Drkcore

28032010 chemoinformatics Scala MX

chemoinformaics in Scala

朝から、openbabelのjavaインターフェースを使えるようにしようといじっていたのだけど、java.lang.UnsatisfiedLinkErrorを解決することができないまま夕方になってしまった。

んーCDK使うことになるのかなぁと思ったがMXのほうが楽そうなので今回はこっちを使った。

import com.metamolecular.mx.calc.MassCalculator
import com.metamolecular.mx.io.daylight.SMILESReader

object MxTest {
  def main(args: Array[String]) {
    val calc = new MassCalculator
    for (mol <- args) {
      val mw = calc.findAveragedMass(SMILESReader.read(mol))
      println(mol + ": " + mw)
    }
  }
}

実行してみる

scalac mxtest.scala 
scala MxTest "CCC" "CO" "CNC"
CCC: 44.09562
CO: 32.04186
CNC: 45.08368

Liftを使って構造関係を扱えるWikiを作ってみたい。

Scalaスケーラブルプログラミング[コンセプト&コーディング] (Programming in Scala)
Martin Odersky,Lex Spoon、Bill Venners
インプレスジャパン / ￥ 4,830 ()
在庫あり。

28032010 music drum'n'bass

Foundation / Breakage

zarifのやつが良かった。

Foundation(ファウンデーション)
ブレイキッジ,ブリアル,ニューアム・ジェネラルズ & デビッド・ロディガン,スクリーム,ルーツ・マヌーヴァ,ザリフ,ケモ,エリン
HYDRA RECORDS / Digital Soundboy / ￥ 2,079 (2010-03-06)
在庫あり。

26032010 R

Rbookの15章は混合効果モデル

最近気づいたので読んでた。

具体的な例なのでわかりやすい。

The R Book―データ解析環境Rの活用事例集

九天社 / ￥ 3,990 ()

でも、この本は理論的な説明がないから数式とかは他の本で追わなあかんね。

26032010 R life

QR分解とかLU分解とか

思うところあって（というか、非線形混合効果モデルの式がなかなか把握できないので）、線形代数のあたりを復習してみたりとか。

プログラミングのための線形代数はやっぱりいい本だなぁと思う。幾何的なイメージつかみやすいし、QR分解とかLU分解とかもわかりやすい

プログラミングのための線形代数
平岡和幸,堀玄
オーム社 / ￥ 3,150 ()
在庫あり。

以下、Rで。

LU分解

library(Matrix)
x <- Matrix(rnorm(9), 3, 3)
elu <- expand(lu(x))
elu$L
elu$U

QR分解

x <- matrix(rnorm(9), 3, 3)
y <- qr(x)
qr.Q(y)
qr.R(y)

26032010 life

「ウェブ大変化」を読んだ

ウェブの話というよりは、それを取り巻く環境の変化について。情報アプライアンスの話とか、拡張現実とか、クラウドとかみんな合わせてどこに向かっているんだろうか？と。

ウェブ大変化パワーシフトの始まり~クラウドだけでは語れない来たるべき未来 (KINDAI E&S BOOK)
森正弥
近代セールス社 / ￥ 1,575 ()
在庫あり。

レッドタクトン
コンピュータをキーボードとマウスを用いて操作し、ネットにログインして意識的に利用する時代はもう終わろうとしている
amazon EC2
エラー忘却型コンピューティング
ワールド・ビーム

26032010 sake

麦冠

八丈島の麦焼酎

麦の香りが良い感じ。

1269533857

麦焼酎は好きなものは少ないけど、これはほんわかしてていい感じ。

23032010 life q-chem macbook

HDD交換したらemobileつながらなくなった

今日は一日、ネット接続なしの生活を送った。

今日、先日HDDを交換したmacbookを抱えて、新幹線に乗り込んだんだ。そして、三島を過ぎたあたりで、emobileが認識しないことに気づいたんだ。結局俺は大きいiPodを抱えてたってわけさ。そのドでかいiPodで行きも帰りもABCを見続けたぜ、、、FML

ハックマイライフがファックマイライフだったということで。

帰ってきて、emobileのユーティリティ入れなおしたけど認識しなくて、こことか参考にして、この方法は再起動したらつながるようになった。謎の挙動すぎる。

でかいiPodにはsoftware designのDVDが突っ込んであったので、couchdbで検索したら2009年9月号のDHHのインタビューが引っかかってきて、それが面白かった。HDDを増量したことで、pdfを気軽に突っ込んでおけてよい。

さて、新幹線の中で考えた。

amazon EC2でMPIクラスター組めるんだったら、GAMESS-FMOで量子化学計算からのアプローチでSBDDやるようなベンチャー出てきてもいいのかなと、ふと思ったりしたんだけど。ハイスループットな結晶化技術と組み合わせれば(定量的)構造-FMOエネルギー相関QSFmoRとか出来るうえに、クラスター自前で持たなくても計算できて、ノウハウもたまりやすくていいんじゃないかなぁと思ったのだけど。

量子化学計算は、計算するのもコツがいるし、仮に(そのコツ)の部分が克服されて誰でも計算できるようになったとしても、計算結果の解釈にはそれなりに理論的な知識が必要で(ただ数字読めばいいってわけではないし)、QSARとかQSPRとかと違って陳腐化しにくい知識だしだよねー的な話を業者の人としたことがあるんだけど、その業者の人曰く、

「だからブレークしないし人も流入してこないんですよねー」

23032010 Ruby Scala