07122019 bioinformatics
@oec014に私に丁度いいのでは？と言われたので、ブックコーナーでちらっと中身を読んでamazonでポチった。
RNA-Seqデータ解析 WETラボのための鉄板レシピ (実験医学別冊)それから相分離関係
実験医学 2019年6月 Vol.37 No.9 細胞内の相分離〜タンパク質や核酸分子を整理し、反応の場を作り、生命を駆動する
実験医学 2019年11月 Vol.37 No.18 再定義されるタンパク質の常識〜古典的なセントラルドグマの刷新と未開拓のタンパク質の世界DRY解析教本 改訂第2版は予約してあるからそのうち届くでしょう
次世代シークエンサーDRY解析教本 改訂第2版07122019 chemoinformatics bioinformatics
分生四日目
朝は粥
分子生物学会というなのお食事会も最終日
昼は海鳴でラーメン。たしかにここは美味しかった。博多滞在中結局2杯しか食べられなかったので 今度はラーメン詣でにいこうかな。
デイトスの酒屋の角打ちでスタバったら当たりをひいて一杯サービスになった。
このまま帰るとただ酒になってしまうので、みやざきのひでじビールを頂いた。
新幹線の中では先程の酒屋で購入した三井の寿をちまちまやった。新幹線で飲まないと立派なHaskellerにはなれない。 すくなくとも静岡では一人前のHaskellerとしては認められない。
05122019 chemoinformatics bioinformatics 博多
05122019 chemoinformatics bioinformatics 博多
04122019 chemoinformatics bioinformatics
py4chemoinformaticsを書きました
この記事は、創薬 (dry) Advent Calendar 2019 の4日目の記事です。
分生に来ていますが図書コーナーのbono関連図書のモテ期襲来が圧巻でした。
生命科学者のためのDr.Bonoデータ解析実践道場chemoinformaticsなみなさんもこれを期に購入してbioinformaticsも勉強しましょう。これからは両方できてなんぼですよ。
ところで、標題の通り我々(@iwatobipenと私)はpy4chemoinformaticsを書きました。そのきっかけがちょうど去年の分生で、ある出版社の方につないでもらいchemoinformaticsの書籍を検討してもらう機会をいただいたのですがボツになってしまいました。その際に目次を書いて提出したのですが、まぁ折角章立てしたんだしGitHubに残そうぜってことになった次第です。
私としてはMishima.sykとしてなんとなく何かを残しておきたかったのと謝辞を書きたかったというのが主なモチベーションですが、そのために共著になってくれた@iwatobipenをはじめ表紙を飾ってくれた@souyakuchan、誤字脱字の訂正を丁寧にしていただいた@antiplastics, @bonohu, @ReLuTropy, @ski_nanko, @torusengoku, @yamasaKit_には大変感謝しております。もちろん、学会などでお会いしたときに直接フィードバットしていただいた方のコメントもとてもありがたく感じています。
ちなみに、GitHubで本を書くのは結構簡単です。知らないといけないのは基本的なGitHubの使い方とasciidocの記法だけです。なぜmarkdownでなくasciidocを使うのかは、こっちのほうが、注釈つけたりするや表を書くのが簡単だからです。HTMLのレンダリングはGitHubのほうでよろしくやってくれますし、pdf化もasciidoctor-pdfでサクッとできます。もし、章には入ってないけどこれが入っていたら初学者は喜ぶだろうなとか、もうちょい高度な内容を章として追加したいなと思ったら気軽にPRしてください。わたしも、そろそろなんか追加しようかなと考えています。
今回表紙が創薬ちゃんなので、急遽駄文をアドベントカレンダーにねじ込むことにしてみましたが、私からのtakeawayは 「自分の属するコミュニティを大切にしよう、そしてそれ以外のコミュニティも同じくらいリスペクトしよう」 です。弱い紐帯の強さは異分野をリスペクトしてこそです。特にDryでやる人は自分の活躍分野を広げるためには現在関与している分野に精通する一方で新たな応用分野を探索する必要があります。そして自分の知らないWetの分野はブルーオーシャンになある可能性があるということは忘れないようにするといいと思います。
