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05032010 chemoinformatics DMPK

PK-PDの論文

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling of Biomarker Response and Tumor Growth Inhibition to an Orally Available cMet Kinase Inhibitor in Human Tumor Xenograft Mouse Models という論文が良かった。というか、最近ボトムのあたりを這っていた僕のモチベーションがかなり上がった。

ケモインフォマティストとして、このレベルのPK-PD解析を出来るようにしたい。

PK-PD

この本の23,24章に最適化フェーズにおけるPK-PDモデリングとかPBPKモデリングの意義とかがあって、その内容が良い。

Preclinical Development Handbook: ADME and Biopharmaceutical Properties (Pharmaceutical Development Series)

Wiley-Interscience / ￥ 18,701 ()
通常2～4週間以内に発送

そして、ケモインフォマティストなのでSASとかNONMEMではなくてRを使う。

「非線形混合モデルを理解するために」というpdfも見つけた。

05032010 Python

Machine Learning: An Algorithmic Perspective 6章

決定木。ID3アルゴリズムの説明と実装をPythonで。

Machine Learning: An Algorithmic Perspective (Chapman & Hall/Crc Machine Learning & Patrtern Recognition)
Stephen Marsland
Chapman and Hall/CRC / 7240円 ( 2009-04-08 )

C4.5とかCARTの説明はあまりしていない、触りだけ。

CARTは統計的にテキスト解析(14) 〜テキストの分類分析1〜を読むのが良い。

C4.5とかはwekaの作者の本がよいらしい。

Data Mining, Second Edition: Practical Machine Learning Tools and Techniques, Second Edition (The Morgan Kaufmann Series in Data Management Systems)
Ian H. Witten
Morgan Kaufmann / ?円 ( 2005-06-22 )

05032010 Scala

「Scalaプログラミング入門」を予約した

早くこないかな

Scalaプログラミング入門
デイビッド・ポラック
日経BP社 / 3360円 ( 2010-03-18 )

04032010 chemoinformatics

化合物情報をTokyo Cabinetで管理してみる

単にIDをキーにしてsdf呼び出すだけだったらKVSで良くね？と思ったところ、そういえばTokyoCabinetのPythonバインディングがあることを思い出したので、ちょっと試してみた。

データはこの時に落としておいたsdf

import pybel
import pytc

sdffile = "pc_sample.sdf"
db = pytc.HDB('compounds.db', pytc.HDBOWRITER | pytc.HDBOCREAT)
mols = pybel.readfile("mol",sdffile)

for mol in mols:
    title = mol.OBMol.GetTitle() 
    db[title] = mol.write("mol")

100万化合物くらいなら全部メモリに載せられそうな感じ。そしたら速いよねー、CouchDBも気になってきた。

Software Design ( ソフトウェアデザイン ) 2010年 02月号 [雑誌]

技術評論社 / ￥ 970 ()

04032010 Python Emacs

autoinsertでPythonスクリプトの定型文を自動的に埋め込む

普段Emacsを使うのだけど、autoinsertでスクリプト書くときの最初の二行は自動的に入るようにした。

;;auto insert
(require 'autoinsert)
(add-hook 'find-file-hooks 'auto-insert)
(setq auto-insert-directory "~/.emacs.d/insert/")
(setq auto-insert-query nil) ;自動的に挿入

(setq auto-insert-alist
      (append '(("\\.py$" . "pyheader.txt")
           ) auto-insert-alist))

pyheader.txt

#!/usr/bin/env python
# -*- encoding:utf-8 -*-

# kzfm <kerolinq@gmail.com>

これでOK

04032010 lisp

初めての人のためのLISP[増補改訂版]

これは欲しいのう

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竹内郁雄
翔泳社 / ￥ 3,129 ()
近日発売　予約可

03032010 chemoinformatics DMPK

DMPKの本

最近の僕の興味は探索フェーズで最も複雑な事象であろうPK/PDとかTK/TDのようなものに移ってしまっている。SBDDを量子化学計算の枠組みで解釈して行くのも楽しいんだけど、どうしても基礎研究寄り過ぎてしまうのと、成果主義的な主張をしづらい(理解されにくい)ので、時間に余裕のある時の知的欲求を満たすための余興的なあつかいになってしまっている。

上司に紹介してもらった本が素晴らしい。

Preclinical Development Handbook: ADME and Biopharmaceutical Properties (Pharmaceutical Development Series)

Wiley-Interscience / ￥ 18,701 ()
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概論多めだけど、1200p超え。

この二冊も良かった。