10112018 work
無事に役割を果たしたので、帰りにちょっと寄った。
羽屋はシュワシュワしていて美味しかった。
今回は色々勉強になってよかったかな。
09082018 work
コアとコンテクスト(ノンコア)については良く考えよう
ジェフリー・ムーアのキャズムは古典だと思う。
キャズム読んでない人は一度は目を通すべきでしょう。図書館にもあるだろうし、借りて読めばOK。
コアとコンテクストはよく考えたほうがいいでしょう。何がコアなのかは自分たちがどういう強みを持ちたいのか と密接に関連するかと思います。
コンテクストをコアとみなすのは無駄な仕事が増えるだけで、結果忙しくなるだけなので別に構わないけど、コアをコンテクストとみなしてしまうのは、技術力とか強みが一気に劣化するので許容できないですね。
30122017 chemoinformatics work bioinformatics
今年を振り返ります
今年を振り返るために、過去のエントリを眺めてみたが、ポケモンGOと食べ物関連のエントリしかなかった。この1年は家であんまりコード書けなかった感じ。職場では結構書いたけど来年はもう少し公開できるようなコードを書ければいいなと思っています。食べることに関しては引き続き美味しいものを開拓していきたい。
ポケモンGOに関しては今1000万XP弱で再開した時点で250万XPくらいだったので、どんだけやったんだ？って感じ。LV40まであと1000万XPなので週末の運動がてら継続したい。
仕事関連
今年は色々と新しい取り組みが出来て良かったと思っている。チームの皆さんに助けられて、大きな前進が幾つかあったし、自分たちのチームのプレゼンスも高められたと思っている。
色々とタイミングが良かったのだろうと思っている。そして企業のなかのチームっていうのはある意味スタートアップみたいなもんだけど、スタートアップと違うのはタイミングよりもチームのほうが重要なんじゃないかなと。良いチームだからうまくタイミングを見極められるのではないのかなーと。実際、全てそうだったしね。下のTEDはためになると思うので一度は聞いておくことをオススメします(7分弱だし)。
それから「誰をバスに乗せるか」はやっぱり重要なんだなーと感じたけど、そういうバスを用意するかというあたりも今後考えなきゃならないんだろうなぁとは感じている。
ビジョナリー・カンパニー２ 飛躍の法則他にはこのあたりを実践して、OSQAと社内twitterを導入してみたところ、色々とつながりも増えたし、よいアイデアやソリューションもシェアリング出来てよかったかなと思った。それからイントラGithubクローン便利すぎ。この1年でシステム周りが改善されて快適にコード書いたり、計算できるようになったかなと。
仕事以外のしごとっぽいこと。
mishima.sykのサイトを作った。これもコミュニティが良いから継続できてていいですね。来年も皆さんで集まれたら良いなと思います。
Bioinformatics関連
Dr. Bonoの生命科学データ解析-読書会に参加してバイオインフォ愛が戻ってきたのと、今後に関してちょっと思うところがあって、余裕があればターゲットファインディング周りも少し手を付けていきたいなぁと思った。open target platformなどのAPIついてるサービスを上手く活用できないとなーと思っている。
ただ、周りの状況を聞いていると、今の状況って僕がバイオインフォをやっていたポストゲノムって言われてた15年くらい前にやっていることと基本変わってないので（だから余裕でついていけるｗ）機械学習というよりはアブダクション的な手法が求められるのかなーという気はちょっとしている。最近の状況丁寧にサーベイしているわけではないから間違っているかもしれないけど、ターゲットファインディングが相変わらず難しいという状況には変わらないのかなと。
アブダクション―仮説と発見の論理それではまた来年もよろしくお願いします。
15122017 work
いまさらビッグデータのこと
ビッグデータという5年ぐらい前に流行った言葉が最近この業界で流行っているので、なんだかなーと思いつつ昔買った本を読み直してみた。
ビッグデータの衝撃- 3Vに照らし合わせて、ビッグデータと呼んでもいいねと思える生命科学関連データって実際どんなものがあるのだろうか？
- データが増えることで、新たな知識の発見に繋がる可能性のあるビッグデータはどのVなのだろうか？
- pubmedのような自然言語のデータはビッグデータと呼ぶのだろうか？
Wikipediaによると
ビッグデータ [1][2]（英: big data）とは、市販されているデータベース管理ツールや従来のデータ処理アプリケーションで処理することが困難なほど巨大で複雑なデータ集合の集積物を表す用語である。
と定義されているのに、publicなデータベースをビッグデータって呼んでみたり、ビッグデータDBとか言っちゃうのはなんだかなーと思うんだよねー
言葉の乱れはサイエンスの乱れというかきちんと理解していない証拠なんだろうけど。
特に新規疾患ターゲット探索で使う手法って僕がゲノム創薬とかいう名目でバイオインフォマティクスやってた頃に比べて、すごく目新しい手法ってあんまり出てない気がするんだけどそういうわけじゃないのかな？っていうあたりが知りたいんですよね。バイオインフォマティクスとかテキストマイニングとか。
もし土曜日に会う人で、「 俺がレクチャーしちゃる 」っていう方がいたらよろしくお願いします。
19062017 work
コンソとかキャリアとか
分かる人にだけ分かればいい話というか駄文です。ちょっとそれ系の話が続いたので、実際転職して今の会社に入って感じたことをメモっておきます。
コンソの意義は何か？
