ファイルの改行が\r\nなのか\nなのか調べる

odで見る方法もあるのね。

>od -c [file]

わかりやすいw

0000000  212   J 216   n 223 372 216 236 201   F   2   0   1   4   /   0
0000020    8   /   2   6       2   0   :   5   2   :   5   9  \n 212 373
0000040  220 355 201   F 217 253 212 373 203   E 203   H 201   [ 203   Y
0000060    (   1   0 220 330   )  \n 216 235 202 277 216 236 212   ԁ  **
0000100    F   1   0 225 252 220 330 202 352 225 211 202 257  \n 216  荇
0000120   **  ** 212 204 201   F 225 275 216 350  \n 220 346 216 106 201
0000140    F   m   e   f   j   u   z  \n 214 343 216 350 201   F   b   e
0000160    e   n   u   n   i   t   e   d  \n 216  萔  **  **   -   -   -
0000200    - 216   w 216 350   -   -   -   -   -   -   -   -   - 217 301
0000220  224     **  ** 212 324   -   -  \n   1     202   V 230   Z 225
0000240  340   (   7   7   )               (       0   0   :   0   0   /
0000260    0   0   :   0   0   :   0   0   )  \n   2     202   Q 216   l
0000300  225 340   (   2   3   )               (       0   0   :   0   1
0000320    /   0   0   :   0   0   :   0   1   )  \n   3     202   U 224
0000340  252 224 362   (   2   8   )               (       0   0   :   0
0000360    1   /   0   0   :   0   0   :   0   1   )  \n   4     202   R
0000400  216   l 225 340   (   3   3   )               (       0   0   :
0000420    0   3   /   0   0   :   0   0   :   0   4   )  \n   5     202

尚、試したファイルはshift-jisエンコーディングの改行が\nのファイルでした。

やごみでmishima.sykの反省会をした

反省会と次回のテーマとか諸々決めるつもりが、日程しか決まらなかったw

次回は10/25(sat)です。予定を空けておいてください。

僕はGAMESS+pygamessの説明かCytoscapeでchemoinformaticsなハンズオンをやろうかなと思っています。

イワシとエンガワ

1407320222 1407320223

イワシとイカの天ぷら。イワシの天ぷら美味かった

1407320225 1407320227

磯辺揚げとマグロ

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色々話せて楽しい飲み会だった。皆様お疲れ様でした☆

某WSお疲れ様でした

とても勉強になって参加して良かったなと。また今後のキャリアを色々と考えないとなーという話を沢山聞いた。ホント、そろそろどうするかちゃんとしないとなぁと思った。

それから、初めてChemRubyの作者の方とお話出来て良かったです(よく考えるとあたりまえだけどbonohuさんの知り合いだったw)

前回の勉強会のアンケートも揃ったし、次回を三島バルにぶつけるなら、お盆前に反省会と次回のテーマ決めを兼ねてやごみか鈴木屋に集まらないといけませんね☆

p.s.

bgは統合TVのスライドをslideshareにアップロードしておいて下さい

仕事と幸福、そして、人生について

大体5時くらいに自然に目を覚ますのに、2日連続で6時過ぎても起きられず。ここ5年以上そんなことはなかったので、あ、やばいなと思い会社を休んだ。

特に疲れた感はない(というよりかつてないほど健康w)のだけど、午前も午後も寝まくった1日だったので、何かがおかしいのだろうと思う。鬱っぽいというよりは気持ちいいくらいの燃え尽きな気がするが実際のところよくわからない。

というわけで、起きている時間は久しぶりに自己啓発系の本を読んで過ごした。

ProductName 仕事と幸福、そして人生について
ジョシュア・ハルバースタム
ディスカヴァー・トゥエンティワン / 1728円 ( 2009-02-18 )


まぁ、最近自己肯定感が得られてないし、仕事へのモチベーションも著しく落ちてるしなぁと思いつつ。休息を取れば回復するようなものでもないよなぁと。

  • ポスト工業化社会においては、ある特定の職業という概念もすぐに貯蔵寿命の尽きてしまう在庫でしかない
  • 仕事は創造的でなければならない
  • 仕事はたった一度しかない人生の大部分を占めている
  • 最高の仕事をするためには、最高の仕事の基準は、自分で決めなければならない
  • 能力以下の仕事をすることほど消耗するものはない

旅行にでも行こうかな…

今後の創薬研究はどうなるのかなぁと

ジェネリックとかバイオシミラーとか増えているってのはまぁそういうことなんだよなぁと色々考えてしまう。

あとは、僕がこの業界にはいった時は自社でHTSとか化合物ライブラリとか抱えるべきものだったけど、今じゃ会社でライブラリ交換したりアカデミアで出来る仕事になっちゃっているしなぁ。合成だって外部リソース使うのが当たり前になっちゃってるしなぁ。

10年後どうなってるんだろう?

