20052025 work life

沼津で昼飲み

先週末は久しぶりに家に帰ったので、日曜はリパブリューで昼飲みしてきました。

前職の知り合いや、Pythonつながりの人と楽しくおしゃべりをしてリフレッシュしてきました。

27042025 chemoinformatics work life

Creating mmCIF file with hydrogen atom and partial charge appended

To create an input file for FMO calculations, we need both the structural information of the protein with hydrogen atoms included and the charge information for each fragment. However, since PDB files do not contain hydrogen atoms by default, we must add them using an external tool. Additionally, because the PDB format does not provide a field for storing partial charges, we repurposed the temperature factor field for this purpose.

Since the mmCIF format allows partial charge attributes to be added without unnecessary hacks, I wrote the code in openMM and gemmi.

from openmm.app import *
from openmm import *
from openmm.unit import *
from sys import stdout
import gemmi

pdb = PDBFile("1AKI.pdb")
forcefield = ForceField('amber14-all.xml', 'amber14/tip3pfb.xml')
modeller = Modeller(pdb.topology, pdb.positions)
residues=modeller.addHydrogens(forcefield)
system = forcefield.createSystem(
    modeller.topology, 
    nonbondedMethod=PME, 
    nonbondedCutoff=1.0*nanometer, 
    constraints=HBonds)

partial_charges = []
for force in system.getForces():
    if isinstance(force, openmm.NonbondedForce):
        for atom_index in range(force.getNumParticles()):
            charge, sigma, epsilon = force.getParticleParameters(atom_index)
            partial_charges.append(str(charge)[:-2])

with open('tmp.cif', 'w') as f:
    PDBxFile.writeFile(modeller.topology, modeller.positions, f)

doc = gemmi.cif.read('tmp.cif')
block = doc.sole_block()
loop = block.find_loop('_atom_site.type_symbol').get_loop()
loop.add_columns(['_atom_site.partial_charge'], value='?')
pcs = block.find_values('_atom_site.partial_charge')
for n, x in enumerate(pcs):
    pcs[n] = partial_charges[n]
doc.write_file('output.cif')

I’m getting tired of writing FMO input generators every time I change jobs, so I’ve decided to upload them to GitHub as open-source software.

19042025 work life

コミュニティよもやま話

私は市場とか好きすぎて日本でも海外でも市場巡りをするんですが、元豊中在住者に豊南市場情報を教えてもらっていたら、実は昔豊中のうどん屋で地域Rコミュニティの懇親会やったぞっていう補足情報をいただいて、急激に当時のことを思い出しました。

そういえばShiga.Rやったなー、しかも15年前にｗ。Blog書いておくとこういうときに記憶の補完になるので大変役立ちますね。

で、一個思い出したのは懇親会に参加していた立命の講師の方との会話で、

「ケモインフォとかIBISとかNeurIPSとかキャッチアップしといてケミストリーに転用すればいいから楽っちゃ楽ですよねー」

的なことを言ったら

「それってサイエンスティストとしていいんですかねーオリジナリティを出さないサイエンス楽しいですか？」

みたいな返しをされて、確かにそうだよなーと思い、なんとなく企業研究者だろうがオリジナリティの追求、SOTAを超える姿勢みたいなのを強く打ち出すようになった気がします。あとは前職の計算科学チームのレベルの高さにも恵まれてお互いプッシュし合って高みを目指すことも良かったように思います。

もう一点思い出したのは、「あの頃Rの地域コミュニティたくさんあったなー」ってことで始まりはTsukuba.Rだよなーと調べたら2008年くらいの話でした。Japan.Rも2010から続いているし、息が長いなぁと感心していました。

