11052009 chemoinformatics DMPK
我が国における医薬品開発に関する提言探索的早期臨床試験とPK/PD 試験の推進という資料で。
PB-PKモデルは概念的なコンパートメントモデルを仮定せず，薬物が経口あるいは非経口で投与された後に起きる吸収，分布，代謝及び排泄を，薬物の分子特性(蛋白結合，膜透過性，酵素親和性等)と生理学的･解剖学的データベース(組織容量，血流速度等)により表現した物理学的な薬物動態モデルである．
これを、思いついた時に試せるような状況にしておきたいのだが、なかなか良い書籍がみつからない。
10052009 chemoinformatics R DMPK
chemoinformatics的には最もlateなフェーズである、QSPkRとかモデル動物からヒト外挿あたりにブームがやってきたので、色々と調べたりいじったりする日々を。
どっちかっていうとPK/PD,PBPKのようなモデルに興味があるのでそういったパッケージがないかと、CRANを漁った。
CRAN Task View: Analysis of Pharmacokinetic DataによるとPK/PD modelはnlmeODEパッケージを使えばいいらしい。
PBPKに関してはR-ForgeにRDynamicってのを見つけた。
ちょっとnlmeODEのサンプルを
data(Theoph) TheophODE <- Theoph TheophODE$Dose[TheophODE$Time!=0] <- 0 TheophODE$Cmt <- rep(1,dim(TheophODE)[1]) OneComp <- list(DiffEq=list( dy1dt = ~ -ka*y1 ,dy2dt = ~ ka*y1-ke*y2), ObsEq=list( c1 = ~ 0, c2 = ~ y2/CL*ke), Parms=c("ka","ke","CL"), States=c("y1","y2"), Init=list(0,0)) TheophModel <- nlmeODE(OneComp,TheophODE) Theoph.nlme <- nlme(conc ~ TheophModel(ka,ke,CL,Time,Subject), data = TheophODE, fixed=ka+ke+CL~1, random = pdDiag(ka+CL~1), start=c(ka=0.5,ke=-2.5,CL=-3.2), control=list(returnObject=TRUE,msVerbose=TRUE), verbose=TRUE) plot(augPred(Theoph.nlme,level=0:1))
よくよく考えてみるに、既に3年くらい前にはこういうことに必要性を認識していたのだけどなぁ。
Computer Applications in Pharmaceutical Research and Development (Wiley Series in Drug Discovery and Development)15042009 chemoinformatics Python
pybelでのRECAP実装が投稿されたもようだが、実際はopenbabelバインディングでの実装なのかな。
あとで試す。
13042009 chemoinformatics q-chem
ちょっと来月の頭に講演をしなきゃいけなくなったので、色々と考えていたら 、僕のシステムバイオロジー的な世界観というものは、古代インドの宇宙観にわりと近いのではないかという結論に達した。
つまり、ゲノムは蛇であり、量子化学的世界とはこの世の全てを取り巻くトラパーの波であり、真理なのであった。
24032009 chemoinformatics bioinformatics git
Chemistry::RECAPをGitHubに置けばいいんじゃないか、なんて思いユーザー登録した。
macbookで作業していて、
オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析
システムバイオロジーの展開―生物学の新しいアプローチ (Springer reviews)
交響詩篇エウレカセブン DVD-BOX (初回限定生産)$ ssh git@github.com
Hi kzfm! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.
と出るのだけど、実際にpushしてみると
$ git push origin master
Repository not found. If you've just created it, please try again in a few seconds.
fatal: The remote end hung up unexpectedly
と言われて全然先にすすまない。あーだこーだと2時間くらい格闘していて、いい加減嫌になってきた。
試しにfedora8の入ったlinuxからだとgit pushがあっさり通った。あーなにがいけないんだろうか？macbookからpushできないと困るなぁ。
あと、bioperlのMoose版プロジェクトを発見。bioperlのwikiにもあった。
あとでチェックする。
22032009 chemoinformatics perl PerlMol
Chemistry::RECAPというモジュールを書いたのでケモインフォクックブックも更新しといた。
インストールはダウンロードして
tar xvfz Chemistry-RECAP-0.01.tar.gz
cd Chemistry-RECAP-0.01
perl Makefile.PL
make
make test
sudo make install
PerlMolのインストールと使い方は以下の書籍が参考になるかも。
18032009 chemoinformatics
17032009 chemoinformatics work life
来期は(なんというか希望とかそういうのは通らずに)、思っていた方向と逆のSBDDとかLBDDバリバリにアサインされそうな感じ。正直、鮫肌でチャクラを削られちゃった僕としては、もうそっち系のを練る気力は残ってませんよ？！
一方、lispでバリバリコードを書いて覚えるという状況としてはナイスな気もするので、来期は職場でperl,pythonでコード書くのを止めてみよう。
あとは、クックブックも書かなきゃなぁ。
以下TODO
あたりはやっときたい。
21022009 chemoinformatics bioinformatics
献本していただいた。
05022009 chemoinformatics
これ欲しい
Molecular Descriptors for Chemoinformatics (Methods and Principles in Medicinal Chemistry)デジイチ買えるくらい高いけど
NARUTO-ナルト- DVD-BOX II 始動!木ノ葉崩し