組織適合性複合体（Major Histocompatibility Complex）

FMOかけよ

MHCタンパク質は、黄色い星印で示したチロシン（tyrosine）の各末端でペプチドをつかんでいる。２つの構造でこの３つの位置が似ていることに注目して欲しい。ペプチドはこの場所でMHCにつながれているが、他のアミノ酸は外側に伸びてタンパク質から外れている。

オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ

正しくないフォールディングってのは物性的にわかりやすい駄目な指標があるってことかな？免疫系の抗原提示みたいなことが蛋白質レベルで行われているってことかな?

オーキシンがユビキチンに結合した構造によって別の驚くべきことが分かった。オーキシンは、Aux/IAAタンパク質がリガーゼに結合するのを促してそれらの破壊を導くが、タンパク質の形を変えることでこの仕事を行っている訳ではない。そうではなく、２つの分子の間に架橋する分子のりとして働くのである。オーキシンはユビキチンリガーゼの深い窪みの中に結合して穴を埋め、Aux/IAAタンパク質に完全に合致した表面を作り出す。

低酸素誘導因子

虚血も興味がある。

酸素が不足した細胞は、多くの赤血球を生み出しより多くの血管をつくるよう身体に伝える信号を送り出す。また、代謝のしくみを変えて、あまり多くの酸素を必要としないエネルギー代謝経路を使うようにする。

ケチャップをめぐる冒険

ここではケチャップを説明したいと思う。なぜそんなことをするのか、それは僕にもまったくわからない。しかしだからこそ、やってみるべきだという気もする。

羊をめぐる冒険(上) (講談社文庫)
講談社 / ￥616 (2004-11-15)

羊をめぐる冒険(下) (講談社文庫)
講談社 / ￥616 (2004-11-16)

I thought that ketchup was a sour and sweet condiment made from tomatoes, but my conception of it was completely wrong.There are many kinds of ketchup made from ingredients other than tomato, like banana, mushroom, and fish.

I couldn't imagine the taste of ketchup made from fish. After searching for fish ketchup, I found that the name "ketchup" comes from the fish sauce of China or East Asian countries.

It was a really interesting story that the origin of soy sauce and tomato ketchup is the same. We should call soy sauce as "soy ketchup" instead of "shou-yu" :-)

https://en.wikipedia.org/wiki/Ketchup

というわけで、インドネシアのケチャップマニスは鹿児島あたりの甘い醤油の近縁なのではなかろうかということが推測される。

ＡＢＣ　ケチャップマニス
Abc Sales & Marketing / ￥1,198 (発売時期不明)

フィリピンもバナナケチャップにそろえて、patisをフィッシュケチャップと呼べばいいのに。

LORINS PATIS パティス　1000ml フィリピン産魚醤油
LORENZANA FOOD / ￥700 (発売時期不明)

ケチャップについて調べた結果、また東南アジアに遊びに行きたい欲が高まった。

次は何を食べようか、、、

19052020 bioinformatics

細胞の分子生物学の「細胞の内部構造」のパートを精読してた

ちょっと色々調べないといけなかったのだが、知らんことが多すぎたので週末は細胞の分子生物学の「細胞の内部構造」のパートを精読していた。

10: 膜の構造
11: 少分子の膜輸送と膜の電気的性質
12: 細胞内区画と蛋白質の選別
13: 細胞内における小胞の移動
15: 細胞の情報伝達

細胞の分子生物学
ニュートンプレス / ￥19,800 (2010-01T)

15052020 life

在宅勤務していると調理器具がほしいという物欲に抗えない

在宅していると料理ばかり作っているので色々欲しくなってしまう。

東南アジア系の屋台ユーチューブ動画をみているとだれも中華おたまを使ってないので、「時代はヘラやな！」ということでポチッとした

工房アイザワステン中華返し 70313
工房アイザワ(Kobo-aizawa) / ￥1,166 (発売時期不明)

じゃがいもを蒸していたら、「あーマッシャーでぐしゃっと潰したいなー」と衝動的にポチった。

新越ワークスマッシャー 18-8ステンレス日本製 31976
新越金網 / ￥548 (発売時期不明)

どこかでコンビーフでも買ってきてマッシャーで潰したポテトとあえてサンドイッチにでもする予定だったのだが、じゃがいもをちょうど切らしてしまって、ぐしゃっとできてない。

ジェイミー・オリバーかなんかのお料理動画を見ていたら、「やっぱじゃがいもと人参は波型カットがよろしいおますな」と物欲がそそられたので、購入。

下村工業 (断面をなみなみにカット)フルベジなみじゃがナイフ
下村工業(Shimomura Kougyou) / ￥990 (2016-04-21)

ひよこ豆のポタージュをつくってみたけど、家にあるザルではうまくこせなかったのでなめらかなポタージュという目標を達成するために買ってしまった。

下村企販スープこしつぶしてこせるこし器ステンレス日本製 39905
下村企販 / ￥1,650 (発売時期不明)

