@oec014に私に丁度いいのでは？と言われたので、ブックコーナーでちらっと中身を読んでamazonでポチった。

RNA-Seqデータ解析　WETラボのための鉄板レシピ (実験医学別冊)

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それから相分離関係

実験医学 2019年6月 Vol.37 No.9 細胞内の相分離〜タンパク質や核酸分子を整理し、反応の場を作り、生命を駆動する

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実験医学 2019年11月 Vol.37 No.18 再定義されるタンパク質の常識〜古典的なセントラルドグマの刷新と未開拓のタンパク質の世界

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DRY解析教本 改訂第2版は予約してあるからそのうち届くでしょう

次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版
清水厚志
学研メディカル秀潤社 / 6160円 ( 2019-12-14 )

朝は粥

分子生物学会というなのお食事会も最終日

昼は海鳴でラーメン。たしかにここは美味しかった。博多滞在中結局2杯しか食べられなかったので 今度はラーメン詣でにいこうかな。

デイトスの酒屋の角打ちでスタバったら当たりをひいて一杯サービスになった。

このまま帰るとただ酒になってしまうので、みやざきのひでじビールを頂いた。

新幹線の中では先程の酒屋で購入した三井の寿をちまちまやった。新幹線で飲まないと立派なHaskellerにはなれない。 すくなくとも静岡では一人前のHaskellerとしては認められない。

バイオインフォマティクスという美味。@oec014との綿密な打ち合わせの結果、夜はもつ焼きに行くことにしましたw

朝は定番の粥。間違いない。

昼はうどん。ここまでは完全にルーチン化してしまった。

稲荷2個とごぼ天うどんで満足。

夜はもつ焼き塩田屋白金店へ。

お通しはアルファルファとポテトサラダいくらのせ。

おまかせの串5種。撮らないで食べてしまったのもあるｗ

このレバーが美味しかった

牛豆腐。隣のよく泡立てられた全卵に浸けていただく。すき焼きみたい。

最後は中身焼きで。

今日もまた分生を堪能したのであった。

朝は定番のさつまいも粥

昼は三宅うどんで丸天うどんと稲荷寿司

卓上にネギと一味があるので振りかけるといい感じになる

帰りに「高菜たべちゃったんですか？」の店の前を通りかかると人だかり。

夜は博多駅前で懇親会。時間がちょっとあったので駅のお土産を物色していたら、 酒屋と角打ち発見。

一杯だけいただいた。

酒のあても色々そろっているので、帰りにサクッと飲んで帰るのもありか。

懇親会は二◯加屋長介

話が忙しくて、ほとんど写真を取っていない。唯一ゴマサバ。

懇親会は色々といい話が聞けてよかった。

この記事は、創薬 (dry) Advent Calendar 2019 の4日目の記事です。

分生に来ていますが図書コーナーのbono関連図書のモテ期襲来が圧巻でした。

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生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場
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chemoinformaticsなみなさんもこれを期に購入してbioinformaticsも勉強しましょう。これからは両方できてなんぼですよ。

ところで、標題の通り我々(@iwatobipenと私)はpy4chemoinformaticsを書きました。そのきっかけがちょうど去年の分生で、ある出版社の方につないでもらいchemoinformaticsの書籍を検討してもらう機会をいただいたのですがボツになってしまいました。その際に目次を書いて提出したのですが、まぁ折角章立てしたんだしGitHubに残そうぜってことになった次第です。

私としてはMishima.sykとしてなんとなく何かを残しておきたかったのと謝辞を書きたかったというのが主なモチベーションですが、そのために共著になってくれた@iwatobipenをはじめ表紙を飾ってくれた@souyakuchan、誤字脱字の訂正を丁寧にしていただいた@antiplastics, @bonohu, @ReLuTropy, @ski_nanko, @torusengoku, @yamasaKit_には大変感謝しております。もちろん、学会などでお会いしたときに直接フィードバットしていただいた方のコメントもとてもありがたく感じています。

ちなみに、GitHubで本を書くのは結構簡単です。知らないといけないのは基本的なGitHubの使い方とasciidocの記法だけです。なぜmarkdownでなくasciidocを使うのかは、こっちのほうが、注釈つけたりするや表を書くのが簡単だからです。HTMLのレンダリングはGitHubのほうでよろしくやってくれますし、pdf化もasciidoctor-pdfでサクッとできます。もし、章には入ってないけどこれが入っていたら初学者は喜ぶだろうなとか、もうちょい高度な内容を章として追加したいなと思ったら気軽にPRしてください。わたしも、そろそろなんか追加しようかなと考えています。

