30062014 chemoinformatics Python
ChEMBLからデータを取ってきて、活性が強いほど色が濃くなってドットのサイズも大きくなるようにしてみた。python-ggplotを使うと数行で描くことができるので調子いいですみたいな話をします。
あとはscikit-learnとrdkitで予測モデルを作ったりクラスタリングをしたりといった話もできればなーと考えているので、 興味があれば参加して下さい。
import pandas as pd from ggplot import * import numpy as np d = pd.read_csv("syk.csv") d["pIC50"] = 9 - np.log10(d["IC50"]) print d p = ggplot(aes(x='MWT', y='ALOGP', color="pIC50", size="pIC50"), data=d) + geom_point() #print p ggsave("2dplot.png", p)
29062014 三島 chemoinformatics
ただいま、絶賛スライド作成中です。
なんというかscikit-learnのインストールではまっていたｗ。というより色々やっているうちにpipが壊れてわけがわからんようになったのでsofを見ながら治した。治療ｗ
brew install python --build-from-source sudo pip install numpy --upgrade sudo pip install matplotlib --upgrade sudo pip install scikit-learn --upgrade sudo pip install ggplot --upgrade sudo pip install psycopg2 --upgrade sudo pip install pychembldb --upgrade
/usr/bin/pythonを使うならScipy Superpackでいいんだけどね。homebrewのpythonで使うならこっちを見ながら。
ちなみに
brew install gfortran
のところは
brew install gcc
でいいです（今はgfortranはgccに含まれているので）
22062014 chemoinformatics
久々にRDKitをアップグレードしようかなと、
brew upgrade rdkit
したら
Error: Failure while executing: git pull -q origin refs/heads/master:refs/remotes/origin/master
というエラーが出たのでここ見て対処。
尚、RDKitは次回の勉強会で@iwatobipenに紹介してもらえるので、興味があれば参加すればいいと思います。（というより、こういう場でないとRDKitの話は聞けないのでは…）
僕はpythonでinformaticsとか機械学習するためのライブラリの話をします。そして@y_samaがpythonを楽しく学ぶためのサイトを紹介するので、みんなpythonistaまっしぐらですねｗ
静岡中部はGoにちょっと食われつつあるけど、東部のあたりをPythonで染めてバランスをとればいいですねｗ (最近Haskell書いてない…)
最近静岡の勉強会に行けてないので、そろそろ参加したいところ…
07062014 chemoinformatics
ちょっと作業したのでついでにドキュメントも更新して0.3.4にした。
ATC分類でレベル1がAつまり消化管と代謝作用の分子を探してみる。
::: python >>> from pychembldb import * >>> for c in chembldb.query(AtcClassification).filter_by(level1="A"): ... for mol in c.molecules: ... print mol.pref_name ... SODIUM FLUORIDE SODIUM MONOFLUOROPHOSPHATE OLAFLUR SODIUM FLUORIDE HYDROGEN PEROXIDE CHLORHEXIDINE AMPHOTERICIN B
ATC分類と認証日を表示させる
>>> for p in chembldb.query(Product).limit(10): ... for m in p.molecules: ... for c in m.atc_classifications: ... print m.pref_name, p.approval_date, c.level1 ... SULFAPYRIDINE 1982-01-01 J HEPARIN SODIUM 1982-01-01 C HEPARIN SODIUM 1982-01-01 C HEPARIN SODIUM 1982-01-01 B HEPARIN SODIUM 1982-01-01 B HEPARIN SODIUM 1982-01-01 S
07062014 chemoinformatics
chemblのpythonインターフェースであるpychembldbをchemblの最新リリース(18)に対応させました。
ついでに前回の勉強会でクラス名がわかりにくいと指摘されたので、その部分をちょっと修正。
これでスキーマ図を見ながらクエリを組み立て易くなっていると思います。
尚、クラスの名前付けルールは
具体的には以下のクラスは別名をつけてあります。
Cell = CellDictionary Target = TargetDictionary Molecule = MoleculeDictionary Curation = CurationLookup DataValidity = DataValidityLookup ActivityStd = ActivityStdLookup ConfidenceScore = ConfidenceScoreLookup
ChemblId = ChemblIdLookup
さぁ、コレでもなぞるかと思ったらリレーションが定義されてなかった。
修正しなきゃ
それから来月の5日に勉強会やります。発表内容を更新しました。
28052014 chemoinformatics
中田さんのPubChemQC Projectのスライドを見ながら、「あー、昔chembl版欲しいなと思っていたけど今だとsurechembl版が欲しいなぁ」と思った。
ついでに、もっとインタラクションよりのデータがあればなーという方向に妄想は膨らんだ。つまり、PDBでリガンド入りの複合体結晶構造のPIEDAのデータベースあれば嬉しいなぁと思った。
27052014 三島 chemoinformatics
いわしかくにん、よかった♡ (画像はイメージです)
今回は
Redmineの事例はLT含めると3演題くらいになると思います。カルチャーの違いで何が受けるか分からない（うちはスクラムダメだったw）ので試行錯誤の共有化ができればいいなと思っています。
Check.IOは初心者向けのハンズオンになると思うので、ちょっとプログラミングにも興味あるんだけどなーという方は参加するとPythonを楽しみながら学べると思います。
時間に余裕があればggplot,pandas,scikit-learnなんかもやれればいいなと思っています。
皆様の参加をお待ちしています☆
19012014 chemoinformatics
