美少女系の集まりで戦隊を組んで桜家に凸しました

うざく

うまきとうな重

夕方はリパブリューでビールとフィッシュアンドチップス

それからさらにビールとなんか食べました

以上です

新橋の日本酒バー

船堀の学会に行ってきました。今回みんなで仲良くポスター出してきたうえに全員オーラルでしかも初日だったので、発表終了後にお疲れ会をしてきました。

昼はゴヴィンダスでカレーを食べました。船堀に行ったら一度は寄らないといけない店かと思います。

お疲れ会会場。いきなり金の玉子がお通しで出て、これはポスター賞の予感ではという話をしていたら、一人ポスター賞を取りました、おめでとうございます。でも、（話すの）飽きたから出したくないという生成モデル（コンピュータに合成案提案させるやつ）の話を出したら、ベストポスター取れたのではないかと思いました。尚、生成モデルの話はうちでは既に当たり前過ぎてみんな応用の話（メドケムとかSBDDとか）をしたがるので、どこかで誰かが基本的なことを話したほうがいいような気がしています。まぁ、生成モデルは今後の分子設計には必須だと思うので、それを使って何を為すかっていうのに夢中になる気持ちはわからんでもないです。SaaSとかIaaSみたいにメドケムが抽象化されてプログラマブルに扱えるわけですからねｗ

というわけで、mishima.sykで電影少女のパロディで合成少女的な内容でやるのもありかなと思っています。まぁハンズオンもいいすけどね。

電影少女 全15巻完結(ジャンプコミックス) [マーケットプレイス コミックセット]
桂 正和
集英社 / ?円 ( )

金の卵と、山盛りトロぶつ

二日目の昼は大島に味噌ラーメンではなく塩ラーメンを食べに行きました。さらにこれがきっかけで来月の札幌出張に際して美味しい店リストを仕入れたので満足です。

三日目は「たくみ（感じ忘れた）」でつけ麺

去年は参加できなかったので今年は参加しました。

pythonの型の話が面白かったです。Are Python types Pythonic? それからjupyterの話も面白かった。

• Build text classification models 突然キャンセルになって他の聞きたいセッションも満席になってた
• 英語トラックなのに突然日本語にスイッチしてあれーってなった。準備不足だったのかな？

メルカリの人が多かった気がする。何年か前はソシャゲの会社が多かったけど。データサイエンス系のセッションは あまり多くなかった気がするのか興味のあるセッションが少なかっただけなのかはわからなかった。

ところで来年のPyCon APACはフィリピンだそうなので参加できたらいいなと思っている（Food.py）。

それからなんか発表したいけど、最近は創薬ネタしかないんだよなー。もっと家でコード書かないと駄目ですね。

蒲田の鳥万

近所のビートル

PyCon会場近くのにこまる三代目

久しぶりに吉原のコミュニティFでShizuoka.pyをやりました。

今回人が４人しか集まらなくて時間を持て余すのではないかと危惧したけれど全員濃いネタを持ち寄ってきて大変楽しい時間を過ごせました。

今回の演題は

• ESP32でMicroPythonを使ってみる話題(IoT) @hrs_sano645
• 製薬企業でpythonがどう使われていてDeep Learningで何をやっているのか？ @fmkz___
• pythonでdroneを制御する話 @ringtaro
• 型アノテーションよろしそう @fmkz___
• バイオデータベースをわかりやすく見せたい @oec014
• amazon dash button hack @hrs_sano645

今回おやつに杉山フルーツの生ゼリーを買ってみました。食べたくなったら次回来れば良いと思います。

pythonでdroneを飛ばす動画。DQNで訓練させて、絶対に捕まらないドローンとかできんのかな？ｗ

懇親会は予約していなかったので、流れで会場の向かいの居酒屋入ろうとしたらオープンしてなかったので、近所のインド人の経営しているカレー屋さんにお邪魔しました。飲み放題とディナーのセットで3Kだったんだけど、生ビールがすぐに切れたらしくビール頼むと店員さんが近所の酒屋にダッシュしに行くらしく、申し訳ないので後半はワインを飲みましたｗ料理はすごく美味しいのでもっと流行るべきお店だと思いました。