前の会社も、今の会社も普通にコンソーシアムに入ります。ではコンソーシアムの参加意義は何なのでしょう？
たいてい、「先端技術の導入、プレコンペティティブな知識の共有」といったような如何にもなセンテンスが出てきますが実際は違うと思います。
「周回遅れを避ける」
これに尽きると思います。その技術を持っているのであれば「教えて君」的な人達の相手をする暇なんてありません。独自に進んでいくか、先端を走っている同士で共同研究すればいいので船頭は増やす必要はないです。
なので、新規参入でコンソを利用するのはありだけど、それは先頭を走っているというよりはサイエンティストとしては二流の位置にいるということを強く感じたほうがいいでしょう。
キャリア？
キャリアはキャリアブルスキルの略です、意外に認識されていないことが多いですが。つまり、他社に移ってもそのまま使えるスキルのことだと考えて良いでしょう。
他社に移っても使えるかどうかは、他社の現場のヒトに判断されることが多いと思います（当たり前ですが）
なので、外部発表の機会があれば積極的に発表しておくほうが良いと思います。その会社にマッチするかどうかの判断に使うことも出来ますし、何が出来て何が出来ないか明確になるので先方からどういう技術で来て欲しいというような具体的な話にすぐなるのでわかりやすいです。
外部発表しないで自分を認知してもらうというのは結構ハードル高いと思います。論文出すとかはもちろんありますが、なにかあった時に誘ってくれるのはそういうコネクションなので、そこら辺は若いうちから意識しておいたほうがいいと思います。
なにより、他社の優秀な人達とディスカッションするのは楽しいし、刺激になりますしね☆
なので、興味のある人は観光がてら遊びに来るといいと思います。
Mishima.syk #10やります
次回の日程は7/8(sat)に決定しました。参加登録は以下からお願いします。
２回程ハンズオンが続いたので、今回は発表メインでいこうかと思います。思う存分ネタをぶっ込んで下さい。
僕はpymol関連の話かpygamessをRDKitに対応させた話とかそんなのを出来ればいいなと思っているけど、どっちもまだ実装途中なんだよなぁ。
やごみで打ち合わせ
久々にやごみで。
真鯛とホタルイカ
ネギトロ
尚、次回の勉強会は7/8(sat)の予定です。会場押さえてconpassの用意が出来たらまたアナウンスします。 今回はテーマは特に決まってないので好きなことを喋る会になるかもしれません。
08052017 work
「知識管理システムを導入したい」ではうまくいかないのでは？
知識管理システムを導入するだけで全て上手くいくと思っているヒトが多いなぁと。そういうヒト達は「自分たちにはITスキルがないからソフトの導入が出来ない」と言い訳するのもステレオタイプな気がする。
そもそも真の課題は「システムの助けを借りて知識管理する文化を醸成したい」というのが正しい認識だと思うのだが、上記の人達は文化醸成のための努力をする気が全く無いので、ソフトの導入がゴールになってしまい結局うまくいかないのかなぁと思う。
で、うまくいかないのをソフトのせいにして、別のソフトを導入すれば今度こそうまくいくかもとまた夢をみてしまうという負の連鎖が起きているのではないだろうか？
ひなよしで飲んだ
前の職場の同僚という後輩が近所に転職するので、同僚とその転職先知り合いとひなよしで飲んできました。
ちょっとここでは書けないけどどこも困っているんだなぁっていう話とか色々できて楽しかった。 尚、今回は静岡出張無しで帰宅した。
お通し。お酒は一升瓶から注いでくれます。升にこぼして戻すスタイルは賛否両論あるかと思う。
あんきもと造りの盛り合わせ
のどぐろは美味しかった
そういえば、今の会社の謎メール文化を伝搬させようと出向いたんだけど、ひなよし着いた瞬間にそのこと忘れてしまった。
- 「謎のスラッシュルール」と転職組に命名されているメール仕様（尚、暗黙ｗ）
- メールのCcに自分のメールアドレスを入れる風習（たまにうざくてメールを即消すらしいｗ）
- フラグを立てずに【重要】とか【読み飛ばし禁止】とか書いてある
06032017 work
久々のgawa mishima
久しぶりのgawaです。前職の同僚と飲んできました。
お店のポリシーで料理の写真は撮れないので。でんでんという魚とエゾシカとメインで頂きました。あとデザートは相変わらず最高でした。僕はショコラテリーヌ一押しです。でもガワを話題に出すとスイカのショートケーキを推す人が非常に多いですね、「お前もかー」って突っ込みたくなるｗ
別件ですが、イズシカレーが微妙だったのは自分のテクのせいらしいということを再確認してちょっと凹んだ。まぁわかってはいたのだけど。次は上手に作りたいところ。
それからなんつーか、自分の作った基幹系のうち一つは廃棄するっていうから引き継ぎしなかったのに方針が変わって未だに動かしてるってのには笑った、というかあれは廃棄できないだろうと思っていたからそうなんだろうなと。
あと、システムはやっぱり使ってくれるヒトがいて初めて生きるんだよなーと再確認。辞める時500ターゲット追いかけてたのは把握してたけど、週末聞いたら700ターゲットに増えてたｗ
一人で500ターゲット以上の動向を追いかけるシステムと人間が存在するっていう話を聞いたら、今の会社の企画のヒトは多少なりとも自分の存在意義に対してもやっとするんだろうか？
会社を辞めるときにはノックアウトインフラを試してみたいと思っていたけど、実際辞めてみると関わってなくても基幹システムはちゃんと動き続けて欲しいなぁと思うのと、お守りの人間が同僚なので意外と過激なことはできないもんだなぁと思った次第です。
みなさんまた飲みましょう。twitterとかでアクセスしていただければ普通につながるので気楽に連絡してください。