去年辺りから色々思うところがあって、ここのところまとめていくつか社外発表したし、原稿も書いたしでそろそろアレかなぁと思っていて腑抜けみたいなみたいなノリで過ごしてたのだけど、先週、他業種の方々と色々と話をする機会があって、結局のところ自分は無理ゲーを言い訳にしてなすべきことをなしてないだけじゃないか！と自省したので、創薬にredmine的なものを持ち込むところまでは頑張るか頑張るまいかと悩み始めたのであった。

-> ハードモード(残機1)でもう一回
-> 次のステージへ
-> 違うワールドに進む

というあたりで悶々していた一週間だった。そんなわけでちょっと創薬系のエントリ連投というアクセス数を確実に減少させる悪手を繰り返していた。

自分の技術力がそれなりにあがったのと、ライブラリとか充実してきてて、チーム組まなくても独りでそこまでは到達しそうかなぁという感触がつかめたというのが1つ、いきなりredmine的なものを持ち込もうとしても上手くいくチャンスがゼロなので、仕事をやり慣れている今の職場で見ておいてもいいかなというのがもう一つ。それからAstraZenecaが似たようなことをやっていてDjangoで構築しているらしいので、PythonistaとしてFlaskでやり遂げなければならないという謎の使命感に燃えたという事情もあってredmineの導入と動き出すところくらいまではコミットしようかなと。

「一見した創薬知識の総量が多い少ないなんて気休めにもならねぇ」「活性の解釈なんてたゆたってて当たり前、それが創薬プロジェクト」「だが、、、それでも」「100％成功させる気でやる」「それがフルスタック創薬インフォマティストの気概ってもんさ」

イマココ

注）今月かまってくれた皆様には非常に感謝しております。

アマゾンの書評にもあるがあまりネット選挙に言及されてなかった。そのため途中で読むのを放棄した。選挙運動調査の動機がそもそもコレなので。

コンテンツをより良く楽しむためにはコンテキストへの深い理解が必須だからな。

最新事例解説 すぐわかる選挙運動(改訂版) ―ケースでみる違反と罰則―インターネット選挙対応
三好 規正
イマジン出版 / 2310円 ( 2013-05-21 )

選挙運動

1. 特定の選挙において
2. 特定の候補者のために
3. 当選を得もしくは得させる目的で

4. 投票獲得に直接又は間接に必要かつ有利な行為

5. 看板も厳密に定義される

6. 自筆以外の時候の挨拶状は禁止

ルールの厳しいゲームといったところか。経験者に有利になるように配慮されているゲームだな。

かなり前に創薬プロジェクト版Git(Chemit)というCLIなアプリを思いついたのだけど、化合物データベースへのSQLAlchemyラッパー用意したり、色々ツールを揃えたおかげで簡単に実装できるようになってたので、近いうちに作っとこうかなぁーと

で、chemit diffはMCSとか買いてたけど、これはMMPの間違いだった。

Redmineによるタスクマネジメント実践技法
小川 明彦
翔泳社 / 3444円 ( 2010-10-13 )

アッセイ結果から生データへのトラッキングというかトレーサビリティには気をつかうのに、合成化合物から合成案(何を目的とした合成なのか)までのトレーサビリティには注意を払わないのは如何なものかと。

というわけで、今は「この化合物は一体何を意図して作られたんだ？！」というような疑問がフツフツと湧くようなシステムを作っている。

VAMMPIREという

1. PDBの複合体構造からリガンドを引っ張ってきて
2. ChEMBLからMMPをサーチして
3. ドッキングモデルを構築してWebGLで表示する

っていうDatabaseの論文をみつけたのだけど、コンテキストが入りまくりなのはどうなのかなぁ？タンパク質-リガンド相互作用を骨格の多様性で積分したら普通ゼロになるよね？実用性に疑問符がと思ったが、

ふと、あーFMOの題材としてはいいんじゃないのかなぁと閃いた。置換基変換のペアとKi差や活性差の値が出ているからFMOのエネルギー比較して色々遊べるかな。

7年前にも似たようなことをやっていたようだが、昔のログ掘りあてて懐かしくなった、しかもなんでも日本酒に例えるのはこのころからすでにはじまっていたのかorz

red,blueに足りないものとして緑系のものをずっと探していたわけだが、今回富士山世界遺産登録記念ということで、緑茶焼酎をチョイスしてみた。

混ぜてみると？

白くなった！

なるわけないですね。ただの牛乳。実際はレッドブルそのものだ。

味はがっかり。

楽しく二回目もやることになりました。静岡Pythonistaの熱い気持ちがシナジー的な何かを産んで、サーバーサイド（構成管理も含む）からフロントエンドまで含むバランスの取れた発表が集まりました。

