Drkcore

献本ありがとうございます

Rによるバイオインフォマティクスデータ解析　第2版－Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング－
樋口千洋
共立出版 / 4830円 ( 2011-01-08 )

内容はバイオインフォマティクスに限らずに割と広い内容をカバーした感じで、クックブックと逆引きの中間的なスタイルと言えば良いのだろうか？

Rのインストールから基本的な操作は（大体どの本にもあるように）載っていて

データマイニングとしては

PCA
ICA
PLS
MDS
SPE
k-means,Fuzzy cmeans
spectral clustering
NMF
SOM
decision tree
kNN
SVM
RF
LASSO
MARS

がサンプルコードとともに簡潔に説明されている。

8章はバイオ系データの解析、チップとか。odesolveを利用したシミュレーションのサンプルもあって、SBMLRは面白そうだなぁと思った。メカニズムがどうなっているのかはモデルと実験系の不一致をよく突き詰めて考えることでしかきちんとした理解は得られないと思っている。

最後のほうの章は統合環境、データベースの連携、サーバー構築あたりの話。

あと、twitteRを使って生体組織名をつぶやくとその組織の図が返ってくるという例が載ってた。ちなみにRでもPitがあります。

18012011 music

ダンボール掘ってみた(4)

orbitalはジャケは覚えてるけど中身はあんまり覚えてないなぁ。

1295003169

Rob Dは名曲ですな。(matrixで有名になったけど)

1295003187

18012011 Python javascript

luminescenceでjavascriptを埋め込んだプレゼン資料をつくる

機能がちょっとシンプルすぎて、凝ったことするのは大変かもしれないけど、yaml+markdownでスライドを作れるluminescenceが便利。

luminescence input(yaml) output(html) [template(html)]

でスライド用のhtmlが出力される、こんだけ。

yamlのソースのほうにjavascript埋め込めるのでスライド中に表示したソースコードを直接実行したりできるし、jQuery Growl使えばハッシュタグ付きのtweetをプレゼンにストリーム表示させたりできる。

それから、このブログシステムもMarkdownでコンテンツ書いているので、過去のエントリから使いたいコードをコピペするとそのままスライドでも動くことが多いために自分の作業環境との相性がいい。

なにより、プレゼン資料が単なる資料作りではなく、javascriptの学習も兼ねるので時間の使い方的に非常によいだろうと。ソースをGitで管理できるので心理的にも安心(重要)。

とりあえず、最初の資料にgoogle maps埋め込んでおいた

js読書会

第1回JavaScript読書会

JGP読みます

JavaScript: The Good Parts ―「良いパーツ」によるベストプラクティス
Douglas Crockford
オライリージャパン / 1890円 ( 2008-12-22 )

17012011 music

ダンボール掘ってみた(3)

The Darkest Star

1295003194

Holden Remixがエモーショナル過ぎ。かなり沈める

Darkest Star [12 inch Analog]
Depeche Mode
Mute UK Indie / 890円 ( 2007-02-13 )

16012011 life

「シェア」を読んだ

ハイパー消費経済からコラボ消費へ。読んだ後に、「あーなんか社会に対する認識が変わったかな？」と思える本。オススメ。

なんというか、Freeのような装丁だが、中身は全然違うような気が。あっちは、ビジネスモデルっぽい話だけど、こちらは社会基盤というかこれからどういう社会を目指すかの一つの方向性を提示しているのかな。海外事例を例に出して、コラボ消費というものはどういうものかということを分かりやすく説明している（ちょっとくどい文章だけど）。

シェアというのは、IT(この場合はICTのほうが適切か)により、取引コストが大幅に下がったことを背景に見直されているのかなぁと思う。あとは、現行の消費型の経済モデルも難しい局面に来ているってのも背景にあるんだろう。というわけで、日本でも今後活発になっていくのかなぁ。

交換できる本に追加した

初版はトラッキング用のIDが帯に付いていて「シェア」をシェアできるようになっているのも面白い。