23052020 life

ケチャップをめぐる冒険

ここではケチャップを説明したいと思う。なぜそんなことをするのか、それは僕にもまったくわからない。しかしだからこそ、やってみるべきだという気もする。

ProductName 羊をめぐる冒険(上) (講談社文庫)
講談社 / ￥616 (2004-11-15)

ProductName 羊をめぐる冒険(下) (講談社文庫)
講談社 / ￥616 (2004-11-16)

I thought that ketchup was a sour and sweet condiment made from tomatoes, but my conception of it was completely wrong.There are many kinds of ketchup made from ingredients other than tomato, like banana, mushroom, and fish.

I couldn't imagine the taste of ketchup made from fish. After searching for fish ketchup, I found that the name "ketchup" comes from the fish sauce of China or East Asian countries.

It was a really interesting story that the origin of soy sauce and tomato ketchup is the same. We should call soy sauce as "soy ketchup" instead of "shou-yu" :-)

https://en.wikipedia.org/wiki/Ketchup

というわけで、インドネシアのケチャップマニスは鹿児島あたりの甘い醤油の近縁なのではなかろうかということが推測される。

ProductName ＡＢＣ　ケチャップマニス
Abc Sales & Marketing / ￥1,198 (発売時期不明)

フィリピンもバナナケチャップにそろえて、patisをフィッシュケチャップと呼べばいいのに。

ProductName LORINS PATIS パティス　1000ml フィリピン産魚醤油
LORENZANA FOOD / ￥700 (発売時期不明)

ケチャップについて調べた結果、また東南アジアに遊びに行きたい欲が高まった。

次は何を食べようか、、、

19052020 bioinformatics

細胞の分子生物学の「細胞の内部構造」のパートを精読してた

ちょっと色々調べないといけなかったのだが、知らんことが多すぎたので週末は細胞の分子生物学の「細胞の内部構造」のパートを精読していた。

  • 10: 膜の構造
  • 11: 少分子の膜輸送と膜の電気的性質
  • 12: 細胞内区画と蛋白質の選別
  • 13: 細胞内における小胞の移動
  • 15: 細胞の情報伝達

ProductName 細胞の分子生物学
ニュートンプレス / ￥19,800 (2010-01T)

15052020 life

在宅勤務していると調理器具がほしいという物欲に抗えない

在宅していると料理ばかり作っているので色々欲しくなってしまう。

東南アジア系の屋台ユーチューブ動画をみているとだれも中華おたまを使ってないので、「時代はヘラやな！」ということでポチッとした

ProductName 工房アイザワ ステン 中華返し 70313
工房アイザワ(Kobo-aizawa) / ￥1,166 (発売時期不明)

じゃがいもを蒸していたら、「あーマッシャーでぐしゃっと潰したいなー」と衝動的にポチった。

ProductName 新越ワークス マッシャー 18-8ステンレス 日本製 31976
新越金網 / ￥548 (発売時期不明)

どこかでコンビーフでも買ってきてマッシャーで潰したポテトとあえてサンドイッチにでもする予定だったのだが、じゃがいもをちょうど切らしてしまって、ぐしゃっとできてない。

ジェイミー・オリバーかなんかのお料理動画を見ていたら、「やっぱじゃがいもと人参は波型カットがよろしいおますな」と物欲がそそられたので、購入。

ProductName 下村工業 (断面をなみなみにカット)フルベジ なみじゃがナイフ
下村工業(Shimomura Kougyou) / ￥990 (2016-04-21)

ひよこ豆のポタージュをつくってみたけど、家にあるザルではうまくこせなかったのでなめらかなポタージュという目標を達成するために買ってしまった。

ProductName 下村企販 スープこし つぶしてこせる こし器 ステンレス 日本製 39905
下村企販 / ￥1,650 (発売時期不明)

14052020 life

公立小中学校のオンライン授業について

コロナのせいで学校が休校になってそろそろ三ヶ月に差し掛かろうとしているが、私のいる市立の小中学校ではオンライン授業に移行する気配がまったくない。

そもそも、休校になってすぐのタイミングで、家庭にネットワーク回線がひかれているかとか、子供が使えるタブレットとかPCはあるかというアンケートが来ていたので、当初はその方向で動こうとしていたのであろうが、おそらく、ネット回線とかタブレットのない家庭が学校で負担しろとごねたり、一部の公平厨の教師職の人が揉めたり、ネットに疎い世代の方々の強い抵抗にあったんだろうなーと容易に想像できるので、まぁそれは公立あるあるということで。

というわけで、YouTubeを探してそれっぽい動画を探して息子に見せて、そのあと適当に買ったZ会の問題集をやらせてみているが、なかなか良い。

ProductName Z会グレードアップ問題集 小学6年 算数 計算・図形 改訂版
Z会 / ￥1,100 (2020-02-10)

