06042020 bioinformatics
手持ちのMacBookAirのSSDの容量が10Gないんで、手元で動かすのを諦めて読んだだけだが。
分生で@oec014に「この本役に立つと思うよ」って勧められて購入。自分は完全Dry側で、どっちかというと公開されているデータを自分でいじって何かを見つけ出したいのだけど、そういう人間にとってもかなり有用な本であった。実際、公開データをワシャワシャと解析してみたい気分にさせられた。
全体を通してわかりやすかったのだけど、5章はちょっと説明の丁寧さに欠けているかなと思った（かなり説明端折ってるよね）。それから、ある程度BioinformaticsがわかっているうえでRNA-Seqデータ解析のお作法を知るための本かなーと感じているので、本当の初心者はこっちの本も併せて勉強するといいと思う。
05042020 bioinformatics
昨日のエントリでハブ遺伝子ってバイオマーカーにはならんのちゃう？って書いたのだけど。
それからハブとなる遺伝子は、細胞としての機能を保つためにはおそらく重要な因子にはなるんだろうけど、疾患の状態に関してはあまり意味がなさそうな感じ。例えばがんとかだったらハブ遺伝子に着目するべきなんだろうけど、painとか精神疾患のような細胞そのものに起因するような状態でなければハブに着目するというよりはその周りの何かを特徴づける少数の因子のほうが重要なんだろうなーと。または共発現ではなく別のネットワークのスケールフリー性に着目するとか。
LNとNon-LNの発現プロファイルをWGCNAで解析したらトレイトと強く相関するモジュールを見つけてきてそこから最大次数を持つ遺伝子にCD36があって、これは新たなバイオマーカーとか疾患ターゲットになるんじゃないかと結論付けられている論文があった。
CD36っていろいろ機能が使い回されているが故に次数が高くなっているだろうから、こういうのに着目しちゃうと見誤りませんかね？偽陽性大きくなるとか
この論文は面白かった。GWASの知見を組み合わせている。
見いだされたSTAT1とかIRF8はこのような性質の遺伝子らしい。
もっと論文読まなあかんね。
04042020 bioinformatics
WGCNAを調べていてβの決め方がわからなかったので、理論に関して解説してあるペーパーを読んだ。
今までネットワークを結合している/していないという点でしか捉えていなかったけど0/1の次数を持つ完全グラフと考えると色々幅が広がるということに気付かされた。
シグナム関数をハードな閾値(連続値をバイナリに切り捨ててしまう)とするのに対し、ソフトな閾値としてaij = sij ** βという重みで次数を調整する。
調整の仕方はスケールフリー性を持つようにβの重みを調整する。これはチュートリアルのStep-by-step network construction and module detectionのpdfを読めば良い。
そもそも教師なし学習でのクラスタリング結果が生物学的に同等な意味を持つような遺伝子が固まるようにするためにスケールフリー性を持たすってのがいまいちピンとこないところではあるが、GTOM2で生物学的に意味の有りそうなのが固まっているのを考えるとなんかあるんだろうなとは思う。論文
それからハブとなる遺伝子は、細胞としての機能を保つためにはおそらく重要な因子にはなるんだろうけど、疾患の状態に関してはあまり意味がなさそうな感じ。例えばがんとかだったらハブ遺伝子に着目するべきなんだろうけど、painとか精神疾患のような細胞そのものに起因するような状態でなければハブに着目するというよりはその周りの何かを特徴づける少数の因子のほうが重要なんだろうなーと。または共発現ではなく別のネットワークのスケールフリー性に着目するとか。
静岡に行ってきた。@bonohuの送別会です、鮪です。たのしみ。2週間くらい経ってブログを書いてるけど、今の状況考えるとあのタイミングで送別会がやれてよかったです。私の海外出張は2つとも潰れるんちゃうか？とガクブルしている。ちなみに台湾とバンコクは航空会社の方からキャンセルの連絡来たｗ
富士駅に謎の顔ハメができていた。
ちょっと早くついたので、AOEビールで0次会。 体力でも回復させるかとエリクサー（左）を飲んだけどステータス全回復しなかった。 一杯飲んでもまだ時間があったので、お茶でも飲むかとお茶エール、お茶の香りがちょっとした。
送別会場はみなみ。鮪の旨さは写真を見ればわかるでしょう。日本酒ではなくワインを飲んだ。それがみなみスタイル。
@oec014におすすめされて寄ったラーメン。微妙な汁なしだった。油そばと違い油っぽくなくてよかった。
