この記事は創薬 (dry) Advent Calendar 2020の9日目の記事です。

まずは10年前に書いた駄文を見てください(p.12)。

というわけで、最近やっと、創薬用のイシュー管理システムを作って動かし始めました。redmineはタスクの管理色が強くて、イシューの議論にあまり向いてなかったので、GitHubのIssuesを参考に創薬の諸問題に関して十分に議論を積み重ねることができるように工夫したものをスクラッチから作っています。実物を見せられないのが残念ですが、ジャガーでいうところのニャンピョウみたいな感じなのでそこは想像で補ってください。

ピューと吹く！ジャガー モノクロ版 11 (ジャンプコミックスDIGITAL)
集英社 / ￥408 (2012-10-16)

あとはメディシナルケミストの生産性の見える化のために、MMPをベースとした化合物構造の差分管理システムなどがあれば良いと思うのだけどそのあたりは誰か別の人が考えるでしょう。

が、興味があればQuantifying, Visualizing, and Monitoring Lead Optimizationなどを読むことをおすすめします。今どきだったら、このあたりのメトリクスと構造生成器をうまく組み合わせて創薬プロジェクトのスピードアップをはかるのがイケてるやり方なのかなと思います。

GitHub実践入門──Pull Requestによる開発の変革 WEB+DB PRESS plus
技術評論社 / ￥2,696 (2018-11-14)

Asanaというタスク管理ツールの紹介がメインの本

より良く働くためのワークマネジメント 日本の会社に蔓延する 「仕事のための仕事」を根本からなくす方法
現代書林 / ￥1,430 (2020-11-18)

1,2章は一般論なので面白かった。

ワークマネージメントで誰が何をしないといけないか明確にする

• ビジネスの目標を設定する
• 目標達成のために必要な仕事を設定する
• 誰が担当し、いつまでにやるのかを設定する
• それぞれの権限と責任範囲を設定する

とあるが、このあたりはredmineでもできるはず。

• Asanaを使うと自然に報連相ができてしまう
• Toに二人以上いれると誰からも返信がこない

ダッシュボードとかが良くできているような気がした。

Mishima.syk #16に参加された皆様お疲れさまでした。オンラインでも楽しくやれるということがわかってよかったです。またDiscordを使った懇親会も入れてみましたが、結局2200くらいまでの5時間近く雑談できていたので次回もこの方式でやろうと思いました。

14ヶ月ぶりの開催と言われて「あれ、そうだっけ？」となりましたが、調べたら正しかったので、コロナの影響が結構大きかったんだなと改めて気付かされましたね。

14 ヶ月ぶりの開催！

Today: Mishima.syk #16 https://t.co/YOctlaBNr2 #mishimasyk

— 創薬ちゃん (@souyakuchan) November 28, 2020

どの演題も興味深かったのですが、LTは全部面白かったです。音声認識とラベリングの話と社会人博士課程の話は特に良かったです。それから、Mishima.sykに昔から参加している面子にケモインフォの話をさせると、最初から異次元を目指すので、あまり馴染みのない方にもわかるように丁寧に説明する演題があったのもオンラインで幅広く参加できるようになったおかげかなと思いました。今後も期待しています。

今回の工夫

タイムキーピングをきちんとやった

これまでは、ざっくり時間を決めて会議室退出時間にぎりぎりまで喋り倒すという流れだったのをきちんと時間通りに終わるようにしてみたけど、これは良かったです。

Discordを併用した

ZoomのほかにDiscordを併用し、すべての発表者のチャンネルを作って質問などはそこに書き込むようにしたおかげで、情報の整理はスッキリできたように思います。ただ、反動としてTwitterの書き込みが極端に減ったので参加者以外には見えなくなったというのはどうなのかな？と。

投げ銭システム採用

Amazonのギフト券サービスを利用した投げ銭システムを採用してみました。これはうまくワークして、次回以降のZoomの利用料金がカバーできるようになったので、また近いうちにオンライン開催したいなと思っています。投げ銭してくれた皆様ありがとうございました。

