Drkcore

30012013 Haskell

virthualenvwrapperでmkvhenvしたら自動的にworkhonするようにした

mkvhenvっていうmkvirtualenvに対応するコマンドを用意した。mkvirthualenvしたあとにworkhonするのはめんどくさかったので、かなり快適になった。

virthualenvwrapper

29012013 sake 静岡

泰平居酒屋で昼から呑んでた

先々週くらいの話。

@bg7860が新年会をしようと云うので、いつものように三島で飲もうかと思ったんだが、いい機会なので静岡まで足をのばして昼間から酒を飲むことにした。

目的の泰平居酒屋はオープンが15時30分という、昼から呑むにはもってこいの場所ですね。

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開運をやりながら白子を。

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造りの盛り合わせも開運で。

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金目の煮付けは初亀で。

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海つぼとはばい貝のことらしい。

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満足の昼酒だった。静岡いいなぁ、なんかいい職場ないかな。東京とか海外でもいいけど。

28012013 chemoinformatics Python

ChEMBLデータベースのPythonインターフェースを書いた

ちょっと欲しくなったので探してみたらpychemblを見つけた。

しかしメンテされてないようなのでフォークして更新しようかなと思い、ソースを眺めたら面倒くさそうな感じだったので、昨日一日使って新しいのを作ってみた。

pychembldb

declarativeでautoloadしているのでスキーマが変わってもメンテしやすいかなと思う。コーディングのほとんどの時間をテスト書くのに使ったので結構疲れた。それから、メタプログラミングはどうかなと思ったのでdbのuriは環境変数CHEMBL_URIで設定するようにしておいた(デフォルトはchemblのmysqlのインストールそのまま)。

chembl = ChEMBLDB(uri)とかやりたい場合にはFlask-SQLAlchemyのソースが参考になると思う。

ターゲットから活性値とInChiKeyをフェッチする

ターゲット名に含まれるアッセイ系から活性と対応する化合物の構造をとってくる。

from pychembldb import *
for target in chembldb.query(Target).filter_by(pref_name="Tyrosine-protein kinase ABL"):
    for assay in target.assays:
        for activity in assay.activities:
            print activity.published_value, activity.molecule.structure.standard_inchi_key

ジャーナルから活性値とInChiKeyをフェッチする

ジャーナル(doi)に含まれるアッセイ系から活性と対応する化合物の構造をとってくる。

from pychembldb import *
for journal in chembldb.query(Doc).filter_by(doi="10.1016/S0960-894X(01)80693-4"):
    for assay in journal.assays:
        for activity in assay.activities:
            print activity.published_value, activity.molecule.structure.standard_inchi_key

その他

ChEMBLのスキーマみれば大体わかるだろうし、その通りに動くでしょう。このスライドも参考になると思う。

余談ですが、Rubyだとbio-chemblがあるそうです。

今後やる予定のこと

とりあえずテーブル名をそのままクラス名にしたせいでlookupとかDictionaryとかついててダサいのでそこら辺の名前は変える（なのでクラス名とかメソッド名はまだ変わります）
relationが不完全なので追加していく
one-to-oneみたいなのもone-to-manyとしてrelation張っているせいでリストになっている部分は修正する(上だとmolecule.structures[0]とかださい)
pypiに登録する(pipでインストール出来ないと面倒くさい)

130128 追記

one-to-oneにしたのでmolecules[0]がmolecule
Dictionaryを除いたのでTarget,Moleculeになった

28012013 javascript

Building Node Applications With Mongodb and Backbone

Backbone.jsでクライアントサイド、Express+mongoose(MongoDB)+socket.ioでサーバーサイドで、チャットアプリをつくるという内容。

Building Node Applications With Mongodb and Backbone
Mike Wilson
Oreilly & Associates Inc / 1666円 ( 2012-12-31 )

誤字が多かった。コードはGithubにあるのでIssueみるとどこが修正されたか分かるので、確かめながら本を読んだほうがイイ。

あと、実際書いてみるとBackbone.jsのモデルとmongoのモデルの名前付けが紛らわしい。実際、本書のタイポはここらの名前付けルール（小文字かキャメルケースか）だったりするので、サーバーとクライアントの言語は変えたほうがいいのかなぁと思った。

あとmongooseみたいにスキーマ定義するのはどうなんだろう。それだったらSQLでいいんじゃないかなと思ったりするが。

こっちの本を参照しながらひと通り読んだのだけど、全文公開されているのでありがたい。

Developing Backbone.js Applications
Addy Osmani
Oreilly & Associates Inc / 2778円 ( 2013-05-22 )

Kindleに入れて気になった時に見れるようにしておきたいかも。

27012013 music

今日のリスト(131027)

サカナクション聴きすぎてサカナの気分だったので。

Over (featuring Zarif) / Breakage
Remainings II / Adam Beyer & Joel Mull
数え足りない夜の足音 / UA
Faith / Aeph
Love Like This (Ft.Craig David)(Club Mix) / T2
アイデンティティ / サカナクション
Bubbles / Makoto
Touch Sound / Xilent
シーラカンスと僕 / サカナクション
Innocence / Nero
Neurosis (140 Mix) / June Miller
ひまわり / タテタカコ