rungmsをちょっと書き換える必要がある。 あとgmsにalias切った。

set TARGET=sockets
set SCR=/Users/kzfm/gamess/scr
set GMSPATH=/Users/kzfm/gamess
# location where the .dat and .irc files go
set USERSCR=/Users/kzfm/scr
#
set JOB=$1      # name of the input file xxx.inp, give only the xxx part
set VERNO=$2    # revision number of the executable created by 'lked' step
set NCPUS=$3    # number of compute processes to be run

# provide defaults if last two arguments are not given to this script
if (null$VERNO == null) set VERNO=Jan122009R1
if (null$NCPUS == null) set NCPUS=1

水の構造最適化用インプットファイル

 $CONTRL RUNTYP=OPTIMIZE SCFTYP=RHF MULT=1 MAXIT=100 UNITS=ANGS
 $END
 $SYSTEM TIMLIM=10000 MWORDS=30 MEMDDI=10 $END
 $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NPFUNC=1 NDFUNC=1 $END
 $GUESS GUESS=HUCKEL $END
 $DATA
H2O  RHF/6-31G(D P) OPTIMIZE
CNV   2

O      8.0     0.00000   0.00000   0.00000
H      1.0     0.87      0.00     -0.50

実行

gms h2o.inp > h2o.out

すぐできる 量子化学計算ビギナーズマニュアル (KS化学専門書)

講談社 / ￥ 3,360 ()
在庫あり。

読み終えるのに結構時間がかかったというか半年くらいかけて読んだ。 ちょっと読みにくい本だったな。

Manage It! 現場開発者のための達人式プロジェクトマネジメント
Johanna Rothman
オーム社 / ￥ 3,360 ()
在庫あり。

創薬研究系でも参考になる部分はもちろんあったが、IT系どっぷりじゃないと理解しにくい面が多かったかも。

Nu Tone Remixはブリブリ度が少ない。

僕はピアノがガリンガリングリングリンとウネル、オリジナルのほうが良いと思う。 そして、そういったvinylを娘や息子に継承していきたいと思ったのであった。

娘がそこそこ大きくなった時に、僕の音コレクションを聴いて、なにか得るものがあればいいなぁと思う今日この頃。

そういうことを考えると、ミニマルテクノの流行に左右されない強みは侮れないなぁと。

いけてないどころかむしろアレ。

人月計算はそういうレベル（合成する、アッセイする）みたいな、ルーチーンのとこだけ必要で、それ以外のとこでは必要ないですし。ガントチャートもアホっぽくて気に入らん。

なんつーか、ガントチャートに落とせない部分を如何にコントロールするかが重要なんだよなぁという本質的な矛盾を感じる今日この頃。

創薬研究に特化したプロジェクトマネジメントシステムをつくれば需要はあるんじゃないかなぁと思った。

アート・オブ・アジャイル デベロップメント ―組織を成功に導くエクストリームプログラミング
James Shore,Shane Warden
オライリージャパン / ￥ 3,780 ()
在庫あり。

意外に家でBLASTかけないなぁ。 でもmacbookにも入れておこうと思った。そうすることでATGCの管理もできる？

sudo port install ncbi_tools
sudo port install EMBOSS

Structural Bioinformatics

Wiley–Blackwell / ￥ 10,215 ()
通常9～12日以内に発送

オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス

東京電機大学出版局 / ￥ 4,095 ()
在庫あり。

ちょっと、三島まで。ついでにラーメンでもと娘と一緒に言ってみたが、ラーメンばっかりは嫌だというU隊長の主張により急遽、うなぎ。

久々のうな繁

まぶし丼。ネギに隠れているのでおひつから器に移したのも撮った。

昆布出汁を好みでかけたりかけなかったり。

そして帰りにプチフールでケーキを買っていく。

ライチのゼリーがよかった。

AmetsubのOct.24のRemixがやばすぎ。

Bondage Heart-Remixes( ボンデージ・ハート- リミキシーズ)
フルカワミキ
HEARTFAST / ￥ 2,300 (2009-05-13)
在庫あり。

アメツブって読むのね。

リードホッピングとはつまるところ、選択されなかったより良い未来を、過去にさかのぼり選択しなおすことだと思うのだ。または、現在の結果が(成功にせよ失敗にせよ)選択されたことで、過去の時点の確率が変化したというベイズっぽい解釈でもよいかと。

上の図でいうと外側のサークルを類似性とかで辿ったとしてもホッピングなんて成し遂げられなくて、もっと、最初の化合物に近いところにさかのぼりつつうまい分岐点で辿りなおさないといけない。

そのためには化合物のデータベースがここの化合物がどう継承されるかを記録されプロジェクト毎にツリーとして表せるようにしておかないといけないんだろうなぁ、なんて思うわけだ。

実家から送られてきたが、保管があれなのか、いまいち美味く感じられなかった。 電話で聞いたらどこぞのデパートで買ったとのこと。

もう少しちゃんとしたところで買ってほしいと思う。そうじゃないと贈られても正直嬉しくない。あと、好みもあるしな。次、送るんだったら仙禽か大那を送ってくれと注文をつけといた。

酒あんま飲まないヒトは焼酎とかセレクトして贈ったほうがいいと思うな。

レイアウトをもう少しちゃんとしたい。

import pygraphviz as pgv
G=pgv.AGraph(strict=False,directed=True)
G.add_node('V1,C1')
G.add_node('V2,C2')
G.add_node('X1')
G.add_node('X2')
G.get_node('V2,C2').attr['shape'] = 'box'
G.get_node('V1,C1').attr['shape'] = 'box'
G.add_edge('V1,C1','V2,C2')
G.add_edge('V2,C2','V1,C1')
G.add_edge('V1,C1','X1')
G.add_edge('V1,C1','X2')
G.get_edge('V1,C1','V2,C2').attr['label'] = 'k12'
G.get_edge('V2,C2','V1,C1').attr['label'] = 'k21'
G.get_edge('V1,C1','X1').attr['label'] = 'Km,Vmax'
G.get_edge('V1,C1','X2').attr['label'] = 'K'
G.layout(prog='dot')
G.draw('pk1-3.png')