PlaggerっぽいことをwebブラウザのGUIでコントロールするよ。

って感じかな。
http://radar.oreilly.com/archives/2007/02/yahoo_pipes_the.html http://radar.oreilly.com/archives/2007/02/yahoo_pipes_dec.html

なかなか快適。

新しい記述子発生ソフトをGPLで使えることを知った。TMACCというそうだ。むーjavaか～とか言わないで、週末にでも実際に動かしてみる。そしてそのうちperlから呼べるように変える。実際、CDKが一番盛り上がってる感じだから、追っかけないとあかんなぁ。と同時に、オープンな記述子発生ソフトは貴重というか、増えてくると色々できて面白い。

Topological MAximum Cross-Correlation

論文によると解釈可能なcorrelation descriptorだそう。

• positive,negativeのチャージのプロパティを正負二つの特性として分けて考えるよ
• autocorrelationだけじゃなくてcross-correlationも考慮するよ。pos-posだけじゃなくて、pos-negative logSみたいな
• sum()は評価しないで、GRINDのように、最大値max()をとるよ

三番目の理由により、記述子とその位置が対応するので、どのアトムのどういうプロパティが重要かっていう解釈が可能。つまりMACCだとそういうことができて、CoMFAなノリ(はGRIND)でなくてトポロジカルな勢いで記述子作ってみたよってのがTMACC

という流れなので、モデル構築は普通にPLS

比較対照はHQSAR。これはなんかdayrightのハッシュっぽいやり方。GRIND,HQSARは下のURLを参照 http://chem.clubsse.com/Tripos/Tech/QSAR/Almond/Product.html http://chem.clubsse.com/Tripos/Tech/QSAR/HQSAR/product.html

HQSARみたいに部分構造から記述子つくるんだったらベイズみたいなほうが精度が上がるような気がするんだけど。という風に考えれば、TMACCを使ってベイズでモデル構築してもいいかもしんない。

TMACC-PLSで重要そうな原子をピックアップしてから、ファーマコフォアモデルを作成するっていう流れでもいいかもな感じだけどこれはトレーニングセット次第の気がする。

ちなみに、僕は解釈できる記述子信奉派です。よくわからない謎記述子は、仮に重要なファクターだって示唆されても、じゃぁどこをどういじればよさげな方向にいくのさ?て悩んで終わるだけだし。

javascriptを勉強している流れで、prototype.jsもさわったりとか、ググって色々みたりしてる。

mizzy.org - Catalystでajax (HTML::Prototypeモジュールの使い方)みてたら、Catalystのヘルパーでjs吐くって書いてたので、やってみた。

$ ./script/pbl_create.pl Prototype
created "/home/kzfm/catalyst/Pbl/script/../root/prototype.js"
created "/home/kzfm/catalyst/Pbl/script/../root/controls.js"
created "/home/kzfm/catalyst/Pbl/script/../root/dragdrop.js"
created "/home/kzfm/catalyst/Pbl/script/../root/effects.js"

おー吐いた、っていうか色々作成された。controls,dragdrop,effectsはscript.aculo.us由来らしい。

これから、Prototype API Documentationとか参考にソースでも読んでいくことにした。

いまさらというか、よくわからない順番で発見または再発見があるのでCatalsytは素敵。

Journal of LTjake (4001)

uri_with lets you add new (or replace existing) key-value pairs in the current request's URL. The following Template Toolkit code shows you how to take a URL (eg. http://example.com/search/?q=foo) and append next and previous page numbers (eg. http://example.com/search/?q=foo&page=2). It assumes that you have a Data::Page object in a stash variable called "pager".