今回表紙が創薬ちゃんなので、急遽駄文をアドベントカレンダーにねじ込むことにしてみましたが、私からのtakeawayは 「自分の属するコミュニティを大切にしよう、そしてそれ以外のコミュニティも同じくらいリスペクトしよう」 です。弱い紐帯の強さは異分野をリスペクトしてこそです。特にDryでやる人は自分の活躍分野を広げるためには現在関与している分野に精通する一方で新たな応用分野を探索する必要があります。そして自分の知らないWetの分野はブルーオーシャンになある可能性があるということは忘れないようにするといいと思います。

それでは今日も食の祭典「分生」を楽しみマッスル。

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食の祭典「分生」に来ています。

前泊の夜はshinshinでラーメン。あまり調子が良くなかったので、そのまま就寝

朝は軽く粥をいただく。ほんと朝は毎日粥でいいわってくらい粥が好き。間違いない。

ランチョン並ぶのも嫌なので、タマゴの孵化も兼ねて、呉服町駅近くの「みやけうどん」まで歩く。 博多のうどんってやわやわなのね。なんか初めての体験。

ポスターをがっつりと見疲れて、休んでいたら@oec014と遭遇。水炊き気になるんだけどお一人さんはなぁみたいな話になり、じゃぁ行くかと。結果的に必然ｗ

とり田に行ってみた。

お通しの半熟卵に肉味噌が敷いてあるやつ。すこぶる美味いのでビールではなく最初から日本酒頼んでおけばよかった。

白濁したスープが運ばれてきて、まずはネギしゃぶから。肉は「骨付き」「むね」「もも」の三種類

ゴマサバの味噌がけ。これも日本酒だったな

続いてつみれ鍋にしてもらいます。これを食べているとかしわ天が運ばれてきた。

最後に雑炊にしてもらった。

あとはデザートにプリンだけどicloudの同期がまだなのでそのうちアップする。

2年ぶりの開催です。私が勢いだけで作った貴重な歴史的資料によると2012年にはコミュニティとして活動してるんですよね、、、なんかその頃は伊豆半島にHaskellerが沢山いたしw

私は転職時に頂いた圏論の歩き方をネタに話しましたが次回はもう少しHaskellに寄せたネタを考えておきます。

圏論の歩き方

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家を出たら富士山が白くなっていることに気づく。それからお昼食べる暇がなかったので駅そばで済ました。

懇親会はリパブリューで。最近プログラミング界隈のコミュニティに出ていなかったので色々と新鮮な話を聞けた。 それから@polidogとはなにげに初対面であることに驚かれた。なんかすれ違い多かったみたい。

なにげにここのところ、twitterではフォローしあってるけど初めて会うっていうのが結構多いですね。

あとは、アカウントわからないけどオフラインで私のtweetのリプライされるのも結構多い。初対面の人に「いつもtwitter見てます。で、この前こうtweetしてたじゃないですか？あれってどういうことなんですか？」みたいな。これは製薬特有の現象かもしれないが。

それからShizuoka.pyやりましょうっていう話もでたんで、近いうちに日程を決めますね。コミュニティFだとちょっと不便なのでプラサヴェルデでも取っておきます。

macosをcatalinaに上げたらperlで書いていた画像をリサイズしてサーバーにアップロードするプログラムが動かなくなって困ったのでpythonで書き直した。

それにしてもこれいつ書いたんだろう？

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;
use DateTime::Format::Epoch::Unix;
use DateTime;
use Image::Imlib2;
use Net::OpenSSH;

my $tp = $ARGV[0] || "";

my @files = do{
  opendir my $dh, '.' or return;
  my @f = grep /\.(JPG|jpg|jpeg|PNG|png)$/, grep !/^\./, readdir($dh);
  closedir $dh;
  @f;
};

my $ssh = Net::OpenSSH->new('XXXXXXX');
$ssh->error and die "SSH connection failed: " . $ssh->error;

for my $infile (@files) {
  my $now =  DateTime::Format::Epoch::Unix->format_datetime(DateTime->now);
  my $outfile = "/Users/kzfm/images/blog/" . $now . ".jpg";
  my $image = Image::Imlib2->load($infile);
  unless ($infile =~  /^DSCN/ ) {
      unless ($tp) {
          if ($image->width > $image->height) { $image->image_orientate(1); }}}
  my $image2 = $image->create_scaled_image(320,0);
  $image2->set_quality(95);
  $image2->save($outfile);
  $ssh->scp_put($outfile, "/usr/local/html/images/blog/" . $now . ".jpg")
    or die "scp failed: " . $ssh->error;
  printf "![%s](http://www.kzfmix.com/images/blog/%s.jpg)\n",$now,$now;
  sleep(1);
}

