19062005 Ajax
Ajaxに関する分かりやすい説明。
Ajax は技術そのものではない。それは、それぞれに繁栄している様々な技術を、新しいやり方で強力に組み合わせることなのだ。Ajax は次の技術の組み合わせである。* XHTML と CSS を用いた、Web 標準に基づくプレゼンテーション * Document Object Model によるダイナミックな表示と相互作用 * XML と XSLT による、データの変換や操作 * XMLHttpRequest による、データの非同期的な取得 * それらを JavaScript によって結びつける</blockquote>バイオインフォとかケモインフォにとっても凄く有用でしょう。
実装が貧弱で、こんな遅いのアリ？みたいなアプリは結構あるしな（しかもいい値段ついてるし、、、）
Wema絡みで、Markdown記法をよく使うようになったんだが、pukiwikiはなかなか覚えない（っつーか覚える気がない）のはなんでだろか？とか思ってたら、まぁこういう事なのかナァと納得してみたり。
結局ブレークするというのは乱暴に言うと「猫も杓子も使いだす」ということだ（ブレイクした、と言われるブログ界隈を見れば一目瞭然）。そして、この猫とか杓子とかは「もっともさ」には余り興味がなくて、「なんか面白そうな事」を「ゆる〜く」出来れば満足なのである。一見双子のように似ていながら、その思想背景がWiki文法とMarkdownで対照的なのは、Markdownが元々MovableTypeの記述用プラグインとして開発されたという出自を考えるとさもありなんと思える。Markdownは「情報を余計な装飾無く書き留める」記法なのではなくて、「楽にブログのエントリーを書くため」の記法なのだ。
もともと、viでHTML書くことには慣れているので、新しい文法覚えるほうが苦痛だったり。というわけで、痒いところに手が届く程度の拡張みたいなもんのほうが嬉しいんで、markdownはワタクシのニーズにマッチしたのでしょう。というわけで、blosxomにも入れておいた。
さて、ワタクシ、付箋紙ソフト大好きで、仕事リストだとか、（他人の）仕事させリストだとか、定期報告用にファイル開いたり(cron代わり)という用途で、ずっとシン覚え書きを使っていますが、もっとネット寄りの付箋紙ソフトとしてwemaが定着しつつあります。
今、一番頻度が高いのがiTunesでネットラジオをかけながら「おっ」と思ったものをG-toolsつかってHTML出力して、コメントいれて貼っておく事だヨ。
ちなみにmy一番人気はnetmusiqueのJAZZMUSIQUEだ。
あと、論文のアブスト張っておいたりするけど、改行がうまく効かないことが多いので横幅決めとけば自動で折り返すようになればいいなぁと思う。19062005 wema
そんなわけで実装もドキュメントも進まず。まあ実装の方は今月はバグ取りとmod_ruby,WEBrick対応くらいだなあ。で、小ネタを一つ。Wikiばなではやりそこねんだけど、実はwemaにはTrackBack受信機能がプラグインとして(試験的に)実装されてます。
my wemaにトラックバックしてみたらイイ感じ。
wemaでトラバをして、面白いのは画面の位置に意味がある場合かなぁ。例えば、縦軸にdark-light,横軸にnegative-positiveをとって、位置を指定して音ねたをトラバ出来るとか。まぁこれはlivedoormapみたいな思想か。
でもマップ自体は、地図じゃなくても、みんなの意識を相対的にクリップできるものであればなんでもいいからなぁ。そうすっと、wemaの背景は、ページ内の位置とか距離に意味をもたせることの何かになるのかな。
というわけで、ページごとに背景の切り替えなんか出来たらうれしいと思ってみたり。
amazonの購入したいCDリストなんかもはっつけておこうかと思ってます。買いたいものはいっぱいあって、お小遣いの少ないワタクシとしては、どのタイミングでアイテムをゲットするかというポートフォリオが重要なんだ。
19062005 wema
19062005 R
