19082014 life 将棋

5連敗

負けた棋譜を載せるほうが反省度が高まる…ｗ

負け続けると対戦相手の級が下がるんだけど、さらに負けると超凹む

初段のヒト

相手がゴキ中だったので必然的にゴキ中。 頑張ったけど受け切られて投了。

金駒多すぎて詰みが見えなかった。

時間切れ負け

対振り穴の指し方全然わからん。

作戦負け

レグスペしてみたけど、ポカミスして心が折れたｗ

飛車の打ち込み場所に気をつけていたのだけど…

どこかで7八角をすべきだった。一気にボロボロになった。

5連敗して達成度が20%下がった…

一級への道は遠い

18082014 life 将棋

全く勝負にならなかった

穴熊が固いとかそういうこと以前の問題だった。

角交換したらいけなかったのかなぁ。

こっちは居飛穴だしな。

ProductName 四間飛車を指しこなす本〈2〉 (最強将棋塾)
藤井 猛
河出書房新社 / 1404円 ( 2000-05 )


最新ガイドの方を読みながら反省するべきか…

ProductName 角交換四間飛車 最新ガイド (マイナビ将棋BOOKS)
門倉 啓太
マイナビ / ?円 ( 2013-11-13 )


余談だけどnexus7(2013)のKindle読みやすい！

ProductName ASUS Nexus7 ( 2013 ) TABLET / ブラック ( Android / 7inch / APQ8064 / 2G / 16G / BT4 ) ME571-16G

Asustek / 24800円 ( 2013-08-28 )


17082014 Snorkeling

黄金崎と田子瀬浜でスノーケリング

泊まりで西伊豆に潜りに行ってきた。

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まずはお酒からｗ

天蛙を持っていった。

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初日は黄金崎

海の右側は砂場になっていて、カレイ（ヒラメ？）の小さいのとおいかけっこをしたり、ホウボウとかコチが泳いでいた。

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左側は岩場になっていて色々な魚がいた。

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  • ソラスズメダイ
  • ルリスズメダイ
  • ネンブツダイ
  • カワハギ
  • ヤドカリ

次の日は田子瀬浜

よくわからんけど、ヒトが多かった。浅めなので子供が多かったですね。

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海の透明度は高くて、腰くらいの深さのあたりにソラ（ルリ）スズメダイの群れがいて泳いでいて気持ちよかった。

一応外から撮ってみた（真ん中あたりにスズメダイが見えるはずｗ）

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水温は25度だったけど、風が吹いていてちょっと寒く感じた。ハナハゼのペアがいたので近づいてみたら巣穴にピュッと逃げ込んでしまったｗ

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  • ソラスズメダイ
  • ルリスズメダイ
  • ハナハゼ
  • イカ
  • ベラ
  • カワハギ
  • ネンブツダイ

海中を撮れるデジカメ欲しい

ProductName Nikon デジタルカメラ AW120 防水 1600万画素 サンシャインオレンジ AW120OR

ニコン / 27500円 ( 2014-02-27 )


13082014 life 富士宮

富士宮でかき氷と金魚釣り

お盆初日

朝から富士宮の山の中の雲上カフェにかき氷を食べに行った。

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子供のチョイスはイチゴ被り…（どっちかに和三盆きな粉を頼んで欲しかった）。自分は一つ食べきる自信がないのでアイスコーヒーを注文ｗ

苺

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苺練乳

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そのあと外神の釣堀センターに寄って金魚釣り。

釣れないなぁ～つまんないなぁと子供がぶーたれ出し（50分かけて三人で3匹…）終了10分前に通りかかった常連のおじさんにレクチャーされたら爆釣ｗ 子供のやる気が200%で延長して釣ってた…そして僕は餌付け係に降格。

結局17匹釣りました（一人あたり5匹まで持ち帰れるのだけど全リリース）

1407917094

金魚釣りは思った以上に楽しい。また行くｗ

そのまま南下してヨコゼキでお酒を買いつつ今日の行程は終了。

今は秋鹿を飲みつつまったりしている☆

13082014 life 将棋

中飛車注意報

中飛車に当たる確率高すぎ

12082014 life 将棋

3切れはスポーツですｗ

中飛車で来られると中飛車で受けるしか知らない（四間飛車で受けてみたいんですが）

ゴキゲン中飛車の本はコレしか読んだことがない

ProductName ひと目の中飛車
長岡 裕也
マイナビ / ?円 ( 2014-02-26 )