先週上司と1on1していて、「強いチームを作るためにどういうことをしていましたか？」って聞かれて

  • ストレッチした目標
  • オリジナリティの追求、SOTAを超える姿勢をもってもらう

ぐらいしか思い浮かばなかったのだけど、よい社外コミュニティで意見をぶつけ合うっていうのもそうなんかなぁと重た次第なのでメモっておきます。

31032025 work life

Installing GAMESS on an Apple M3 chip laptop

去年の夏くらいにインストールしようとしたら何故かインストールできなくてつらい思いをしたのだけど、今日再度インストールしたらうまく行ったのでメモ。

GAMESSのバージョンはJuly 15, 2024 R2 Patch 1です。これよりの前のバージョンではコンパイルがうまくいかなかった気がする。

基本的なインストール方法はこの通りです。

Configするときにgfortranのバージョンを聞かれますが、正直にバージョン(私のは14.2だった)を入力するとコケるので11.2とか古めの申告をしましょう。

あとはできたMakefileを弄ります。

  • 123行目のundefine GMS_TARGETをコメントします。
  • homebrewでインストールしたgsedを使うためにsedの記述を変えます。vimでやる場合は:1,$s/\ sed\ /\ \/opt\/homebrew\/bin\/gsed\ /g

これでインストールできるはず。

29032025 work life

Moving on to a New Opportunity

New Resolutionに書いた通り、来月から新しい環境で挑戦することにしました。

Try something new. Time is finite for everyone, and time wasted is time that will never come back. We have only one life to live, and it is our duty to live it happily and without regrets.

今月の初旬が最終出社日だったので、その後ははちょっと羽を伸ばしていました。急遽チェンマイに行くことにしたし、帰国後たくさんの送別会を開いていただいてありがたかったです。

現在の会社は8年いましたが、大変充実していたし、とても楽しく仕事ができました。ハイレベルなサイエンスに囲まれた環境のおかげもあって自分自身はすごく成長を実感できたし、たくさんの新しいことに挑戦して成果も残せたかなと。上司、部下、同僚の皆さんには大変感謝しております。

次の職場でもサイエンスをがっつり深めていきたいなーと思っています。

10032025 work life

オンサイトで運営委員会を開催した

学会の運営委員会を1年ぶりにオンサイトで行いました。

昼はうどんでスパイシー豆

すこぶる旨さ

会議も色々と盛り上がり、やはり直接会って話すのはいいなぁと思いました。

尚、これからタイに行ってコード書いてきます。

03012025 work life

Looking Back on 2024 and New Year Resolution

田酒の干支ラベルを飲みながら。　年末はひたすらおせち作りに没頭していました。黒豆の出来が良かったので満足。あとは年越しそば代わりのラーメンの麺は自分で打たずに叶屋の細麺を使ってみました。

仕事関連

あまり書ける話はないのだけど、マネジメントの勉強にはなったなぁと思います。ただそっちにかまけていてサイエンス力の向上はあまり満足行くものではなかったのでバランスが難しいなぁと。このあたりは悩みます。

Will,Can,Mustについても皆さんよく考えながら生きてほしいなぁと思っていますが、自分の成長に責任を持つのは自分だぞってことで「馬を水辺に連れて行くことはできても、水を飲ませることはできない」っていう話を部の方針説明の中で触れました。

昨今の早期退職とか、研究機能のリストラクチャリングとか眺めていると、製薬業界もものづくりに対するリスペクトは減少傾向にあるように感じるので、生み出す源泉的なものはある程度スタートアップに移っていくんですかねぇ。日米欧中くらいの、、、

山

仕事関連で常念岳に登ったことで、登山愛が復活しました。ということで越前だけ登ったり、年末に沼津アルプスを半分踏破しました。 今年はもう少し色々登りに行こうかなと思ってます。そしていつかは槍やな。

英語

フレンズ英会話カフェをよく見ていた関係で、年末年始で一気見するぞという勢いでhuluに登録した(Netflixでは放映してない)のだけど、現時点でシーズン1の12話までしか見れていないです。正月休みが終わるまでに シーズン2くらいは終了させたい。

ELSAはやったりやらなかったりを繰り返していたので、結局目標にしていた90%に到達しなかったです。今年は継続したい。

New Year Resolution

Try something new. Time is finite for everyone, and time wasted is time that will never come back. We have only one life to live, and it is our duty to live it happily and without regrets.

