PyCon mini Shizuokaお疲れさまでした。特にスタッフの方は急遽オンラインに切り替えたりして相当バタバタしたことと思いますので、本当にお疲れさまでしたとお気持ちを表明したい。

Blogに書くまでがカンファレンスだそうなので、なんか書いておきます。

偉そうにいうとアレなので、偉い方は言いましたが、カンファレンスはブログを書くまでがカンファレンスなので、
PyCon mini Shizuoka のブログレポートも書いてください！
（了承いただければ公式サイトにも掲載できればと思います）
自分ももちろん書きますw #pycon_shizu

— Hiroshi Sano (@hrs_sano645) February 29, 2020

さて私は表記の通りオンラインになったタイミングで発表を取り下げました。理由は単純でブロードキャストしたくないスライドがいくつかあったからですね。次回あればもちろんまた応募します（今度はネタ全開にしようかな）。

当日はyoutubeでオンラインでちょっと観戦しつつ、締切の迫っているPythonの洋書を翻訳していた。

そんな感じです。

Pycon MYに行ってきたとか静岡アドベントカレンダーでも触れたんだけど、ローカルコミュニティは貴重なのでこれからも頑張って欲しいです。ただ、初心者の人とかの対応とか結構消耗していて、運営から離れちゃってる人を何人も見ているので、そのあたりもうまくやれたらいいですねーとは思います。

おまけ（駄文なので何も求めていない）

• 雑記 | #pyconjp 2019のトークはレベルが低かったのか？ 〜台湾・シンガポールのPyConに参加して〜というエントリを読んでふむふむーと思った。

私は初めて「PyCon2019はいいやー」ってスキップした（それまでは海外出張がぶつかったのを除いて参加してる）。結局あの規模だとまぁそうならざるを得ないよねーくらいの感想で、レベルが低いというよりは参加者の満足度を優先したのだろうと考えていますし、それはそれで問題ないよねーと思う。レベルの高いトークももちろんあるし、パッケージ関連の話は毎回聞いていて勉強になっている。

ただ、私は今年もアジア圏のPyCon行くのを優先してもし都合が合えばJP行くかなーって感じ。でもローカルコミュニティとしてPyConJPに参加するのは面白いよなーとは思っている。2018のPyConJPで一番面白かったのはポスターだったしね。

PyConJPだって規模を小さくしてガチのヒトを濃縮すればトークのレベルは必然的に上がるけどPyConJPはそういう方向目指しているわけじゃないんじゃないかなーと思っているし、それでいいんじゃないかなーというのが私の見解。

有言実行してきました。私の濁りに濁りまくったソウルジェムもバインミーのおかげで純白の白さを取り戻しました。ホーチミン楽しすぎ、また行くｗ

ちなみにホーチミンは観光するところではなかったですね。ひたすら食べて癒やされる、食事療法の実践。

それから、今回はちょいちょいトラブルを経験したので最後にまとめておきます。日本の紙幣の信頼度は高いなと思いました。

元証券マンのおじさんにベトナムに行くことをオススメされたので情報収集してる。フォー食べるとこからはじめる

— 100万回生きたねに (@notakirain) December 17, 2019

Day 1

ベトジェットエアーも遅延激しいって聞いてたので、早い便をとったのに1時間のディレイ。ビール飲んだ。

タンソンニャット空港に到着。流石に喉が乾いたのでココナッツコーヒーを飲んだ。70000ドン(300円)くらい、お高め

hotel

ホテルの部屋は広かった、快適。あとスタッフの人たちも親切だった。

ホテルに着いたらすぐに日が沈んだ。適当に周りを取った。

chi hoa

夕飯はchi hoaという店に行った。パパイヤの芽のサラダが美味しかった、日本の食材だとウドに近いかな。 あとはソフトシェルクラブを食べた。ソースが果物ベースで甘いやつだったが美味しかったが、すこぶる美味しいというほどのものではない。

むしろ、こちらのナマズの揚げ物のほうが美味しかった。ビールはタイガービール。

支払いの際に50万ドン(2500円)札を出したら華麗に拒否されました（後述）。

Day 2

hotel

ホテルの朝ごはんは美味しかったですね。特にカリカリベーコンがヨーロッパで食べた感じの美味しいベーコンだったので嬉しかった。あとはカリカリベーコンの塩気でお粥を食べる、これ最高でした。