12082014 cytoscape

CytoscapeでDate型を扱う

時系列データを扱うときには日付で色の濃度を変えたりしたいことが多いけどCytoscapeにはDate型が用意されてない？のでintに変換して代用しようとした。

要するにunixtimeですね。

int(time.mktime(time.strptime("2014-08-12 18:00:00", "%Y-%m-%d %H:%M:%S")))

とやればint型に変換されるのでめでたしめでたしと言いたいところだがいつの日付かさっぱりわからないｗ

11082014 life 将棋

対雀刺し

43手目は手が滑ってあちゃーってなった

そして最近の愛読書は藤井先生ですｗ

ProductName 四間飛車を指しこなす本〈1〉 (最強将棋塾)
藤井 猛
河出書房新社 / 1404円 ( 2000-03 )


ProductName 四間飛車を指しこなす本〈2〉 (最強将棋塾)
藤井 猛
河出書房新社 / 1404円 ( 2000-05 )


すごく面白い☆

角交換四間飛車ももちろん買って読んでるんだけど、今の級では四間飛車になることが多い

ProductName 角交換四間飛車を指しこなす本 (最強将棋21)
藤井 猛
浅川書房 / 1512円 ( 2014-07 )


この本によると「損な手に見えるのが実は得」みたいなタイミングで角交換しなされと書いてあるのでそのタイミングまで待っていると結局ノーマル四間飛車になってしまう。

ProductName 角交換四間飛車 徹底ガイド (マイナビ将棋BOOKS)
門倉 啓太
マイナビ / ?円 ( 2013-04-13 )


11082014 Python

ggplotっぽい配色

ggplotっぽい配色が欲しかったので探したらsofで見つけたがこれはRのコードなのでPythonで

colorsysというモジュールを使う。

でもこれは0-1の範囲の数字がタプルで返ってきて使いにくいので255をかけた後16進数表記にして返す関数を書いた。

from colorsys import hls_to_rgb

def color_list(n, l=0.65, s=1.0):
    return ['#%02x%02x%02x' % tuple(map(lambda x: int(x * 255), \
        hls_to_rgb((i + 3 - n)/ float(n), l, s))) for i in range(n)]

10個ほど生成させてみるといい感じ

■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■ ■

10082014 chemoinformatics cytoscape

Cytoscapeでchemoinformatics

Chemviz2を使い始めたのでメモ

インストール

  • Cytoscapeのサイトから3.xの最新バージョンをダウンロードしてインストール
  • Apps -> App ManagerからChemviz2を探してインストール

使ってみる

pychembldbを使ってノード用の属性ファイルとnetworkファイルを作った。ネットワークはとりあえずランダムにつないでみた。

Cytoscapeを起動して"network.sif"をインポート。続いてテーブルファイルとして"node.csv"をimport プライマリキーはsmilesにする。

構造描画の設定はApps -> Chemoinformatics Tools -> SettingsでSmiles Attributesをnode.shared.nameを選んでおく。 構造描画するときには右クリックしてオプションダイアログのApps -> Cheminformatics Toolsでpaint allかselectを選ぶ。

サイズをpIC50にして、オーガニックレイアウトで表示してみた。なかなかいい感じ

chemviz2

よく分からなかったところ

  • nameとshared nameの違いがよく分からなくてドキュメントあたってみたけど結局良くわからなかった
  • Chemviz2でsmilesをshared nameにしなきゃいけなくてsifファイルをsmilesで作ったのがダサかった
  • (sifのidはchembl_idとかにしたかったけど)

コード

from pychembldb import *
from copy import copy
from random import shuffle, random
from math import log10
#Inhibition of recombinant Syk
#Bioorg. Med. Chem. Lett. (2009) 19:1944-1949
assay = chembldb.query(Assay).filter_by(chembl_id="CHEMBL1022010").one()

with open("node.csv","w") as f:
    f.write('"ID","pIC50","ALOGP","MWT","SMILES"\n')

    for act in assay.activities:
        if act.standard_relation == "=":
            f.write('"{}",{},{},{},{}\n'.format(act.compound.molecule.chembl_id,
                                            9 - log10(act.standard_value),
                                            act.compound.molecule.property.alogp, 
                                            act.compound.molecule.property.mw_freebase,
                                            act.compound.molecule.structure.canonical_smiles))

with open("network.sif", "w") as f:
    smiles_list = [ act.compound.molecule.structure.canonical_smiles for act in assay.activities if act.standard_relation == "="]
    for i in range(len(smiles_list)):
        tl = copy(smiles_list)
        tl[i:i+1] = []
        shuffle(tl)
        f.write('{} randomnetwork {}\n'.format(smiles_list[i], " ".join(tl[:int(random() * 5)])))