Drkcore

12 06 2013 Python Tweet

MMPで発表してみたら結構レスポンスが多くて楽しかった

先週はgWT絡みで、今週はMMP絡みの発表をしてきた。それぞれ独立している仕事ではあるのだけど、プロジェクトの大いなる流れというかストリームというかそんなやつをきちんとコントロールしたいというのがそもそもの動機だったりするのでそういう意味ではつながっていると思います。

あと、いくつか質問をうけたので答えられるものはここに記しておきます。

sdfからgspのコンバートってどうすんの?

openbabelのPythonラッパーを入れていればここに書いてるスクリプトで動くと思います。結合情報をアトム情報を吐き出せばいいだけなので他のツールでも同様にやればいいはずです。速度が気になる場合はsdfパーサーを書かなければいけないので面倒かも。

個人的にはpygwtというsdf2gsp gsp2sdfを後ろで面倒見てくれるモジュールを作りかけなので、出来たらgithubにあげておくかもしれません。

pychembldb

chembldbのpythonラッパーです。pypiにもあげてあるのでeasy_installとかpipでインストール出来ます。16には対応していませんが、そのうち対応します。

  • pychembldb (github)
  • pychembldb (PYPI)

イントラでrestfulなウェブサービスを作る場合(といってもGETに対応させるだけでしょうが)にはFlaskを使うのがお手軽かなと思います。chemblのAPIに対応させるのはそんなに難しくないですね。

そういえば、創薬系の中でPythonでウェブサービスつくるハンズオンでもやりつつ沼津のタップルームで地ビールがぶ飲みしたいなとかそういう話をしていたことを思いだした。

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