21042006 bioperl
どうでもいいひとにとっては些細なことかもしれんがBioperl Users Group in JapanがPHPなのが気になった。
KWIKIとかFreeStyle Wikiとかのperlなwikiという選択肢はなかったのかにゃ。
biophpってあんのかな？とかおもったらあんのね、びびった。
あと、Ajaxとかそんな処理するためにbioprototype.jsとかあればええなぁ。マルチプルアライメントの結果のアミノ酸onmouseoverしたら対応する立体構造の領域がハイライトするとか。そんな素敵なライブラリがあればええかも。
20042006 blosxom
ずっとfindプラグインを使ってきたんだけど、エントリが増えてきて結構負荷がかかるようになってきたのと、たまにロボットが検索たどりやがると非力なうちのサーバーがスワップするのが気に入らんので、google検索に切り替えた。
JavaScriptを用いてサイト内検索を参考にonSubmitイベントでsite:kerolin.jspeed.jpを追加するようにしたので、検索はOK
あとはGoogle サイトマップでもれなく巡回させるようにすればいい。
Ck2BloggerのようにGoogleSitemaps用のXML吐くフレーバー用意して、Ck2Bloggerを参考にoverride_num_entriesを導入したが、うまく件数の調整ができず。
なんでかなぁと、小技Tipsみたいに環境変数で設定ファイルをいじってみたけどこれもだめ。
どうも、ページングで使っているyoshitakaプラグインの気が。とりあえず今日はココまで。
20042006 R
一年くらい前の下書きエントリが残っていたのでまとめてみた。ちなみに僕は会社に入ってから統計覚えたにわか(エセ?)スタティシャンで、お気楽統計が好き。t検定とかF検定とかほとんどやらない。むしろSVMとかベイズとか好んで使います。もちろんPCAとかで空間にマップするのもみて面白いんで、テキストマイニングも大好きだ。
というわけでちょっと、偏ってるかもん。
自分の過去のエントリ見てみると、perlからRを呼び出してつかったり、scipyとかnumpyに惹かれてるようだけど、視覚化ツールとしてのRも結構好き。
ファーストチョイスはこれ。
Rの使い方の本だ。実際にRで動かして感触を得ながら読み進めていくのがよいかと。数値計算に関する話とか、行列計算とか丁寧に書かれているので理解しやすい。あとplotなんかの例が豊富で、それがまたRをいじる気にさせるわけだ。僕は15章のグラフィックスが一番役にたった。
そして、わからないとことか深く調べたいときにはRjpWikiで調べればよい。
欲を言えばオライリー本みたいにいい紙使って欲しかった（ちょっと重い）。
こちらは、Rの使い方を懇切丁寧にというよりは、初歩の統計をRのコードを交えながらという感じ。
感覚としてはperldocみたいに知りたいとこだけ知るにはいい感じ。だいたいRの使い方わかっていればperldocのSYNOPSISのように必要最低限記述してあるほうが使い勝手がいい。
名前にだまされたとかでアマゾンではいい点ついてないけど、僕は★★★★☆ぐらいかな。確かにR初心者で懇切丁寧な本を探してる人にはどうかなぁとは思う。あとは普通に統計学学んでる人にも書いてる内容が基本的すぎてつまらないのかも知れない。
でも、H2L(Hit-to-Lead)とかLO(Lead Optimization)に関わっててQSARとは違う切り口で統計的な手法なんか使ってみたいなぁ。とか思っている人にはいいかもよ。（明らかにアッセイ条件しくってて）R2ボロボロでシグモイド曲線もよれててカテゴリカルなんじゃね？って思うのに、IC50きっちり出しといたとか言い張られると、後ろでこそっとノンパラ検定やりたくなるでしょ、奥さん。みたいな。そんな時A5なサイズで厚みもそんなにないこの本をこっそり登場させると吉だ。
まんま事例集。最初のほうに初級者用の章があるがあんま役にたたん。この手の本にインストールのやり方書く必要あんのか？むしろpdfにしてCDに突っ込んどけばなんて思ってしまう。あと、想定されてる読者層がいまいちわからない。というのは、イントロダクション的な内容があったり、パッケージの作り方が書いてあったりとか、内容が盛り込みすぎなんだが、節操がないんだかわからんような構成で、質がまちまちなのは著者が章ごとにバラバラだから仕方ないのかな。正直1部に章を割く必要あるのかpdfで（以下略）
一応、16章がBioconductorの章になってんだけど、十数ページしかないし、マジにイントロだけなのでちょっとRでバイオインフォじゃ！みたいなノリで読むと物足りないこと間違いなし。スポッポファイアの事例集のが役に立つかなぁ。
