24052009 chemoinformatics work
リードホッピングとはつまるところ、選択されなかったより良い未来を、過去にさかのぼり選択しなおすことだと思うのだ。または、現在の結果が(成功にせよ失敗にせよ)選択されたことで、過去の時点の確率が変化したというベイズっぽい解釈でもよいかと。
上の図でいうと外側のサークルを類似性とかで辿ったとしてもホッピングなんて成し遂げられなくて、もっと、最初の化合物に近いところにさかのぼりつつうまい分岐点で辿りなおさないといけない。
そのためには化合物のデータベースがここの化合物がどう継承されるかを記録されプロジェクト毎にツリーとして表せるようにしておかないといけないんだろうなぁ、なんて思うわけだ。
22052009 chemoinformatics
12052009 chemoinformatics DMPK
はじめて読むならこれがお薦めか。ケモインフォマティクスな僕にとってはある程度数式とか統計の話がくっついていたほうが、知識と照らし合わせながら覚えていけるので分かりやすかった。
ちょっと7章だけプロットしてみた。
はじめての薬物速度論Cp <- function(t){86.22 * exp(-4.55 * t) + 13.63 * exp(-0.438 * t)
Cppo <- function(t){456700/(9128*(4.567-0.438)) * (exp(-0.438 * t) - exp(-4.567 * t))}
par(mfrow = c(2,1))
plot(Cppo,0,10)
plot(Cp,0,10)
演習の多そうなこっちもやっとくべきか。
11052009 chemoinformatics DMPK
我が国における医薬品開発に関する提言探索的早期臨床試験とPK/PD 試験の推進という資料で。
PB-PKモデルは概念的なコンパートメントモデルを仮定せず，薬物が経口あるいは非経口で投与された後に起きる吸収，分布，代謝及び排泄を，薬物の分子特性(蛋白結合，膜透過性，酵素親和性等)と生理学的･解剖学的データベース(組織容量，血流速度等)により表現した物理学的な薬物動態モデルである．
これを、思いついた時に試せるような状況にしておきたいのだが、なかなか良い書籍がみつからない。
10052009 chemoinformatics R DMPK
chemoinformatics的には最もlateなフェーズである、QSPkRとかモデル動物からヒト外挿あたりにブームがやってきたので、色々と調べたりいじったりする日々を。
どっちかっていうとPK/PD,PBPKのようなモデルに興味があるのでそういったパッケージがないかと、CRANを漁った。
CRAN Task View: Analysis of Pharmacokinetic DataによるとPK/PD modelはnlmeODEパッケージを使えばいいらしい。
PBPKに関してはR-ForgeにRDynamicってのを見つけた。
ちょっとnlmeODEのサンプルを
data(Theoph) TheophODE <- Theoph TheophODE$Dose[TheophODE$Time!=0] <- 0 TheophODE$Cmt <- rep(1,dim(TheophODE)[1]) OneComp <- list(DiffEq=list( dy1dt = ~ -ka*y1 ,dy2dt = ~ ka*y1-ke*y2), ObsEq=list( c1 = ~ 0, c2 = ~ y2/CL*ke), Parms=c("ka","ke","CL"), States=c("y1","y2"), Init=list(0,0)) TheophModel <- nlmeODE(OneComp,TheophODE) Theoph.nlme <- nlme(conc ~ TheophModel(ka,ke,CL,Time,Subject), data = TheophODE, fixed=ka+ke+CL~1, random = pdDiag(ka+CL~1), start=c(ka=0.5,ke=-2.5,CL=-3.2), control=list(returnObject=TRUE,msVerbose=TRUE), verbose=TRUE) plot(augPred(Theoph.nlme,level=0:1))
よくよく考えてみるに、既に3年くらい前にはこういうことに必要性を認識していたのだけどなぁ。
Computer Applications in Pharmaceutical Research and Development (Wiley Series in Drug Discovery and Development)15042009 chemoinformatics Python
pybelでのRECAP実装が投稿されたもようだが、実際はopenbabelバインディングでの実装なのかな。
あとで試す。
13042009 chemoinformatics q-chem
ちょっと来月の頭に講演をしなきゃいけなくなったので、色々と考えていたら 、僕のシステムバイオロジー的な世界観というものは、古代インドの宇宙観にわりと近いのではないかという結論に達した。
つまり、ゲノムは蛇であり、量子化学的世界とはこの世の全てを取り巻くトラパーの波であり、真理なのであった。
24032009 chemoinformatics bioinformatics git
Chemistry::RECAPをGitHubに置けばいいんじゃないか、なんて思いユーザー登録した。
macbookで作業していて、
ファーマコキネティクス―演習による理解
オープンソースで始めるゲノム・プロテオーム・メタボローム解析
システムバイオロジーの展開―生物学の新しいアプローチ (Springer reviews)
交響詩篇エウレカセブン DVD-BOX (初回限定生産)$ ssh git@github.com
Hi kzfm! You've successfully authenticated, but GitHub does not provide shell access.
と出るのだけど、実際にpushしてみると
$ git push origin master
Repository not found. If you've just created it, please try again in a few seconds.
fatal: The remote end hung up unexpectedly
と言われて全然先にすすまない。あーだこーだと2時間くらい格闘していて、いい加減嫌になってきた。
試しにfedora8の入ったlinuxからだとgit pushがあっさり通った。あーなにがいけないんだろうか？macbookからpushできないと困るなぁ。
あと、bioperlのMoose版プロジェクトを発見。bioperlのwikiにもあった。
あとでチェックする。
22032009 chemoinformatics perl PerlMol
Chemistry::RECAPというモジュールを書いたのでケモインフォクックブックも更新しといた。
インストールはダウンロードして
tar xvfz Chemistry-RECAP-0.01.tar.gz
cd Chemistry-RECAP-0.01
perl Makefile.PL
make
make test
sudo make install
PerlMolのインストールと使い方は以下の書籍が参考になるかも。
18032009 chemoinformatics