Drkcore

30052009 macbook hatena Emacs

anything-hatena-bookmark.elを入れた

重たいはてブとはこれでサヨナラ？ anything-hatena-bookmark.el を migemo に対応させて完璧にする。を参考にして入れてみた

はてブにちなんで、key-chordのhbに割り当てている。

忘れないし、hとbの位置もちょうどいいので気に入っている

hatebu

30052009 macbook

macbookでshmmaxを変更する

GAMESSでDFT計算をしてたのだけど、たいして大きい計算でもないのにエラーがでた

 ***** ERROR: MEMORY REQUEST EXCEEDS AVAILABLE MEMORY

あれーshmmaxだったけかなーと見てみる。

$ sysctl -a | grep shmmax
kern.sysv.shmmax: 4194304

あーやっぱ小さいなとつぶやきながら変更する

$ sudo /usr/sbin/sysctl -w kern.sysv.shmmax=536870912

再実行したが改善されなかった。よく考えたらSYSTEMのMWORDSを大きくするんだったな。shmmaxは並列計算の時の共有メモリの設定だった。

shmmaxはもとに戻しておいた。

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29052009 sake

若手の夜明けのチケット取った

大那とか、紀土とか白隠正宗とか超楽しみ。

第三回若手の夜明け

せっかくの駒場エミナースなので嚆矢に寄ってラーメンでもひっかけてからいきたいところ。

29052009 music drum'n'bass

V Recordings & Liquid V Mega Bundle

お買い得度高い。

Utah jazz良いね。

It's a Jazz Thing
Utah Jazz
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28052009 work

アジャイル

不確定要素満載でかつ、一回のイテレーションが割と長め（数週間）でイテレーションが被っていて、途中に割り込みが入ることが多く、且つそれらによって戦術が変化することが頻繁におこることの多い、研究プロジェクトにアジャイルはどの程度有効なのだろうか？と気になった。

アジャイルプラクティス達人プログラマに学ぶ現場開発者の習慣
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そのうち試してみたいなぁ。色々やりたいことはあるが、最近体調悪すぎだ。

28052009 q-chem macbook GAMESS

GAMESSでSVPE

GUESSがヒュッケルでよいのかなぁ？と。走らせてみたいだけなのでまぁよしとする。

 $contrl scftyp=rhf runtyp=energy $end
 $system mwords=4 $end
 $basis gbasis=n31 ngauss=6 ndfunc=1 npfunc=1 $end
 $guess guess=HUCKEL norb=16 $end
 $scf nconv=8 $end
 $svp nvlpl=3 rhoiso=0.001 dielst=78.304 nptleb=1202 $end
 $data
CH3CONH2 cgz geometry RHF/6-31G(d,p)
C1
C 6.0 1.361261 -0.309588 -0.000262
C 6.0 -0.079357 0.152773 -0.005665
H 1.0 1.602076 -0.751515 0.962042
H 1.0 1.537200 -1.056768 -0.767127
H 1.0 2.002415 0.542830 -0.168045
O 8.0 -0.387955 1.310027 0.002284
N 7.0 -1.002151 -0.840834 -0.011928
H 1.0 -1.961646 -0.589397 0.038911
H 1.0 -0.752774 -1.798630 0.035006
 $end

結果

   SVPE   SOLVATION METHOD ENERGIES
 ----------------------------------
 SOLUTE INTERNAL ENERGY          = -207.98571642
   [SURFACE POLARIZATION ENERGY] =   -0.02089990 (  -13.11489 KCAL/MOL )
   [VOLUME  POLARIZATION ENERGY] =    0.00033438 (    0.20982 KCAL/MOL )
   [VOL POL  OUTER LAYER ENERGY] =    0.00000212 (    0.00133 KCAL/MOL )
 REACTION FIELD FREE ENERGY      =   -0.02056552 (  -12.90506 KCAL/MOL )
 TOTAL FREE ENERGY IN SOLUTION   = -208.00628195

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28052009 q-chem macbook GAMESS

macbookでGAMESS

rungmsをちょっと書き換える必要がある。あとgmsにalias切った。

set TARGET=sockets
set SCR=/Users/kzfm/gamess/scr
set GMSPATH=/Users/kzfm/gamess
# location where the .dat and .irc files go
set USERSCR=/Users/kzfm/scr
#
set JOB=$1      # name of the input file xxx.inp, give only the xxx part
set VERNO=$2    # revision number of the executable created by 'lked' step
set NCPUS=$3    # number of compute processes to be run

# provide defaults if last two arguments are not given to this script
if (null$VERNO == null) set VERNO=Jan122009R1
if (null$NCPUS == null) set NCPUS=1

水の構造最適化用インプットファイル

 $CONTRL RUNTYP=OPTIMIZE SCFTYP=RHF MULT=1 MAXIT=100 UNITS=ANGS
 $END
 $SYSTEM TIMLIM=10000 MWORDS=30 MEMDDI=10 $END
 $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NPFUNC=1 NDFUNC=1 $END
 $GUESS GUESS=HUCKEL $END
 $DATA
H2O  RHF/6-31G(D P) OPTIMIZE
CNV   2

O      8.0     0.00000   0.00000   0.00000
H      1.0     0.87      0.00     -0.50

実行