27112016 chemoinformatics tensorflow
次回のMishima.sykまで2週間を切りました。そろそろハンズオンの準備を開始しています。
尚、ハンズオンでは作業環境を揃えるために事前準備が必要なのでよろしくお願いします。一応cloud9でもいけるように用意しているそうなのでネットに繋げさえすればOKみたいですが。
さて、ハンズオンのためにサンプルデータを選ばなきゃいけないんだけど、ChEMBLからアッセイ系選んで含まれている全ての化合物情報をsdfでダウンロードしたけど属性に活性値が付いてなかった。
アレレのレですよ。
なんかやり方あると思うんだけど、とりあえずはpychembldbで活性値付きのsdfを出力するようなものを作った。しかも自分の中で最近ブームが来まくり100%中の100%なclickを使ってコマンドにしてみた。
from rdkit import Chem from pychembldb import * import click @click.command() @click.argument("chembl_id") def chemblid2sdf(chembl_id): assay = chembldb.query(Assay).filter_by(chembl_id=chembl_id).first() w = Chem.SDWriter("{}.sdf".format(chembl_id)) for activity in assay.activities: m = Chem.MolFromMolBlock(activity.compound.molecule.structure.molfile) act = activity.standard_value m.SetProp("ACTIVITY", str(act)) w.write(m) if __name__ == '__main__': chemblid2sdf()
尚、幽遊白書コラボでモンストに戻ってみたけど、持てる(無料)オーブの全てをつぎ込んだけど、ガチャは飛影しか出ないし戸愚呂100%中の100%は3ステージくらいまでしか進めないしで心が折れた。
心が折れたといえば、ポケモンGoも寒すぎて歩く気力も削がれた上にレベル31で飽きが来た。メタモンは取ったけど…
白いへび眠る島
土曜の昼は中華街
伊豆・沼津・富士・静岡・焼津・浜名湖 「食の都」を巡る旅 ふじのくに食のガイドブック
インターフォン (幻冬舎文庫)
料理の四面体 (中公文庫)
小さなおもてなし100レシピ―河村みち子のTOKYOスタイルおうちごはん (Saita mook)
365日アボカドの本
からだにやさしい「干す」「漬ける」だけの自家製レシピ (講談社のお料理BOOK)
ウー・ウェン 体がよろこぶ季節のごはん
探偵ガリレオ (文春文庫)
カササギたちの四季 (光文社文庫)
まずいスープ (新潮文庫)