Plaggerのgmail_notify.tt

gmail_notify.ttは0.5.0をコピーして解決。

わかってしまえば、そりゃそうだと思うんだが、実は結構はまったり(謎)。ソースみればforeachでまわすんだろうナァと思いつつmail.ttをgmail_notify.ttという名前でコピーして、

エントリーが出ねぇ!何故じゃ!!

とかいって、WebService::Bloglinesをいじってみたりとか。

だんだん楽しくなってきた。


検索してきた向け(いい加減?)

subversion 入れて(Winだとtortoiseがいいのかな)

svn co http://svn.bulknews.net/repos/plagger/trunk/plagger/ Plagger

とかやる。でこれをassets_pathに設定する。

Plagger とプラグインシステムなどを参考に。

創薬シーンにも「バカ世界地図」あるわ

Perl の学習コストの話が面白くて色々読んでまわったんだけど、たどっていくうちに、アンカテ(Uncategorizable Blog) - ソフトウエア業界の「バカ世界地図」というのが興味深くて、僕のいまいるシーンに当てはめることができそうだと。

つまり、ケミストさんは合成が「世界」だと思っていて、薬理や動態は視野に入っているが、meta-SARの世界が見えてない。コンプケミさんは、SARの案件が標準的な案件と思っていて、合成は例外だと考える。つまり、お互いが自分独自のバカ世界地図を見ながら、話をしている状況なのである。そのくせ、「ドラッグライクネス」とか「QSPR」とか表面的に共通する語彙はたくさんあるから、よけい話が混乱する。

とでも例をあげておけばよいかな。「全体像」や「地図」のようなものが、共有されきれてないっていうか、カバーする範囲が広すぎて共有すること自体が困難だから、こういう例はいくらでも挙げられるかな。

アンカテ(Uncategorizable Blog) - ソフトウエア業界の「バカ世界地図」

複数の文化があることが問題なのではなくて、それらを包含する合意された枠組みが存在しないことが問題なのである。自分と遠い仕事をしている人を認識できないのでなく、複数の遠い仕事と自分の相対的な距離を把握できないことが問題なのである。

で、創薬シーンではこの距離をきちんと把握できる存在に呼称がついてるんじゃないかなぁ、と思った。

メディシナルケミスト

自分で定義してみると、おー、そういう存在目指して頑張ってみるかなーと思うかナァと思って書いてみたけど、

わいたかな? わからん。

麺屋中川で油そば

初めて注文してみたヨ、油そばwith辛豚。

油そば 油そば

思ったほど、油っぽくないし、麺がモチモチッとしているので油とうまく絡んで旨い。

あとは、チャーシュー炙ってあるので熱々でよかった。ただ、トッピングで頼んだ辛豚が冷たかったので、絡めると麺がさめちゃうのがアレかも。ラーメンに入れるといいのかもしれないが、熱い辛豚のほうが嬉しいかも。

次は油そばwith味玉かな。

麺屋中川

LoSBDD

SBDD(Structure Based Drug Design)の枠組みでLBDD(Ligand Based Drug Design)をやりたいなぁと最近考えている。つまり

LoSBDD(LBDD over SBDD)

ポピュラーな記述子の代わりに、複合体結晶構造の相互作用エネルギー(FMOみたいな量子化学計算したやつ)とかSIFtみたいな構造をよく反映した既述子やフィンガープリントを使ってQSARするのがおもろげ。

こっちはまぁなんとなく方向性は見えているからいいんだけど、ファーマコフォアみたいな薬理作用団な座標をうまいこと記述子に出来ないかナァっとふと思った。

Class::DBI::OracleでLongTruncOkのエラー

調子にのってClass::DBI::OracleでO/Rマッピングじゃ!とQSARやりやすいようにデータベースのモジュールを片っ端から書いたら、

DBD::Oracle::st fetchrow_array failed: ORA-24345: A Truncation or null fetch error occurred (DBD ERROR: ORA-01406 error on field 7 of 14, ora_type 8, LongReadLen too small and/or LongTruncOk not set) [for Statement "SELECT cmr, nnhoh, mixture, mwt, status, mlogp, smiles, tpsa, ro5_score FROM PHYSICO WHERE id=? " with ParamValues: :p1='99999'] at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.3/DBIx/ContextualFetch.pm line 88, line 203.

