>>> from mongokit import *
Traceback (most recent call last):
    from magic import Magic
  File "build/bdist.macosx-10.5-i386/egg/magic.py", line 112, in <module>
  File "/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/ctypes/__init__.py", line 353, in __init__
    self._handle = _dlopen(self._name, mode)
OSError: dlopen(/opt/local/lib/libmagic.dylib, 6): image not found

これはfileが入ってないせいらしいので、portで入れとく

$ sudo port install file
--->  Computing dependencies for file
--->  Fetching file
--->  Attempting to fetch file-5.04.tar.gz from http://distfiles.macports.org/file
--->  Verifying checksum(s) for file
--->  Extracting file
--->  Applying patches to file
--->  Configuring file
--->  Building file
--->  Staging file into destroot
--->  Installing file @5.04_0
--->  Activating file @5.04_0
--->  Cleaning file

これでOK

Case Studies in Linear and Nonlinear Modeling

CocaineのPKモデリングの話が面白かった。IVから始まってinhalational,intranasalのモデルを作成していく。重要なのは代謝とか排泄側のプロセスで吸収過程はそれほど複雑ではないのかなぁと読んでて思ったし、漠然と感じるところではあるんだけど実際のとこどうなんだろう？

それからロジスティック回帰を使って、Adverse Eventsの検討をする例もよかった。僕の関わる領域ではそこまでのデータとることはないだろうけど、事象の発生確率をモデルに取り込む方法としては勉強になった。

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation
Peter Bonate
Springer / ￥ 8,616 ()
在庫あり。

次の章から混合効果モデルに入っていく

アサーティブって僕が娘に接する態度みたいなもんか、、、

アサーティブ仕事術―気持ちが伝わる!意見が通る!
畔柳 修
PHP研究所 / ￥ 945 ()
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• 感情は感じている本人のものという自覚を持とう
• youメッセージからIメッセージへ
• DESC法

いい仕事をする人の3つの断り方!
臼井 由妃
青春出版社 / ￥ 1,365 ()
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• 「断ったほうがいい」とか「断らないほうがいい」という問題でなく長い目でみて自分はどうなりたいのか
• 「どうせ断るのだから」とおざなりな対応をしたり、「嫌いな相手の誘いだから」とバカにした態度をとってはいけません

Rのオブジェクト指向ってCommon Lispのそれと似ている？

Rの基礎とプログラミング技法
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シュプリンガー・ジャパン(株) / ￥ 3,675 ()
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+も->も関数

> "<-"(a,2)
> a
[1] 2
>  "+.Date"(as.Date("2010-03-31"),1)
[1] "2010-04-01"

遅延評価はdelayedAssignで

> delayedAssign("lazy",{print("delayed"); 3})
> lazy
[1] "delayed"
[1] 3

モデル式で相互作用は:で。*を使うと相互作用を含むモデル

y ~ x1 * x2 * x3

は x1:x2, x1:x3, x2:x3を含む

xlsxにも対応しているらしいのだけど、今回は普通に。

import org.apache.poi.hssf.usermodel._
import java.io._

object PoiTest {
  def main(args: Array[String]) {
    val wb = new HSSFWorkbook
    val sheet = wb.createSheet("日本語OK")

    for (i <- 0 to 9) {
      val row = sheet.createRow(i)
      for(j <- 0 to 9 ) row.createCell(j).setCellValue(10*i+j)
    }

    val filename = "workbook.xls"
    val out = new FileOutputStream(filename)
    wb.write(out)
    out.close()
  }
}

for

forをまわすところを

for (i <- 0 to 9; j <- 0 to 9) {
  sheet.createRow(i).createCell(j).setCellValue(10*i+j)
}

とやると9,19,29...99という列しか入力されないのだけど、理由がわからん。

scala-mode

環境変数にclasspathを設定しててもscala-run-scalaでは読んでくれてないっぽい。そのため、端末からコンパイルして動かすためにmainメソッドを定義したけど、本当はEmacsからスクリプトっぽく対話チックにいじりたい。

自分の血圧のデータが3年くらい溜まっているので、収縮期血圧と測定日時のプロットをして、スムージングもしてみた。冬場は血圧が上昇する傾向にある。測定始める前は180超えて190近くあったから、かなり落ち着いた感じ。

library(ggplot2)
data <- read.csv("/Users/kzfm/mybp.csv",header=FALSE)
time <- strptime(data$V1, "%Y-%m-%d")
high <- data$V2
low  <- data$V3
mybp <- data.frame(time=time,high=high,low=low)
p <- qplot(data=mybp,time,high)
p +  stat_smooth() + stat_smooth(colour="green", method="lm", formula=y~poly(x,9), size=1,se=FALSE)

2008年から2009年の頭のあたりで急激に落ちているのは環境要因ですな。そして、ああいう働き方は二度としないしできないだろうなぁ。

非線形混合効果モデルをやり始めたら、やっぱ線形モデルから式を丁寧に追いかけないとだめだなと。

今日は風邪がひどくて布団でゴロゴロしながら、2章を読み直してた。

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation
Peter Bonate
Springer / ￥ 8,616 ()
在庫あり。

collinearrityと欠損値の扱いに結構ページを割いている。特に欠損値はICHのガイドライン等から言及してたり、臨床系のヒト向けの本だな。僕はここらへんの技術を探索研究に持ち込みたいので、欠損値の扱いとかあんまシビアに考えなくて良いかなと思っている（今は）。

サマリーに、非線形モデルを理解するためには線形モデルへの理解が必須だぜ（だから、2章に線形モデルを入れたで）というようなことが書いてあった。

今週は、chemoinformaticsとquantum chemistryとPKモデリングを並行して動かしてたら非常に疲れた。というか、今の僕に足りないのはDMPKの知識だな。

というわけで、簿記しながらPharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation読むのも再開した。

Pharmacokinetic-Pharmacodynamic Modeling and Simulation
Peter Bonate
Springer / ￥ 8,616 ()
在庫あり。

2章は線形モデルで、3章は非線形モデル、4章はバリアンスモデルなので、さらっと読んで5章のケーススタディにとっとと進みたい。

あと、PKモデリングは僕の仕事なのか？みたいなことを言われたので、色々と考えてみたんだけど、QSPkRをやりたかったら、それは多分必須なので、触りくらいは覚えておかないといけないかなぁと思っている。

インフォマティクスも好きだけど、モデルを通して現実を理解しようとする行為もまた好きなので、そういう部分はあまり苦痛を感じないっちゅうのもあるかも。

逆に、ロジックを積み上げないというかディグダグみたいなプロジェクトは超苦手

娘と遊ぼうと買ってみたが、これはなかなかたのしい。

ニュー・スーパーマリオブラザーズ・Wii

任天堂 / ￥ 5,800 (2009-12-03)
在庫あり。

娘と遊んでいて気づいたのは、娘はwiiスポーツとかwiiフィットしかやったことがなくて、十字キー+ABっていうのは初めてなので、ジャンプしたいときにはコントローラー上に降ったり、進みたい方向に傾けたりしてしまう。十字キーとか2ボタンでジャンプとかはやりにくいうえに、同時に右手左手を操作するのも難しいようだ。

加速度センサーのほうが操作デバイスとしては自然なんだろうなーと思った。

アサーティブ期

アサーティブ・コミュニケーション―言いたいことを「言える」人になる
岩舩 展子,渋谷 武子
PHPエディターズグループ / ￥ 1,260 ()
在庫あり。

• 私を主語にすればスッと伝わる
• アサーティブな対応というのは必ずしも自分の伝えたいことを言うことではない