Drkcore

26012014 R Python

pandasとggplotを学ぶための本

最近グラフはPandas+ggplotで描いていて、深夜のバッチ処理で毎日沢山のグラフを生成させている。

rpy2？

使ってないなーみたいな。

Python版ggplotはR版のAPIと同じものを提供することをゴールにしているのでggplotのクックブックを読んでおくといいことがあります。六角形の密度プロットとか早く実装されないかなー。

Rグラフィックスクックブック ―ggplot2によるグラフ作成のレシピ集
Winston Chang
オライリージャパン / 3570円 ( 2013-11-30 )

尚、下の本も参考になります。

グラフィックスのためのRプログラミング
H. ウィッカム
丸善出版 / 4200円 ( 2012-02-29 )

そして、データの操作はPandasで。

Pythonによるデータ分析入門 ―NumPy、pandasを使ったデータ処理
Wes McKinney
オライリージャパン / 3780円 ( 2013-12-26 )

機械学習はscikit-learnを使えばよい。

25012014 life

今週読んだ本(140119-140125)

こういう親子っていいなーと思うけど…

ジャージの二人 (集英社文庫)
長嶋有
集英社 / 450円 ( 2007-01-19 )

良かったけど、テーマを消化しきれていない。

犬身
松浦理英子
朝日新聞社 / ?円 ( 2007-10-05 )

ソロキャンプ養成本

絲的サバイバル (講談社文庫)
絲山秋子
講談社 / ?円 ( 2012-12-21 )

割りと軽め

泣かない女はいない (河出文庫)
長嶋有
河出書房新社 / 515円 ( 2007-10 )

5のほうが好きかな

アンダーリポート (集英社文庫)
佐藤正午
集英社 / 750円 ( 2011-01-20 )

世界観が少女的なのかなと思ったけど「ソリチュード」「ネロリ」はとても良かった。

アカペラ (新潮文庫)
山本文緒
新潮社 / 546円 ( 2011-07-28 )

テンション高め、なかなか面白い。

あの子の考えることは変 (講談社文庫)
本谷有希子
講談社 / 450円 ( 2013-06-14 )

ゆらゆらした日常。なんというか受け入れているというか。

また会う日まで (河出文庫)
柴崎友香
河出書房新社 / 557円 ( 2010-10-05 )

やっと。これは好き。

ノルウェイの森上 (講談社文庫)
村上春樹
講談社 / 540円 ( 2004-09-15 )

ノルウェイの森下 (講談社文庫)
村上春樹
講談社 / 540円 ( 2004-09-15 )

これはとても面白かった。後で読み返す

村上春樹、河合隼雄に会いにいく (新潮文庫)
河合隼雄
新潮社 / 515円 ( 1998-12-25 )

透明度高い

思いわずらうことなく愉しく生きよ (光文社文庫)
江國香織
光文社 / 680円 ( 2007-06 )

25012014 life

キャベツスライサーやばい

楽しすぎる。大根の甘酢漬けとザワークラウトを作った。

匠創キャベツスライサー DH-5884

貝印 / 1327円 ( )

24012014 d'n'b

さっきのリスト

古いの多かったかな？

By Your Side (Logistics Remix) / S.P.Y
Tonight / Wilkinson
All Night / Camo & Krooked
Young Gal / Homegrowerz
New Dawn / Savage Rehab
Midnight  / Nelver & Simplification
Dont Wanna Be Alone / Loadstar
Immaterial / Mikal
Begin By Letting Go (Original) / Etherwood

19012014 chemoinformatics

Mishima.syk開催しました

Mishima.syk無事に終わりました。参加者の皆様お疲れ様でした。プロジェクターの手配ができないというトラブルがありましたが、ハンズオンで皆さんパソコン持ち込んでいるので別にプロジェクターなくても良かったという。

今回、セミナールームが確保できずに畳の和室しか借りられなかったのですが、結果いい感じのワイガヤになって楽しく進められて良かったですね。室料もかなり安いので次回も同じ所を借りるかも。

後半の発表もみなさんかなり突っ込んだ話をされていて、質疑も盛り上がったし、色々勉強になってよかった。が、うちのカルチャーに根付かせるにはエバンジェリスト的な立ち位置のケミストが必要で、それは（プロジェクトにコミットししない立ち位置の）僕ではできないんだろうなーと漠然と思い、ちょっと残念だった。

前回の反省をふまえて、今回はアンケートをきちんと取って次回に生かそうと思っていたのですが、直前バタバタしたためまたもや取りそこねてしまった。もし、次回やりたいなーとか聞きたいなーと考えている話がありましたら最寄りの管理者までリクエストしておいてください。RDKitなんかいいんじゃないかなーと思うけど、まぁみんなPPでやるからなー。

