macbookが二台になったので、Time Machineの環境を揃えることにした。
BUFFALO ネットワーク対応HDD LinkStation 1.0TB LS-CH1.0TL- timemachineの設定をonにする
- AFPのチェックボックスをonにする
- ユーザーを作成する
- macアドレスはethernetのものを
- このmacについて -> 詳しい情報
LinkStation 1.0TB LS-CH1.0TL
perl5.10使用時にmacportでghcをインストールするときのメモ
ghcをインストールしようとしたらperl5.8が必要らしい。 perl5.10をdeactivateしてからperl5.8をactivateしたら
$ sudo port activate perl5.8
---> Activating perl5.8
Error: port activate failed: Image error: /opt/local/bin/corelist already
exists and does not belong to a registered port. Unable to activate port perl5.8.
こういう場合には
$ sudo port -f activate perl5.8
$ sudo port install ghc
perlを5.10にもどす
$ sudo port deactivate perl5.8
---> Deactivating perl5.8
$ sudo port activate perl5.10
---> Activating perl5.10
これでOK
27102009 macbook
macbook届いた
新型はまるっこくなって、多少薄くなってた。
skypeとfirefoxとpicasaだけ入れとけばいいのでU隊長(カジュアルユーザー)のための設定は楽。
早速youtubeのピングーをせがむ娘。
追記
iPhoto使うからpicasaはいらんと言われた。
23102009 macbook
macbook買った
U隊長が4年半使っていたソーテックのノートから、macbookに乗り換えることにした。
APPLE MacBook 2.26GHz 13.3インチ 250GB MC207J/A子育ての空いた一瞬の隙をついて、開けばすぐに復帰するmacは魅力的らしい。
macbookにPIL
MacPortsから
sudo port install py26-pil
なにやら色々入る。
mac osxのswigでOCamlを使えるようにする
オプションで指定する。
sudo port install swig +ocaml
でも、なんかエラーが出てて、いまのとこうまいこと使えてない。
19082009 chemoinformatics macbook
20072009 chemoinformatics bioinformatics macbook
macbookでpymol
trunk(Rev: 3829)をDLしてきてコンパイル
svn co https://pymol.svn.sourceforge.net/svnroot/pymol/trunk pymol
freetypeがらみのヘッダーがないとかいうエラーがでてきたので
cd /usr/X11R6/include sudo ln -s freetype2/freetype freetype
とsymbolic link張って解決
Bioinformatics Programming Using PythonMitchell L. Model
Oreilly & Associates Inc / 5075円 ( 2009-12-23 )
11072009 Python macbook matplotlib
macbookのmatplotlibでLookupError
macbookでmatplotlibを使っていたら出たエラー。
LookupError: unknown encoding: X-MAC-JAPANESE
/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.6/lib/python2.6/site-packages/matplotlib/cbook.pyというファイルを書き換えた
def unicode_safe(s):
if preferredencoding is None: return unicode(s)
elif preferredencoding == 'X-MAC-JAPANESE': return unicode(s)
else: return unicode(s, preferredencoding)
GAMESSでcation-πを計算してみる。
Cation-πってどのくらい安定化すんだろうか?と思っていたので計算してみる。
RCSBを適当にあさって見つけた、1R9LのBETとTRP188を切り出してモデル化する。
で、GAMESSで計算。
最初は6-31G+(d,p)で最適化しようと思ったのだけど、macbookだと全然終わらん。なのでSTO3Gでいいやと。TRPは無駄に計算量が増えるのだけどPHE,TYRあたりでモデル化できるのであればmacbookでも6-31G+(d,p)で計算できるような気がする。
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RESULTS OF KITAURA-MOROKUMA ANALYSIS
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HARTREE KCAL/MOLE
ELECTROSTATIC ENERGY ES= -0.011414 -7.16
EXCHANGE REPULSION ENERGY EX= 0.008788 5.51
POLARIZATION ENERGY PL= -0.001679 -1.05
CHARGE TRANSFER ENERGY CT= -0.007053 -4.43
HIGH ORDER COUPLING ENERGY MIX= 0.000166 0.10
TOTAL INTERACTION ENERGY, DELTA-E= -0.011193 -7.02
水素結合と同じくらいの強さかな。
以下、STO-3Gで構造最適化した座標を使ってつくったインプット
$BASIS GBASIS=STO NGAUSS=3 NDFUNC=1 $END
$CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=MOROKUMA MAXIT=200 ICHARG=1 MULT=1 $END
$MOROKM IATM(1)=17 ICHM(1)=1 $END
$DATA
W188_BET.out
C1
N 7.0 26.56861 22.88472 72.47206
C 6.0 25.05591 23.05763 72.38527
C 6.0 27.18276 23.04159 71.08205
C 6.0 27.14794 23.94295 73.40648
C 6.0 26.89124 21.49601 73.01604
H 1.0 24.65761 22.29324 71.71973
H 1.0 24.84300 24.05067 71.99229
H 1.0 26.95089 24.04166 70.71972
H 1.0 26.73892 22.29197 70.42917
H 1.0 28.26387 22.89551 71.15590
H 1.0 26.89847 24.92550 73.00913
H 1.0 28.22884 23.81270 73.44995
H 1.0 26.70726 23.81001 74.39332
H 1.0 26.46855 20.75492 72.33939
H 1.0 26.44825 21.40230 74.00640
H 1.0 27.97398 21.38820 73.06968
H 1.0 24.63622 22.94695 73.38408
C 6.0 30.61324 20.49644 72.40614
C 6.0 30.47183 21.03406 71.19420
C 6.0 30.79531 21.59051 73.36029
C 6.0 30.75216 22.77934 72.62888
C 6.0 31.00908 21.63948 74.74382
N 7.0 30.43745 22.45766 71.27884
C 6.0 30.92671 24.02761 73.23103
C 6.0 31.18435 22.86580 75.34238
C 6.0 31.14962 24.05129 74.58925
H 1.0 30.33993 20.55500 70.23268
H 1.0 31.04481 20.72825 75.32842
H 1.0 30.86231 23.00634 70.52231
H 1.0 30.90815 24.93911 72.64846
H 1.0 31.36065 22.92555 76.40870
H 1.0 31.30378 24.99933 75.08996
H 1.0 30.61446 19.44515 72.64676
$END
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