12月の頭に反省会改め、バイオインフォ友の会をgawa mishimaで開催してきました。

料理に夢中になるので、やごみと比較して会話が少なめでしたｗ

先週は、久しぶりにタップルームに行って昼飲みしてきた。昼飲み最高です☆

昨日は久しぶりに一歩さんにお邪魔してきました。

独楽蔵は初めて飲んだが、とても美味しかった。

安定の開運

麻婆豆腐の麻感がたまらない

ココらへんはやばかったけど、ヤバすぎて裏書はのせないｗ

店主とお客さんとの会話も堪能した☆（天保十三年の最初の酒を寝かせてるって凄いわ…）

あと白隠正宗のおりおりおりおりは裏のらべるのおりがひとつ足りなかったｗ

御殿場でシンポジウムがあったので、久しぶりにその当時の研究所の面々で飲むことになった（ノリというか流れというかｗ）。

三島駅の北口のフレンチのお店。

牡蠣のなんか。これはとても美味しかった。

鴨のコンフィも美味しかったのだけど自分の体調的にちょっと重かった。食べる気満々で頼んだのに…　

デザートはタルトタタンにした。メニュー見た瞬間にあんぽ柿に決めたのだけど、終わっていて残念。

あとは、小布施ワイナリーのワインがやたらと美味くて感動した。ワインは自分で選ばずにヒトに選んでもらうに限るｗ

その後、香香飯店に移って、ちょっと飲んで終電ギリギリで帰宅。楽しかったので泊まればよかったかなーとｗ

いろんな話が聞けてとても良かった。ここ数年社内ニート気味だったけど、頑張ろうかなっていう気持ちにさせられた。

反省会と次回のテーマとか諸々決めるつもりが、日程しか決まらなかったｗ

次回は10/25(sat)です。予定を空けておいてください。

僕はGAMESS+pygamessの説明かCytoscapeでchemoinformaticsなハンズオンをやろうかなと思っています。

イワシとエンガワ

イワシとイカの天ぷら。イワシの天ぷら美味かった

磯辺揚げとマグロ

色々話せて楽しい飲み会だった。皆様お疲れ様でした☆

発表者の方、参加者の方お疲れ様でした。

RedmineのLTのは生々しいのでpandasの話だけslideshareにあげてあります。

今回新しく試したことはQuestantを使ったアンケートを用意したことかな。あと、一次会の予約が通ってなくて（あの店はあるあるなので気にしないｗ）ちょっと狭い部屋になったけど、懇親の密度があがって結果オーライですね(二次会の分くらいまで飲んでたしｗ)

次回もよろしくお願いします☆

三島バルあたりにぶつけられればと考えていますｗ

Pythonによるデータ分析入門 ―NumPy、pandasを使ったデータ処理
Wes McKinney
オライリージャパン / 3780円 ( 2013-12-26 )

• Mishima.syk #3
• Mishima.syk #3 懇親会

ただいま、絶賛スライド作成中です。

なんというかscikit-learnのインストールではまっていたｗ。というより色々やっているうちにpipが壊れてわけがわからんようになったのでsofを見ながら治した。治療ｗ

brew install python --build-from-source
sudo pip install numpy --upgrade
sudo pip install matplotlib --upgrade
sudo pip install scikit-learn --upgrade
sudo pip install ggplot --upgrade
sudo pip install psycopg2 --upgrade
sudo pip install pychembldb --upgrade

/usr/bin/pythonを使うならScipy Superpackでいいんだけどね。homebrewのpythonで使うならこっちを見ながら。

ちなみに

brew install gfortran

のところは

brew install gcc

でいいです（今はgfortranはgccに含まれているので）

いわしかくにん、よかった♡　(画像はイメージです)

今回は

• Redmineの事例
• 統合TV
• RDKit
• Check.IO

Redmineの事例はLT含めると3演題くらいになると思います。カルチャーの違いで何が受けるか分からない（うちはスクラムダメだったw）ので試行錯誤の共有化ができればいいなと思っています。

Check.IOは初心者向けのハンズオンになると思うので、ちょっとプログラミングにも興味あるんだけどなーという方は参加するとPythonを楽しみながら学べると思います。

時間に余裕があればggplot,pandas,scikit-learnなんかもやれればいいなと思っています。

• Mishima.syk #3
• Mishima.syk #3 懇親会

皆様の参加をお待ちしています☆

製薬やLS業界向けRedmineハンズオンお疲れ様でした。オープンソースなツールはベンダーのセミナーでは発表しにくいし、情報共有できるような機会も限られているので、色々情報交換できて有意義な週末でした。

僕はRedmine,Git,Sphinxの話をしたのですが、参加者のスキルがいまいちわからなかったために全て導入編みたいな感じになってしまったけど、使いはじめるきっかけにしていただけたらいいなぁと思います。