03112024 work life

韮山の杉山酒店から始まる居酒屋放浪生活

韮山の杉山酒店の角打ちに行きたいという同僚たちと予定をあわせて、昼飲みをしてきました。ちなみに私はCBI学会の期間からずっと飲み続けているので一週間連続ですｗ

角打ちは良かったです。お酒も料理も美味しかったです。久しぶりに日本酒のんだ。

角打ちで長っ尻なのもアレだなぁといいところで切り上げて、知り合いを呼んでリパブリューでビールでも飲もうかと沼津に下山。

ビールも飲んだので帰ろうとしたらJR止まっとるがな！という状況。

どうしようかなー！じゃぁ寿司でも食べるかとITA酒場

お寿司を食べても電車は動かず、羊肉を食べに行きましょうかと。

それでも電車は動かず。再開を待ち遠しい我々はここでまたリパブリューに戻りました。

結局いつまで経っても電車が動かないので、みんなでタクシーで帰ることにしました（私は三島から新幹線に乗って帰りました）。

久しぶりに楽しく飲んだり食べたりしました。WCB以来の楽しさでした。

31102024 work life tokyo

CBI2024に参加しました

本大会は900弱の参加者だったそうであと数年もすれば1000超え達成するのではないでしょうか？オーガナイザーの皆様、参加者の皆様お疲れ様でした。我々もより魅力的なコンテンツを提供していかないといかんなぁと思いました。

  • ポスターは「こういう構成にすればいいのにー」みたいな上司（偉そう）マインドが勝ってしまってあんまり楽しく見れなかった（反省）
  • たくさんの人と情報交換できたので非常に有意義だった。と同時に私はサイエンティフィックな貢献をできてないなーとちょっと思うところはあった（発表すべきだった）。
  • エリックスカフェのコーヒーは美味しいですねえ。

船堀グルメ

カレーは美味いがナンが大きすぎた

カレーは美味いがご飯が多すぎ

ここの焼き鳥は美味い。

12102024 work life

JASPUG2024に参加しました

今年もJASPUGに参加しました。相変わらず盛況で古参と新参のバランスも取れていていい感じに新陳代謝をしているように思いました。

私の方も古くからの参加者と意見交換したり親交を深めたりできて大変刺激をうけました。あとは、転職した元メンバーの人達と再開しても相変わらず楽しく話せるのは今の会社のカルチャーでもあるのかなぁと思いました。

ちなみにステッカーが溜まっているので最近新調したMBAにペタペタしないといけないです。

その他メモ

私のゼンマイがバカになっているような気がする

懇親会で知り合いにfmkzさんは現状の不満をバネに先に進むタイプですよねーとか言われて、確かにそうだなーと思ったのですが、最近ゼンマイの効きが弱くなっているのではなかろうかと帰りの新幹線で自問自答していました。確かにマネジメントにのめり込みすぎてこのままでいいのか？と思うようなことはあります。

やっぱ多様性の尊重は感謝の正拳突きで表現するべきなのだろうか？

同僚、上司、部下、知り合いは尊重してなんぼですね

仕事では色々あったり立場上難しい関係になったりするけど、やっぱり他社に別れても楽しく話せるのは一緒に厳しい状況を生き抜いた同僚たちだったりするので、常に尊重は欠かせないですねぇ。製薬業界もライフサイエンス業界も一つの系みたいなものですねぇと感じることが最近特に増えています。

コード書くのは楽しすぎ

pen先生と一緒に、ちょっとハンズオンのコンテンツのバグ取りとかポリッシュをスキマ時間にやっておりましたが、やっぱ楽しいですねぇと思いました。CBIのハンズオンに向けて完成度を高めていきます。去年、今年は無料でやりますが、来年はちゃんとお金を取ってRDKitの作者の旅費に使えればいいんじゃないかなぁと思っています。そろそろRDKitUGMJPやってもいいでしょ。