10022007 bioinformatics
DNA rainbow visualization - data visualization
a huge-size visualization of the human genetic code as thousands of pixels per chromosone. a color was assigned to every of the four bases (i.e. A, C, G, T) , which was rendered as pictures, as a "mix between science, art
DNA rainbow visualizationとかhuman genome randomが面白い。ゲノムのfastaファイルとかmore(vi)するとうんざりするけど、画像で見せられると楽しい。
ケミカルスペースなんかでも数億化合物とか扱うことが結構あるし、視覚化の技法とか尺度のとりかたもいろいろと研究していくといいんじゃないかな、と最近思ったりしている。
09022007 design
5,6,7章の特にユーザーとの対話する部分のデザインは参考になった。本という形で全体を眺めると、知っていることでも違った観点からの見方もできる。
そういえばfirefoxも2.0になってからタブに閉じるボタンがついて分かりやすくなったなぁ。(1.5はブラウザの右端にあって使いにくかった)
del.icio.usのdeleteみたいに、その場で要素が置き換わるのってなかなか使いやすくていいな。
とかそういうとこにも目が行くようになった。
09022007 DS
とりあえず予約
08022007 chemoinformatics R
Journal of Statistical Softwareでかなり面白い特集が。しかも読めるし。
chemoinformaticsの読み物としても結構楽しめる。plsとか丁寧に説明してある。特にChemical Informatics Functionality in Rなどがお奨め。RCDKで記述子結構発生させられるのね。ちょっと心惹かれるかも。
あとはModel-based Methods of Classification: Using the mclust Software in Chemometricsがいまいち理解できなかったのであとでちゃんと考えてみる。うまくあてはまるモデルを選択するだけなんだろうか?
アレイの論文でも探して読めばイメージしやすいような気がしてるけど。
とりあえず検索してみた。
08022007 catalyst
僕は、最近はDBIC_TRACE=1でsqlを常に出力させつつ
$c->log->debug();
でプリントデバッグっぽいやり方をするのが、デフォルトなんだが、Catalyst::Manual::Tutorial::Debuggingだと、$DB::single=1でブレークポイントを設定しといて、
$ perl -d script/myapp_server.pl
でデバッグすると吉とか書いてあった。
xで自由に式実行できるし、普通にコード書くときにはよくやるけど、Catalystでデバッグモード使ったことなかった。
っていうかどういうときに使うと便利なんだろうか？。DBICのデバッグだと、ログに出力されたsqlをsqlのプロンプトで直接打ってデバッグしたりするからなぁ。コントローラーで複雑な処理をするときに使うといい感じなのかも。
08022007 plagger
PlaggerっぽいことをwebブラウザのGUIでコントロールするよ。
って感じかな。
http://radar.oreilly.com/archives/2007/02/yahoo_pipes_the.html
http://radar.oreilly.com/archives/2007/02/yahoo_pipes_dec.html
なかなか快適。
07022007 chemoinformatics
新しい記述子発生ソフトをGPLで使えることを知った。TMACCというそうだ。むーjavaか～とか言わないで、週末にでも実際に動かしてみる。そしてそのうちperlから呼べるように変える。実際、CDKが一番盛り上がってる感じだから、追っかけないとあかんなぁ。と同時に、オープンな記述子発生ソフトは貴重というか、増えてくると色々できて面白い。
論文によると解釈可能なcorrelation descriptorだそう。
三番目の理由により、記述子とその位置が対応するので、どのアトムのどういうプロパティが重要かっていう解釈が可能。つまりMACCだとそういうことができて、CoMFAなノリ(はGRIND)でなくてトポロジカルな勢いで記述子作ってみたよってのがTMACC
という流れなので、モデル構築は普通にPLS
比較対照はHQSAR。これはなんかdayrightのハッシュっぽいやり方。GRIND,HQSARは下のURLを参照 http://chem.clubsse.com/Tripos/Tech/QSAR/Almond/Product.html http://chem.clubsse.com/Tripos/Tech/QSAR/HQSAR/product.html
HQSARみたいに部分構造から記述子つくるんだったらベイズみたいなほうが精度が上がるような気がするんだけど。という風に考えれば、TMACCを使ってベイズでモデル構築してもいいかもしんない。
TMACC-PLSで重要そうな原子をピックアップしてから、ファーマコフォアモデルを作成するっていう流れでもいいかもな感じだけどこれはトレーニングセット次第の気がする。
ちなみに、僕は解釈できる記述子信奉派です。よくわからない謎記述子は、仮に重要なファクターだって示唆されても、じゃぁどこをどういじればよさげな方向にいくのさ?て悩んで終わるだけだし。
javascriptを勉強している流れで、prototype.jsもさわったりとか、ググって色々みたりしてる。
mizzy.org - Catalystでajax (HTML::Prototypeモジュールの使い方)みてたら、Catalystのヘルパーでjs吐くって書いてたので、やってみた。
$ ./script/pbl_create.pl Prototype created "/home/kzfm/catalyst/Pbl/script/../root/prototype.js" created "/home/kzfm/catalyst/Pbl/script/../root/controls.js" created "/home/kzfm/catalyst/Pbl/script/../root/dragdrop.js" created "/home/kzfm/catalyst/Pbl/script/../root/effects.js"
おー吐いた、っていうか色々作成された。controls,dragdrop,effectsはscript.aculo.us由来らしい。
これから、Prototype API Documentationとか参考にソースでも読んでいくことにした。
06022007 catalyst
いまさらというか、よくわからない順番で発見または再発見があるのでCatalsytは素敵。
uri_with lets you add new (or replace existing) key-value pairs in the current request's URL. The following Template Toolkit code shows you how to take a URL (eg. http://example.com/search/?q=foo) and append next and previous page numbers (eg. http://example.com/search/?q=foo&page=2). It assumes that you have a Data::Page object in a stash variable called "pager".
というわけで、uri_with()を使うと、現在のURIに新たなキー値を付加することができるということなんだそうだ(知らなかった)。
ページ処理とかはこれですっきりしそう。
06022007 新潟
先週末は赤倉温泉にスキー旅行にいってた。スキーヤーの割合が多かったのでとりあえずスキー旅行と表記。
赤倉は実に6年ぶり。前回は若干吹雪いていて楽しさが半減したが、今回は土日共に晴れたうえに前夜には雪がふるという素敵っぷり。特に日曜は気温が下がっていて新雪が気持ちよかった。
初日は、コース制覇な感じでくまどーの方から観光ホテルコースのほうまで。観光ホテルのほうは混んでた、相変わらず。
両日ともホテルAコースがメイン。新雪は楽しい。
飽きてきたら、くまどーのボックスでも擦った。キッカーは入らず終了。
あとは、ギャップのB1が楽しい年頃だった。ダウンなほうが好きかも。
デザイニング・インターフェース ―パターンによる実践的インタラクションデザイン
ファイナルファンタジーXII レヴァナント・ウイング