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03122019 chemoinformatics bioinformatics 博多

分生一日目

食の祭典「分生」に来ています。

前泊の夜はshinshinでラーメン。あまり調子が良くなかったので、そのまま就寝

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朝は軽く粥をいただく。ほんと朝は毎日粥でいいわってくらい粥が好き。間違いない。

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ランチョン並ぶのも嫌なので、タマゴの孵化も兼ねて、呉服町駅近くの「みやけうどん」まで歩く。博多のうどんってやわやわなのね。なんか初めての体験。

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ポスターをがっつりと見疲れて、休んでいたら@oec014と遭遇。水炊き気になるんだけどお一人さんはなぁみたいな話になり、じゃぁ行くかと。結果的に必然ｗ

とり田に行ってみた。

お通しの半熟卵に肉味噌が敷いてあるやつ。すこぶる美味いのでビールではなく最初から日本酒頼んでおけばよかった。

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白濁したスープが運ばれてきて、まずはネギしゃぶから。肉は「骨付き」「むね」「もも」の三種類

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ゴマサバの味噌がけ。これも日本酒だったな

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続いてつみれ鍋にしてもらいます。これを食べているとかしわ天が運ばれてきた。

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最後に雑炊にしてもらった。

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あとはデザートにプリンだけどicloudの同期がまだなのでそのうちアップする。

01122019 Haskell

Shizuoka.hsに参加してきました

2年ぶりの開催です。私が勢いだけで作った貴重な歴史的資料によると2012年にはコミュニティとして活動してるんですよね、、、なんかその頃は伊豆半島にHaskellerが沢山いたしw

私は転職時に頂いた圏論の歩き方をネタに話しましたが次回はもう少しHaskellに寄せたネタを考えておきます。

圏論の歩き方

日本評論社 / 4180円 ( 2015-09-09 )

家を出たら富士山が白くなっていることに気づく。それからお昼食べる暇がなかったので駅そばで済ました。

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懇親会はリパブリューで。最近プログラミング界隈のコミュニティに出ていなかったので色々と新鮮な話を聞けた。それから@polidogとはなにげに初対面であることに驚かれた。なんかすれ違い多かったみたい。

なにげにここのところ、twitterではフォローしあってるけど初めて会うっていうのが結構多いですね。

あとは、アカウントわからないけどオフラインで私のtweetのリプライされるのも結構多い。初対面の人に「いつもtwitter見てます。で、この前こうtweetしてたじゃないですか？あれってどういうことなんですか？」みたいな。これは製薬特有の現象かもしれないが。

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それからShizuoka.pyやりましょうっていう話もでたんで、近いうちに日程を決めますね。コミュニティFだとちょっと不便なのでプラサヴェルデでも取っておきます。

23112019 Python Perl

画像をリサイズしてサーバーにアップロードするプログラム

macosをcatalinaに上げたらperlで書いていた画像をリサイズしてサーバーにアップロードするプログラムが動かなくなって困ったのでpythonで書き直した。

それにしてもこれいつ書いたんだろう？

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;
use DateTime::Format::Epoch::Unix;
use DateTime;
use Image::Imlib2;
use Net::OpenSSH;

my $tp = $ARGV[0] || "";

my @files = do{
  opendir my $dh, '.' or return;
  my @f = grep /\.(JPG|jpg|jpeg|PNG|png)$/, grep !/^\./, readdir($dh);
  closedir $dh;
  @f;
};

my $ssh = Net::OpenSSH->new('XXXXXXX');
$ssh->error and die "SSH connection failed: " . $ssh->error;

for my $infile (@files) {
  my $now =  DateTime::Format::Epoch::Unix->format_datetime(DateTime->now);
  my $outfile = "/Users/kzfm/images/blog/" . $now . ".jpg";
  my $image = Image::Imlib2->load($infile);
  unless ($infile =~  /^DSCN/ ) {
      unless ($tp) {
          if ($image->width > $image->height) { $image->image_orientate(1); }}}
  my $image2 = $image->create_scaled_image(320,0);
  $image2->set_quality(95);
  $image2->save($outfile);
  $ssh->scp_put($outfile, "/usr/local/html/images/blog/" . $now . ".jpg")
    or die "scp failed: " . $ssh->error;
  printf "![%s](http://www.kzfmix.com/images/blog/%s.jpg)\n",$now,$now;
  sleep(1);
}

