16112006 Meadow
Meadow/Emacs memo: バッファリストとバッファの切り替え
Windows ではソフトの切り替えがAlt-TABで可能です. これと同じような操作を実現するのが pc-bufsw.el です. http://www.fi.uib.no/~boukanov/emacs/index.htmlからダウンロードできます. ダウンロードしたら, ロードパスの通ったところに置き, 以下を.emacs に追加します
C-Tabだとfirefoxのタブ切り替えと同じ感覚で使えるので便利だったんだけど。最近、28.2.2.1 バッファを次々と切り替える方法に変更した。これだと思い通りに前後できるので行き過ぎたときとかすぐに戻れて便利。
となると,C-,,C-.でfirefoxのタブ切り替えもしたくなるが。
16112006 SVM
カエルチュウイホウ - e1071ってSVMでregression analysisできるのね
で、単なるsupport vector regressionって二値分類の拡張なのかね?と思ったので
サポートベクターマシン入門の4.5章にちゃんと書いてあった。
やっと理解した(気がする)
15112006 東京
病み上がり(といっても単なる風邪)にカシミールはきつかろうということで、初のコルマカレー。途中で通る大喜という選択肢は今回なしで。
なんじゃろかってぐらいこれはうまかったヨ。甘いのに辛い、そして鶏がうまい。甘さと辛さが一体になって、うーんなんともいえん。
僕はカシミールよりコルマのほうが好きだな(多分)。
15112006 blosxom
最近、やたらとスパムなトラックバックが多い。毎回ファイル見ながら消すのも面倒になってきたので、スパムよけのプラグインを入れてみた。
れっつ日記 - 【移植】言及リンクのない TrackBack ping を弾くプラグイン
本プラグインをインストールするとトラックバック元のサイトに自分のブログへのリンクが含まれているかを確認し、含まれていない場合トラックバックをエラーにします。
で、コメントスパムよけのcaptchaなプラグインもついでに探してみたら、それっぽいのを発見。
他にもこんな感じで色々あるらしいが、とりあえずcaptchaプラグインを入れてみた。
captchaプラグインを使うためには次の二つのモジュールとプラグインが必要。
ただし、captchaの認証のコードはこんな感じで失敗するとdieするだけなので、
die "captcha failed ($reasons{$results})\n"
試しに認証失敗してやると、こんな感じの綺麗とはいえないエラーを吐く。
スパム対策が効いてるようだったら、後で手を加えよう。
15112006 bioinformatics NCBI
先日、Blastの出力をタブ区切りで吐けるという話を聞いて
ををを～!
となったもんで、早速試してみる。家のサーバーはC3なんで静かなかわりにやたら遅い。おうちで計算したかったら、速いマシン自腹で買わないとならんわなぁ、とつくづく思い知らされた。
ちょっと話はそれたが、やりかたは、単に"-m 8"オプションつければいいだけなんだけど、昔はこのテーブル形式にしたいがために、出力をソートしてテーブルにしてたことを思うと、ちょっと感激した。
こんな感じでblast実行すると、
#/usr/local/bin/blastall -p blastp -m 8 -d /usr/fasta/swissprot -i gpc1.seq -e 1e-10
下のように、小粋でこじんまりした形でバスッと出力されるんです。（ただし、うちのマシンは2呼吸以上おかないといけない。）
GPC1_HUMAN GPC1_HUMAN 100.00 535 0 0 24 558 24 558 0.0 982 GPC1_HUMAN GPC1_RAT 88.60 535 61 0 24 558 24 558 0.0 891 GPC1_HUMAN GPC1_CHICK 61.79 458 175 0 24 481 21 478 6e-172 602 GPC1_HUMAN GPC6_HUMAN 49.35 462 225 4 28 480 26 487 3e-136 484 GPC1_HUMAN GPC6_MOUSE 49.35 462 225 4 28 480 26 487 4e-136 483
Rにまわしてもいいし、こういう感じで出力すると使い勝手はいいよね。
BinaryQSAR絡みでいろいろ、ごちゃごちゃやったりしてたのだが、群わけだったらSVMデいいじゃん、とふと思った。
ので、ベイズとSVMの違いを調べたら、それっぽいのがスラッシュドットにあった。
スラッシュドット ジャパン | ベイズ推定で楽々スパムメールをフィルタリング
世間では，ベイズ分類器しか出回ってないようですが，なぜ SVM を使わないのだろう？やってみたけれど思わしくないのか，それともそもそもやってみていないのか。
ベイズだと
なんで、binaryQSARやるにはベイズはメリットあるのかな？
そしてRのコードも発見。★素敵★。
Binary QSAR is a non-linear modeling method that can be used to build models for binary categorical data (such as actives and inactives). It was described by Gao et al. (J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1999, 39, 164-168) and Labute (Pacific Symposium on Biocomputing, 1999, 4, 444-455).