ニーズの集約

Discordに「今後ききたい内容」を集めるチャンネルを用意してみたのですが、これはあまりうまくいかなかったです。テーマを決めるのは毎回苦労するので、これに関しては引き続き工夫していきたいところ

Discordのボイスチャンネルを使った懇親会

発表者それぞれにDiscordのボイスチャンネルを用意して好きなように集まって雑談できるようにしましたが、これは割とうまくいきました。ただ、特にチャンネル名に意味はなくて、いくつかチャンネルを用意しておくだけでよかったみたいです。

シングルセル解析のウェットの方の原理などが知りたかったので買ってみた。

シングルセル解析でなにがわかるか (DOJIN BIOSCIENCE SERIES)
化学同人 / ￥5,720 (2020-06-19)

1部は良かったけど、2部,3部はサーベイな感じが強すぎたのとがんが多かったので読み流してしまった。

免疫の領域でシングルセル解析での例が知りたかったのだけど、、、

やはりこれ以上は論文とかレビュー読めってことですかね。

DXに関する情報を頭に入れておかないといけなかったので何冊か本を読んだ結果、 デジタルというキーワードをテコにして組織変革をしましょう というだけのバズワードだった。

企業がIT部門を技術職集団と位置づけず、経理の延長とかSIみたいにMS製品やSAPみたいなパッケージ調達部署にしたからこういうよくわからないアイデアが出てくるんじゃないのかな？

DXはDがおまけでXが本質だということを理解した。それにしてもビッグワンガムみたいなバズワードだな、ただの組織変革じゃん。

— kzfm (@fmkz___) November 16, 2020

DXの真髄 日本企業が変革すべき21の習慣病
日経BP / ￥1,782 (2020-10-15)

この本が一番面白かった。組織変革について具体例を挙げながら丁寧に解説していた。ただ、RPAに重きを置きすぎている感はあるけど、読むならこれが良いと思う。

未来IT図解　これからのDX　デジタルトランスフォーメーション
エムディエヌコーポレーション（MdN） / ￥825 (2020-06-16)

経産省のガイドラインによると、DXとは

「デジタル技術を活用して顧客や社会のニーズの基に、製品やサービス、ビジネスモデルを変革するとともに、業務そのものや、組織、プロセス、企業文化、フウロを変革し競争上の優位性を確立すること」

だそうです。当たり前な感じがするが、、、

本書は特に読むべき点がなかったけど、コラム3のデジタル人材はセミナーや研修では育たないという話が面白かった。まぁパッケージ調達するような人たちに研修受けさせても別に組織改革にはつながらないですよねっていう当たり前のことではないかと思ったけど。

デジタル変革とそのリーダーCDO
同文舘出版 / ￥2,750 (2019-09-07)

本書ではITとデジタルの違いについて論じていてITを「内向きのIT、価値創造のためでないIT」でデジタルを「外向きのIT、価値創造のためのIT」と定義していて、苦しい定義だなと思った。

DXプロジェクトをITベンダーに丸投げすれば、新しいバズワードが生まれて、「内向きのDX、価値創造のためでないDX」「外向きのDX、価値創造のためのDX」というおかわり可能なビジネスモデルでITベンダーはハッピーになれますね。

Synucleozidの論文読んでたら、低分子化合物で核酸に干渉したほうがsiRNAみたいな核酸で干渉するよりもオフターゲット効果が少なくてプロミッシングだって書いてあって、脳内ではてなマークが乱舞した。

In summary, Synucleozid demonstrated proteome-wide selectivity, which indicates targeting the SNCA IRE by small molecules is a promising direction for drug discovery and development since off-target effects have been previously observed in nucleic acid-based knockdown experiments

