先日のtwitterのやりとりが、FAQっぽかったので@32nmのススメもあってLSQAに投稿しておいた。LSQAは主にバイオインフォマティクス系の話題をとりあつかうもんだと勘違いしていたので、これからはもう少し質問しよう(回答も)と思った。

うちの職場でもOSQAを入れているのだが、なかなかアクティブにならないので、検索した時にヒットしなかったら別のサイトに検索書けるようにならんだろうか？P2PみたいにQAがつながらないかなぁと。GitHubみたいにQAがフォーク出来る感じだといいんだけど。

まぁ、ユーザー100人規模だとなかなかアクティブにしにくいのかなぁ？もっとずっと規模の大きい研究所で試してみたいなぁと思うこともあるが、それは甘えなのかな（多分そうなんだろう）。

ただ、個人的にはこういうことをやる場合のユーザー数は時間を超えた述べで考えないといけないのかなと思っていて(つまり一年後の自分は他人)、持続的で効率的な研究スタイルのためには絶対必要な仕組みだと思うんだけど、プロジェクトに張り付いていると、目先の問題を解くことで一杯一杯でなかなか理解してもらえないとこがもどかしい。

そういう意味では、ChEMBLはちょっとしたブレークスルーかもねーなんて思ったりする。従来メディシナルケミストリー的な情報は閉じていて出てこなかったのが、気軽にデータをあつかえるようになったから、個人の趣味レベルで色々やれるようになったし、パブリックデータベースに閑する質問はパブリックでやればいいだろうから、これからもっと面白い情報も出てくるんじゃないかなーと。

ケモインフォマティックス―予測と設計のための化学情報学
J.Gasteiger
丸善 / 18900円 ( 2005-02 )

承認とモチベーションという本を読んだ。

前半が一般論で、後半が事例というかたちで、前半はよくまとまっているので読むと面白いかもしれません。

承認とモチベーション
太田　肇
同文館出版 / 1995円 ( 2011-07-09 )

学習とかゲーミフィケーションとか追いかけた経緯で大体知っていたが、承認という側面からまとめてあったので新たな発見があって良かったかな。

あと承認に関しても面白い考察を見つけた。それは専門職が高くなればなるほど、専門家仲間による承認を重視するようになるというものである。本書では看護師を例にとってあったけど、研究職でもそうだよなと思った。僕も社外発表のフィードバックを重視するしね。賞与的なものではね返ってきても自己肯定感に結びつくのは最初の一回くらいのもんだよね。

それから、IT系の技術者のブログでやりがいあるところに転職が決まるとブログかかなくなっちゃうってのも承認と関係あるのかな？と思った。

理想としているのは少人数でやるようなIT系の勉強会とかワークショップに近いですね。

amazonのカスタマーレビューには講師とか教える側のヒトたちが低い星をつけているようだが、教える側には体験が共有しにくいかもしれんので、まぁそうなるかなと。

これまでの教え方は「工場モデル」 学びの主役は、一人ひとりの生徒であり、受講者です。教師や講師ではあり得ません

と書いてあるように、この本の対象読者は学習者じゃないかなと思う。

効果10倍の“教える”技術―授業から企業研修まで (PHP新書)
吉田 新一郎
PHP研究所 / 735円 ( 2006-02 )

今までの教え方を「行動主義」に基づくものとしてこれからの教え方、学び方を考えていく

少なくともわが国の教育界で依然として幅をきかせているのが「行動主義」の考え方です。これはおしえることはすでにはっきりしていて、それをいかに効果的、効率的に教えこんでいくかが中心テーマです。これは、ネズミやサルやハトなどの動物実験で培われたノウハウを人間に応用している教育学のことです。

そして

今はその「予想のつく世界」が存在しなくなったり、変化のスピードがあまりにも早過ぎる状況になってきています。従って、もはや過去の知識や蓄積を覚えるだけでは不十分で、状況に合わせて授業や研修の仕方も当然変わることが求められています

単に知識の吸収だったらwebがあるから、そっちをうまく使えば良いですね。

そのうちMMPベースのプロジェクト診断ツールでも作ろうかなと思っているので、fmcsを使ったMMP構築をやってみた。

fmcs sample.sdf --output-format complete-sdf --save-smiles-tag \
MCS_SMILES --save-atom-indices-tag MCS_ATOMS --output-all

