25012014 life
こういう親子っていいなーと思うけど…
ジャージの二人 (集英社文庫)良かったけど、テーマを消化しきれていない。
犬身ソロキャンプ養成本
絲的サバイバル (講談社文庫)割りと軽め
泣かない女はいない (河出文庫)5のほうが好きかな
アンダーリポート (集英社文庫)世界観が少女的なのかなと思ったけど「ソリチュード」「ネロリ」はとても良かった。
アカペラ (新潮文庫)テンション高め、なかなか面白い。
あの子の考えることは変 (講談社文庫)ゆらゆらした日常。なんというか受け入れているというか。
また会う日まで (河出文庫)やっと。これは好き。
ノルウェイの森 上 (講談社文庫)
ノルウェイの森 下 (講談社文庫)これはとても面白かった。後で読み返す
村上春樹、河合隼雄に会いにいく (新潮文庫)透明度高い
思いわずらうことなく愉しく生きよ (光文社文庫)25012014 life
匠創 キャベツスライサー DH-588424012014 d'n'b
さっきのリスト
古いの多かったかな？
By Your Side (Logistics Remix) / S.P.Y Tonight / Wilkinson All Night / Camo & Krooked Young Gal / Homegrowerz New Dawn / Savage Rehab Midnight / Nelver & Simplification Dont Wanna Be Alone / Loadstar Immaterial / Mikal Begin By Letting Go (Original) / Etherwood
19012014 chemoinformatics
Mishima.syk開催しました
Mishima.syk無事に終わりました。参加者の皆様お疲れ様でした。プロジェクターの手配ができないというトラブルがありましたが、ハンズオンで皆さんパソコン持ち込んでいるので別にプロジェクターなくても良かったという。
今回、セミナールームが確保できずに畳の和室しか借りられなかったのですが、結果いい感じのワイガヤになって楽しく進められて良かったですね。室料もかなり安いので次回も同じ所を借りるかも。
後半の発表もみなさんかなり突っ込んだ話をされていて、質疑も盛り上がったし、色々勉強になってよかった。が、うちのカルチャーに根付かせるにはエバンジェリスト的な立ち位置のケミストが必要で、それは（プロジェクトにコミットししない立ち位置の）僕ではできないんだろうなーと漠然と思い、ちょっと残念だった。
前回の反省をふまえて、今回はアンケートをきちんと取って次回に生かそうと思っていたのですが、直前バタバタしたためまたもや取りそこねてしまった。もし、次回やりたいなーとか聞きたいなーと考えている話がありましたら最寄りの管理者までリクエストしておいてください。RDKitなんかいいんじゃないかなーと思うけど、まぁみんなPPでやるからなー。
資料はconnpassにおいてあります。
補足的な内容
pychembldbを使うメリットは？
chembldbを入れればSQLですべてのデータにアクセスできます。
単に、データを取りたいだけだったら別にこれで構いません。pychembldbを使うと、複雑なSQL文を発行しなくてもわかりやすくデータにアクセス出来るのが一点、もう一点はお題5,6のようにblaskt等の他のサービスと連携させやすくなるというあたりですね。
pychembledbでテーブル名とクラス名が一致しない物がある
MoleculeDictionaryではなくMoleculeになっていたりするのは、命名がださいという理由で変えてしまっていますが、ERDみながらクエリを組み立てて行くときにはまるので、次回のバージョンのときに両方でアクセス出来るようにしておきます。
尚、テーブルは複数形になっていますが、クラス名は単数形に統一してあります。
18012014 chemoinformatics Python
pychembldbを使うための手順
今週末の勉強会の内容です。ChEMBLダンプのimportに時間がかかるので、pythonラッパー弄りたい人はChEMBLを予め入れてから参加するといいでしょう。
当日行う手順を記しておきます。
Pythonのインストール
2.7.xを入れます。OSXは標準でインストール済みです。WIndowsの場合はここからインストーラをダウンロードしてインストールしてください。
pipのインストール
pipはPythonのパッケージ管理ツールです。
ez_setup.pyをダウンロードして実行します
sudo python ez_setup.py
その後get-pip.pyをダウンロードして実行
sudo python get-pip.py
pychembldbのインストール
最初にPostgreSQLのアダプタであるpsycopg2をインストールし、続いてORマッパーをインストールし、最後にChEMBLdbインターフェースをインストールします。
sudo pip install psycopg2 sudo pip install sqlalchemy sudo pip install pychembldb
pychembldbの設定
pychembldbはデフォルトでMySQLを使うようになっているので.bashrcに以下のように記述しておきます。
export CHEMBL_URI="postgresql+psycopg2://localhost/chembl_17"
編集したら、新しいタブを開くかsource .bashrcをしてください（source効くのかな？）
(注)
例えばuserがpostgresでパスワードがsakeと設定している場合は
export CHEMBL_URI="postgresql+psycopg2://postgres:sake@localhost/chembl_17"
と記述します
使ってみる
python 対話環境を起動します
python
pythonコードを実行します(select pref_name from target_dictionary をpythonで実行)。
>>> from pychembldb import * >>> for target in chembldb.query(Target).all(): ... print target.pref_name
