08012020 bioinformatics
シグナル伝達
細胞の分子生物学
05012020 bioinformatics
細胞の分子生物学 第13,14章
13章は小胞体の移動の話。14章はミトコンドリアとか電子伝達系、こっちはまぁ知っているので流した。
05012020 bioinformatics
細胞の分子生物学 第12章
小胞体の話
ERで膜タンパク質が作られるというモデルがいまいちピンとこなかった。膜貫通αヘリックスはどの段階で形成されるのか？転送装置蛋白質ってのはシャペロン的な役割も果たすのか？
04012020 bioinformatics
細胞の分子生物学 第10,11章
膜の話。あとでもう一度細かく読み直す必要がある。
ヘリックスの双極子モーメントって主鎖だけで決まるのだろうか？
04012020 bioinformatics
03012020 bioinformatics
02012020 bioinformatics
細胞の分子生物学 第6章
転写、翻訳、そして分解
昔からTBPってよくわからんわと思っていたのだけど、構造見たらなるほどねーと思った。それにしてもTATAだからベンドするのだろうか？
それからエクソンってオーソログ間でかなり保存されていて(だから、配列アライメントでエクソンイントロン境界を決定するのが簡単)、昔はヒトのcDNAからマウスのオーソログをデータベースから探してきてプライマー設計、KOマウス作成のしごとをよく手伝っていたんだけど、あれって文字列操作ばっかりで、なんとなくリアリティがなかったのだけど、snRNPの構造結構解かれていておもしろそう。あとで論文追いかけてみよう。
01012020 life
年賀状について
ここ5年以上自分から年賀状は送らずに、届いた年賀状のみに返信していましたが、今年からfacebookかlinkedin、instagramを検索して、見つかったらコネクトしてメッセージを送ることにしました。
ただし、どちらでも探せなかったら放置します。
あれはpingみたいなもんであろう。
01012020 life
Made in Abyss
この動画をなにげに眺めていたらMade in Abyssを見なくてはいけない気分になったので、一気に見てしまった。
これはよいですね。二期も楽しみ
メイドインアビス Blu-ray BOX 上巻01012020 bioinformatics
細胞の分子生物学 第5章
DNA修復
TOPIIは私が初めて関わったSBDDプロジェクトなので興味深い対象だ。そして生物学の描像って結構物理学とか無視したいい加減なもんなんだなーと思った最初のターゲットである。
以下はその当時のTOPIIのメカニズムの説明として全く同じものであるが、「こんなハサミみたいにパカパカ開くメカニズムだったらヒンジの部分固くないといけないしエネルギーももっといるし無駄遣いやん」と思っていた。
その当時は1BGWしか知られていなかったのと、割と単純な対象な阻害剤と変異株の実験から同定された作用部位（ヒンジのとこ）から構造的なメカニズムを調べるということをやっていた。
あーでもないこーでもないと悩んだ結果ねじれる感じで切断するんではという結論に至った。それなら阻害剤がワークする理由もきちんと説明できるし。
が、SARがスティープ過ぎてちょっと置換基入れると阻害活性消失するという状態で、プロジェクトはまもなく中止になったのだけど、そのあとDNAとの複合体が解かれて、「私の予想で合ってるじゃん」と嬉しくなったのであった。