Drkcore

pybelでRECAP

pybelでのRECAP実装が投稿されたもようだが、実際はopenbabelバインディングでの実装なのかな。

あとで試す。

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13042009 chemoinformatics q-chem

システムバイオロジー的な世界観

ちょっと来月の頭に講演をしなきゃいけなくなったので、色々と考えていたら、僕のシステムバイオロジー的な世界観というものは、古代インドの宇宙観にわりと近いのではないかという結論に達した。

world

臓器は生体を支え
細胞は臓器を支え
タンパク質は細胞を支え
ゲノム（核酸）はタンパク質を支える

つまり、ゲノムは蛇であり、量子化学的世界とはこの世の全てを取り巻くトラパーの波であり、真理なのであった。

システムバイオロジーの展開―生物学の新しいアプローチ (Springer reviews)

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24032009 chemoinformatics bioinformatics git

GitHub

Chemistry::RECAPをGitHubに置けばいいんじゃないか、なんて思いユーザー登録した。

macbookで作業していて、

$ ssh git@github.com
Hi kzfm! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.

と出るのだけど、実際にpushしてみると

$ git push origin master
Repository not found. If you've just created it, please try again in a few seconds.
fatal: The remote end hung up unexpectedly

と言われて全然先にすすまない。あーだこーだと2時間くらい格闘していて、いい加減嫌になってきた。

試しにfedora8の入ったlinuxからだとgit pushがあっさり通った。あーなにがいけないんだろうか？macbookからpushできないと困るなぁ。

あと、bioperlのMoose版プロジェクトを発見。bioperlのwikiにもあった。

あとでチェックする。

22032009 chemoinformatics perl PerlMol

Chemistry::RECAP

Chemistry::RECAPというモジュールを書いたのでケモインフォクックブックも更新しといた。

RECAPルールで構造を切断したい

インストールはダウンロードして

tar xvfz Chemistry-RECAP-0.01.tar.gz 
cd Chemistry-RECAP-0.01
perl Makefile.PL 
make 
make test
sudo make install

PerlMolのインストールと使い方は以下の書籍が参考になるかも。

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18032009 chemoinformatics

Planet ChemoinformaticsにJournal of Cheminformaticsを追加

追加

17032009 chemoinformatics work life

仕事のこと

来期は(なんというか希望とかそういうのは通らずに)、思っていた方向と逆のSBDDとかLBDDバリバリにアサインされそうな感じ。正直、鮫肌でチャクラを削られちゃった僕としては、もうそっち系のを練る気力は残ってませんよ？！

NARUTO-ナルト- DVD-BOX II 始動!木ノ葉崩し

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一方、lispでバリバリコードを書いて覚えるという状況としてはナイスな気もするので、来期は職場でperl,pythonでコード書くのを止めてみよう。

あとは、クックブックも書かなきゃなぁ。

以下TODO

perlmolでRECAP実装
perlmol互換のopenbabelのperlラッパを用意する
CLOSでperlmol相当のものを創る。

あたりはやっときたい。

21022009 chemoinformatics bioinformatics

オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析

献本していただいた。

1235177265

05022009 chemoinformatics

Molecular Descriptors for Chemoinformatics

これ欲しい

Molecular Descriptors for Chemoinformatics (Methods and Principles in Medicinal Chemistry)
Roberto Todeschini
Wiley-VCH / 37864円 ( 2009-08-17 )

デジイチ買えるくらい高いけど

23012009 chemoinformatics work

アップユーザー

製薬系のアプリケーションの充実っぷりはなかなか凄くて、コードなんかかけなくてもGUIのアプリをいじっているだけで労働ができる(not研究)。さらにアイコンをつなぎあわせるだけで、ワークフローが構成できるyahoo pipesみたいなのもあって、スクリプトなんて書く必要もなかったりとか。

そういう人達を（コードなんて書かないで）アプリケーションを専門に使うヒトという意味を込めてアップユーザーとか言ったりする。昔はアップユーザーにもノウハウが必要だったり経験がないとうまく結果を出せなかったりしたのでジョブとしても重要だったりしたんだけど、アプリケーション自体がどんどん賢くなってきててノウハウなんかなくてもボタン押すだけである程度だれでも使えるようになっている。で、そういう機械に使われる系の労働力はものすごいコモディテイ化してるよなぁっていう話はたまにされていたり。