写真は生ビールのグラスに瓶ビールを注ぐ図(Figure. 1)。 右図はシーカバブで大変美味しかった。

ティッカかなんかとサラダ。奥のは左とは違う料理。

カレーは二種類来てチキンとマトン。マトンのほうが辛いし、スパイスも効いていて好み。ナンはこのあと更に二枚来た。

サービスで更に一皿頂いて満足

Shizuoka.pyも始めて5年位経つけど継続的に集まれるのが良いですね。今後もゆるく楽しくやっていきたいですね。

早速ポチった。これから東京に行くので新幹線の中で読もうっと

人形の国（３） (シリウスコミックス)
弐瓶勉
講談社 / ?円 ( 2018-09-07 )

Now pen and I are planning to develop a library for a Electronic-Structure Informatics named Psikit (Psi4 + RDKit).

Which coding style do you like?

The repository is here.

psikit as a wrapper library?

import psikit
import numpy as np
from rdkit import Chem

psikit.core.set_output_file("out.dat", True)
psikit.set_memory('4 GB')
psikit.set_num_threads(4)

mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1")
benz = psikit.geometry(mol)
scf_e, scf_wfn = psikit.energy("B3LYP/cc-pVDZ", return_wfn=True)
HOMO = psikit.get_homo(scf_wfn)
LUMO = psikit.get_lumo(scf_wfn)
print(HOMO, LUMO, scf_e)

or psikit as a set of util functions library?

import psi4
from psikit import mol2xyz, get_homo, get_lumo
import numpy as np
from rdkit import Chem
psi4.core.set_output_file("out.dat", True)
mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1")
xyz, mol = mol2xyz(mol)
psi4.set_memory('4 GB')
psi4.set_num_threads(4)
benz = psi4.geometry(xyz)
scf_e, scf_wfn = psi4.energy("B3LYP/cc-pVDZ", return_wfn=True)
HOMO = get_homo(scf_wfn)
LUMO = get_lumo(scf_wfn)
print(HOMO, LUMO, scf_e)

I got a this error. Conda always irritates me ;-)

>>> import psi4
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/__init__.py", line 55, in <module>
    from . import core
ImportError: dlopen(/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so, 2): Library not loaded: @rpath/libiomp5.dylib
  Referenced from: /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so
  Reason: image not found

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/__init__.py", line 60, in <module>
    raise ImportError("{0}".format(err))
ImportError: dlopen(/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so, 2): Library not loaded: @rpath/libiomp5.dylib
  Referenced from: /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so
  Reason: image not found

@rpathという変数がMacでは何らかの理由により正しく設定されないらしい

朝からイラツキすぎてまともに解決する気力もないので、当面放置するかも。これから買い物いかないといけないし。 それにしてもCondaよくわからんエラー多すぎるわ。RDKitもそうだったしさー。あんまよくないんじゃないの？職場では使ってないしー

forum見たけど報告されてないっぽいし、あとで気力が戻ったら投げておきます（未定）。

追記 0800くらい

エントリ書いて朝ごはん食べたら冷製になったのでなおした。

$ install_name_tool -change @rpath/libiomp5.dylib /Users/kzfm/anaconda3/pkgs/intel-openmp-2018.0.0-h8158457_8/lib/libiomp5.dylib /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so

久しぶりに大瀬崎に行ってきた。コンディションはここ数年で一番良かったのでかなり潜っていた気がする。超楽しかった。

風は若干強めだったけどよく晴れたいた。

透明度はこんな感じ。

キンギョハナダイとスズメダイ

ふぐとたい

知らん魚とタカッパ

岩の間にカサゴが隠れていたのと、チョウチョウウオ。カサゴは美味しそうなサイズだった（刺したかったｗ）

今回は満足の大瀬崎だった。

前回からかなり時間が経ってしまいましたが、Shizuoka.py #7やります

• Shizuoka.py #7
• Shizuoka.py #7 懇親会

皆さまの参加をお待ちしています( ･`ω･´)