12012010 Python
MLで流れてたのでメモ。
一つの要素を持つタプルは、値の後ろにコンマを続ける (単一の値を丸括弧で囲むだけでは不十分です) ことで構築できます
pylonsはモデルだけいじりたいときにはどうすんの?
TurboGearsだとこんな感じでいけるじゃないですか？
pylonsはちょっとよく分からなくて結局
sqlite3 -separator , test.db ".import makeinu.csv test_table"
とやってしまった(なんじゃそりゃ)。
12012010 chemoinformatics Python pylons
pylonsにはpaster shell
pylonsで対話的にモデルを操作したい場合にはdevelopment.iniのあるディレクトリで
paster shell
とすればよいらしい。modelっていう変数に色々入っているので
session = model.Session
mol = model.Mol
for m in session.query(mol).filter(mol.MW > 199):
print m
などとやるべしナ感じ。
c++のキャストとか
openbabelがC++で書かれているので、今年はC++を覚えようと。
int a = (int)('0'); // 48
これはpythonでいうord
>>> ord("0")
48
で、最初よく分からなかったのでこれ。
(char)(5 + '0'); // 5
結局
int a = 5 + '0'; // 53
となっているからint + charみたいなのもよろしくやっといてくれるっちゅう理解でいいのかな。
とりあえずクックブックでも買うべきか。
C++実践プログラミング
C++クックブックD. Ryan Stephens,Christopher Diggins,Jonathan Turkanis,Jeff Cogswell
オライリー・ジャパン / ￥ 4,515 ()
在庫あり。
12012010 Python jython processing
jython+processingでwebカメラで取り込むサンプル
usbカメラを買ったので早速遊んでいる。ちなみに奥に見える黄色いのはjython本じゃなくて独習C++とかいう本。
drawメソッドでピクセルをいじくると色々とエフェクトがかけられるわけです。
from javax.swing import JFrame
from processing.core import PApplet
from processing.video import *
class Sketch(PApplet):
def __init__(self):
pass
def getField(self, name):
return self.class.superclass.getDeclaredField(name).get(self)
def setup(self):
self.size(320, 240)
self.camera = Capture(self, 320, 240, 12)
def draw(self):
self.camera.read()
self.image(self.camera, 0,0)
def run(applet):
frame = JFrame(title="Processing camera",
resizable = 1,
defaultCloseOperation=JFrame.EXIT_ON_CLOSE)
frame.contentPane.add(applet)
applet.init()
frame.pack()
frame.visible = 1
if __name__ == '__main__':
run(Sketch())
jython本が待ち遠しい。
Jythonプログラミング12012010 perl bioinformatics Python
ビューティフルコード
最初サンプルみたときにはちょっと理解できなさそうだったので保留にしてたけど、bioperlとかpythonの話が面白そうだったのでポチッた。
ビューティフルコードpylonsのroutes.py
pylonsのRoutesがドキュメントみてもいまいちわからんとか思ってたんだけど、RoRのドキュメント読んだらさっくりと理解できそうな気がしてきたところで、routing.pyをいろいろいじってみたらなんとなく理解した感じ。
12012010 bioinformatics Python
python magazine
そういえばpython magazineの最新号にbiopythonの特集が載ってたので買って読んだんだけど、なんていうか入門的な内容でいまいち楽しめなかった。
むしろpytableのほうが面白かった。pylabなんかと連携させて使うのがよいらしい。自分でオリジナルな計算かけたときのフォーマットとして使ってみようかな。
makoでutf-8を埋め込みたいとき
そうしないとこんなエラーが出る。
CompileException: Could not read template using encoding of 'ascii'. Did you forget a magic encoding comment? in file
最初わからなかったけれど、あーそういうことねというメッセージだった。
12012010 chemoinformatics Python jython java
jythonプログラミング読了
次の二つの章が特に面白かった。
- 5 Pythonから見たオブジェクト指向
- 7 Jythonの応用例
単なるjythonの使い方の本というよりは、jythonのような複数の言語を混ぜ合わせた処理系を通して見えるものを感じ取りましょう的な内容だったように思う。あとその場合に固さやわらかさの長所をうまくのばしてやるようなプログラミングのお作法はこんな感じですよみたいな指針。
perlでもInline系のモジュールを使えば直接他の言語を埋め込んだりできて他言語のライブラリを使えるけど、言語自体が両方の世界に干渉できるともっと楽ができる。
Inline::みたいなやり方でも、jythonみたいなシームレスな言語でも結局複数の言語を理解してないとうまいことやれないので、その分習得コストはかかると思うんだけど、シームレスな言語使うと楽しいのはスケッチするような感覚が得られることなのかなと思ってる。
そういう意味ではGainerも似たような感じかも。
Make: Technology on Your Time Volume 04あとシームレスな言語を使うっていうことはそれにあわせてライブラリのほうも対応していかないといくのが望ましいのかなとPybel as a generic API for cheminformatics libraries - proof of concept using CDKというエントリを見てふと思った。
chemoinformaticsだとopenbabelっていうc++の大きいライブラリとCDKっていうjavaのライブラリがあって、その上にpython(とruby)がまたがっている感じなのだけど、さらにこれらでいじくったデータを解析にもっていくためにRが必要だったりとかするのでRpyが役に立ったりする。