Drkcore

Synucleozidの論文読んでたら、低分子化合物で核酸に干渉したほうがsiRNAみたいな核酸で干渉するよりもオフターゲット効果が少なくてプロミッシングだって書いてあって、脳内ではてなマークが乱舞した。

In summary, Synucleozid demonstrated proteome-wide selectivity, which indicates targeting the SNCA IRE by small molecules is a promising direction for drug discovery and development since off-target effects have been previously observed in nucleic acid-based knockdown experiments

詳細はこの論文を読めということらしい。

2020.11.08追記

これかな

特定のターゲット遺伝子以外の1個または2～3個の遺伝子に生じる効果で、siRNAまたはd-siRNAプールの導入後に遺伝子機能の抑制がみられます。この効果は、siRNAのセンス鎖によって媒介され、意図しない遺伝子の機能喪失を開始させます。標的とは無関係な遺伝子の発現がノックダウンされるのに十分な相同性がある場合は、オフターゲット効果が特定のsiRNAのアンチセンス鎖の二次的効果として生じることもあります。

03112020 bioinformatics

実験医学 2020年11月号 Vol.38 No.18 腸内細菌叢生態学

腸は環境としてどのくらい効いてくるんでしょうね？

実験医学 2020年11月号 Vol.38 No.18 腸内細菌叢生態学
羊土社 / ￥2,200 (2020-10-23)

なんか色々抽象化されすぎているような気もしないでないが。

経口免疫寛容不思議よね、、

30102020 work life

つながりの強さではなくどういう情報をやり取りするかが重要

「弱い紐帯の強さ」信者の私は強連結でない関係性というのを大切にしているし、twitterみたいなゆるいつながりのSNSもまたアイデアの源泉として重宝している。

さて、在宅勤務がデフォルトになってすでに半年が過ぎたわけであるが、たまに会社に行かないと色々と不都合を感じることが多くなった。最初の頃は、単にはんこを押すため出社であったのだが、最近は定期的に雑談という名のどうでもいい情報のやり取りをしに行くことが増えたのである。

在宅勤務しまくって得た教訓は「会社に雑談しにいかないと仕事が円滑にまわらない」という謎過ぎるものであった。
— kzfm (@fmkz___) October 29, 2020

まぁ、色々考えてみるに、つながりの強弱が新しいアイデアに重要なのでなく、つながりのなかでどの程度の質の情報をやり取りするかが重要なんだろうなーという結論に至った。雑談って強連結ネットワークの中で無意識的にブレインストーミングやってる感じなのではないだろうか？

新たなアイディアを生み出す「弱い紐帯の強さ」とは？現実的効果を具体例とともに解説

18102020 chemoinformatics work bioinformatics

Mishima.syk #16 やります

前回はコロナパンデミックでキャンセルになってしまいましたが、そろそろやらないと、みなさんの発表（したい）リストが溢れてしまって困るだろうと、オンラインでやることにしました。

まぁRDKitUGM2020が良すぎて、我々もそろそろなんかやらんとなーと思ったのもあります。それから発表ドリブンで強制的にコード書かんと、そういう時間が取れなくなりつつあるという、、、

弱い紐帯の強さ

Mishima.sykはそもそも三島あたりに製薬企業の研究所集まっててみんな近所に住んでるのに東京とか大阪とかの学会とかベンダーユーザー会でしか情報交換できないのは不便だよねーってことではじまった集まりです。その後何人かは転職を経験しているけど、相変わらず機能しているということを考えると「弱い紐帯」としての役割を果たしているんだろうなーと漠然と感じます。

では企業は何かというと強く脆いネットワークなんだろうなと。まぁ、賃金インセンティブで構成された階層型ネットワークだからそうだよなと。一方でノードの欠損や付加に対しては極めて安定ですね。誰がやめてもあまりダメージ大きくならないように組織設計されているしね。

コロナパンデミックで学会などがオンライン開催に移行していて、弱い紐帯的なネットワーク形成というのは当たり前に重要になっていて、それはグローバルなものとして捉えないとあかんよなと感じた次第です。今更硬くて脆いネットワークに縛られる人生設計はありえないでしょう。

社会と経済:枠組みと原則
ミネルヴァ書房 / ￥3,850 (2019-11-28)

18102020 bioinformatics life

Kindle Fire10を購入した

つい先日のprime dayでkindle fire10を購入した。もともと8を使っていたのだけどバッテリーがヘタってきたのと最近固定レイアウトの書籍もkindleで読むことが増えたので大きいサイズに変えたくなったのだ。

Fire HD 10 タブレットブラック (10インチHDディスプレイ) 32GB
Amazon / ￥15,980 (2019-10-30)

なんといっても羊土社の実験医学を拡大せずに読めるのが嬉しい。fire8で拡大して読んで縮小しながらページ送りするのは相当な苦痛であった。

実験医学 2020年11月 Vol.38 No.18 腸内細菌叢生態学〜数理科学にもとづく腸内デザインで層別化医療・ヘルスケアに挑む
羊土社 / ￥2,200 (2020-10-23)

10102020 bioinformatics

バリアントデータ検索&活用 #VariantRecipe

台風で自宅警備していたのと、久しぶりに読書をする時間があったのでほぼ一日かけてバリアントデータ解析の本を読んだ。

結論から言うと、大変良いので皆さんもとっとと購入して読みましょう。実験医学の別冊は値段のお高さで定評があるけど、旬の情報（日本語での）への自分への投資と考えると費用対効果は高いと思います。

バリアントデータ検索&活用変異・多型情報を使いこなす達人レシピ (実験医学別冊)
羊土社 / ￥5,500 (2020-09-29)

自分のニーズとしてはAZの5RフレームワークでいうところのRight Targetにあるので、やはりChapter1が一番面白かったし、時間も割いて読んだ。Chapter2はどっちかというとRight Patientに対応するのかな？このあたりは弱いので他の人に任せたい。Chapter3のがんはちょっと興味があるけど、免疫の章があるとより嬉しかった。あとCOLUMNが読み物としては一番面白かった。

Chapter1は特にClinVarとGWAS Catalogの使い方が丁寧に説明されていてよかった。Resultの見方でよくわからん項目などあったので、丁寧に説明してあってなるほどーと思った。

ただ、ClinVarなどでPathogenicな変異（ミスセンス変異とか）がアミノ酸にマップされて、タンパク質の三次元構造のどの位置にあたるかが判明してもその変異と疾患との関係性はどっちかという物理化学の範疇になってしまい、そこから先はメディシナルケミスト的な素養が必要になってくると思うので本書ではそこまでは踏み込んでいなかった。

04102020 life accounting