Drkcore

12082014 life 将棋

3切れはスポーツですｗ

中飛車で来られると中飛車で受けるしか知らない（四間飛車で受けてみたいんですが）

ゴキゲン中飛車の本はコレしか読んだことがない

ひと目の中飛車
長岡裕也
マイナビ / ?円 ( 2014-02-26 )

12082014 cytoscape

CytoscapeでDate型を扱う

時系列データを扱うときには日付で色の濃度を変えたりしたいことが多いけどCytoscapeにはDate型が用意されてない？のでintに変換して代用しようとした。

要するにunixtimeですね。

int(time.mktime(time.strptime("2014-08-12 18:00:00", "%Y-%m-%d %H:%M:%S")))

とやればint型に変換されるのでめでたしめでたしと言いたいところだがいつの日付かさっぱりわからないｗ

11082014 life 将棋

対雀刺し

43手目は手が滑ってあちゃーってなった

そして最近の愛読書は藤井先生ですｗ

四間飛車を指しこなす本〈1〉 (最強将棋塾)
藤井猛
河出書房新社 / 1404円 ( 2000-03 )

四間飛車を指しこなす本〈2〉 (最強将棋塾)
藤井猛
河出書房新社 / 1404円 ( 2000-05 )

すごく面白い☆

角交換四間飛車ももちろん買って読んでるんだけど、今の級では四間飛車になることが多い

角交換四間飛車を指しこなす本 (最強将棋21)
藤井猛
浅川書房 / 1512円 ( 2014-07 )

この本によると「損な手に見えるのが実は得」みたいなタイミングで角交換しなされと書いてあるのでそのタイミングまで待っていると結局ノーマル四間飛車になってしまう。

角交換四間飛車徹底ガイド (マイナビ将棋BOOKS)
門倉啓太
マイナビ / ?円 ( 2013-04-13 )

11082014 Python

ggplotっぽい配色

ggplotっぽい配色が欲しかったので探したらsofで見つけたがこれはRのコードなのでPythonで

colorsysというモジュールを使う。

でもこれは0-1の範囲の数字がタプルで返ってきて使いにくいので255をかけた後16進数表記にして返す関数を書いた。

from colorsys import hls_to_rgb

def color_list(n, l=0.65, s=1.0):
    return ['#%02x%02x%02x' % tuple(map(lambda x: int(x * 255), \
        hls_to_rgb((i + 3 - n)/ float(n), l, s))) for i in range(n)]

10個ほど生成させてみるといい感じ

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10082014 chemoinformatics cytoscape

Cytoscapeでchemoinformatics

Chemviz2を使い始めたのでメモ

インストール

Cytoscapeのサイトから3.xの最新バージョンをダウンロードしてインストール
Apps -> App ManagerからChemviz2を探してインストール

使ってみる

pychembldbを使ってノード用の属性ファイルとnetworkファイルを作った。ネットワークはとりあえずランダムにつないでみた。

Cytoscapeを起動して"network.sif"をインポート。続いてテーブルファイルとして"node.csv"をimport プライマリキーはsmilesにする。

構造描画の設定はApps -> Chemoinformatics Tools -> SettingsでSmiles Attributesをnode.shared.nameを選んでおく。構造描画するときには右クリックしてオプションダイアログのApps -> Cheminformatics Toolsでpaint allかselectを選ぶ。

サイズをpIC50にして、オーガニックレイアウトで表示してみた。なかなかいい感じ

chemviz2

よく分からなかったところ

nameとshared nameの違いがよく分からなくてドキュメントあたってみたけど結局良くわからなかった
Chemviz2でsmilesをshared nameにしなきゃいけなくてsifファイルをsmilesで作ったのがダサかった
(sifのidはchembl_idとかにしたかったけど)

コード

from pychembldb import *
from copy import copy
from random import shuffle, random
from math import log10
#Inhibition of recombinant Syk
#Bioorg. Med. Chem. Lett. (2009) 19:1944-1949
assay = chembldb.query(Assay).filter_by(chembl_id="CHEMBL1022010").one()

with open("node.csv","w") as f:
    f.write('"ID","pIC50","ALOGP","MWT","SMILES"\n')

    for act in assay.activities:
        if act.standard_relation == "=":
            f.write('"{}",{},{},{},{}\n'.format(act.compound.molecule.chembl_id,
                                            9 - log10(act.standard_value),
                                            act.compound.molecule.property.alogp, 
                                            act.compound.molecule.property.mw_freebase,
                                            act.compound.molecule.structure.canonical_smiles))

with open("network.sif", "w") as f:
    smiles_list = [ act.compound.molecule.structure.canonical_smiles for act in assay.activities if act.standard_relation == "="]
    for i in range(len(smiles_list)):
        tl = copy(smiles_list)
        tl[i:i+1] = []
        shuffle(tl)
        f.write('{} randomnetwork {}\n'.format(smiles_list[i], " ".join(tl[:int(random() * 5)])))