Mishima.syk無事に終わりました。参加者の皆様お疲れ様でした。プロジェクターの手配ができないというトラブルがありましたが、ハンズオンで皆さんパソコン持ち込んでいるので別にプロジェクターなくても良かったという。
今回、セミナールームが確保できずに畳の和室しか借りられなかったのですが、結果いい感じのワイガヤになって楽しく進められて良かったですね。室料もかなり安いので次回も同じ所を借りるかも。
後半の発表もみなさんかなり突っ込んだ話をされていて、質疑も盛り上がったし、色々勉強になってよかった。が、うちのカルチャーに根付かせるにはエバンジェリスト的な立ち位置のケミストが必要で、それは（プロジェクトにコミットししない立ち位置の）僕ではできないんだろうなーと漠然と思い、ちょっと残念だった。
前回の反省をふまえて、今回はアンケートをきちんと取って次回に生かそうと思っていたのですが、直前バタバタしたためまたもや取りそこねてしまった。もし、次回やりたいなーとか聞きたいなーと考えている話がありましたら最寄りの管理者までリクエストしておいてください。RDKitなんかいいんじゃないかなーと思うけど、まぁみんなPPでやるからなー。
資料はconnpassにおいてあります。
chembldbを入れればSQLですべてのデータにアクセスできます。
単に、データを取りたいだけだったら別にこれで構いません。pychembldbを使うと、複雑なSQL文を発行しなくてもわかりやすくデータにアクセス出来るのが一点、もう一点はお題5,6のようにblaskt等の他のサービスと連携させやすくなるというあたりですね。
MoleculeDictionaryではなくMoleculeになっていたりするのは、命名がださいという理由で変えてしまっていますが、ERDみながらクエリを組み立てて行くときにはまるので、次回のバージョンのときに両方でアクセス出来るようにしておきます。
尚、テーブルは複数形になっていますが、クラス名は単数形に統一してあります。
18012014 chemoinformatics Python
今週末の勉強会の内容です。ChEMBLダンプのimportに時間がかかるので、pythonラッパー弄りたい人はChEMBLを予め入れてから参加するといいでしょう。
当日行う手順を記しておきます。
2.7.xを入れます。OSXは標準でインストール済みです。WIndowsの場合はここからインストーラをダウンロードしてインストールしてください。
pipはPythonのパッケージ管理ツールです。
ez_setup.pyをダウンロードして実行します
sudo python ez_setup.py
その後get-pip.pyをダウンロードして実行
sudo python get-pip.py
最初にPostgreSQLのアダプタであるpsycopg2をインストールし、続いてORマッパーをインストールし、最後にChEMBLdbインターフェースをインストールします。
sudo pip install psycopg2 sudo pip install sqlalchemy sudo pip install pychembldb
pychembldbはデフォルトでMySQLを使うようになっているので.bashrcに以下のように記述しておきます。
export CHEMBL_URI="postgresql+psycopg2://localhost/chembl_17"
編集したら、新しいタブを開くかsource .bashrcをしてください（source効くのかな？）
(注)
例えばuserがpostgresでパスワードがsakeと設定している場合は
export CHEMBL_URI="postgresql+psycopg2://postgres:sake@localhost/chembl_17"
と記述します
python 対話環境を起動します
python
pythonコードを実行します(select pref_name from target_dictionary をpythonで実行)。
>>> from pychembldb import * >>> for target in chembldb.query(Target).all(): ... print target.pref_name
ターゲット名がずらずらと表示されればOKです。
14012014 chemoinformatics Python
今週末の勉強会の内容です。ChEMBLダンプのimportに時間がかかるので、pythonラッパー弄りたい人はChEMBLを予め入れてから参加するといいでしょう。
当日行う手順を記しておきます。
パッケージ管理システムです(WIndowsユーザーは飛ばしてください)。
ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.github.com/Homebrew/homebrew/go/install)"
こんだけ。
brewを入れてあればインストールは下のコマンドを打つだけ。(WIndowsユーザーはここから最新版のインストーラをダウンロードしてください）
brew install postgresql
インストール後にデータベースを初期化します
initdb /usr/local/var/postgres
サーバー起動
postgres -D /usr/local/var/postgres
別のターミナルから動いているか確認をします
psql -l
Lionだと標準でPostgreSQLがインストールされているようで、/usr/bin/psqlが存在します。homebrewでインストールする場合には/usr/local/bin/psqlなので、
which psql /usr/local/bin/psql
とならない場合はPATHを通すか
/usr/local/bin/psql -l
と打ってください
環境変数に設定する場合は~/.bashrcに以下の行を追加します
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
その後新しいターミナルを立ち上げた後、
psql -l
ChEMBLのftpサイトから最新版（chembl_17_postgresql.tar.gz）をダウンロードします。
展開します
tar xvfz chembl_17_postgresql.tar.gz
cd chembl_17_postgresql
PostgreSQLにChEMBL用のデータベースを用意します
psql postgres postgres=# create database chembl_17; #Ctrl-D で抜けます
ダンプをインポートします
psql chembl_17 < chembl_17.pgdump.sql
数時間待ちます。(MBAの2013バージョンだと1.5hくらいかかったそうです)
僕のMBAではこのような結果でした。（ERRORは特に問題ありません）
ALTER TABLE ALTER TABLE REVOKE ERROR: role "postgres" does not exist ERROR: role "postgres" does not exist GRANT real 44m46.001s user 0m10.153s sys 0m13.130s
$ psql chembl_17 psql (9.2.4) Type "help" for help. chembl_17=# select pref_name from target_dictionary;
と打ってターゲット名が表示されればきちんと動いています。