Drkcore

30102010 curry 東京

かれーの店うどんで秋の夜カレー

久しぶりの東京出張。しかも雅叙園@目黒だったので、昼はかれーの店うどん@五反田で。五反田には花善もあるしね。

ちょっと早く着きすぎてオープンしてなかったので、ぶらっとしたら、うどんのすぐ先に豚と小麦って店があって結構人が入っていたので、ココでもいいかなとふらふら入りそうになったけど、なんとなく察知して結局入らなかった。あとで調べたら、二郎インスパイア系だったので正解。昼に二郎系は濃すぎて無理だからな。

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ぶらっと近所をぐるットして戻ってきたらopenしてたので入店。季節の夜かれー(薬膳)を注文

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これがもう、ジワジワ来る感満載の味で。まぁそんな感じの表現しかできないな。

さて、来週はIBISで東大駒場か。嚆矢は一度は行くとして他にどこを攻めるかなぁ。

30102010 Python openbabel GAMESS

openbabel+GAMESSで計算できるようにする

Izu.R #0お疲れ様でした。いつもは22時前には寝るのだけど、2時半くらいまで起きてコード書いてた。たのしす。

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今回が初めてで、Rらしく発表+LT的なほうがいいのか、ハッカソン的なもののほうがいいのか、わからなかったうえに初めての宿という不安はあったが、とりあえず集まってみて様子見しようという感じでしたが、蓋を開けてみれば、楽しい会になってくれて良かった。

次回もやる方向で考えているので、興味があれば。

今回のキーワード

Galaxy

pythonで書かれたワークフロー管理ツール。@bonohu さんに初期の導入のあたりを教えてもらいながら。みんな、ほとんどこれいじってたような。

Galaxy ツールを作る

ちなみにmacportsのpythonだと依存関係トラブリまくってうまく動かないので、潔く/usr/binのを使えという結論に落ち着いた。

これはもう少しいじる。次回にはなんか成果物をもっていきたいかな。

別トラックで流れていたセッションの情報交換

これはよい。あとで内容をきちんと把握する。あの、ユーザー会は一定の確率で面白い内容出てくるからよいです。面白さを面白いと感じるためには、面白さに対して感度をあげる努力を怠るとダメですな。

patent analysis(LDA) and spotfire

View more presentations from ybenjo.

ジャパネットムスカ

きっかけは覚えてないが、MADの方向に行ってきた。

ついでに、一人ふぁぼ界に引きずり込まれてた。

Python

Dive into Python

みんなのPythonは良書ですよね。

みんなのPython 改訂版
柴田淳
ソフトバンククリエイティブ / ￥ 2,940 ()
在庫あり。

そういえば、前日の二次会でもPython利用者率を上げていこうという結論で落ち着いた(Pythonistaの中で)

書いたもの

openbabelで荒く構造立ち上げて、その後量子化学計算で精密化して、Mulliken Chargeとか楽に求めたいこと多いので、サクサク出来るようにラッパー欲しかったので書いてた。ファイルの読み込みとかよくわからんバグが出ててはまったが、なんとか動くとこまでいった。

あとはもう少しちゃんと書いてクックブックにでもあげとく。

import openbabel as ob
from tempfile import mkstemp, mkdtemp
from os import removedirs, unlink, system, environ
import re
import os.path
import string
from random import choice

def randstr(n):
    "ランダムなファイル名を生成するため"
    return u''.join(choice('abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ') for i in xrange(n))

class Gamess(object):

    def __init__(self):
        self.tempdir = mkdtemp()
        self.gamess  = "/Users/kzfm/gamess/rungms"
        self.jobname = ''
        self.cwd    = os.getcwd()

    def calc(self, mol):
        self.jobname = randstr(6)
        obc = ob.OBConversion()
        obc.SetInFormat("gamout")

        gamin = self.write_file(mol)
        gamout = self.tempdir + "/" + self.jobname + ".out"
        os.chdir(self.tempdir)
        os.system("%s %s> %s  2> /dev/null" % (self.gamess, self.jobname, gamout))        