資料はconnpassにおいてあります。

ChEMBLを使おう from Kazufumi Ohkawa

補足的な内容

pychembldbを使うメリットは？

chembldbを入れればSQLですべてのデータにアクセスできます。

単に、データを取りたいだけだったら別にこれで構いません。pychembldbを使うと、複雑なSQL文を発行しなくてもわかりやすくデータにアクセス出来るのが一点、もう一点はお題5,6のようにblaskt等の他のサービスと連携させやすくなるというあたりですね。

pychembledbでテーブル名とクラス名が一致しない物がある

MoleculeDictionaryではなくMoleculeになっていたりするのは、命名がださいという理由で変えてしまっていますが、ERDみながらクエリを組み立てて行くときにはまるので、次回のバージョンのときに両方でアクセス出来るようにしておきます。

尚、テーブルは複数形になっていますが、クラス名は単数形に統一してあります。

18012014 chemoinformatics Python

pychembldbを使うための手順

今週末の勉強会の内容です。ChEMBLダンプのimportに時間がかかるので、pythonラッパー弄りたい人はChEMBLを予め入れてから参加するといいでしょう。

当日行う手順を記しておきます。

Pythonのインストール

2.7.xを入れます。OSXは標準でインストール済みです。WIndowsの場合はここからインストーラをダウンロードしてインストールしてください。

pipのインストール

pipはPythonのパッケージ管理ツールです。

ez_setup.pyをダウンロードして実行します

sudo python ez_setup.py

その後get-pip.pyをダウンロードして実行

sudo python get-pip.py

pychembldbのインストール

最初にPostgreSQLのアダプタであるpsycopg2をインストールし、続いてORマッパーをインストールし、最後にChEMBLdbインターフェースをインストールします。

sudo pip install psycopg2
sudo pip install sqlalchemy
sudo pip install pychembldb

pychembldbの設定

pychembldbはデフォルトでMySQLを使うようになっているので.bashrcに以下のように記述しておきます。

export CHEMBL_URI="postgresql+psycopg2://localhost/chembl_17"

編集したら、新しいタブを開くかsource .bashrcをしてください（source効くのかな？）

(注)

例えばuserがpostgresでパスワードがsakeと設定している場合は

export CHEMBL_URI="postgresql+psycopg2://postgres:sake@localhost/chembl_17"

と記述します

使ってみる

python 対話環境を起動します

python

pythonコードを実行します(select pref_name from target_dictionary をpythonで実行)。

>>> from pychembldb import *
>>> for target in chembldb.query(Target).all():
...   print target.pref_name

ターゲット名がずらずらと表示されればOKです。

18012014 life book

今週読んだ本(140112-140118)

3連休だったこともあり、色々読めた気がする。短編だと物足りなくなってきていて長編をじっくり読む期がきているのかもしれないなと思った。

「サイドカーに犬」が良かった

猛スピードで母は (文春文庫)
長嶋有
文藝春秋 / ?円 ( 2012-09-20 )

まぁまぁ

ぜつぼう
本谷有希子
講談社 / 1470円 ( 2006-04-28 )

普通に読んだ

あらゆる場所に花束が… (新潮文庫)
中原昌也
新潮社 / 380円 ( 2005-04-24 )

これも普通に

介護入門
モブ・ノリオ
文藝春秋 / 1050円 ( 2004-08-26 )

江國香織っぽい

犬とハモニカ
江國香織
新潮社 / 1470円 ( 2012-09-28 )

あまり印象に残ってない

gift
古川日出男
集英社 / ?円 ( 2004-10-26 )

とても好き

国境の南、太陽の西 (講談社文庫)
村上春樹
講談社 / 540円 ( 1995-10-04 )

いまいち。テーマ故か

孤独の発明 (新潮文庫)
ポールオースター
新潮社 / 620円 ( 1996-03-28 )

わりと好き

杳子・妻隠(つまごみ) (新潮文庫)
古井由吉
新潮社 / 515円 ( 1979-12 )

これは良かった。

向日葵の咲かない夏 (新潮文庫)
道尾秀介
新潮社 / 704円 ( 2008-07-29 )

18012014 life book

今週読んだ本(20131109)

三浦しおんは好き。「私が語り始めた…」も「むかしのはなし」も楽しく読めた。前者のほうが好みだけど両方共読み返してもいいかなーと。

ガープの世界も「ホテル・ニューハンプシャー」同様濃い感じだった。力強く生きていく感じ。

回転木馬のデッド・ヒートは、なんとなくわかる。人生滓がらみみたいな。軽快だけな味わいだけどしっかりとコクがあて後味がちょっと残るみたいな。村上春樹の小説はカプエチ系の香り高い日本酒の如し☆

それはメリー・ゴーラウンドによく似ている。それは定まった場所を定まった速度でじゅんかいしているだけのことなのだ。どこにも行かないし、降りることも乗りかえることもできない。誰をも抜かないし、誰にも抜かれない。しかしそれでも我々はそんな回転木馬の上で仮想の敵に向けて熾烈なデッド・ヒートをくりひろげているように見える。