とエラーが。

どうも、smilesで突っ込んであった化合物情報が長すぎるっぽい。 今まで、問題にならなかったのはsmilesをselectする必要がなかったかららしい。

use base qw(Class::DBI::Oracle);

our $VERSION = '0.01';

# Preloaded methods go here.
__PACKAGE__->set_db('Main','dbi:Oracle:orcl','kzfm','kzfm',{LongReadLen => 20000});

__PACKAGE__->set_up_table("PHYSICO");

1;
__END__

とやってLongReadLenの値を変えてOKなかんじ。

agile drug discovery

最近でたセミナーで、

アジャイルな薬剤開発

agile drug discovery

だって。

よくかんがえるねぇと感心した。

Class::DBI::Oracle

Class::DBI::mysqlのset_up_table便利すぎなんで、最近もっぱらmysql派なんだけどオラクルにもないかなと探したらあった。

Class::DBI::Oracle

カラム名とか入れなくてもいいのに慣れちゃうとあれだ、ずぼらになる。というか、テーブル作る際にそのままCDBIで使えるようなわかりやすいカラム名付けたり、APIのこと考えたテーブルスキーマにするように努力したりするのでいいことなのかも。

転職情報もRSSリーダーとかで効率的に管理する時代なのかな

転職・求人情報検索結果 [仁王 nioh.jp]

仁王

とりあえずというかなんとなく、bloglinesで購読してみることにした。

「男前豆腐」ガシャポン

男前豆腐のガシャポン。

ITmedia News:「男前豆腐」がガシャポンに

バンダイは、男前豆腐店の豆腐製品をチェーン付きのミニチュアフィギュア化し、カプセル玩具自動販売機「ガシャポン」で5月上旬から販売する。

ジョニーのやつ欲しいかも。

ジョニーって最近パッケージが変わって二等分されてたよな。

アンビエント・ファインダビリティ

200ページとちょっとなので、二日くらいで読みきった。最後のほうはちょっとだらだら読みになってしまったが、、、、。値段も2Kきっているので、(オライリーにしては)いい感じ。

oreilly.co.jp -- Online Catalog: アンビエント・ファインダビリティ

どんなに有益な情報がネットワーク上に存在していたとしても、ユーザが見つけることができなければ、何の意味もありません。その「見つけやすさ」を表す新しい考え方が「ファインダビリティ」です。また、「アンビエント」はブライアン・イーノの「アンビエント・ミュージック」に触発された言葉で、無線ネット接続、モバイル機器、GPS、RFIDなどの技術によって可能になった、いつでも、どこでも、誰でも(モノであっても)、ネットワークに接続可能な世界を表しています。

本の内容は、ネットってアンビエント化してるよねって話だ。有史以来の探すということに関する歴史から始まり、ネットの出現で僕らはこれからどこへ向かうのだろうかってことを語ってます。

で、ファインダビリティはユーザビリティーに先行する というくだりが気になった。最近blogの検索をグーグルに変えて、sitemap使わないと検索できないエントリが結構あってイライラしたり。自分で存在すると認識しているからみつからないことにイライラするんだけど、他の人にとってみれば、googleでヒットなし=存在しないというロジックはごく自然になんだろうなぁと。でも、これってちょっと怖いなとか思った。だってsitemapでお願いしてクロールしてもらわないと存在してないとみなされるなんて、なんかやだよ。

あとは、

僕とミームとミームの生きる道

そんなことを考えさせられる本かも。

僕はネットのアンビエント化はミームのデローカライズ化(非局在化)に貢献すんのかなみたいな漠然とした感覚を持っている。例えば、転職なんかで誰かが抜けちゃうとその人のもってたノウハウなんかはさくっとなくなっちゃうというように、暗黙知は割と人に依存するよね。でも、wikiるとかSBSをうまく社内にもっておくことで、そういった人に依存していた暗黙知がネット上にとどまりやすくなるんじゃないかなぁと思っている(ミームの固定化)。

ミームは「ミームは文化の伝達や複製の基本単位」であり遺伝子のようにアトミックなものであると同時に波としての性質も併せ持って欲しいナァ。

そんな感じで、最近いろいろ考えさせられることが多い。