14112006 静岡
久しぶりのランチというかプチコース。U隊長のお母さんから、うまそうな店を幾つか仕入れてきて最終的にミツに予約した。
最初にホタテと根深ネギで。上にのっているのもネギで白い部分を縦に細く切ったもの。この後を期待させるぐらい旨かった。全体を通して感じたのは、バターっていうかコクの使い方が上手だナァと。
続いて、青鯛とむかごのリゾット。きのこものってます。これまた旨すぎ。ワインが欲しかった。
で、鴨。フォアグラをとった後の肉(マグレ鴨)だそうだ。これまたうまい。
もう、この時点で相当満腹だったので、最後のデザートはちょっと厳しかったけど、サツマイモを使ったデザートでバルサミコ酢で作ったソースがかけてある。なかなかあうんだけど、ちょっとおなかがいっぱいで。
今度は、どうにかして車以外で行ってワインも頼みたい。
スポッポユーザー会で雑談してたら教えてもらった。
知らんかった。マニュアル読んだら確かに書いてあるよ。
http://cran.md.tsukuba.ac.jp/src/contrib/Descriptions/e1071.html
http://bg9.imslab.co.jp/Rhelp/R-2.4.0/src/library/e1071/man/svm.html
で、単なるsupport vector regressionって二値分類の拡張なのかね?と思ったので帰ってきてから調べたらそれっぽいものがヒット。
おーナイス!とかいって、A Tutorial on Support Vector Regressionをps2pdfでpdfに変換したら70p以上あった。うーん、後で読もう。
13112006 東京
東大から御徒町まで歩いてみた。デリー目当てでだったのに、歩いてるうちにカレーな気分じゃなくなって駅を超えて武蔵まで行ってしまった。
白武骨。ちょっとコッテリしすぎかも。最近の僕にはちょっと厳しい濃ゆさかも。あと、量も多め。なのに周りの客は更にチャーシューのっけ飯みたいなの一緒に食ってんのな。漢を感じた。
12112006 perl
ソースコードを読みなさい、あるいは読んでいく、という話題はわりとあるけども、どう読んだらいいか書いたものは見たことがない。プログラマならプログラムの読みかたは当然わかっているものだということなのだろうか。しかし自分には人の書いたプログラムを読むことがそんなに簡単なことだとは思えない。プログラムを書くのと同じくらい、読むことにだって技術や定石があるはずだし、必要だと思う。そこで、コードをどう読むべきか、とりあえずは C 言語を前提として、無意識のうちにやっていることを明示的に整理してみる。
ソースコードを読むのはおもろいし勉強になる。で、学習の過程をとどめておくのにいい方法はないものかと思案していたら、plaggerのソース読みをtracで管理してたのを思い出して、僕もsubversionでやることにした(FC1だとtrac入れるのは面倒なので)。
最近色々ごちゃごちゃやってるグラフ関係のコードはC++が多いので、C++のコードリーディングをしてますが、subversionで管理するとなかなか調子が良いことがわかって満足。
あとはググっても興味をそそるサンプルが少ないので、なんか本でも買うかナァと思ってたら、mixiの[C言語とC++言語コミュニティ]が酷すぎる件に付いてであげられてたC/C++の課題丸投げがメールマガジン『Perlクイズ』みたいで楽しかったり。
おい、丸投げしすぎだろうってのも結構あるけど、問題選べばいいだけ。あともうちっとC++の割合増えると嬉しいかも。
サポートベクターマシン入門