14052020 life

公立小中学校のオンライン授業について

コロナのせいで学校が休校になってそろそろ三ヶ月に差し掛かろうとしているが、私のいる市立の小中学校ではオンライン授業に移行する気配がまったくない。

そもそも、休校になってすぐのタイミングで、家庭にネットワーク回線がひかれているかとか、子供が使えるタブレットとかPCはあるかというアンケートが来ていたので、当初はその方向で動こうとしていたのであろうが、おそらく、ネット回線とかタブレットのない家庭が学校で負担しろとごねたり、一部の公平厨の教師職の人が揉めたり、ネットに疎い世代の方々の強い抵抗にあったんだろうなーと容易に想像できるので、まぁそれは公立あるあるということで。

というわけで、YouTubeを探してそれっぽい動画を探して息子に見せて、そのあと適当に買ったZ会の問題集をやらせてみているが、なかなか良い。

Z会グレードアップ問題集小学6年算数計算・図形改訂版
Z会 / ￥1,100 (2020-02-10)

とある男が授業をしてみたの算数の動画とかめちゃくちゃわかりやすい。

自分がこの時代に生まれていたら多分学校行かなかったかもｗ

あとは、ブックオフで100円コーナーの小説で息子が読めそうな乙一とか道尾秀介とか買って読ませている。

小学生6年生向けに登録しておくとよいチャンネルとかあれば教えてもらえると嬉しい。ちなみにヒカキンは小3くらいで卒業したw

教えてもらったサイト

03052020 bioinformatics

ゲノム系計算科学

筆者らはバイオインフォマティクスを「DNAやアミノ酸の配列情報を主に文字の配列と見てその検索や文法を解析する学問」とするのに対し、ゲノム系計算科学を「ゲノムを物理的実体と見て自然科学的に理解するための学問」としている。

ゲノム系計算科学 ―バイオインフォマティクスを越え,ゲノムの実像に迫るアプローチ― (計算科学講座 7)
共立出版 / ￥4,180 (2013-01-23)

DNAとそれに結合するタンパク質の間の電気的相補性はどうも分子認識の特異性にはあまり関係しないと考えられる。

このあたりですね。

色々と面白いことが書いてあったが、膜貫通蛋白の構造生物学が好きな人向けかな。

30042020 bioinformatics

ゲノムデータ解析

GWAS関連の解析の具体的な方法や、そのためのRパッケージの紹介など、GWAS関連の論文を読むときに知っておくといいことがわかりやすく説明されているので良かった。

これが一番現場向けかもしれないが、Haploviewの結果の読み方の説明などはないので、そのあたりもう少し厚めに解説してあると嬉しかったかも。とはいえそんなのは自分で調べればいいだけなので、調べるべきことのポインタが示されている本書は重宝するだろう。

ゲノムデータ解析 (統計学One Point 1)
共立出版 / ￥2,420 (2016-09-08)

ちなみに私くらいの知識だと遺伝統計学入門を行ったり来たりしながら読み勧めないといけなかったので、別途入門書は必要かなとは思う。

遺伝統計学入門 (岩波オンデマンドブックス)
岩波書店 / ￥4,950 (2015-12-10)

29042020 bioinformatics

ゲノム医学のための遺伝統計学

読んだ。

ゲノム医学のための遺伝統計学 (クロスセクショナル統計シリーズ 3)
共立出版 / ￥3,300 (2015-03-24)

GWASのあたりをわかりやすく解説していたので非常に良かった。

27042020 bioinformatics

分子細胞免疫学原著第9版を読み終えた(1周目)

半年以上前に購入した分子細胞免疫学をやっと読み終えた

分子細胞免疫学原著第9版アバス–リックマン–ピレ
エルゼビア・ジャパン株式会社 / ￥10,780 (2018-03-15)

補体のあたりから苦行すぎてちょっと投げ出してた。だって、蛋白質のメカニズム（物理化学的な）やつにあてはめると疑問符が付きまくる事象を覚えないといけないなんて、まるで、歴史とか地理の暗記してるみたいだし、、、

で、以下の本を副読本として読んだら、分子細胞免疫学の内容も理解しやすくなった。素晴らしい。

好きになる免疫学第2版 (KS好きになるシリーズ)
講談社 / ￥2,420 (2019-03-27)

これであと2周くらいは読める。次は、気になった蛋白質をPDBで検索しながら読むことになると思う。

昔、CD14とかTLRの立体構造予測をしていたことがあってLRR(ロイシンリッチリピート)っていうなんかダンゴムシみたいな構造キモいなと思っていたんだけど、今回勉強し直して、あのドメインは自然免疫系としては実に理にかなった構造ではないか！と感動したのであった。

26042020 work

GWに読むといい本

問題を理解していないと悲しいことになるので、そういう事態を避けるために読んでおくと良い本を三冊紹介したいと思う。すべて名著です。

試験計画をたてるならとりあえずやってみるではなくて、何と何の違いを見てどうなることを期待するくらいは持っていて欲しい。結果出したいんか、時間を消費したいのかよくわからんやつ多すぎやぞ、最近。できるだけ無駄な時間を使わないで結果出すのがベストだと思うんやけどね、、、
— kzfm (@fmkz___) April 23, 2020