詳細はこの論文を読めということらしい。

2020.11.08追記

これかな

特定のターゲット遺伝子以外の1個または2～3個の遺伝子に生じる効果で、siRNAまたはd-siRNAプールの導入後に遺伝子機能の抑制がみられます。この効果は、siRNAのセンス鎖によって媒介され、意図しない遺伝子の機能喪失を開始させます。標的とは無関係な遺伝子の発現がノックダウンされるのに十分な相同性がある場合は、オフターゲット効果が特定のsiRNAのアンチセンス鎖の二次的効果として生じることもあります。

腸は環境としてどのくらい効いてくるんでしょうね？

実験医学 2020年11月号 Vol.38 No.18 腸内細菌叢生態学
羊土社 / ￥2,200 (2020-10-23)

なんか色々抽象化されすぎているような気もしないでないが。

経口免疫寛容不思議よね、、

「弱い紐帯の強さ」信者の私は強連結でない関係性というのを大切にしているし、twitterみたいなゆるいつながりのSNSもまたアイデアの源泉として重宝している。

さて、在宅勤務がデフォルトになってすでに半年が過ぎたわけであるが、たまに会社に行かないと色々と不都合を感じることが多くなった。最初の頃は、単にはんこを押すため出社であったのだが、最近は定期的に雑談という名のどうでもいい情報のやり取りをしに行くことが増えたのである。

在宅勤務しまくって得た教訓は「会社に雑談しにいかないと仕事が円滑にまわらない」という謎過ぎるものであった。

— kzfm (@fmkz___) October 29, 2020

まぁ、色々考えてみるに、つながりの強弱が新しいアイデアに重要なのでなく、つながりのなかでどの程度の質の情報をやり取りするかが重要なんだろうなーという結論に至った。雑談って強連結ネットワークの中で無意識的にブレインストーミングやってる感じなのではないだろうか？

• 新たなアイディアを生み出す「弱い紐帯の強さ」とは？現実的効果を具体例とともに解説

前回はコロナパンデミックでキャンセルになってしまいましたが、そろそろやらないと、みなさんの発表（したい）リストが溢れてしまって困るだろうと、オンラインでやることにしました。

まぁRDKitUGM2020が良すぎて、我々もそろそろなんかやらんとなーと思ったのもあります。それから発表ドリブンで強制的にコード書かんと、そういう時間が取れなくなりつつあるという、、、

弱い紐帯の強さ

Mishima.sykはそもそも 三島あたりに製薬企業の研究所集まっててみんな近所に住んでるのに東京とか大阪とかの学会とかベンダーユーザー会でしか情報交換できないのは不便だよねー ってことではじまった集まりです。その後何人かは転職を経験しているけど、相変わらず機能しているということを考えると「弱い紐帯」としての役割を果たしているんだろうなーと漠然と感じます。

では企業は何かというと強く脆いネットワークなんだろうなと。まぁ、賃金インセンティブで構成された階層型ネットワークだからそうだよなと。一方でノードの欠損や付加に対しては極めて安定ですね。誰がやめてもあまりダメージ大きくならないように組織設計されているしね。

コロナパンデミックで学会などがオンライン開催に移行していて、弱い紐帯的なネットワーク形成というのは当たり前に重要になっていて、それはグローバルなものとして捉えないとあかんよなと感じた次第です。今更硬くて脆いネットワークに縛られる人生設計はありえないでしょう。

社会と経済:枠組みと原則
ミネルヴァ書房 / ￥3,850 (2019-11-28)

つい先日のprime dayでkindle fire10を購入した。もともと8を使っていたのだけどバッテリーがヘタってきたのと最近固定レイアウトの書籍もkindleで読むことが増えたので大きいサイズに変えたくなったのだ。

Fire HD 10 タブレット ブラック (10インチHDディスプレイ) 32GB
Amazon / ￥15,980 (2019-10-30)

なんといっても羊土社の実験医学を拡大せずに読めるのが嬉しい。fire8で拡大して読んで縮小しながらページ送りするのは相当な苦痛であった。

実験医学 2020年11月 Vol.38 No.18 腸内細菌叢生態学〜数理科学にもとづく腸内デザインで層別化医療・ヘルスケアに挑む
羊土社 / ￥2,200 (2020-10-23)