01112008 chemoinformatics network graph
GASTONが分からなくてお悩み中。参考文献とかから読まないとやっぱダメな感じ。
TODO:ここから追いかける
そのながれで、最短経路の本も読んでおく
最短経路の本当分日本酒も無しだなぁ、ということで、昨日吞みきった高砂で当分は家吞み断ちだ。
中国茶用の茶器出したら、U隊長に「珍しいねー(なんかあったの？)」なんて言われてしまった。
31102008 work
マインドマップでセミナー参加メモを
いつもはclmemoでメモってるんだけど、ふとマインドマップでメモをとろうかなぁと(新幹線のなかで)。
その時点では単なる思い付きであったが、会場まで歩いていたら、結城浩さんがfreemindを紹介してたのを思い出したので、部屋についたら、LANにつないで探してインストール。
学会のプレゼンは大体流れが決まっているのでその流れに沿って子ノードを追加していけばそれっぽくなって使いやすいなぁ。放射状に広げていけてノード間をいったりきたりできるのが単なる箇条書きのリストと違って便利なところ。あとはpngに出力できるので貼り付けるとき楽。
しかし、ちょっと使い方に分からないところがあったので、補うべく帰りに本屋に直行して本を一冊買ってみたのであった。
ザ・マインドマップ本質的な話が多いので、すぐに役立つという本ではなかったが、基本的な理念をよく解釈して、自分なりのルールを見出せばよいのであろうということでOK。
ただ、ハードカバーでちょっとでかいので持ち歩きにくそう。ビジネス本のサイズでいいじゃんと思った。
30102008 work
水平思考というもの
行きの新幹線の中でイノベーション・シンキングを読んだ。
イノベーション・シンキング実験を束ねてプロジェクトなんかを進める場合、論理的に理詰めで考えていく(まぁ一応サイエンスなので)。でも、プロジェクトの進め方を判断する場合はリソースとかは常に足りないし、また、常に壁が立ちふさがっているし、論理だけでは先に進めないような場面のほうが多い。ブレークスルーが必要なんだ。
とか思っているヒトにはオススメの本。
- Yes,Noで答えられる質問でなく自由回答方式の質問をしよう。
- ランダムワード
- シニフィアンいじりで発想の飛躍を強引に
- 今の仕事で抱えている問題を他のヒトも経験し既に解決している可能性は高い
- 同業かもしれないし、問題は似てても別の業界かもしれない
- ビジネスにおいてはルールは破られるためにある
- イノベーションにより価値をもたらした反則者には罰則でなく報酬が与えられる
- 創造的な人とそうでない人のいちばんの違いは「自分が創造的であると思うかどうか」
マインドマップとかもシニフィアンいじりだと思うんだけど、イノベーションにおいてはシニフィエって結局どうでもよいのだろうか？なんて思った。
29102008 music
passion pit
なんだかちょっと壊れ目なポップなエレクトロニカの醸しっぷりがよい。
Chunk of Changeあとミニアルバム風味なので安いので送料をけちるためにadeleでもつけとけばいいんじゃなかろうか
1928102008 work
ソフトウェアライセンスの基礎知識
買って会社においておいた。
ソフトウェアライセンスの基礎知識ライセンスはややこしいです。というより、（うちの知財だけかもしれませんが）ソフトウェアのライセンスとかの、そういうこと知らなくて、自分で説明しないといけなかったりするので、書籍が一冊あるっていうのは非常に大きかったりするわけです。
気分的にも楽になれますし。
28102008 work
「弾言」を読んだ
寝る前にさらりと。
弾言 成功する人生とバランスシートの使い方自分の価値をバランスシートとしてよく考える。
プッシュ型の情報は断ち切る(情報に対して受け身であることはダメ。)
あー確かにそうだよなぁと思う。RSSリーダーとかプル型だけども、絶対に使わないヒトがいるよね（かといって他の手段で情報をゲットしてるわけでもなく）。多分IT嫌いなんじゃなくて、そもそも情報に対する姿勢がプルじゃないんだと理解した。
逆に考えればこの本のように実践しない人に対しては、プッシュ型は非常に有効に働くのではないかと思った。例えばはてブとかああいった集合知系の仕組みであがってきたデータをプッシュでダラダラと再配信するとか。