お粥に乗せているのは肉髭みたいなやつと胡椒。お粥美味すぎた。

その後ちょっと外まででかけていってBanh Mi BA LACにbanh mi買いに行った。ここのbanh miは軽くて美味しかった。

pho 24

お昼はドンコイ通りにあったpho 24っていうチェーン店でフォーを食べた。喉が乾いたのでコーラのセット。 マクドナルドのセットみたいなノリなんですかね？コーラにフォー

フォーは美味しかったけど、コーラは甘すぎて飽きた。

その後郵便局に行ってお土産を物色した。

郵便局なのにお土産スポットでした、謎。

Ba Them

お土産を買ったらBa ThemにBun Thit Nuongを食べにいった。お昼時なので座ったら注文も取らずにそのまま食事が出てきた。ランチセットみたいなやつなのかな？

調味料をかけて混ぜ混ぜして食べます。美味しい。

会計したら50000ドンだった。ちょっと値上がりしたのか？

meat

夜はちょっと店名のはっきりしない店に行ってみた。

肉った。

ホテルに帰ってビール飲んでまったり。ちなみにビールは15000ドン(80円)くらいなので最高です。

Day 3

ホテルで朝食

その後また、Banh Mi BA LACにbanh mi買いに行った。

今回は中身に迫ってみた。

最終日はちょっとホーチミン慣れしてきたので、バスを使ってあちこち行ってみることにした。バスの乗り方は最後に乗せておきますが、移動手段としては優秀。grabもありだとは思うんだけど今回は使わなかった。

ban xeo 46a

大体、Mark Wiensのチャンネルは欠かさず見ているので、お店の参考にしている。で、行ってみたかった店の一つがバインセオっていうお好み焼きみたいな食べ物の店に行ってみた。

カリカリのサクサクでエビの殻の味わいが良いアクセントになっています。そして葉っぱをこれでもカーとのせて巻いて食べます。

ドクダミみたいな味わいの葉っぱを生で食べたり、パクチーみたいな味のするパクチーじゃない葉っぱがあったりして、謎葉っぱお食事タイムでした。カリカリお好み焼きをアクセントに葉っぱを食べまくる料理でした。激旨でしたね。

バス停の向かいにピンクの教会があったので撮った。

high lands coffee

ちょっとポケモンGOしながら公園のジムを制圧してみたりしたけど、暑すぎたので コーヒー休憩

マレーシアで激甘で苦いコーヒーは経験していたので、美味しく飲んだ。それにしてもこの糖分で糖尿病にならんのかな？

banh mi huynh hoa

そこからまたバスで移動してベンタイン市場をぶらぶらしつつホーチミンで一番美味しいと言われるバインミー屋にいってみた。店名でググれば色々出てくるので参考にしてください。外国人ばかりというわけではなく、地元の人もバイクで乗り付けてきてまとめ買いしてましたね。

バインミーの具が詰まっていて美味しいです。が、腹にたまり過ぎる。 BA LACのbanh miが25000ドンでここのは47000ドンだったのでかなり強気な値段設定だし、その分具沢山で美味しいんだけど、これで一食分になってしまった。

Heart of Darkness

結局、これ以降何も食べることができなくなり、ホテルに荷物を取りに行ったけど、まったくお腹が空かなかったのでクラフトビールの店を探したところ見つけたのがここ。というか前日の肉料理の隣の店。

お店はメタル感満載の雰囲気でしたが、店員さんは大変親切で、お腹いっぱいだからビールしか頼まないんだけどええかね？って聞いたら。「持ち歓迎やぞ！」って言われたんでビールだけ飲んできた。

最初に飲んだIPAの名前は忘れたけど、二杯目はSacred Fire Golden Aleでした。

そのまま、バスに乗って空港まで行って、飛行機に乗って帰ってきました。満足。

色々

VetJet Air

ベトジェットエアーは定期的に100円セールをやっているので安いチケットが出ている場合は狙い目ですね。ただし、実際には100円プラスなんか航空チケットみたいな感じなので最安でも8000くらいはかかっていたので、すごくお得かといわれるとあまりそんなことはなかったです。

予約時に氏名を正しく入力したにも関わらず（キャッシュで確認した）、氏名が逆になって登録されていたのでそれを修正してもらうメールのやり取りが発生しました。こちらのミスではないのにシステムどうなってんのや？っていう不信感はちょっと湧いた。

それから、遅延は普通のこととして受け入れないといけないようです。流石に早朝便は遅延しないだろーと思っていたのだけど、普通に一時間遅れでしたね。帰りのフライトももちろん遅延したｗ

