17092012 life

Photoshopでキャラデザイン

PyConJPに行ってて、子供の面倒を見なかったので、今日は一緒にお絵かきした

ProductName Photoshopキャラクタデザイン (MdN books)
伊藤 輝
エムディエヌコーポレーション / ?円 ( 2003-07 )


この本はキャラクターごとに完成までの目標時間が書いてあるので、難易度が類推できる。娘はペンタブ使って描いてたけど、これだったらマウスのほうが効率的かも。

ProductName Wacom ペンタブレット Mサイズ ホワイト イラスタMini&コミスタMini付属 Bambooコミック CTH-670/W2

ワコム / 14578円 ( 2011-10-03 )


17092012 Python

PyConJP2012二日目

聞いたセッションは以下

基調講演の緊張感が面白かった。YAPCなんかでは他言語比較はよく見た気がするけど、PyConでPerlやRubyと比較してた。個人的にPythonにも正規表現リテラル欲しいなぁと思っているので、そこは同意。

基調講演後はSphinxの部屋にいたんだけど、電車の関係で早めに帰った。後半はディープな話題に入っていったのかなぁ、それとも初心者向けの話題が多めだったのか気になる。後でスライド見ようっと。自分用のHTMLテーマとか作りたいし、職場のレポート自動化にSphinx使えないかなぁと思っているので、そのうちいじってみようっと。

そういえば、SphinxのソースコードリーディングメモをSphinxで管理してるけどpyccoのほうがイイかもしれないなぁ。

15092012 Python

PyConJP2012一日目

PyConJP2012の一日目は超楽しかった。

python+awsのepubを買おうか迷っていたら、PyConJP用に薄い本として特別に出版されていたので即ゲットしておいた。

1347712165

僕はこのブログをFlask+gunicorn+supervisorで動かしているのと、職場のウェブサービスも似たような構成にしているので、今日の全てのセッションが楽しかったし勉強になった。

基調講演

マシン名がナウシカ。

Python Type and Object

あとで、Python Types and Objectsを丁寧に読みなおそうと思った。

演者のスライドにjavascriptとpythonのクラスシステムを比較したのもあって、それも面白そう。

MongoDB with Python

Flask-SQLAlchemy+Flask-WTFが便利なのでなかなか移行する気になれないなぁ、でも気になってるんだよなぁという状況だったのだけど、ウェブサービスじゃなくて、ケモインフォマティクスの仕事でMongoDB使えそうじゃんと思ったので、来週会社に行ったら早速遊んでみる。距離のインデックスがちょっとよさげ。

発表内容もクックブック的なものも織り込まれていて良かった。スライド公開すんだろうか？して欲しいなぁ。

分散バージョン管理システムの組織化

ブランチ戦略がよくまとまっていて、かなりわかりやすかった。ただ僕はチーム開発してないので、最初の方に出てきたパターンで動いているのだが。

SQLAlchemyと僕

入門的な内容だったが、最後のツール紹介のAlembicってのは初めて知ったけど、そのうち使うことになりそうなので覚えておく。

Gunicorn what’s next? The new web challenge

gunicornの今後に関して。gunicorn便利ですよね。

Python 製ビルドツールのススメ

wafを積極的に使っていこうと思った。

15092012 chemoinformatics q-chem

pygamessの便利なところ

懇親会でpygamessじゃなくてもFacioで良かろうと言われたのだけど、対話環境よりも、スクリプトでやれたほうがいい場面が多いので書いておく。ちなみに僕はAvogadroユーザーです。

適当なsdfが手元になかったので

C
CC
CCC

というSMILESのリストを

babel -ismi carbons.smi -osdf carbons.sdf

とやってsdfにしたものを使いました。

sdfの分子群に対して計算したい場合、対話環境だとチマチマと作業しないといけないが、スクリプトだとforループを回せばよいし、結果がmoleculeオブジェクトで返ってくるので、そのあとのケモインフォマティクス的な取り回しが楽です。Gamessのアウトプット睨みながらコピペとか苦行だし、アウトプットの処理用のパーサー書くならinputから全てスクリプトで処理したほうがいいんじゃないかなと。

>>> import pybel
>>> from pygamess import Gamess
>>> g = Gamess()
>>> mols = pybel.readfile('sdf', 'carbons.sdf')
>>> for mol in mols:
...   nmol = g.run(mol)
...   print nmol, nmol.energy
... 
C   
 -39.7265813363
CC  
 -78.3052918313
CCC 
 -116.885136991

ケミストのように化合物を個別のものとして一つ一つ丁寧に対応していくのか、情報論的にまとめて取り扱いたいのかとかそういうあたりで使い分ければいいのだと思う。オービタル見たい場合にはGUI必須だけど、エネルギーみたいな数字だけに関心があるのであればGUIは要らないかな。