で、MCSのSMILESと対応するatom indexをタグ付けしたsdfを出力しておいてpybelでMCSを削除する。

import pybel
import sys

input = sys.argv[1]

for mol in pybel.readfile("sdf", input):
    print mol.data["MCS_SMILES"]

    del_atom_idxs =  [int(num) for num in mol.data["MCS_ATOMS"].split()]

    del_atoms = []
    for i,atom in enumerate(mol,0):
        if i in del_atom_idxs:
            del_atoms.append(atom)

    for a in del_atoms:
        mol.OBMol.DeleteAtom(a.OBAtom)
    print mol

そうすると、MMPが作れる。

もう少し具体的な例をと思ってChEMBLからsdfでも取ってきてとか思ったけど、やり方がわからなかったのでわからんとか言ってたら@32nmに教えてもらった。ありがとうございます。

というわけで、ChEMBLからカテプシンK阻害剤の化合物データからCHEMBL100616,CHEMBL101160,CHEMBL316685,CHEMBL327743,CHEMBL329731,CHEMBL419891の6化合物を引っ張ってきてやってみた

CCC(C)C(C=Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCN1CC(=O)c1ccccc1
C(=O)(N)C

CCC(C)C(C=Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCN1CC(=O)c1ccccc1
Cl

CCC(C)C(C=Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCN1CC(=O)c1ccccc1
[NH+](=O)[O-]

CCC(C)C(C=Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCN1CC(=O)c1ccccc1
Cl

CCC(C)C(C=Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCN1CC(=O)c1ccccc1
[NH+](=O)[O-]

CCC(C)C(C=Cc1ccccc1)NC(=O)C1CCCCN1CC(=O)c1ccccc1
OC.OC

あとはアッセイ情報と付きあわせてpIC50みたいなプロパティの引き算をすればMMPを利用した解析ができる。

ある程度コントロールできてる化合物群ではうまくいくんだが、MCSだと期待している以上にスキャフォールドをアサインしまうために、結果としてフラグメントが細切れになったり(Rの環が分割されてしまったり)してMMPを構成するにはちょっとあれかな。

AKB48にはあまり興味を持てないのだが、発想法に非常に強い興味があったので本を読んでみたが、学ぶところが多かった。

繰り返しになりますが、日常のなかで耳にした何気ない一言であれ、新聞であれ、テレビであれ、雑誌であれ、全てに企画の入り口はあります。食材は、集めようと思わなくても気づけばいくらでもあるものなのです。

著者は企画のリュックサック（にアイデアのもとをつめる）という表現をしているが、僕の場合はブログに書くことがそれにあたるかな。一旦書きだしてしまえばあとは文章を客観的にあらゆる側面から眺められるしね。

twitterもいいんだけど、あれは反芻するのが難しいくらいのフローなメディアなんで結局もう少し深く考えてみたのをブログに書きなおすことが多いかなぁ。

秋元康の仕事学 (　)

NHK出版 / 1050円 ( 2011-05-24 )

• リサーチをすると、やはりみんなのところ、同じところにいってしまいがち
• 日常生活全てがリサーチである
• 見切り発車でもいいから、とにかく、どちらかにまずは走ってみる
• 人の信頼を得るには、地道にコツコツと実績を積むしかない
• 壁というのは乗り越えられないから壁

黒い本よりこっちのほうが、サンプル多めかな。

Titanium Mobileで開発するiPhone/Androidアプリ (Smart Mobile Developer)
北尾 雅人
翔泳社 / 3129円 ( 2011-06-10 )

これから読む。

読んだ

Titanium Mobile iPhone/Androidアプリ開発入門―JavaScriptだけで作る
小澤 栄一
秀和システム / 2520円 ( 2012-02 )

未読

Appcelerator Titanium Smartphone App Development Cookbook
Boydlee Pollentine
Packt Publishing / 3810円 ( 2011-12 )

openbabelはMCSを求められないのが難点なんだが、書けばいいよなと思いつつ実装してない。そうこうしているうちに、fmcsを見つけて、これ使えばいいかなーと思い始めた2者だけじゃなくて複数の化合物のMCSを求められるのも自分の求めていた機能だし。

fmcsを動かすにはRDKitをインストールする必要があって、「RDKitのインストールめんどいなー」とぶつくさ言ってたら@iwatobipenにsilicosを参考にしなはれと教えてもらった。

brewで入れられんのね。

> brew tap edc/homebrew-rdkit
> brew install rdkit

これでサクッと入った。

fmcsのほうは

hg clone https://bitbucket.org/dalke/fmcs
cd fmcs
sudo python setup.py install

で入る。

さて、MLによると、

This work has been funded by Roche, with the explicit hope that it be incorporated into RDKit.

