SVPEのインプット

こんな感じ?

 $BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 DIFFSP=.TRUE. $END
 $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE DFTTYP=B3LYP NUMGRD=.T. $END
 $SVP $END
 $STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=200 $END

 $DATA 
Title
C1
O     8.0    -4.21789     1.92792     0.00000
H     1.0    -3.25037     1.97435     0.00000
H     1.0    -4.49708     2.85544     0.00000
 $END

多分だめだな。あとでやり直す

Rでつぶやく(twitteR)

Tweeting from R

> library("RCurl")
> opts <- curlOptions(header = FALSE, 
+   userpwd = "[user]:[pass]", netrc = FALSE)
> tweet <- function(status){
+   method <- "http://twitter.com/statuses/update.xml?status="
+   encoded_status <- URLencode(status)
+   request <- paste(method,encoded_status,sep = "")
+   postForm(request,.opts = opts)
+ }
> xx<-rnorm(2)
> tweet(paste(xx,collapse="|"))

つぶやいた

SVMかなんかを利用して分類結果をつぶやくボットをつくっても面白いかも。

pKaをもとめる

最近、妙にまじめに取り組んでいる。

deltaGをもとめるために、気相と液相それぞれについてアニオンと、中性化合物のGを求めなければならん。というか化合物毎に4つも計算するのは面倒だ。

これには書いてないけど、最近の論文追っかけてみると、なかなか面白そうなことが書いてあったりする。量子化学系もオープンアクセスになればいいのに。

ふと、オープンソースのソフトウェアの多い学問からオープンアクセス化するのかなぁと思った。

あと、mimetex記法を導入しないと面倒で仕方ない。

今日の畑とプランター

早起きして家庭菜園へ。

二十日大根の手入れ。間引いてみると大根らしくなってきている。あと二週間もすれば収穫できるかな。

1244634215 1244634211

茂ってきたイタリアンパセリと、芽が出た朝顔。今年はコリアンダー(シャンツァイ)の種もまいてみたのだけど、それはまだ芽が出ない。

1244634204 1244634207

バジルはどうしようかなぁ。

THE RISKY PRESENTS… CAMO & KROOKED IN THE MIX

超良かった。

THE RISKY PRESENTS… CAMO & KROOKED IN THE MIX

Future Prophecies – September (Camo & Krooked Remix) が素敵

Deconvolution Algorithm

デコンボリューション法が紹介されていたのできちんと理解しておきたいところ。

ProductName ファーマコキネティクス―演習による理解
杉山 雄一,山下 伸二,加藤 基浩
南山堂 / ¥ 6,300 ()
在庫あり。

で、ちょっと調べたら古い論文がヒットした。

An algorithm and computer program for deconvolution in linear pharmacokinetics

fortranのコードが載っているのでpythonに移植すればいいやと軽く考えてたんだけど、go toで混乱している最中。if else 的なgo toは読みやすいんだけど、あっちいったりこっちいったりするのはちょっと辛い。

あとは式の内容ちゃんと理解してないのでコード追えないってのもあるが。 移植しながら論文の式の内容を理解していくつもりだったのだけどなかなか疲れる。

ケミストとしての素養

うちの職場のケミストで量子化学計算できるようなニンゲンは実はいないのであった。量子化学計算くらい教養だと思うんだけどな。こんな状況はなんだかなーとか思いつつ、そんな計算がらみで久々に長時間の残業をしてみたが、なんというか納得がいかん。

簡単な計算くらいできないケミストってサイエンティストとしての価値あるの?それはテックじゃろ、テック。

あと、二次元構造では重なって見えるんだけどなーとか言うのもヤメれ。ヒトとして恥ずかしいぞ。

と毒づいて寝ることにする。

符号付け替え関数

fortranの組み込み関数にsignという符号付け替え関数が用意されている。

def sign(a1,a2):
    if a2 >= 0: return abs(a1)
    else:       return -abs(a1)

杉錦 特別純米

旨いのう。何も言うことない。

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そして隣に写っているのは紀土。次に吞む銘柄。

今日の畑仕事(雑草取りと二十日大根間引き)

二十日大根は筋撒きにしたのだけど、早い段階から間引きしないと、苗がひょろひょろ伸びてしまってよろしくないということを学習した。というか、密に種まき過ぎではなかろうかとU隊長と娘に申したいところ。

茄子は順調。でも加茂茄子。

1244286143 1244286146

トマトも一部微妙な苗はあるが育ちのいいヤツはぐんぐん育つ

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ゴーヤも順調

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