        # エラーが出たのでstringを渡したらなおった
        # TypeError: in method 'OBConversion_ReadFile', argument 3 of type 'std::string'
        new_mol = ob.OBMol()
        s = open(gamout).read()
        next = obc.ReadString(new_mol, s)

        os.chdir(self.cwd)
        unlink(gamin)
        unlink(gamout)
        return new_mol

    def header(self):
        h = """ $BASIS GBASIS=STO NGAUSS=3 $END
 $CONTRL SCFTYP=RHF RUNTYP=OPTIMIZE $END
 $STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=20 $END"""

        return h

    def write_file(self,mol):
        obc = ob.OBConversion()
        obc.SetOutFormat("gamin")

        gamess_input_file = self.tempdir + "/" + self.jobname +".inp"
        gamess_input_str = obc.WriteString(mol)

        h = self.header()
        ng = gamess_input_str.replace(" $CONTRL COORD=CART UNITS=ANGS $END",h)

        with open(gamess_input_file, "w") as f:
            f.write(ng)
        return gamess_input_file

    def __del__(self):
        #print "remove " + self.tempdir
        removedirs(self.tempdir)

if __name__ == '__main__':

    g = Gamess()

    obc = ob.OBConversion()
    obc.SetInFormat("mol")

    mol = ob.OBMol()
    next = obc.ReadFile(mol,"test.mol")

    newmol = g.calc(mol)
    print [obatom.GetPartialCharge() for obatom in ob.OBMolAtomIter(newmol)]

GAMESSに関しては動く環境をもっているのが前提なので、そこをやりたい場合はこの本が良いです。

すぐできる量子化学計算ビギナーズマニュアル (KS化学専門書)

講談社 / ￥ 3,360 ()
在庫あり。

29102010 Python

プレゼン用にGrowl通知するタイマーを作った

今日の朝、時計をもっていないことに気づいて。

import sys,os
import Growl
import threading

def timenotify(notify_string):
    image = Growl.Image.imageFromPath("/Users/kzfm/.tw_growl/kzfm.png")
    g = Growl.GrowlNotifier(applicationName='Timer', notifications=['Watch'])
    g.register()
    g.notify(
        noteType='Watch', 
        title="GrowlTimer", 
        description= notify_string,
        icon=image,
        sticky=False)

if __name__ == "__main__":
    t1 = threading.Timer(600, timenotify, args=["10分経過しました"])
    t2 = threading.Timer(1200, timenotify, args=["20分経過しました"])
    t3 = threading.Timer(1500, timenotify, args=["25分経過しました。そろそろまとめ"])
    t4 = threading.Timer(1800, timenotify, args=["30分経過しました。発表終了"])
    t1.start()
    t2.start()
    t3.start()
    t4.start()

やっつけスクリプト

28102010 life sake

旨い純米酒が味わえる店

近所の情報が載ってないと悲しい思いをするので、中見てからだな。

旨い純米酒が味わえる店

エンターブレイン / ￥ 998 ()
近日発売　予約可

27102010 life

FMトランスミッターを購入

5,6年使ってたのが壊れたので、新しいのを買った。ちなみに初代iPod nanoを使っていて、バッテリーはないけど車内では電源があるのであまり困らない（電車内ではすぐ切れて使い物にならないが）。

Logitec 「Made for iPod」認定車載用FMトランスミッター(レッド) LAT-FMi02RD

エレコム / (2008-12-09)
在庫あり。

色によって値段がかなり違うが色にはこだわらないので安いの購入。

満足。朝聴いてたHospital podcastのNu:Logic - Sundownがやたらと良かった。

27102010 Haskell

おりがみプログラミング 3.14

apoL'を使ってinsertを定義する

-- 3.14

apoL' :: (b -> Maybe (a, Either b (List a))) -> b -> List a
apoL' f u = case f u of
              Nothing            -> Nil
              Just (x, Left v)   -> Cons x (apoL' f v)
              Just (x, Right xs) -> Cons x xs

insert3 = apoL' step u
    where 
      step Nil = Nothing
      step (Cons x xs) = if x < u then Just (x, Left xs) else Just (x, Right xs)

とやると