サーバーに入れているRのバージョンを2.0.0にあげてみた。さらに、R上からコマンド打ってCGIに対応させておく。
install.packages("CGIwithR")
と同時にR NewsにThe Value of R for Preclinical Statisticiansっていう記事があったので眺めていたら、Molcular Modelingっていう章があって、なんじゃ？と思って読んだら、active inactiveの予測の話だった。
で、RでQSAR用のパッケージあんのかなと思って
19062005 ncbi
blastからfastaを出力するプログラム欲しいってことで自分で書いてみた。
最初はGetoptモジュール使ってちゃんとやろうと思ったんだが、blastallってオプション多すぎていちいち面倒なんで、ARGV適当につなげて、オプションのチェックはblastallにまかせた。
普通にblastallのオプションが使えて
# bl2fasta -p blastp -i top2.seq -d pdbaa >gi|4929914|pdb|1BJT| Topoisomerase Ii Residues 409 - 1201 ENALKKSDGTRKSRITNYPKLEDANKAGTKEGYKCTLVLTEGDSALSLAVAGLAVVGRDYYGCYPLRGKMLNVREASADQ ILKNAEIQAIKKIMGLQHRKKYEDTKSLRYGHLMIMTDQDHDGSHIKGLIINFLESSFLGLLDIQGFLLEFITPIIKVSI TKPTKNTIAFYNMPDYEKWREEESHKFTWKQKYYKGLGTSLAQEVREYFSNLDRHLKIFHSLQGNDKDYIDLAFSKKKAD DRKEWLRQYEPGTVLDPTLKEIPISDFINKELILFSLADNIRSIPNVLDGFKPGQRKVLYGCFKKNLKSELKVAQLAPYV SECTAYHHGEQSLAQTIIGLAQNFVGSNNIYLLLPNGAFGTRATGGKDAAAARYIYTELNKLTRKIFHPADDPLYKYIQE DEKTVEPEWYLPILPMILVNGAEGIGTGWSTYIPPFNPLEIIKNIRHLMNDEELEQMHPWFRGWTGTIEEIEPLRYRMYG RIEQIGDNVLEITELPARTWTSTIKEYLLLGLSGNDKIKPWIKDMEEQHDDNIKFIITLSPEEMAKTRKIGFYERFKLIS PISLMNMVAFDPHGKIKKYNSVNEILSEFYYVRLEYYQKRKDHMSERLQWEVEKYSFQVKFIKMIIEKELTVTNKPRNAI IQELENLGFPRFNKEGKPYYGSPNDEIAEQINDVKGATSDEEDEESSHEDTENVINGPEELYGTYEYLLGMRIWSLTKER YQKLLKQKQEKETELENLLKLSAKDIWNTDLKAFEVGYQEFLQRDAEARGGNVPNKGSKTKGKGKRKLVDDED >gi|3891992|pdb|1AB4| 59kda Fragment Of Gyrase A From E. Coli VGRALPDVRDGLKPVHRRVLYAMNVLGNDWNKAYKKSARVVGDVIGKYHPHGDSAVYDTIVRMAQPFSLRYMLVDGQGNF GSIDGDSAAAMRYTEIRLAKIAHELMADLEKETVDFVDNYDGTEKIPDVMPTKIPNLLVNGSSGIAVGMATNIPPHNLTE VINGCLAYIDDEDISIEGLMEHIPGPDFPTAAIINGRRGIEEAYRTGRGKVYIRARAEVEVETIIVHEIPYQVNKARLIE KIAELVKEKRVEGISALRDESDKDGMRIVIEGEVVLNNLYSQTQLQVSFGINMVALHHGQPKIMNLKDIIAAFVRHRREV VTRRTIFELRKARDRAHILEALAVALANIDPIIELIRHAPTPAEAKTALVANPWQLGNVAAMLEDAARPEWLEPEFGVRD GLYYLTEQQAQAILDLRLQKLTGLEHEKLLDEYKELLDQIAELLRILGSADRLMEVIREELELVREQFGDKRRTEIT >gi|66361362|pdb|1Z84|B Chain B, X-Ray Structure Of Galt-Like Protein From Arabidopsis Thaliana At5g18200
または、パイプでつなげて