• Shizuoka.py #2
• Shizuoka.py #2 懇親会

ランチは清水港みなみのマグロ丼などオススメですね。

というわけで、今回も楽しくやれればいいなーと。

ちょっと前に雨で始まり雨で終わろうというネタを考えたのだけど、無線LAN子機が不調で残念な思いをしたのでリベンジ。それからPolarized (feat. Shaz Sparks) [Matrix & Futurebound Remix]を聴いて、seven lionsで終わらせたくなったけどあれBPM128なんだよねーと思っていたらXilentの曲で175から128に変わる曲があったのでうまくつながった。その後テックハウスをダラダラとかけてみた。

Rain Dance / Subwave
Salad Is OK / B-complex
Falling Through / Noisia & Spor
Ignition / Spor
Killa Bees / Usual Suspects
Hidden Message / Mark System
Ventura / Fracture & Neptune
No Reality (Noisia 2007 Remix) / Ram Trilogy
Original Nuttah / U.K. Apachi & Shy FX
Ganja Man (S.P.Y & Total Science Remix) / Krome & Time
Let Me Be Your Fantasy (J Majik & Wickaman Remix) / Baby D
On A Good Day (J Majik & Wickaman Remix) / Above & Beyond
Sound of the Rain / Royalston
Rainy City Music / Dub Phizix
We Live There (feat. DRS) / NuLogic
Come Alive / Netsky
Rave / Fourward
Memories / 17th Boulevard
All My Life  / Royalston & Mark Berry
Hyper Hyper / Nu Tone
Shine In (feat. Natalie Williams) / NuTone
All Yours (S.P.Y Remix) / Submotion Orchestra
Lost In The Future (feat. Jenna G & Futurebound) / Camo & Krooked
Clear Your Mind / Xilent
Polarized (feat. Shaz Sparks) (Extended DJ Edit) / Seven Lions

第3回入門機械学習読書会お疲れ様でした。優先トレイ実装しました

ランチは清水港みなみのマグロ丼

なんとなく日替わりを注文してしまった。

美味いんだけど、他のヒトのマグロづくしをみたらマグロオンリーにしておけばよかったかなぁと。

〆はソビ

懇親会はphotoにお邪魔してひとしきり楽しんだあと、ずっと気になっていたソビスケに。

まるで息をするかのようにマゲをかぶる、ここではそれが自然体という雰囲気が醸し出されていて、なんの疑問も抱かずマゲる我々

出てきたソビはコシがあって、美味しかった。最近蕎麦屋にいかなくなってしまったので久々に蕎麦だった。

ソビ湯は容器に入って出てきた。

次回の入門機械学習読書会

次回は初の清水でやります。懇親会はもつカレーの食べられる店をチョイスする予定にしてます。

• 静岡Developers勉強会 第4回入門機械学習読書会
• 第4回入門機械学習読書会 懇親会

遺伝子と疾患（表現形）との強い相関と弱い相関が見られるが中程度の相関がみられないという謎(missing)のことらしい。

• missing heritability

それだけ、環境要因が強いということなのだろうか？

The "missing heritability" problem[1][2][3][4][5] can be defined as the fact that individual genes cannot account for much of the heritability of diseases, behaviors, and other phenotypes. This is a problem that has significant implications for medicine, since a person's susceptibility to disease may depend more on "the combined effect of all the genes in the background than on the disease genes in the foreground".Missing heritability problem

ユーザーを顧客と考え、顧客を育てるという地味な仕事も必要なんだろうなぁと思うんだけど、育ててもらうサイエンティストってなんなの？（以下略）という気持ちが強いし、そういう仕事は地味すぎて評価されないので優先度を下げてる。

かといって、そこらへんをやらないとユーザーが増えないというジレンマが。

というわけで、なんか楽しみながら（給料と関連付けないで）モチベーションをあげるやり方を探している。

販促の教科書 (1THEME×1MINUTE)
眞喜屋実行
すばる舎 / 1470円 ( 2013-05-21 )

• 心のつながり
• 伝わるように意識する
• 道標を用意する
• 利用イメージを分かりやすく伝える

利用イメージを分かりやすく伝えるってのが難しいなぁ。