14092012 life

セミナー終了

これで、座長と演者をしてきた。

いまいち良くわからない感のタイトルを付けてしまったのだけど、LBDDには量子化学計算が必要という内容にした(ちょっとこじつけた)ので、演題の流れ的にかなりアウェーの方向を向いてしまうかなとちょっと心配だったのと、スライドの構成もちょっと散漫だったので主題が見えにくかいかなと思ったのだけど、懇親会で色々とフィードバックをもらえたので良かった。

明日からpyconjpなので楽しみだ。

演題を聞いたり、懇親会でディスカッションしながら色々参考になったのでメモ

歪みエネルギーを許容したドッキングの双対表現

直感的には複合体結晶構造から歪みエネルギーを取り去れば活性向上につながるということの裏返しだろう。ということは、ドッキングシミュレーションや複合体結晶構造をうまく捉えれば、このような活性向上のヒントが得られるということだろう。これが今回、一番の収穫かな。

MDを合成案に使うヒントを得た

おー、こうやればいいじゃんとか思ったのだけど、メモを取ってなかったのですっかり忘れたが軽い興奮だけが残っている。思い出したら追記するかもしれない。トラジェクトリー絡みだったかな。

ライブコーディング力を鍛えたい

突然思いついてライブコーディングをはじめたけどたどたどしかった。例えるなら生まれたばかりの子鹿のようだったので、次はツタタタターンくらいのノリでやりたい。

量子化学計算では解は得られないのか？

経験のある方から量子化学計算でdockingの理解は無理だよと指摘を受けたのだけど、これはもう少し考えてみてもいいのかなと思っている。結合モードの再現は無理なのかもしれないが、そこはゴールじゃなくて、ケミストが次の有効な一手を生み出せればいいと思うので。とはいえ、個人的にはドッキングというのは出発物質と生成物質が変わらないだけの化学反応でしょ？と思っているのでサイエンスとしての結合の理解は量子化学以外になにが必要なんだろうか？もう少し突っ込んで議論しておけばよかったかなと後悔。また今度聞こうっと。

MMPとFBDDが本質的に一緒じゃないのってどういことよ？

思いついたので一行入れておいたら質問された。こういうアルゴリズム使うとなんとなくわかると思うが、結局MMPは大きいフラグメントに小さいフラグメントをリンクしてるわけであって、リンキングによるエネルギーロスを考えなくていいのはどういう場合なんだろうねーというあたりを考えてみると面白いのではないかと。

13092012 work

国際学会English―挨拶・口演・発表・質問・座長進行

読み流しておこうと思ったのだけど、結局時間がとれなかったというか、黒龍のひやおろしを呑み始めてしまったので、集中力が霧散して緩みまくっている。

ProductName 国際学会English―挨拶・口演・発表・質問・座長進行
C.S.ラングハム
医歯薬出版 / 2625円 ( 2007-04 )


明日の新幹線のなかで流し読みしておこう。

というより、LBDDとかいいつつ120%量子化学に傾倒しているので、明日の内容はアウェーすぎるんじゃないかと不安がないわけではないが。まぁ、自分の中ではLBDDの行き着く先は量子化学計算だと思っているので空気を読まずに発表する。

そして、明日のセミナーが終わったら、次の日から二日間PyConJPなので楽しみだ。

12092012 life

あおものくんの育て方

小さいポットやエコバッグなどを使って室内とベランダで青物を育てるテク。

ProductName あおものくんの育て方 野菜の気持ちになれば、うまくいく。
澤田 直子
講談社 / 1260円 ( 2012-04-06 )


  • ルッコラ
  • リーフレタス
  • ニラ
  • スティックセニョール

ルッコラとリーフレタスは定番ですな。

スティックセニョールは、今頃は苗が出回っているので試すのにいいかな。青虫対策もできるし、プランターのほうがいいかもしれない。ちょっとやってみたい。

それからニラは多年草なので家庭菜園で植える場合は気をつかうが、プランターだったらお気軽かもしれないなぁと思った。手入れは大変だろうけど。

ハイポネックスが余っているのでちょっと色々試そうかな

ProductName ハイポネックス 原液 800ｍｌ

ハイポネックス / 1029円 ( )


12092012 Ti

Titanium Studioのキーバインドを変更していつも使っているEmacsの操作性に近づける

動的略語展開がなくてイライラすんなーとぐぐったら「eclipseの動的略語展開をC-oに割り当てたら調子よくなった。」という自分のtweetにヒットして、なんだこれ？となった。どうも二年くらい前にAndroid絡みで設定したことがあるらしい。自分のBlogを検索しても出てこないのできちんとメモっておくことにした（再来年くらいの自分にむけて）。