これをpythonで書き直した。

#!/usr/bin/env python

from PIL import Image
import time
from datetime import datetime
from glob import glob
import paramiko
import scp
import os

width = 400
img_dir = "/Users/kzfm/images/blog"
remote_dir = "/usr/local/html/images/blog/"

def get_epoc_name():
    return str(int(time.mktime(datetime.now().timetuple())))

def save_resize_image(filename):
    en = get_epoc_name()
    resize_file_name = "{}.jpg".format(en)
    f = os.path.join(img_dir, resize_file_name)
    img = Image.open(filename)
    height = round(img.height * width / img.width)
    img = img.resize((width, height), Image.LANCZOS)
    img = img.rotate(-90, expand=True)
    img.save(f)
    return (f, en)

if __name__ == "__main__":
    with paramiko.SSHClient() as sshc:
        sshc.set_missing_host_key_policy(paramiko.AutoAddPolicy())
        sshc.connect(hostname='0.0.0.0', port=0000, username='XXX')
        with scp.SCPClient(sshc.get_transport()) as scpc:
            for f in glob("*.jpeg"):
                fname, en = save_resize_image(f)
                scpc.put(fname, remote_dir)
                print("![{0}](http://www.kzfmix.com/images/blog/{0}.jpg)".format(en))
                time.sleep(1)

宇ち多

久しぶり

タン生がうまい

四つ木製麺所

明太子を混ぜ混ぜしてきた

Repubrew

ラズベリーの入ったビール

エリックサウス

ビリヤニ

角打ち３号店

日本酒が色々おいてあってよろしい。

大松

いわしのつみれ鍋が美味しかった。定番になりそう。

参加された皆様お疲れさまでした。去年よりも参加者が100人以上増えたそうで、ポスターも展示できるほぼギリギリだったようです。そのせいで去年あった電源付きテーブルが撤去されてバッテリー難民がちらほら出たようですがｗ

私はツイッターでしかやり取りしたことのない人の何人かにお会いできて満足しました。あとは色々とディスカッションしていただいて大変刺激をうけましたので、酒ばっかり飲んでないでもっと色々頑張らなあかんなと思いました。

特にバイオインフォ頑張らねば。来年はバイオインフォのチームからもポスターくらい出せるようにしたいですね（煽っとく）。

個人的には強烈なアハ体験があったので非常に有意義でした。あとポケモン図鑑も一つ埋まって大変よかった。

アブダクション

会場ついて早々に、「このまえ薦めてた本めっちゃ良かったでー」って言われたので薦めてよかったです。名著なのでサイエンティストの皆さんは購入して読みましょう。

10連休で読む本を探しているなら「アブダクション」をおすすめしておきます。新入社員の早い段階で読んでいたら今の二倍は賢くなっていたと思うｗ https://t.co/Mdlv9VLnSl

— kzfm (@fmkz___) April 27, 2019

py4chemoinformatics

これもマテリアルとしては良いと褒められて嬉しかったです。もともと医学系の出版社に持ち込んでみたけど、販売網の違いで採用されなかったものの、まぁ書いとくかって感じで書きあげたものなので皆さんのお役に経ってよかったです。 あと、この界隈では著名な@yamasaKit_の丁寧な修正が入っているのでクオリティも担保されていると思います。

そろそろ章の追加をしようかなと思っているので、みなさんもケモインフォに対する熱い思いをぶつけてみたいなら新しく章を作ってPRお願いします。

Psikit

Psikitはなかなかイケてると思うし、面白そうという意見を頂いたのだけど、これといった成果が出ていなくてもうちょっとちゃんとやらないといけないなーと思っています。自分では何をやれば成果が出るかはわかっているんだけど、量子化学に寄りすぎていて、具体的な事例を見せないとイメージできないだろうなと。

12月の構造活性シンポジウムでこのあたりの話をしようと思っています。

Kinme

創薬のひろばでKnimeを広めたいって書いたと思うんだけど、実際にシェアして再利用する仕組みをインハウスに作っています。でこの前のMishima.sykでそのあたりの話をしたら、そういうの欲しいって言われたので再実装したものを公開しました。

ちなみにkinmeはknimeのアナグラムで@bonohu考案で、金目鯛は@t_kahiに釣ってもらいました。