先週バージョンが上がってスキーマもかなり変更されたchembl_15に対応させました。

• pychembldb

ChEMBLはバージョンアップでおもに結合サイトまわりが強化されているみたいです。binding_siteとかpredicted_binding_domainみたいなデータが入っているのはドッキングシミュレーションを強く意識した作りになっているんでしょう。とはいえ、いい感じのOSSなドッキングシミュレーションソフトウェアがないから、遊びにくいかも。

スキーマに関して言えば、多対多はすっきりとした感じに変更されてたのでmapper書きやすくなっててよかったが、ちょいとハマったところをメモっておく

• target_dictionaryとpredicted_binding_domainsがone-to-manyになってなくてactivityに紐付いてる
• information_source doesn't exist in products table
• USAN_STEMがautoでマップできないのでとりあえずコメントしてある

あとはテストケース書くのがめんどくさかったので自動生成するようにした。今回はクラスもある程度自動生成した(utils)。

• pychembldb - Github

doctest書かないといけないなぁと思った。