むしろ参考になったのが
5章の時系列解析は、HTSなんかのマシンの癖によるエッジ効果っていうかバギーなウェルのチェックとか、経時変化による細胞のへたり具合分析ルーチン書いたりする際に参考になった。
6章8章が役に立ったのは、主にケモインフォで。カテゴリカルなデータとかバイナリなデータはケモインフォな記述子いじる場合避けては通れないし、タニモト係数で評価すんのはちょっとなあって時にロジスティック回帰などいいかと思う。まぁそんなときにはまずベイズ推定したりすることのが多いけどな。
あと、画像処理で遊びたいナァと思っているので8章も参考になった。
Rの入門書としてはどうかな？むしろアイデア頂いたりとか、新しい統計手法に触れたりとか、アイデアブックとして使っている。
19042006 plagger
plaggerいじりしていて集中力が切れたら、突然、狙い撃ちbyリンダが、、、、、
プラガ～プラガ～プラプラガ～～
うーん、頭から離れん。
18042006 music
ラストのExit Music (For a Film)/Cinematic Orchestraはやっぱかっこええ。最近のニンジャはええかんじやね。
他に良かったもの。Knives Outは結構新鮮だったな。
16042006
うちのスケジュールの共有はカレンダーに直接書き込んで、朝食の際、目の前のカレンダーで確認するというアナログな方法でまぁ、うまくいっている気がしていたんだけど、最近会社のスケジュールとバッティングさせてしまうことが多い。
で、オンラインのスケジューラーを探していたんだヨ。もともと候補に挙がっていたのがphpicalendarなんだけども、自分で使う分にはいいけど、自分のサーバーだと、認証とかイントラのアクセスでホストネームが変わることとかU隊長に説明するのメンドイなぁと躊躇していたら、、、、
調子ヨサゲなサービス出た
とりあえず、共有の設定してみた。
重ねて表示できるので便利。あとは職場(outlook)の予定をうまくインポートすればいいのかな。
16042006 静岡
久々に喜八朗で。
季節限定麺が変わっていて、酸辣とGPBになっていた。
GPBはガーリック、パセリ、バジルの略らしい。というわけで、それを注文（醤油と塩の合わせ味で）
結論を先に言うとちょっとはずれだったヨ。
GPBはオイル足しただけなんだろうけど、焦がし玉ねぎと、浮いてるネギ、胡麻がぶつかりあって、なんかオイリーな上に邪魔な感がした。
水菜の代わりにフレッシュイタリアンパセリにして欲しかったり、とかネギ抜くとかメンマもいらないかも、あとバジルって結構匂いがきついから使うの難しかったりするよな。
でも、ラーメンとか麺類にパセリ使うのって結構おもろいかも。家のパセリで試してみよう。パクチーとかうまいし。
ちゅうわけで、今度は酸辣注文してみよう。
15042006
一家に１枚周期表に加えて、一家に１枚ヒトゲノムマップってのが出来てた。
ゲノムのほうは、フラッシュおもろい。周期表の方もいじって楽しいやつ用意すりゃいいのに。でもゲノムのやつは一家に一枚とか言うてるわりには説明が難し過ぎのやつが結構あるんじゃないかなぁ。
pdfでダウンロードさすだけじゃなく、APIでも用意してたたけるようにしてくれるとおもろいのにな。
14042006 perl
Perl Best Practicesがおもろいので、良書と噂のこれも読んでみてますヨ。
のp.402で、こんなもんが
The R Tips―データ解析環境Rの基本技・グラフィックス活用集
Rによる統計解析の基礎 (Computer in Education and Research)
The R Book―データ解析環境Rの活用事例集
Exit Music: Songs for Radio Heads
オブジェクト指向Perlマスターコース―オブジェクト指向の概念とPerlによる実装方法
my ($class, %args) = @_;
my %data;
@data{@attrs} = @args{@attrs};
わからん ?!
そういえば、オーこれは！と思ってブックマークしてたっけなとか思い出したので探し出してきた。
my %member;
@member{qw(name age)} = qw(takefumi 23);
print Dumper %member;これやね。
Trickster 2.0 is coming ...: blog.bulknews.net
というわけで、僕が数年前につくった Pure perl の mp3 jukebox ソフトウェア Trickster の 2.0 を作ろうと思っています。
これはスンゲー面白そうだということにやっと気づいた今日この頃。 どっかで試す。