ということなのだが、確かRSOAPはPfizerが出してたはずだし、海外はopensourceとかそういうのに理解が深いんだろうか？また、そういうのに積極的な日本の製薬企業はあるのだろうか？なんて思ったりした(自分の観測範囲ではゼロなんだが)。

そういうことも含めて貢献できるような社会がくればいいのになぁと思う。

Design and Use of Relational Databases in Chemistry
TJ O'Donnell
CRC Press / 12118円 ( 2008-11-25 )

夏休み中に娘と一回はScratchで遊ぶことを目標に入れていたのだが、最終日に達成した。

• 数当てゲーム

よくある数当てゲームだけど、制御構造が単純なので最初にやるにはちょうどいい。それから、簡単に公開できるのでモチベーションの向上につながるかな。

スプライトを変更したりとか、リアクションに凝ってみたりとか色々改良の余地があって楽しい。

ちょっと複雑になるとブロックが大きくなりすぎるような気がするんだが、どうすればいいんだろ？

スクラッチアイデアブック―ゼロから学ぶスクラッチプログラミング
石原 正雄
カットシステム / 2940円 ( 2009-01 )

もうちょっと覚えたら、子供向けのワークショップでもやってみたい。

久々にテクノをかけてみた。

all the people make happy / ALTZ
Insomnia / Pig&Dan
ASCARI_dry_condition / AOKI Takamasa
No One Left To Follow  / Slam
Something's Gone / Alex Smoke
101 / Photek
Horizon (Beroshima's  Deep Mix) / Beroshima
Morning Mountain / Essáy Feat. Rhian Sheehan
Wasp In A Wig / Funk D'Void & Sian
Love Cry / Four Tet
The Strange Things I'll Remember (Jet Project Remix) / Mirror Music
Gateway (A Mirror Darkly Dub) / Mirror Music
Jelle / Mark Broom & Mihalis Safras
Can You Relate (Slam Mix) / Samuel L Session
Novel / Keisuke Kondo
I'll Lick Your Spine - (Ivan Smagghe's it's a fine line vocal Remix) / Let's Go Outside

最近pig&danがキテマス。insomnia最高ですね

Decade
Pig & Dan
SOMA QUALITY RECORDINGS / 1742円 ( 2012-07-14 )

テクノじゃないけどfour tet。朝霧Jamで聴いた時には良さが分からなかったけど、今は好き

There Is Love in You
Four Tet
Domino / 1288円 ( 2010-01-26 )

コンピ。

HUB OPUS TOKYO
オムニバス
OP.DISC / 2793円 ( 2009-07-22 )

Slamは外せない。

Collecting Data
Slam
SOMA QUALITY RECORDINGS / 1990円 ( 2012-06-16 )

nmlのトラックリストのkeyがファイルのロケーションなのでタイトルとアーティスト名の辞書を作っておく。

import sys
from xml.etree.ElementTree import *

mdic = {}
play_lists = []
elem = parse(sys.argv[1]).getroot()

for e in elem.findall(".//ENTRY"):
    if e.get("TITLE") is not None:
        el = e.find("LOCATION")
        key = el.get("VOLUME") + el.get("DIR") + el.get("FILE")
        mdic[key] = e.get("TITLE").encode('utf-8') + " / " + e.get("ARTIST").encode('utf-8')

for e in elem.findall(".//PRIMARYKEY"):
    if e.get("KEY") is not None:
        print "    {}".format(mdic[e.get("KEY")])

NATIVE INSTRUMENTS TRAKTOR KONTROL S4

NATIVE INSTRUMENTS / 76999円 ( )