23082013 life Snorkeling
今週は色々バタバタしてたので、8/10に気晴らしも兼ねてシュノーケリングしてきた(2度目)。今日は北側オンリーで。
息が続かないので息を止め続けるトレーニングをするといいらしい。というわけで、会議の時つまらない発言が出だしたら息を止めてみることにした。まぁ、放置部署なので会議ないんだけど。
耳抜きがうまくいかないので、数をこなしたい。
あと、フィンは長いほうがいいのかなぁと思ったんだけど、そもそもフィンワークがダメな気がしているので精進する。
目撃したサカナ
釣りしているとキンギョは邪魔だけど、群れで泳いでいる姿は綺麗なので、邪険に扱うのはやめようかと思った。
イカの群れって横並びなのね、見れてよかった。
飽きもせずに浮かんだり潜ったりしてた。終了近くまで井田に居た。
帰りの夕日が綺麗だった。
超楽しかった。
20082013 chemoinformatics
10/5,6@三島です
経緯はこれとかこれを参考に。 論文はA chemistry wiki to facilitate and enhance compound design in drug discovery.なんかを見ていただければと
ランチに名物のいも汁を食すかたは掛川駅に1130に集合です。
一応6回で終了すると思うので次回以降の読書会のネタに関しても話し合いたいので、なにか推薦する方は教えて下さい。
いまのところ、機械学習の延長線上にありそうな「実践コンピュータビジョン」はどうかなという話が上がっております。OpenCV+機械学習+Pythonという結構面白い本だと思います
栃木の北の方に帰省してきた
尚仁沢のある山に行ってきた。湧水公園メンテしてない感がありありでどうしようもなかった。水汚なすぎて水遊びする気が起きなかった。
こっちはトンボが飛びまくっていて秋だった。
山の上にあるカフェで。
帰り道に、鳳凰美田でも買うかなと立ち寄った酒屋が休みで、別の酒屋で代わりの酒を物色。
東力士の微発泡酒が美味しくて四合開けた。さらに、浦霞もちょっと開けた。
布団で横になったら、子供より先にそのまま就寝
朝の散歩は田んぼを攻めてみた。すぐにビシャビシャになったワンコ
栗の木、今年の出来はいいらしい。新幹線が近くで見えるので息子を連れて行ってやろうと思ったけど。
写真をとって見せたら、それで満足したらしい。ついでに野生の栗が生えてた。
またまた、あぜ道を通って帰る。小川にドジョウとかいそうなんだけど汚れるのが嫌だったのでスルー。
白百合のはなが咲いていた。こっちのほうではよくみる花だけど。
昼は中川水遊園で水遊びをして、また酒を買ってきた。いろはビールは普通の味。天鷹スパークリングも辛口の日本酒に炭酸のっけた感じで、前日の東力士のほうが好みだった。というわけで小瓶にしておいてよかった。
夜は花火にお付き合い
月が綺麗
夜明け前からワンコが吠えるので外に連れだした。結局1時間半くらいひきまわしたので最後ばててたｗ
小学校跡。全校あわせて200人いなかったので小さい（というか田舎）。
さらにずっと歩いて川まで。サワガニとったり鯉釣りしてたけど、河川工事してコンクリで埋めたのでカニはいなくなったみたい。眺めてたらサカナが跳ねた。
昼はファミリー向け遊園地で。炎天下のアトラクション辛い。
帰りに、氏家駅前の酒屋さんで。鳳凰美田のワイン酵母の日本酒と、おりがらみスパークリング。それから仙禽の純吟を購入。ちなみに仙禽酒造はこの近所ですね（いったことない）。というより酒造めぐりってしたことないや。
この日も月が出ていた。
鳳凰美田のワイン酵母のほうを開けた。室温に戻るに従い味がふくらんできて気持ちいい。
14082013 R
python+pandasで全部やればいいんだけど、ggplotが使いたかったので。
とりあえず全件取ってきた状態で
import csv tweets = csv.reader(open("tweets.csv")) print "Date\tMessage" for tweet in tweets: if "[[user_id]]" in tweet[7]: print "{}\t{}".format(tweet[5].split()[0], tweet[7])
これである程度綺麗になったtsvが出力されるのであとはRStudioでいじる。data.tsvっていう名前で保存した。
library(plyr) library(ggplot2) library(scales) setwd("/Users//kzfm/lang/rcode/tw") tweets <- read.delim("data.tsv", sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, header=TRUE) tweet.counts <- ddply(tweets, .(Date), nrow) date.range <- seq.Date(from=as.Date("2012-10-20"), to=as.Date("2013-8-12"), by="day") date.strings <- strftime(date.range, "%Y-%m-%d") dates <- data.frame(date.strings) all.data <- merge(dates, tweet.counts, by.x=c("date.strings"), by.y=c("Date"), all=TRUE) names(all.data) <- c("Date", "Counts") all.data$Counts[is.na(all.data$Counts)] <- 0 all.data$Date <- as.Date(all.data$Date) ggplot(all.data, aes(x=Date, y=Counts)) + geom_line() + scale_x_date(breaks="2 week", labels=date_format("%Y-%m-%d")) + theme(axis.text.x=element_text(angle=-90))