これをpythonで書き直した。

#!/usr/bin/env python

from PIL import Image
import time
from datetime import datetime
from glob import glob
import paramiko
import scp
import os

width = 400
img_dir = "/Users/kzfm/images/blog"
remote_dir = "/usr/local/html/images/blog/"

def get_epoc_name():
    return str(int(time.mktime(datetime.now().timetuple())))

def save_resize_image(filename):
    en = get_epoc_name()
    resize_file_name = "{}.jpg".format(en)
    f = os.path.join(img_dir, resize_file_name)
    img = Image.open(filename)
    height = round(img.height * width / img.width)
    img = img.resize((width, height), Image.LANCZOS)
    img = img.rotate(-90, expand=True)
    img.save(f)
    return (f, en)

if __name__ == "__main__":
    with paramiko.SSHClient() as sshc:
        sshc.set_missing_host_key_policy(paramiko.AutoAddPolicy())
        sshc.connect(hostname='0.0.0.0', port=0000, username='XXX')
        with scp.SCPClient(sshc.get_transport()) as scpc:
            for f in glob("*.jpeg"):
                fname, en = save_resize_image(f)
                scpc.put(fname, remote_dir)
                print("![{0}](http://www.kzfmix.com/images/blog/{0}.jpg)".format(en))
                time.sleep(1)

23112019 life

CBI2019に参加しました

参加された皆様お疲れさまでした。去年よりも参加者が100人以上増えたそうで、ポスターも展示できるほぼギリギリだったようです。そのせいで去年あった電源付きテーブルが撤去されてバッテリー難民がちらほら出たようですがｗ

私はツイッターでしかやり取りしたことのない人の何人かにお会いできて満足しました。あとは色々とディスカッションしていただいて大変刺激をうけましたので、酒ばっかり飲んでないでもっと色々頑張らなあかんなと思いました。

特にバイオインフォ頑張らねば。来年はバイオインフォのチームからもポスターくらい出せるようにしたいですね（煽っとく）。

個人的には強烈なアハ体験があったので非常に有意義でした。あとポケモン図鑑も一つ埋まって大変よかった。

アブダクション

会場ついて早々に、「このまえ薦めてた本めっちゃ良かったでー」って言われたので薦めてよかったです。名著なのでサイエンティストの皆さんは購入して読みましょう。

10連休で読む本を探しているなら「アブダクション」をおすすめしておきます。新入社員の早い段階で読んでいたら今の二倍は賢くなっていたと思うｗ https://t.co/Mdlv9VLnSl
— kzfm (@fmkz___) April 27, 2019

py4chemoinformatics

これもマテリアルとしては良いと褒められて嬉しかったです。もともと医学系の出版社に持ち込んでみたけど、販売網の違いで採用されなかったものの、まぁ書いとくかって感じで書きあげたものなので皆さんのお役に経ってよかったです。あと、この界隈では著名な@yamasaKit_の丁寧な修正が入っているのでクオリティも担保されていると思います。

そろそろ章の追加をしようかなと思っているので、みなさんもケモインフォに対する熱い思いをぶつけてみたいなら新しく章を作ってPRお願いします。

Psikit

Psikitはなかなかイケてると思うし、面白そうという意見を頂いたのだけど、これといった成果が出ていなくてもうちょっとちゃんとやらないといけないなーと思っています。自分では何をやれば成果が出るかはわかっているんだけど、量子化学に寄りすぎていて、具体的な事例を見せないとイメージできないだろうなと。

12月の構造活性シンポジウムでこのあたりの話をしようと思っています。

Kinme

創薬のひろばでKnimeを広めたいって書いたと思うんだけど、実際にシェアして再利用する仕組みをインハウスに作っています。でこの前のMishima.sykでそのあたりの話をしたら、そういうの欲しいって言われたので再実装したものを公開しました。

ちなみにkinmeはknimeのアナグラムで@bonohu考案で、金目鯛は@t_kahiに釣ってもらいました。

16102019 chemoinformatics bioinformatics

悶える？モダリティ

ちょっと前までは低分子の分子設計ばっかりやっていて、その当時は出口戦略重要だよねそのための差別化はやっぱDMPKだよなってことで、PBPKとかPK-PDとかが重要になるんやろねと思っていた。

最近は創薬モダリティの流れで色々な分子設計やり始めていて、よい設計のためには分子生物学理解してないと駄目だよなぁと思うようになってきてる。

モダリティの四面体によると、創薬においては

料理の四面体 (中公文庫)
玉村豊男
中央公論新社 / ?円 ( 2017-06-30 )

干渉剤の大きさ（いわゆるモダリティ）
干渉対象 (MoA)
測定系

の組み合わせが重要で、我々が分子設計するためにはモダリティは基本的になんでも扱えるけど、MoAを意識したデザインをするためには分子生物学を理解していないと、よいデザインはできないように思う。特にプロテアソーム系とかエピジェネまわりに触ったりするやつとかそれなりに確度高く設計できると嬉しいよなーとか。

というわけで細胞の分子生物学でも読み直すかという気分になっている。