07072009 chemoinformatics work

フッ素の役割

昨日、ワークショップで雑談してて、メディシナルケミストリーにおけるフッ素の役割がとか。

ハロゲンのくせに、Cl,Brとはちょっと違うよねとか。

ProductName Bioorganic and Medicinal Chemistry of Fluorine
Jean-Pierre Bégué
Wiley-Interscience / 11185円 ( 2008-05-27 )


06072009 life

「ムナーリの機械」を読んだ

想像力をカキタテラレルかな？

ProductName ムナーリの機械
ブルーノ・ムナーリ
河出書房新社 / ￥ 3,045 ()
在庫あり。

あんま、現実的な解ばかり追い求めなくてもいいかなぁと思うのであった。

06072009 chemoinformatics work

Pharmacokinetics and Metabolism in Drug Design

DMPK,TKを考慮したドラッグデザインの際に考慮することなど。

多分メディシナルケミスト向けなんだろうなと思うんだが、コンパクトにまとまっているので、chemoinformaticsのヒトが読んでも参考になることが多い。

ProductName Pharmacokinetics and Metabolism in Drug Design (Methods and Principles in Medicinal Chemistry)
Dennis A. Smith,Han van de Waterbeemd,Don K. Walker
Wiley-VCH / ￥ 12,813 ()
在庫あり。

  • 2.11 Slow offset compounds
    • フレキシブルな化合物はassociation-disassociationが素早くおこる可能性がある
  • 3.6 Estimation of Absorption Potential
    • AP =logP + logFnon + logS(So . Vl/Xo)
  • Distribution and Tmax

薄いわりにはちとお高めだが、投資と思い割り切った（今回は）。

05072009 life 家庭菜園

今日の畑

雑草がヤバいことになっていて、昨日、今日で草取りを3時間以上やった。

ミニトマトを収穫。娘がすぐにもぎって食べてしまうので、制止して撮影（既に一つ食べられた）。

1246782966

つるなしいんげんも収穫。いんげんってもぎるときに若干粘着力を感じるのね。

1246782971

ゴーヤは握りこぶしサイズなのでもう少し。

1246782975

ProductName はじめての野菜づくり12か月
板木 利隆
家の光協会 / ￥ 2,100 ()
在庫あり。

他にシシトウ、二十日大根、紫蘇の葉を収穫して終了。

05072009 OCaml

入門OCamlを読んだ

型の章と、標準ライブラリの章がお役立ち

ProductName 入門OCaml ~プログラミング基礎と実践理解~
OCaml-Nagoya
毎日コミュニケーションズ / ￥ 2,625 ()
在庫あり。

7章、8章あたりの実践的な内容、というかクックブック的なものがもう少し欲しい気もした。

というわけで、色々探してみた。

最後のPLEACはPerlと対比させながら覚えていけばよいのでよさげ。

05072009 music

ポップ目の
  1. SUMMER OF LOVE,10. 七色ギャングスターが良い。

ProductName eREVEST
ゲッカンプロボーラー
インディーズ・メーカー / ￥ 2,300 (2009-07-08)
近日発売　予約可

little bootsは、どうなんだろ?若干流行ものな香りもするような。

ProductName Hands
Little Boots
Warner Music / ￥ 2,298 (2009-06-08)
在庫あり。

04072009 life

「天井の穴」の天井の状態

「天井の穴」

天井が透けていて、上に広がる世界が(既に)見えてるか？、または透けてないくて、開けた先がブルーオーシャンっぽいのかとかそういう、天井の不透明度的なことも重要な気がする。