研究所だったら実験机の上にchumbyみたいなのを置いといて延々とそれっぽい情報を流しておくと。新幹線にくっついている電光掲示板みたいなやつでもいいよね。
27102008 life
ヘキサゴンファミリー
月曜の夜にやってる歌の番組が目に入って、
「あー品川祐も歌出したんだー。それにしてもヘキサゴンファミリーすごいなー。」
とかつぶやいたら。
「ちがうよ、全然違うよ、シーモだよ」
って言われた。
シーマン語録 2 (2)27102008 work
WEB+DB PRESS Vol.47
最近定期購読だなぁ
WEB+DB PRESS Vol.47バックアップ特集のrdiff-backupは家のサーバーで使う。Baculaは職場のサーバー群で試す。
「実践的BPMのための 業務プロセスの設計作法」は面白かった。ちゃんと理解できたわけではないのだけど。ミクロワークフローは結局インターフェースのデザインをしっかりやっとけってことなのかな。
- 結局アプリケーション仕様のほとんどがユーザーの恣意でしか決まらない
- 実業務のさまざまな例外をコンピュータ上に乗せるか否か
創薬研究なんて例外がやたらと多い一方、高度に機械化されてIT管理されたラインの後ろに平気でバッドノウハウ満載の薬理試験がくっついてたりするし、データに対する研究員の意識も差が激しいので、ゆるく(そして確実に)つないでおかないと、突然情報が途切れて大変（だった）。
最近ここらへんやり遂げた感があるので、そろそろ違う仕事してみたいなぁ(マーケティングとか)。または、今の職場でやりきれなかった、研究所のインフラのプログラマブルウェブ化とか。イントラのURIがCOOL URIで且つWebAPIもってたらさぞかし気持ちよく仕事できるじゃろうなぁ。
そういうこと指向している製薬企業はないもんかなぁ(別に製薬系でなくてもいいけど)。
26102008 chemoinformatics work bioinformatics
「インタラクションデザインの教科書」を読んだ
今の仕事で、data preparationのための効率的な仕組み(インタラクティブなサービス)が必要だろうなぁと感じているので、8章のサービスのデザインが参考になった。
インタラクションデザインの教科書 (DESIGN IT! BOOKS)- テスラーの複雑性保存の法則
- プロセスにはそれ以上単純化できない「臨界点」があり、それ以降は本来備わっている複雑性を移動できるだけだ
- フィードフォワード
- サファーの法則
- サービスの中にコンテンツをつくるよりもデジタルサービスの形を作るほうが簡単である
- スパイム
- space + time
- 状況認識し、セルフモニタリングしつつ自動的にドキュメント化
デザイニング・インターフェースも併せて読むとおもしろい。
デザイニング・インターフェース ―パターンによる実践的インタラクションデザイン25102008 chemoinformatics cytoscape
pubchemのクラスタリングの結果をcytoscapeで見てみた
pubchemはクラスタリングの結果をgml形式でダウンロードできるので、それをcytoscapeで読み込んで解析することができる。早速データをとってくる。benzothioleで検索すると大体3000件くらいヒットするのでこれをクラスタリングしたものをgmlでダウンロードして、cytoscapeで読み込んでみた。
適当に描かせて眺めてみる。なんかネットワークっぽくなってますの。
さらに、ズームしてみる。
うーん、クラスタリングの結果を見てもちょっと面白くない。むしろ部分構造(MCS：Maximum Common Substructure)から構築したネットワークのほうがわかりやすいだろうな。
あとは、合成の時系列でネットワークをつくればいいと思うが、その場合、元々参考にした化合物の構造への情報をケミストから聞かなきゃいけないのでちょっとめんどいなぁ。
ということはpatentか？あれは先行技術の特許番号ついてたはずだからあれでネットワーク構築すればいいのか。これだったら、描いてみておもしろそう。
TODO: 奇麗な絵が描けるようにcydocなどを参考にちょっと勉強しとく