ProductName 薬づくりの未来 危機を打破するR&Dモデル
タマス・バートファイ/グラハム・V・リース
日経BP社 / 6480円 ( 2014-03-20 )


  • 【第0章】はじめに
  • 【第1章】危機に陥っているビッグファーマからなぜ新薬が生まれているのか
  • 【第2章】増大する医薬品需要
  • 【第3章】医薬品は進化している~過去の画期的新薬~
  • 【第4章】どの疾患を治療したいのか
  • 【第5章】治療領域~将来の戦略的重要疾患は何か~
  • 【第6章】ブロックバスター薬とジェネリック薬
  • 【第7章】製薬産業はなぜ特別なのか
  • 【第8章】個別化医療のための診断技法
  • 【第9章】個別化医療
  • 【第10章】薬価の妥当性
  • 【第11章】2025年までの薬づくりのモデルを考える
  • 【第12章】2010年から2025年における薬の開発モデル

pychembldbをChEMBL17に対応させた

(小指のミスで下書き消えたので投げやり)

PostgreSQLで使う場合はPsycopgをインストールして環境変数CHEMBL_URIを変える

CHEMBL_URI=postgresql+psycopg2://localhost/chembl_17

こんだけです。

尚、来年の1/18にChEMBLのハンズオンとかRedmineの事例紹介をやりますので、細かいこと聞きたいとか、dancyuで絶賛された地ビール飲みたいとかいうヒトは参加されるといいと思います。

というより、早めに人数が集まらないと懇親会の予約が取りにくいので困ります。bg7860とかとっとと登録してください。

あと、SureChemblっていうパテントに特化した構造データベースも立ち上がるみたいなので情報交換出来るといいですね。

また、時間があれば「創薬に役立つ統合TVベストn」とかやれればと思います。

やごみ酒店

忘年会兼打ち合わせ

来年は1/18にやりますのでよろしくお願いします。懇親会は美味しいところにする予定です。

そしてやごみ酒店での打ち合わせは楽しかった

居酒屋っぽくない佇まい

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熱燗は将軍という銘柄らしい、冷だと英勲。

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いわし山盛り

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カレイも山盛り

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磯辺揚げ

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タコ

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スモークサーモンはちょっと塩気が強かった。

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一人あたり3KだったのCP高い。

また行きたい

ファルマシアのトピックスに寄稿しました

お暇があれば是非手にとって頂けると嬉しいです。

僕のトピックスで触れたようなシステム構築のジョブがあれば教えてもらえるとさらに嬉しいです(そろそろチームで仕事をしたい…)

Model-based drug discovery

創薬は工学じゃないというところに浪漫を求めるか、不完全さを感じるかという点において僕は後者の立場です。

オープン・イノベーションだとかトランスレーショナルリサーチだとか色々言われるけど、結局将来的な製薬企業のコアはPKPDをおさえたリードオプティマイゼーションができるかどうかなんではなかろうかと思う。

HTSはコンテキストだけどFBDDのスクリーニングはコアだよなっていう話

HTSはアカデミアでもやるようになっているし、クオリティは抜きにしてもpubchemなんかにデータが収載されるようになってきてコモディティ化されてるし、一方でファーマは、HTSの昨日を子会社に移してるとこ多いし、HTSキャンペーン自体はコンテキスト化していますね。

そもそもHTSの目的は仮説の提示に過ぎない。いってしまえば宝くじを買うようなものだ

一方でFBDDのライブラリデザインとかスクリーニングを含めたリードジェネレーションのプロセスは、色々な技術とかノウハウが微妙な感じで組み合わさって、ヒットファインディング以上のクオリティのリードを生み出そうとするプロセスなので当分コアかな。

リンキングとか、複合体結晶構造の解釈とか能力の差が明らかに出るからね

硬い水、柔らかい水の理解は要るし、ΔGの深い洞察も必要だし、そうなってくると量子化学の背景も必須だ。

というようなことをpolarisを聴きながら考えていた。

そして、富士山は今日も白かった☆

ProductName きみはポラリス (新潮文庫)
三浦 しをん
新潮社 / 620円 ( 2011-02-26 )


ProductName Home
Polaris
PSC / 2749円 ( 2002-11-07 )