というわけで色々トラブルがあって次回はベトジェット使わんかなという雰囲気になっていたんだけど、帰りにちょっとしたトラブルに遭遇したときに乗務員の方々が非常に親切で神対応だったので、結論として次もベトジェットでいいわって事になりました。良くも悪くもゆるい感じの対応で、そのあたりが許容できる（楽しめる）ならコスパは非常にいいです。

紙幣について

ベトナムは硬貨がないようですべて紙幣のやり取りでした。この点は非常に良かったです。硬貨のジャリジャリは不快なのと、無駄に溜まっていくので旅行の際はストレスになりますしね。

あとは、高額紙幣に欠けがある場合には支払いを拒否されます。特に50万ドン(2500円紙幣)はだめでした。空港の両替では汚い紙幣とか端が欠けた紙幣は交換してもらうようにしたほうがよいでしょう。ベトナムは紙幣への信頼度が低いというか紙幣への信頼度というのがあるんだーと感心した出来事でした。ちなみにそういう紙幣は銀行に行けば交換してもらえます。空港で両替するよりも銀行で両替するほうがレートもいいし、危ない紙幣を掴まされる可能性も減るんではないでしょうか？

移動手段について

Grabが使えますが、今回利用しなかったので特に説明しません。それよりもバスが結構ちゃんとしています。BusMapというアプリが良くできていて、これを使えば大抵の場所に移動できます。料金も5Kドン(25円)くらいなのでよくわからなくて払いすぎちゃったとしてもOKです。

バスには運転手と車掌さんがセットでいるので、席に座ると車掌さんが勝手に料金を徴収しにきます。そのときにBusMapで出ていた料金を出せばきっぷを切ってくれます。降りるときに回収されるとかそういうことはないみたいなんで勝手におりればいいようです。

空港と市街は20000ドン(100円くらい)でした。109っていう路線に乗って行き来したけど、降りるタイミングがわからず他の乗客の降りるタイミング一緒に降りましたね。色々みていると車掌さんに次に降りたいんやっていう意思表示すれば停まるらしいです。

忙しすぎて時系列が曖昧。

だるま市にだるまを買いに行った。

リパブリューでビールを飲んだ

神田の大松でつみれ鍋とくわいの素揚げを食べた。

ついでになめろうと、なんかのカマの焼いたのを食べた。

バンゲラスキッチンでターリを食べてリパブリューでビールを飲んだ

ログは大切

夜中にじんわりとした原因不明の腹痛で目を覚まし、「なんじゃこりゃー」ってなったんだけど、もう一度寝たら治るかなって感じで寝てみたけど結局治らず会社を休むことにした。

というわけで、昼過ぎまで寝てたら楽になったので積んである論文を読んでみた。働かないで論文を読んで過ごす一日も良いですな。たまには突然休もうｗ

The support of human genetic evidence for approved drug indications.

このツイートで教えてもらった論文。

上市されている薬剤の既知のターゲットタンパク質の中でLoF,GoFはどのくらい確認されているのか？または全く確認されてないけど薬剤のターゲットになっているものはあるのか調べた論文はないでしょうか？またはそれを簡単に調べるようなサイトはないでしょうか？地味にclinvarごそごそするしかない？

— kzfm (@fmkz___) December 17, 2019

一度年末に読んだんだけど、メソッドの当たりがいまいちピンとこないのでSIを追いかけてみた。

結局pharmaprojectsとかtrialtroveを使ってるみたいなので、そのうちこのプロトコルに倣ってデータ弄ってみたいけどとりあえずChEMBL動かせるようにしたからそっちでDrug-Targetの関連データは抜き出したい。

個人的には臨床段階でターゲット遺伝子と遺伝多型との関連性を見るよりはターゲット探索時のターゲットの期待感を定量化したいとかそっちのほうが良いのではなかろうかと思っている。ツール作ってもしょうがないしね。

Proteolysis-Targeting Chimeras as Therapeutics and Tools for Biological Discovery

Protacなんてそんな簡単じゃないよねー。

siRNAオルタネーティブって感じ。結局の効果は同じだろうから、低分子で干渉できてメドケムにとって嬉しいって感じかな。低分子だとPKに幅が広がるのが嬉しいけど、選択性とか結合能とかどうなんかね？っていうのとRNA系の特異性、結合のメリット・デメリットの兼ね合いで使い分けてくんですかね？

