21 08 2012 chemoinformatics Python Tweet
openbabelはMCSを求められないのが難点なんだが、書けばいいよなと思いつつ実装してない。そうこうしているうちに、fmcsを見つけて、これ使えばいいかなーと思い始めた2者だけじゃなくて複数の化合物のMCSを求められるのも自分の求めていた機能だし。
fmcsを動かすにはRDKitをインストールする必要があって、「RDKitのインストールめんどいなー」とぶつくさ言ってたら@iwatobipenにsilicosを参考にしなはれと教えてもらった。
brewで入れられんのね。
> brew tap edc/homebrew-rdkit > brew install rdkit
これでサクッと入った。
fmcsのほうは
hg clone https://bitbucket.org/dalke/fmcs
cd fmcs
sudo python setup.py install
で入る。
さて、MLによると、
This work has been funded by Roche, with the explicit hope that it be incorporated into RDKit.
ということなのだが、確かRSOAPはPfizerが出してたはずだし、海外はopensourceとかそういうのに理解が深いんだろうか？また、そういうのに積極的な日本の製薬企業はあるのだろうか？なんて思ったりした(自分の観測範囲ではゼロなんだが)。
そういうことも含めて貢献できるような社会がくればいいのになぁと思う。
Design and Use of Relational Databases in Chemistry