ターゲット名がずらずらと表示されればOKです。
今週読んだ本(140112-140118)
3連休だったこともあり、色々読めた気がする。短編だと物足りなくなってきていて長編をじっくり読む期がきているのかもしれないなと思った。
「サイドカーに犬」が良かった
猛スピードで母は (文春文庫)まぁまぁ
ぜつぼう普通に読んだ
あらゆる場所に花束が… (新潮文庫)これも普通に
介護入門江國香織っぽい
犬とハモニカあまり印象に残ってない
giftとても好き
国境の南、太陽の西 (講談社文庫)いまいち。テーマ故か
孤独の発明 (新潮文庫)わりと好き
杳子・妻隠(つまごみ) (新潮文庫)これは良かった。
向日葵の咲かない夏 (新潮文庫)今週読んだ本(20131109)
三浦しおんは好き。「私が語り始めた…」も「むかしのはなし」も楽しく読めた。前者のほうが好みだけど両方共読み返してもいいかなーと。
ガープの世界も「ホテル・ニューハンプシャー」同様濃い感じだった。力強く生きていく感じ。
回転木馬のデッド・ヒートは、なんとなくわかる。人生滓がらみみたいな。軽快だけな味わいだけどしっかりとコクがあて後味がちょっと残るみたいな。村上春樹の小説はカプエチ系の香り高い日本酒の如し☆
それはメリー・ゴーラウンドによく似ている。それは定まった場所を定まった速度でじゅんかいしているだけのことなのだ。どこにも行かないし、降りることも乗りかえることもできない。誰をも抜かないし、誰にも抜かれない。しかしそれでも我々はそんな回転木馬の上で仮想の敵に向けて熾烈なデッド・ヒートをくりひろげているように見える。
私が語りはじめた彼は (新潮文庫)
グレート・ギャツビー (村上春樹翻訳ライブラリー)
食堂かたつむり (ポプラ文庫)
ガープの世界〈上〉 (新潮文庫)
ガープの世界〈下〉 (新潮文庫)
むかしのはなし (幻冬舎文庫)
回転木馬のデッド・ヒート (講談社文庫)今週読んだ本(20131103)
金城一紀の対話篇、映画編がとても良かった。映画編最後の「愛の泉」で色々つながるのがとても素敵。
いしいしんじも割りと好きかな（ちょっとポジティブだけど）。
羊をめぐる冒険も楽しく読めた。
プラネタリウムのふたご (講談社文庫)
羊をめぐる冒険(上) (講談社文庫)
羊をめぐる冒険(下) (講談社文庫)
小川未明童話集 (新潮文庫)
蛇を踏む (文春文庫)
トリツカレ男 (新潮文庫)
対話篇 (新潮文庫)
映画篇 (集英社文庫)
羊男のクリスマス (講談社文庫)メタボールとか金平糖
自分らしさというものを再考できる。
生きるのがちょっと楽になるかなと。
私とは何か――「個人」から「分人」へ (講談社現代新書)名著かと。少なくとも自分にとっては貴重な出会いであった。
14012014 chemoinformatics Python
OSXにChEMBLを入れる
今週末の勉強会の内容です。ChEMBLダンプのimportに時間がかかるので、pythonラッパー弄りたい人はChEMBLを予め入れてから参加するといいでしょう。
当日行う手順を記しておきます。
Homebrewのインストール
パッケージ管理システムです(WIndowsユーザーは飛ばしてください)。
ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.github.com/Homebrew/homebrew/go/install)"
こんだけ。
PostgreSQLのインストール
brewを入れてあればインストールは下のコマンドを打つだけ。(WIndowsユーザーはここから最新版のインストーラをダウンロードしてください）
brew install postgresql
インストール後にデータベースを初期化します
initdb /usr/local/var/postgres
サーバー起動
postgres -D /usr/local/var/postgres
別のターミナルから動いているか確認をします
psql -l
（エラーになる場合）
Lionだと標準でPostgreSQLがインストールされているようで、/usr/bin/psqlが存在します。homebrewでインストールする場合には/usr/local/bin/psqlなので、
which psql /usr/local/bin/psql
とならない場合はPATHを通すか
/usr/local/bin/psql -l
と打ってください
環境変数に設定する場合は~/.bashrcに以下の行を追加します
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
その後新しいターミナルを立ち上げた後、
psql -l
ChEMBLを入れる
ChEMBLのftpサイトから最新版（chembl_17_postgresql.tar.gz）をダウンロードします。
展開します
tar xvfz chembl_17_postgresql.tar.gz
cd chembl_17_postgresql
PostgreSQLにChEMBL用のデータベースを用意します
psql postgres postgres=# create database chembl_17; #Ctrl-D で抜けます
ダンプをインポートします
psql chembl_17 < chembl_17.pgdump.sql
数時間待ちます。(MBAの2013バージョンだと1.5hくらいかかったそうです)
僕のMBAではこのような結果でした。（ERRORは特に問題ありません）
ALTER TABLE ALTER TABLE REVOKE ERROR: role "postgres" does not exist ERROR: role "postgres" does not exist GRANT real 44m46.001s user 0m10.153s sys 0m13.130s
動作確認
$ psql chembl_17 psql (9.2.4) Type "help" for help. chembl_17=# select pref_name from target_dictionary;
と打ってターゲット名が表示されればきちんと動いています。