入門機械学習の1章のやりかたが参考になった。
13082013 R
8/24の入門機械学習読書会の範囲になっているMulti Dimensional Scaling(MDS)の章を読んだ。
最初から距離しか与えられてない場合にはMDSだろうけど、普通はPCAでいいんじゃないかなーと思いつつ。あとユークリッド距離使うんだったらSPEでもよかろうと。
ちなみにクラスタリング関係をRでやるんだったらこの本が参考になるんではないかと。バイオインフォと書いてあるけど、あれも結局インフォマティクスなんで、バイオロジーの知識がなくてもアルゴリズムとかクラスタリングの使い分けとかは理解できると思います。というわけで欲しいかたがいれば持っていきますので、連絡ください。
尚、次回の入門機械学習読書会は掛川開催でランチに名物のいも汁を食べに行くので興味ある方は参加されると良いです。本の内容は8,9,10のPCA,MDS,K-meansといったクラスタリング関係をまとめてやります。
13082013 sake
コメヤスさんで買ったBlack Phoenix。いつもの鳳凰美田に比べると酸が強めかな、なんかそんな感じ。
ちなみに最近は持ち歩きが苦にならない4合瓶の割合が増えている（あちこちで買うので）
黒地に金字ばかりを飲んでいた。
いけたにさんで購入した、小鼓の純米吟醸
親戚から送られてきた大信州の夏酒。小鼓と大信州はなかなか綺麗目
白瀑の純米大吟醸と金字の山本は大体同じ値段なので、こっちも買ってみたけど。
開運のあさば一万石は酸がきつく感じた。涼々のほうが好み
07082013 work
知財化する際に、誰が作ったかが重視される風潮がある気がするので仕方ないのかなと思う部分を差し引いても、合成案とケミストの癒着は強いんじゃないかなぁと。
スクラムにおけるプロダクトバックログとかスプリントバックログ的な考え方をもっと強く押し出さないと、プロジェクトに貢献できないんじゃないかなぁ。
あと、合成案批判を人格批判と受け取るヒトが多すぎる気もする（文化かな）。それも知財化が絡んでいるんだろうな。
とか考えていたら、ペアプロみたいに合成案を相互レビューするようなやり方ってメリットあるんじゃないかなぁという気がしてきたけどどうなんだろうね。
GitHubなんかを使い続けてソースコードの共有が普通に受け入れられるようになると、創薬のプロジェクトで、自分の案に固執したり、クローズにしたがるカルチャーに閉塞感を感じてしまう。
06082013 chemoinformatics
ワークショップの話を先に進めたいので皆さんで集まって飲みましょうってことで、初めて集まって飲んだ。
色々面白い話が聞けたのだけどそれはこっちに任せた。
前菜頼んだくらいで、あとは飲み続けたのでコスパ高かった。空芯菜の炒めものを見ながらもっと茎のあたりをガッツリ切ってもいいのかと勉強になった（あと葉っぱも減らして茎だけでいいやと）。うちはモロヘイヤも空芯菜も先っぽしか収穫しないので贅沢な使い方をしているなぁと思った。
土日の二日間で組んでみました。
土曜日午後（使ってみようRedmine）
日曜日午前（もくもくと軽いトークを混ぜたもの）
もくもくと好きな事をやってもいいし、普段聞けないことを聞いてもいいような軽い感じの質疑ができるようにします。
何故二日の日程にしたかというと、ベアードビールは昼飲みでしょ!という当たり前の理由はおいておくとして、遠くから来る場合に交渉しやすくする意図もあります。
会場のすぐそばにある楽寿園は動物園とか遊戯があって子供だったら、半日ぐらいは余裕で遊べますし、散歩用の道が気持ちいいので大人がぶらぶらしても楽しいです。日曜日はソフトウェア開発よりなのでその日は参加せず、ひと駅先の沼津から沼津港に向かって深海水族館でもよって沼津港で美味しいものを食べても家族サービスとしていけてますし、修善寺とか熱海のほうをぶらついてもいいかと。尚、土曜日のみだったら東京から日帰りも余裕です（三島は意外に近い）。
つまり、プチ家族旅行を兼ねることでwin-winの関係が築きやすくなるわけですねｗ。早めに三島に入ってお昼に鰻をたべるというのももちろんアリだと思います。
もし興味があれば10月の前半の週末は空けておいて下さい。参加募集ページができたらまたご案内します。
04082013 life
ふもとっぱらは広がる草原って感じだけど、天子の森は川のほとり。テント立てている間に子供はマリンシューズ履いてジャバジャバやってた。そのうちカニとりにハマりだしたみたい。
テントは99のフジロックのあたりから使い続けているが、メタモのテントパスが張ったままだ。
ワンコも川遊びは初めて。海は2,3度行ってるけど。水飲みまくってた。
途中のチキンハウスで買った焼き鳥焼いたり、ソーセージ焼いたり、エビのアヒージョ作ったりとか。
アヒージョのオリーブオイルにナスを投入したみた。コレはなかなか美味かった。
志太泉の有機米（純米）を飲んでた。
チルを入れ忘れたのでスーパーカーの好きな曲をループさせながらぼんやりしていた。
久しぶりに星を見た。というより、社会人になってからは見ていないことを思い出した。
アジャイル開発とスクラム 顧客・技術・経営をつなぐ協調的ソフトウェア開発マネジメント
入門 機械学習
実践 コンピュータビジョン
Rによるバイオインフォマティクスデータ解析 第2版 －Bioconductorを用いたゲノムスケールのデータマイニング－
アジャイル開発とスクラム 顧客・技術・経営をつなぐ協調的ソフトウェア開発マネジメント