— kzfm (@fmkz___) January 11, 2020

このあたりのPros, Consが書かれていたので参考になった。しかし、著者がProtac派なのでProtacにバイアスがかかりすぎていてアンチプロタック派にとっては物申したいだろうなーって説明がちょいちょい散見された。

PDPSとかでE3リガーゼをリクルートするペプチドを揃えておいてC末でもN末でも化学修飾でリガンドくっつけて分解するとかできたら面白そうな気もするんだけど。

僕のヒーローアカデミア 24 (ジャンプコミックス)
堀越 耕平
集英社 / ?円 ( 2019-08-02 )

余談ですが、「僕のヒーローアカデミア」は海外で人気なので読んでおくと、話を合わせることができて良いです。あと「鬼滅の刃」。これは英語のタイトルが「deamon slayer」だから知らないと「ん？なんの話してんの？」ってなる。

分解つながりで思いついたので追加してみましたw

細胞のつなぎ目とがん

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

これで一通り読了。

金曜日は大阪に出張。あまり時間がなかったのでモジャカレーでカツカレー（ご飯少なめ）を注文。周りはほぼ、大盛りを頼んでいたのでマジか～ってなってた。ここはご飯の量が多すぎるわ。

日曜は久しぶりにTOEICを受けてみた。単なる気まぐれだったが、時計がなくてダイソーに調達にでかけた。時刻合わせがめんどくさかったので、アナログのほうが良かったかなと。お昼は千楽北口店でハヤシライスを食べた（もちろんカツはなし）。この店はカツを追加すると値段が倍ぐらいに上がるので？？？となるのだけど、カツの量が大きいためである。なのでカツカレーとかカツハヤシを注文すると相当苦しくなるので注意。

TOEICまさかの再試験？

TOEIC自体は順調。リスニングの会話の問題(part 3?)で2,3聞き取れない会話があったのと、最後の文章問題3分くらいしかなかったので、最後の一問だけ塗り絵になってしまったくらい。会話の問題唐突に始まるから最初何言ってるかわからないとそのまま引きずってリカバリーできないのは慣れるしかないんかね？

さて試験終了後はいつもなら、問題用紙と解答用紙を回収されたらそのまま解散の流れなんですが、今回は会場全体がロックされて軽く軟禁された。どうも試験中に騒音が発生して、その対応が協議されたらしい。で、結果として、騒音が気になって試験に影響が出たという人は残って再試験するという結論になったそうで。つまりリスニング半分くらいとリーディングすべてを同じ問題を解く時間を与えられるという棚ぼたのラッキーチャンスが降ってきた結果、1割弱の人が再試験のために残っていた。

点数上げたい人はそりゃ残るよね。聞き取り問題２回聞くことになるし、読解問題だって十分に時間が与えられるしなぁと。ちょっと公平性を重視するあまりおかしな結論出しちゃったなーって感じ。TOEICなんて役に立つ資格じゃないんだから気楽にやればいいのにねー。写真のチェックもまともになって、改心したなTOEICと思っていたけど、やっぱおバカ集団だったわｗ。

というわけで、私は再試験するぐらいならティスティングするわってことでビール。

ホップがいっぱい入ったHazy IPAはもうそろそろなくなりそうらしいんで、あと一回飲めるとラッキーかな。

細胞周期とアポトーシス

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

細胞周期の方はなぜうまいこと分裂するのかについて物理化学的な説明がきちんとなされていなくて、なんとなくもやっとしたものが残った。

相分離生物学が切り開いていくことを期待している。

相分離生物学
白木 賢太郎
東京化学同人 / 3520円 ( 2019-08-02 )

細胞骨格

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

あまり興味なかった。

25を入れたときのログ。今回は高速化のために postgres.confのfsyncをoff にしておいた。

dropdb chembl_23
psql -l
createdb chembl_25
psql -l
pg_ctl -D /usr/local/var/postgres stop
# vim postgres.conf -> fsync=off
pg_ctl -D /usr/local/var/postgres -l logfile start
$ pg_restore -j 2 -d chembl_25_postgresql.dmp

• 23を入れたときのログ

華味で新年会をしました。

よだれ鶏とハチノス

アスパラの塩炒めとエビチリ

青梗菜の貝柱スープかけと小籠包

その後は安定のリパブリュー

次回のMishima.sykは３月下旬になりそうです。日程が確定したらお知らせいたします。