変更の方法

環境設定 -> general -> Keysにキーバインド一覧があるので適切なものを探しだして再アサインするだけ。

  • 動的略語展開はCtrl-.に割り当ててあったので、Ctrl-oに割り当てなおした。
  • Delete to End of LineをCtrl-k
  • UndoをCtrl-/

他にも割り当て直したらメモっておく。

ProductName Titanium Mobileで開発するiPhone/Androidアプリ (Smart Mobile Developer)
北尾 雅人
翔泳社 / 3129円 ( 2011-06-10 )


12092012 life

永田農法って水耕栽培と似た感じなのか？

結局肥料の量をコントロールしたいから痩せた土が好ましいわけで、それは結局水耕栽培と同じなのかなと。

ProductName 糸井重里の つくって食べようおいしい野菜
糸井 重里
NHK出版 / 1260円 ( 2005-04-29 )


どんな土が向いているか問われて

養分が少なく、水はけがよく清潔な土です。

と答えてるしな。

11092012 work twitter-bootstrap

自分用twitter bootstrapを管理する

ウェブ業界なんかだとデザイナーさんがいるので、「デザインがーーーーー」みたいなのはクリティカルな問題にはならないのかもしれないが、製薬系の研究所とかだと、研究所内のシステム構築のためにデザイナーを雇うとかまずあり得ないので、しょっちょう悩みます。

特に、イントラでウェブサービスやろうとか思ったらjQuery使って見ためを良くしたりとかユーザビリティとか考えて使いやすくしたりといったフロントエンドのスキルは必須。

つまり、モックを使ってできるだけ早く70点のユーザーインターフェイスを作るスキルが超重要なわけだ。

しかも、twitter bootstrapを使おうと思ったら、頻繁なバージョンアップに対応しないといけないわけで。

GitHub対応

GitHubハンズオンやったので、その時の@ishisakaの資料を参考にすればいいと思います。

とりあえず、本家からforkしたらcloneして、upstreamを設定します。

git clone git@github.com:kzfm/bootstrap.git
cd bootstrap/
git remote add upstream https://github.com/twitter/bootstrap.git
git fetch upstream
git merge upstream/master

これで最後のニ行を叩けば常に本家の更新に追随できるようになります。

設定を変更

Twitter Bootstrap Customization Best Practicesの後半を参考に、bootstrap.lessとvariavles.cssをコピーして自分用の設定ファイルを用意する。my_bootstrap.lessとmy_variavles.lessにした。Makefileのbootstrap.lessもmy_bootstrap.lessに変えておく。

こうしておけば本家のファイル群を変更する必要がないので、いつでも

git fetch upstream
git merge upstream/master

すれば、本家の更新に対応できる。

コンパイルしたい場合には

$ make bootstrap
mkdir -p bootstrap/img
mkdir -p bootstrap/css
mkdir -p bootstrap/js
cp img/* bootstrap/img/
recess --compile ./less/my_bootstrap.less > bootstrap/css/bootstrap.css
recess --compress ./less/my_bootstrap.less > bootstrap/css/bootstrap.min.css
recess --compile ./less/responsive.less > bootstrap/css/bootstrap-responsive.css
recess --compress ./less/responsive.less > bootstrap/css/bootstrap-responsive.min.css
...
cat bootstrap/js/copyright.js bootstrap/js/bootstrap.min.tmp.js > bootstrap/js/bootstrap.min.js
rm bootstrap/js/copyright.js bootstrap/js/bootstrap.min.tmp.js

bootstrapディレクトリ以下にコンパイルされる。

その先

あとは、Twitter Bootstrap＋その他で「本当に」イケてるモックを作る手順なんかを参考にしながらいい感じの自分用モックを量産すればいいと思うのだが、そういうのをもくもくとやるといい気がしませんか？

というか、やることにしたので興味があれば参加するといいと思います。プレゼンしたいひとも歓迎。

静岡デベロッパーズつくる会#6 (Mock! Mock!)

だらだらと作ってもよし、黙々と作ってもよしのつくる会です。前回同様、好きな時間に来て好きな時間に帰ってかまいません。

今回はMock! Mock!とモックをモクモクいじる回にしてみました。みんなで一緒にtwitter bootstrapをいじりましょう。

ProductName レスポンシブ・ウェブデザイン標準ガイド あらゆるデバイスに対応するウェブデザインの手法
こもりまさあき
エムディエヌコーポレーション / 2625円 ( 2012-05-25 )