さらにバーでビールを飲んだ。銘柄忘れた。
そのあと、日本酒が飲みたくなって呑み屋に行ってちょっとだけ飲んだ。満足。
次の日はイッポウという蕎麦屋で蕎麦を食べて帰った。富士にも美味しい蕎麦屋が欲しい。
まぁ色々あるけど、頑張っていきましょう。
14032020 bioinformatics
分子レベルで色々わかるのでこの本は楽しい。
前職の新入社員教育で覚えされられたのはただの暗記の授業でまったく身につかなかったが、この本はなるほどなるほどと思いながら読めている。
が、難しい。免疫系の研究者はすごいなーと思う。
自己免疫疾患のデータでこれをやってみたいんよ。そのためには背景知識をぶっこまないといけないからね、、、
Roasted Pork Belly (Lechon Liempo)を作ったが難易度高かった。
豚バラを丸めてオーブンに入れて放置するだけの料理なんだが、皮付きの豚バラが必要だというところが日本でこれを作るときの障害となっている。
肉屋に行けば皮付きの豚バラなんて手に入るだろうという軽い気持ちで注文しに行き判明したことは、日本では（皮を食べるという文化ではないため）基本的に機械で自動的に皮剥いじゃうらしくて、そもそも手に入らないということだ。唯一沖縄県だけがラフテーとかの皮付きの豚肉を食べる習慣があるそうなので、そこから入手すればいいらしい(それ以外は海外産)。
というわけで沖縄産豚バラを冷凍の状態で購入して作ってみたところ、大変美味しかった。
やはり本場のものを食べないとということで、余ったマイルを使って今度行こうと思う。
08032020 life
欲しいんだけど、遊ぶ暇がない。
なぜこんなに時間が足りないのか、、、
08032020 chemoinformatics bioinformatics
かなC
日程決まりました。3/28(sat)です。
参加登録は以下からどうぞ
演題も募集中です。
04032020 Python
PyCon mini Shizuokaお疲れさまでした。特にスタッフの方は急遽オンラインに切り替えたりして相当バタバタしたことと思いますので、本当にお疲れさまでしたとお気持ちを表明したい。
Blogに書くまでがカンファレンスだそうなので、なんか書いておきます。
偉そうにいうとアレなので、偉い方は言いましたが、カンファレンスはブログを書くまでがカンファレンスなので、
— Hiroshi Sano (@hrs_sano645) February 29, 2020
PyCon mini Shizuoka のブログレポートも書いてください！
（了承いただければ公式サイトにも掲載できればと思います）
自分ももちろん書きますw #pycon_shizu
さて私は表記の通りオンラインになったタイミングで発表を取り下げました。理由は単純でブロードキャストしたくないスライドがいくつかあったからですね。次回あればもちろんまた応募します（今度はネタ全開にしようかな）。
当日はyoutubeでオンラインでちょっと観戦しつつ、締切の迫っているPythonの洋書を翻訳していた。
そんな感じです。
Pycon MYに行ってきたとか静岡アドベントカレンダーでも触れたんだけど、ローカルコミュニティは貴重なのでこれからも頑張って欲しいです。ただ、初心者の人とかの対応とか結構消耗していて、運営から離れちゃってる人を何人も見ているので、そのあたりもうまくやれたらいいですねーとは思います。
おまけ（駄文なので何も求めていない）
私は初めて「PyCon2019はいいやー」ってスキップした（それまでは海外出張がぶつかったのを除いて参加してる）。結局あの規模だとまぁそうならざるを得ないよねーくらいの感想で、レベルが低いというよりは参加者の満足度を優先したのだろうと考えていますし、それはそれで問題ないよねーと思う。レベルの高いトークももちろんあるし、パッケージ関連の話は毎回聞いていて勉強になっている。
ただ、私は今年もアジア圏のPyCon行くのを優先してもし都合が合えばJP行くかなーって感じ。でもローカルコミュニティとしてPyConJPに参加するのは面白いよなーとは思っている。2018のPyConJPで一番面白かったのはポスターだったしね。
PyConJPだって規模を小さくしてガチのヒトを濃縮すればトークのレベルは必然的に上がるけどPyConJPはそういう方向目指しているわけじゃないんじゃないかなーと思っているし、それでいいんじゃないかなーというのが私の見解。
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