というわけで、uri_with()を使うと、現在のURIに新たなキー値を付加することができるということなんだそうだ(知らなかった)。

ページ処理とかはこれですっきりしそう。

先週末は赤倉温泉にスキー旅行にいってた。スキーヤーの割合が多かったのでとりあえずスキー旅行と表記。

赤倉は実に6年ぶり。前回は若干吹雪いていて楽しさが半減したが、今回は土日共に晴れたうえに前夜には雪がふるという素敵っぷり。特に日曜は気温が下がっていて新雪が気持ちよかった。

初日は、コース制覇な感じでくまどーの方から観光ホテルコースのほうまで。観光ホテルのほうは混んでた、相変わらず。

赤倉温泉スキー場

両日ともホテルAコースがメイン。新雪は楽しい。

飽きてきたら、くまどーのボックスでも擦った。キッカーは入らず終了。

あとは、ギャップのB1が楽しい年頃だった。ダウンなほうが好きかも。

赤倉温泉スキーツアーの二日目は午後に移動が入るので、早めにあがってお昼でもと温泉街をぶらつく。なにやらあやしそうな食堂らしきものはいっぱいあって、まぁラーメンでも軽く食べとけばいいかなって感じだったんだけど、手打ち蕎麦の看板を見つけていってみることにした。

銀明荘

普通の民宿が昼にやっている感じで、普通に民宿の入り口からスリッパに履き替え、奥まったところの食堂に通されました。

注文は冷たいのはざる、天ざる、ざるとろろとのことなので、ざるとろろ注文。

蕎麦の香りが気持ちよくなかなかうまかった。でもちょっと切りが気持ち太いというか揃っていると嬉しかった。辛汁は好みのからさでとろろに合ってたので美味しかった。何も考えずに入ったお店にしては満足度が高かったかも。

javascript第3版を読んでから、WEB+DB PRESS Vol.35のAjax特集など読み返していたら、オブジェクトのメソッドをイベントハンドラにするっていうところでちょっと分からないことがあった。

WEB+DB PRESS Vol.35

技術評論社 / ?円 ( 2006-10-21 )

function Human(name){
    this.name = name;
}

Human.prototype = {
    sayMyName: function(){
        alert('My name is'  + this.name + '.');
    }
};

var kzfm = new Human('kzfmix');
setTimeout(kzfm.sayMyName, 1000);

はだめで、

setTimeout(function(){kzfm.sayMyName()}, 1000);

とする必要があると。一緒に乗ってたコンストラクタでやる例をみても、あー、クロージャなんだなってことで納得したんだけど、クロージャ使わない最初の例だとthisって何を指すんだろうと気になったので調べてみた(googleで)。

くーすーって美味しいよね クロージャとthisスコープ

このコードがなぜいけないかというと、イベントに渡された関数オブジェクトに含まれるthisが参照するのは、インスタンスのメソッドではないからだ。何をさしているかというとこの場合、thisはelementノードをさしている。

ふむー。なるほど。しかしjavascriptの場合ダンプってどうやるのかは分からずじまい。perlのData::Dumperみたいのはないんだろうか。

と思って、debug javascript dumperで検索かけたらビンゴ。はてなでも質問されてた

あとでちょっと使ってみる。

外部リンクにFaviconを表示するjavascript | caramel*vanillaを参考にPlanet Chemoinformaticsで購読しているフィードのfaviconを表示するようにしてみた。

Identicon面白そうと思ってたら、Image::Identiconができてた。

イントラで使っているサービスのユーザープロファイルのデフォルトアイコン（というか画像）を登録時のIPからIdenticonを生成して使うようにしてみた。

視覚化の技法としても面白そうだ。例えば、リファラをハッシュに変換してIdenticonとして並べていくようなblosxomプラグインを書いたらどんな感じになるかな。

ブラックのボトルに赤文字できりんざんでかなりいい感じのボトル。日本酒のボトルっぽくなくて好きです。

だが、酒に関してはちょっとすっきりしすぎる気が。ひやと燗つけて飲んでみたけど、イマイチコクというかどっしりしたものを感じないというか。

シャープなうまさと言われるとそうかなぁとは思うけど、旨さってかんじではないかな。食事にはあう系。