それでは今日も食の祭典「分生」を楽しみマッスル。
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03122019 chemoinformatics bioinformatics 博多
分生一日目
食の祭典「分生」に来ています。
前泊の夜はshinshinでラーメン。あまり調子が良くなかったので、そのまま就寝
朝は軽く粥をいただく。ほんと朝は毎日粥でいいわってくらい粥が好き。間違いない。
ランチョン並ぶのも嫌なので、タマゴの孵化も兼ねて、呉服町駅近くの「みやけうどん」まで歩く。 博多のうどんってやわやわなのね。なんか初めての体験。
ポスターをがっつりと見疲れて、休んでいたら@oec014と遭遇。水炊き気になるんだけどお一人さんはなぁみたいな話になり、じゃぁ行くかと。結果的に必然ｗ
とり田に行ってみた。
お通しの半熟卵に肉味噌が敷いてあるやつ。すこぶる美味いのでビールではなく最初から日本酒頼んでおけばよかった。
白濁したスープが運ばれてきて、まずはネギしゃぶから。肉は「骨付き」「むね」「もも」の三種類
ゴマサバの味噌がけ。これも日本酒だったな
続いてつみれ鍋にしてもらいます。これを食べているとかしわ天が運ばれてきた。
最後に雑炊にしてもらった。
あとはデザートにプリンだけどicloudの同期がまだなのでそのうちアップする。
16102019 chemoinformatics bioinformatics
悶える？モダリティ
ちょっと前までは低分子の分子設計ばっかりやっていて、その当時は出口戦略重要だよねそのための差別化はやっぱDMPKだよなってことで、PBPKとかPK-PDとかが重要になるんやろねと思っていた。
最近は創薬モダリティの流れで色々な分子設計やり始めていて、よい設計のためには分子生物学理解してないと駄目だよなぁと思うようになってきてる。
モダリティの四面体によると、創薬においては
料理の四面体 (中公文庫)- 干渉剤の大きさ（いわゆるモダリティ）
- 干渉対象 (MoA)
- 測定系
の組み合わせが重要で、我々が分子設計するためにはモダリティは基本的になんでも扱えるけど、MoAを意識したデザインをするためには分子生物学を理解していないと、よいデザインはできないように思う。特にプロテアソーム系とかエピジェネまわりに触ったりするやつとかそれなりに確度高く設計できると嬉しいよなーとか。
というわけで細胞の分子生物学でも読み直すかという気分になっている。
細胞の分子生物学 第6版新しいモダリティいじるの楽しいけど、それぞれ考え方変えていかないといけないのが手探りですよね
13102019 chemoinformatics bioinformatics
Does Hype Hurt Science Community or Pharma?
最初は長文のエントリを書いてみたのだけど生々しくなりすぎたので全部消し、結局2時間ぐらいを無駄した。
炎炎ノ消防隊（１） (週刊少年マガジンコミックス)- 会社: 東京皇国
- hype: 焔ビト
- データサイエンティスト: 消防隊
- hypeの訂正: 鎮魂
- 転職: ラートム
ちなみにこういう実装できそうにない抽象的なポンチ絵を書き始めると人々は焔ビト化するという設定になってる。
炎ハ魂の息吹……黒煙ハ魂ノ解放……灰ハ灰トシテ……其ノ魂ヨ……炎炎ノ炎ニ帰セ ラートム
05102019 work bioinformatics
分子細胞免疫学
自己免疫疾患系もう少し詳しくなりたいので勉強することにした。
分子細胞免疫学 原著第9版 アバス–リックマン–ピレそれからpainは分子生物学なのだろうか？それとも情報伝達学なのだろうか？そのあたりも生体システムとしてもう少し深く理解しておきたい。
11092019 chemoinformatics work bioinformatics
Greatな岡山の学会に行ってGreatな焼き鳥を味わった
great岡山の学会に参加してきた。
夜は大井町の鳥たかというお店に通った。うますぎ天国。
晩杯屋はうるさくなければいいけど、酔っぱらい学生とか来たら出る感じ。
お昼はラーメン。
CWLに入信したの図
たまごかけ大学行くのはYAPC以来やなぁとか言っていたけどそのあとIBISで参加していたことを後に思い出した。
ま、どうでもいい。