夜中にじんわりとした原因不明の腹痛で目を覚まし、「なんじゃこりゃー」ってなったんだけど、もう一度寝たら治るかなって感じで寝てみたけど結局治らず会社を休むことにした。

というわけで、昼過ぎまで寝てたら楽になったので積んである論文を読んでみた。働かないで論文を読んで過ごす一日も良いですな。たまには突然休もうｗ

The support of human genetic evidence for approved drug indications.

このツイートで教えてもらった論文。

上市されている薬剤の既知のターゲットタンパク質の中でLoF,GoFはどのくらい確認されているのか？または全く確認されてないけど薬剤のターゲットになっているものはあるのか調べた論文はないでしょうか？またはそれを簡単に調べるようなサイトはないでしょうか？地味にclinvarごそごそするしかない？

— kzfm (@fmkz___) December 17, 2019

一度年末に読んだんだけど、メソッドの当たりがいまいちピンとこないのでSIを追いかけてみた。

結局pharmaprojectsとかtrialtroveを使ってるみたいなので、そのうちこのプロトコルに倣ってデータ弄ってみたいけどとりあえずChEMBL動かせるようにしたからそっちでDrug-Targetの関連データは抜き出したい。

個人的には臨床段階でターゲット遺伝子と遺伝多型との関連性を見るよりはターゲット探索時のターゲットの期待感を定量化したいとかそっちのほうが良いのではなかろうかと思っている。ツール作ってもしょうがないしね。

Proteolysis-Targeting Chimeras as Therapeutics and Tools for Biological Discovery

Protacなんてそんな簡単じゃないよねー。

siRNAオルタネーティブって感じ。結局の効果は同じだろうから、低分子で干渉できてメドケムにとって嬉しいって感じかな。低分子だとPKに幅が広がるのが嬉しいけど、選択性とか結合能とかどうなんかね？っていうのとRNA系の特異性、結合のメリット・デメリットの兼ね合いで使い分けてくんですかね？

— kzfm (@fmkz___) January 11, 2020

このあたりのPros, Consが書かれていたので参考になった。しかし、著者がProtac派なのでProtacにバイアスがかかりすぎていてアンチプロタック派にとっては物申したいだろうなーって説明がちょいちょい散見された。

PDPSとかでE3リガーゼをリクルートするペプチドを揃えておいてC末でもN末でも化学修飾でリガンドくっつけて分解するとかできたら面白そうな気もするんだけど。

僕のヒーローアカデミア 24 (ジャンプコミックス)
堀越 耕平
集英社 / ?円 ( 2019-08-02 )

余談ですが、「僕のヒーローアカデミア」は海外で人気なので読んでおくと、話を合わせることができて良いです。あと「鬼滅の刃」。これは英語のタイトルが「deamon slayer」だから知らないと「ん？なんの話してんの？」ってなる。

分解つながりで思いついたので追加してみましたw