個人的にはHTSやメディシナルケミスト向けの事例は面白かったですね。イテレーション繰り返すような場合はカンバンのほうが使いやすいのかなと思った。あとはH2L、リードファインディングはカンバンのほうがいいやろねと。HTSはスクリーニングっていうよりは実験計画法みたいな感じで考えたほうがいいんだろうなぁ。

• かんばん！～もし女子高生がRedmineで「スクラム」開発をしたら

Redmineの本だったらこれかな。

Redmineによるタスクマネジメント実践技法
小川 明彦
翔泳社 / 3444円 ( 2010-10-13 )

Sphinxは使ってみないと価値が実感できないかなと。あとはバージョン管理と組み合わせてpull,push入れてデプロイ楽にしたりとかいろいろ工夫するとよリ便利に使えると思います。

• Sphinxをはじめよう
• http://sphinx-users.jp/

Gitは色々端折ってしまったけど、入門のサイトが色々あるので

• サルでもわかるGit入門
• git入門

懇親会

懇親会は三島バルに参加して二次会はあづさに集まるという変則的な流れで。5枚綴りではなく3枚綴りはちょうどよかった。

ひなよし -> 登喜和 -> il cocciuto

という順番でまわってみましたが、日本酒を扱う店舗が少ないので最後はワインにはしってしまった。しかも、ほとんど写真とってない。

登喜和

il cocciuto

二日目はもくもくした後、沼津のタップルームに移動して地ビール昼のみで締めた☆

次回は新年会と称して1月の中旬頃を予定しております。ChEMBLあたりのデータをどう使っていくかといったような話題を希望している方が多そうなので、次回はそんな話も含めようかと。

前回に三島バルに参加した時にも感じたんだけど酒のんで街歩きしてるのにtweetとか難易度高すぎなので、QRコードでチェックインみたいなノリでtweetするようにしてくれんかなーと。

こんなに簡単だよ? pythonだったらこんだけでQRコードを出力できる☆

# -*- coding: utf-8 -*-
import qrencode
import urllib
url = "http://blog.kzfmix.com/entry/1380714052"
text = "QRコードでバルのお店にチェクイン的なtweetできると嬉しいなぁ #三島バル "
tweet_template = "http://twitter.com/share?url={}&text={}&via=fmkz___"
qrencode.encode_scaled(tweet_template.format(url, urllib.quote(text)), 200)[2].save("mishima_bar.png")

あとはQRコード読み取ればtweetできるで。

ユーザーのメリットは

• いちいちフリック入力しなくて良い

バル側のメリットは

• （一定以上のtwitterユーザーがいれば）トレーサブルなデータが得られるはず

やりました。virthualenvを快適に使うためのvirthualenvwrapperの話と、

静的サイトジェネレーターのHakyllの話をしてきた。Hakyllは導入するとこで時間切れになってしまったので残念。結構便利だと思うので、もっと広まって欲しい。

懇親会は鈴木屋で。

Virthualenvwrapperとは

Haskellでサンドボックス環境を構築するにはvirthualenvかcabal-devがポピュラーだと思います（が後者は使ったことない）。

virthualenvを使う場合、仮想環境を構築したいディレクトリに移動してvirthualenvコマンドを叩いてファイルのコピーなどをした後に source .virthualenv/bin/activateで仮想環境に入る必要があるため、以下の問題があります。

• 仮想環境が増えていくとディレクトリの管理が大変になってくる
• virthualenv -> source .virthualenv/bin/activateはルーチンなので面倒くさい

Virthualenvwrapperはこれらを解決するものです。virthualenvwrapperを使うと、

• 仮想環境は.virthualenvディレクトリ以下に作成される(mkvhenv)
• 仮想環境のディレクトリに移動してactivateをするコマンドを提供(workhon)
• 仮想環境のリスト(lsvirthualenv)
• 仮想環境削除(rmvirthualenv)

なかなか便利です。

今週末です。発表者と参加者募集中。今のところ

• virthualenvwrapperの紹介
• persistent入門

をやる予定にしてますが、他にioDriveでHaskell使うとどんな感じなの？とかそんな発表も期待してます。

時間が余るようだったらHakyllのハンズオンでもやる予定にしてます。

僕の場合はマイクロフレームワークはFlaskで静的サイトジェネレータはHakyllを使っている。

フルスタックのフレームワークはあまり好きじゃないんだけど、使うならYesodを習得したいなぁと思っているが。

2/23@三島です。

• 三島Haskell無名関数の会 第2回目

内容はこれから更新していきますが、懇親会は鈴木屋でホルモンをいただく感じです（というかこっちがメイン）。

僕はvirthualenvwrapperの話とoptparse-applicativeでなんかコマンドをつくるというネタでもやろうかなと思っている。