とある男が授業をしてみたの算数の動画とかめちゃくちゃわかりやすい。

自分がこの時代に生まれていたら多分学校行かなかったかもｗ

あとは、ブックオフで100円コーナーの小説で息子が読めそうな乙一とか道尾秀介とか買って読ませている。

小学生6年生向けに登録しておくとよいチャンネルとかあれば教えてもらえると嬉しい。ちなみにヒカキンは小3くらいで卒業したw

教えてもらったサイト

03052020 bioinformatics

ゲノム系計算科学

筆者らはバイオインフォマティクスを「DNAやアミノ酸の配列情報を主に文字の配列と見てその検索や文法を解析する学問」とするのに対し、ゲノム系計算科学を「ゲノムを物理的実体と見て自然科学的に理解するための学問」としている。

ProductName ゲノム系計算科学 ―バイオインフォマティクスを越え,ゲノムの実像に迫るアプローチ― (計算科学講座 7)
共立出版 / ￥4,180 (2013-01-23)

DNAとそれに結合するタンパク質の間の電気的相補性はどうも分子認識の特異性にはあまり関係しないと考えられる。

このあたりですね。

色々と面白いことが書いてあったが、膜貫通蛋白の構造生物学が好きな人向けかな。

30042020 bioinformatics

ゲノムデータ解析

GWAS関連の解析の具体的な方法や、そのためのRパッケージの紹介など、GWAS関連の論文を読むときに知っておくといいことがわかりやすく説明されているので良かった。

これが一番現場向けかもしれないが、Haploviewの結果の読み方の説明などはないので、そのあたりもう少し厚めに解説してあると嬉しかったかも。とはいえそんなのは自分で調べればいいだけなので、調べるべきことのポインタが示されている本書は重宝するだろう。

ProductName ゲノムデータ解析 (統計学One Point 1)
共立出版 / ￥2,420 (2016-09-08)

ちなみに私くらいの知識だと遺伝統計学入門を行ったり来たりしながら読み勧めないといけなかったので、別途入門書は必要かなとは思う。

ProductName 遺伝統計学入門 (岩波オンデマンドブックス)
岩波書店 / ￥4,950 (2015-12-10)

29042020 bioinformatics

ゲノム医学のための遺伝統計学

読んだ。

ProductName ゲノム医学のための遺伝統計学 (クロスセクショナル統計シリーズ 3)
共立出版 / ￥3,300 (2015-03-24)

GWASのあたりをわかりやすく解説していたので非常に良かった。

27042020 bioinformatics

分子細胞免疫学 原著第9版を読み終えた(1周目)

半年以上前に購入した分子細胞免疫学をやっと読み終えた

ProductName 分子細胞免疫学 原著第9版 アバス–リックマン–ピレ
エルゼビア・ジャパン株式会社 / ￥10,780 (2018-03-15)

補体のあたりから苦行すぎてちょっと投げ出してた。だって、蛋白質のメカニズム（物理化学的な）やつにあてはめると疑問符が付きまくる事象を覚えないといけないなんて、まるで、歴史とか地理の暗記してるみたいだし、、、

で、以下の本を副読本として読んだら、分子細胞免疫学の内容も理解しやすくなった。素晴らしい。

ProductName 好きになる免疫学 第2版 (KS好きになるシリーズ)
講談社 / ￥2,420 (2019-03-27)

これであと2周くらいは読める。次は、気になった蛋白質をPDBで検索しながら読むことになると思う。

昔、CD14とかTLRの立体構造予測をしていたことがあってLRR(ロイシンリッチリピート)っていうなんかダンゴムシみたいな構造キモいなと思っていたんだけど、今回勉強し直して、あのドメインは自然免疫系としては実に理にかなった構造ではないか！と感動したのであった。

26042020 work

GWに読むといい本

問題を理解していないと悲しいことになるので、そういう事態を避けるために読んでおくと良い本を三冊紹介したいと思う。すべて名著です。

いかにして問題をとくか

古典だけど名著。娘が高校生になったら読ませようと決めている本。

  1. 問題を理解しなければならない
  2. データと未知のものとの関連を見つけなければならない、関連がすぐわからなければ補助問題をかんがえなければならない。そうして解答の計画をたてなければならない
  3. 計画を実行せよ
  4. えられた答えを検討せよ

ProductName いかにして問題をとくか
丸善 / ￥1,650 (1975-04-01)

イシューからはじめよ

私は発売と同時に買ったから10年くらい前に読んだ。レビューは検索かけると色々出てくるのでそっちをあたってほしい。製薬系の研究者でもこのあたり意識できると生産性が全然変わるでしょう。

ProductName イシューからはじめよ ― 知的生産の「シンプルな本質」
英治出版 / ￥1,782 (2014-09-01)

アブダクション

去年の同じような時期にもおすすめした気がするけどいい本なので。上の2冊が問題解決の手段を与える本なのに対し、こちらは問題そのものを探したり、仮設構築の論理を話題にしている。

ProductName アブダクション―仮説と発見の論理
勁草書房 / ￥3,080 (2007-09-20)

サイエンティストとしては道を切り開かなきゃですよね。

An answer is always the stretch of road that's behind you. Only a question can point the way forward.