あと、天井の強度の弱いポイントを探すとか。

04072009 sake

mina

女性杜氏の作らしい。

1246707461

ぶっちゃけ、女性かどうかは関係ないけど。

ちょっと香りが気になったのと、若干くどく感じた。まぁ先週は吉田蔵の純米飲んでたので、そのせいもあるかもしれないけど。

04072009 q-chem macbook GAMESS

GAMESSでcation-πを計算してみる。

Cation-πってどのくらい安定化すんだろうか?と思っていたので計算してみる。

RCSBを適当にあさって見つけた、1R9LのBETとTRP188を切り出してモデル化する。

W188-BET

で、GAMESSで計算。

最初は6-31G+(d,p)で最適化しようと思ったのだけど、macbookだと全然終わらん。なのでSTO3Gでいいやと。TRPは無駄に計算量が増えるのだけどPHE,TYRあたりでモデル化できるのであればmacbookでも6-31G+(d,p)で計算できるような気がする。

          ------------------------------------
          RESULTS OF KITAURA-MOROKUMA ANALYSIS
          ------------------------------------

                                         HARTREE    KCAL/MOLE
 ELECTROSTATIC ENERGY             ES=   -0.011414      -7.16
 EXCHANGE REPULSION ENERGY        EX=    0.008788       5.51
 POLARIZATION ENERGY              PL=   -0.001679      -1.05
 CHARGE TRANSFER ENERGY           CT=   -0.007053      -4.43
 HIGH ORDER COUPLING ENERGY      MIX=    0.000166       0.10
 TOTAL INTERACTION ENERGY,   DELTA-E=   -0.011193      -7.02

水素結合と同じくらいの強さかな。

以下、STO-3Gで構造最適化した座標を使ってつくったインプット

 $BASIS GBASIS=STO NGAUSS=3 NDFUNC=1 $END
 $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=MOROKUMA MAXIT=200 ICHARG=1 MULT=1 $END
 $MOROKM IATM(1)=17 ICHM(1)=1 $END

 $DATA
W188_BET.out
C1
N      7.0    26.56861  22.88472  72.47206
C      6.0    25.05591  23.05763  72.38527
C      6.0    27.18276  23.04159  71.08205
C      6.0    27.14794  23.94295  73.40648
C      6.0    26.89124  21.49601  73.01604
H      1.0    24.65761  22.29324  71.71973
H      1.0    24.84300  24.05067  71.99229
H      1.0    26.95089  24.04166  70.71972
H      1.0    26.73892  22.29197  70.42917
H      1.0    28.26387  22.89551  71.15590
H      1.0    26.89847  24.92550  73.00913
H      1.0    28.22884  23.81270  73.44995
H      1.0    26.70726  23.81001  74.39332
H      1.0    26.46855  20.75492  72.33939
H      1.0    26.44825  21.40230  74.00640
H      1.0    27.97398  21.38820  73.06968
H      1.0    24.63622  22.94695  73.38408
C      6.0    30.61324  20.49644  72.40614 
C      6.0    30.47183  21.03406  71.19420 
C      6.0    30.79531  21.59051  73.36029 
C      6.0    30.75216  22.77934  72.62888 
C      6.0    31.00908  21.63948  74.74382 
N      7.0    30.43745  22.45766  71.27884 
C      6.0    30.92671  24.02761  73.23103 
C      6.0    31.18435  22.86580  75.34238 
C      6.0    31.14962  24.05129  74.58925 
H      1.0    30.33993  20.55500  70.23268
H      1.0    31.04481  20.72825  75.32842
H      1.0    30.86231  23.00634  70.52231
H      1.0    30.90815  24.93911  72.64846
H      1.0    31.36065  22.92555  76.40870
H      1.0    31.30378  24.99933  75.08996
H      1.0    30.61446  19.44515  72.64676 
 $END

ProductName すぐできる 量子化学計算ビギナーズマニュアル (KS化学専門書)

講談社 / ￥ 3,360 ()
在庫あり。

04072009 Python

Programming the Semantic Web

集合知プログラミングの著者が新しい本を出すみたい。

ProductName Programming the Semantic Web
Toby Segaran
Oreilly & Associates Inc / 3446円 ( 2009-07 )


コードはpythonなのかな。 ちょっと気になる。