ProductName Hello? Is Anybody There?
Orion Children's Books / ￥649 (1998-08-03)

25042020 chemoinformatics bioinformatics

Pharmahack(Open Innovation)

在宅勤務+GWのコンボで暇なので駄文を書いてみることにしました。だらだらと調べ物をしてたり、文章の推敲をしていたらあっというまに3時間くらい消費してしまったので、もし役に立ったらこのあたりからパンダンリーフとかカラピンチャとか乾燥ポルチーニを送りつけてもらうと嬉しいです。

または代わりにビールでも注文してあげてください（たいてい、週末の帰りにここで一杯飲みながら今日のような内容を考えているのでお店に貢献したい）。

尚、このエントリはとりあえず製薬企業に入りたいとかいう修士向けの内容ではなくて、ジョブディスクリプション型の応募、つまり、製薬企業の研究開発職にポスドクから転身したいとか、他社へ転職したいとかいう人向けのハックだと思っています。

ざっくり言うとオープン・イノベーションのサイトを眺めて企業の内情を想像しようって話です。

企業のR&D報告書はチェックする

たいていの製薬企業が毎年報告するR&D報告書は押さえましょう。R&Dとして長期的に進みたい方向が示されているので、自分のやりたいことと企業の進む方向性にずれがないかはこのあたり読んでいるとわかります。ただし成果報告については現場のお化粧がマシマシされていたり、トップ層の夢がまぶされていることが多いので、額面通りに受け取るのは危険です。他社でも内情知ってると「うわー、そこ盛っちゃうか！」とか「あれ、その領域辞める方向で進んでるんじゃなかったっけ、とりあえずアピールだけかな？」とかわかるので、前職などのR&D報告はフィクションとして楽しめたりしますｗ

概ねR&Dトップの意思や目指す方向はその企業の進む方向なのでこれを理解しておくことは重要です。

オープン・イノベーションサイトの読み方、使い方

「製薬企業、オープン・イノベーション」で検索をかけるといくつか解説がヒットするのでまずは目を通しましょう

背景としては大体こんな感じで、外部との連携をスムースに行うためにオープン・イノベーション担当部署が設置されて、外部からの提案を広く受け付けるために公募サイトが設置されることになります。ただし公募サイトはなんでもうけつけるわけではなく、先ほどでたような企業の成長方向に沿ったもの(R&D報告書に記載している)になると思います。

このとき、R&Dの成長戦略に沿ってオープン・イノベーション担当部署が独立して動くようであればベンチャーキャピタル(VC)の様相を呈して、案件の評価もほぼ独立して担当することになるでしょう。つまりこのスライドの11枚目のベンチャー活用型オープン・イノベーションというやつです。この場合は外部の提案に対し、Go/No-goの判断をするだけなのであまり見るべきところはありませんが、単独で評価できる能力があるということは相当優秀な人材を集めたなぁとは思うのでVC的な仕事がしてみたければこういうところに潜り込むことを考えても良いかもしれません。

さて、先のスライドのもう一つのほう、産学連携型オープンイノベーションというのが今回のポイントとなります。

スライドでは

日本では創薬ベンチャーの育成が十分でなく、学の優れた成果を産に活かす産学連携が革新的な医薬品開発の推進に必須であると考える

と書いてありますが、要は産学共同で企業のニーズに合った技術革新を行ってお互いハッピーになりましょうということだと思います。この場合、ニーズは現場から吸い上げられオープン・イノベーション担当部署にてまとめられるので、そのリストは近視眼的で生々しい（具体的な）ものとなりがちです。つまり、現時点で現場が困っていて解決したい案件がニーズとしてあがりがちだということです。

重要な点は、ニーズ提案部署の能力の限界をそこから見積もることができるということです。もし、そのニーズがstate-of-the-art(SOTA)を超えたところにあり、自分のスキルやチャレンジの方向が一致していると、そういうところで働くとハッピーになれる可能性が高いでしょう。あとは募集が出てなくてもコネをたどるとなんとかなることもあるでしょう。（現場からすると協業でも人材獲得でもそんなに大差ないし、欲しいのはそういう技術をもった人材なので）

逆にSOTAに遠く及ばんだろみたいなウィッシュが上がっていたりすると、チームのレベルがそれほど高くない可能性があったり、AIが云々とかの抽象的すぎる大雑把なニーズだったりするとニーズ提案部署にプログラミングできる人がいないというオチがあるかもしれません(そういうところで活躍したいのか、高いレベルで切磋琢磨したいのかは人それぞれなのでそれの良し悪しを論じたいわけではないです)。

こんな感じで、ある程度感触を掴んでおけば学会でポスター発表している人とかに裏とりの質問したりできますし、コネクションも作りやすくなると思います。

ざっと国内の製薬会社のオープン・イノベーション公募サイトをリストアップしてみましたが、TaNeDS（タネデス）なんかはニーズ集約っぽいですね。

それではカラピンチャなどお待ちしています。