# bl2fasta -p blastp -i top2.seq -d pdbaa | blastclust May 30, 2005 8:59 PM Start clustering of 6 queries 52696130 66361362 4929914 3891992 18159024 15826535
みたいにも使える。
使い道？
とか、お手軽に違いない。まぁ、30分で書いたからバグだらけと思うが、バグったらゴメンヨ。
最近、コマンドラインから化学構造式をうまく画像として表示する方法を探している。特に、CMLをSVGに変換するプログラムを誰かが書いてることを期待したが、いいのが見つからず。唯一Adobeのサンプルにcml2svgってのがあったけど、イマイチ出力がはてなです（アレだと実用ではないヨ）。
そんななか、JChemPaintといふものは、SVGで出力できるってことを発見。
#java -jar jchempaint-2.0.12.jar
エディターとしてはなかなかいい感じで、SMILES表記で構造に変換してくれるのはプチ便利。
だが、JChemPaintでSVG出力すると、heightとwidthが指定されていないのでブラウザで表示させることが出来ないみたいだ。
コマンドラインからCML2SVGできれば、convertでBMPでもPNGでも変換できるので、とても便利な気がするヨ。openbabel使えば大抵のファイル形式をCMLに変換できるしな。
ちゅうわけで、JChemPaintの出力のSVGを眺めてたら、XSL用意すれば、自前でCMLからSVGに変換できそうな気はするのですこしいじってみるかなとか思ったり。
コマンドラインからCMLをSVGに変換するやり方はなんとなく見えてきたので、あとはゴリゴリやるかXSLT使うか悩ましいところ。
調べ物してたらうっかりFOPとかXSLTをいじくってみたくなったヨ。
で、ハマル(win用のバッチファイルがまたアレだ)
サンプル眺めて、イメージがわかないのはきちんと理解していない証拠だナァ。しかも、どのXSLTプロセッサがいいのかわからんし、、、
シーエムエル 渡るFOPは JAVAばかり
19062005 長野
スノーシーズンには行ったことはないが、いつも高速を走ると目にする富士見パノラマは、夏はMTB＋トレッキングスポットだと最近知り、ちょうど、行く機会があった。
花の百名山入笠山花の百名山入笠山は手つかずの自然を満喫できる自然の宝庫。 ８人乗りゴンドラで花の百名山入笠山へ
ゴンドラは、MTBと登山用が交代でやってくるらしい。僕らは昼に着いたので、ゴンドラ待ちをすることもなく、ささっと、ゴンドラに乗りこめました。というわけで、少し登ったところで下を見ると、MTBコースが。しかも、急なうえに、細いコースなのに、飛んでるし、、、、。初めてみました、MTB。ちょっと感動、あれは面白いかも。
ゴンドラおりたら、ちょっと歩いて湿原です。細葉トリカブトなどを眺めながら、頭に止まったトンボを撮ったり、のんびり歩きます。入傘山は湿原抜けてから、30分ほど登ると、360度パノラマの山頂に着きます。諏訪湖が見えて感動。まぁ、そんなに高くないので「をを～」みたいな達成感は正直ない。というわけで、少し休んだら、もうひとつの湿原「おおわらわ」に向かいます。山を降りたら舗装道路をとことこ10分くらい歩くと着きます。こっちの湿原は、季節が悪いのか特に、何もなく、ただの湿原という感じでした。あとは、舗装道路を歩いてゴンドラに戻ります。コースガイドでは2時間半くらいだったけど、実際ダラダラしてると3時間半は越えたので、ゴンドラ終了ギリギリくらいだったので、「おおわらわ湿原」はパスしても良かったかな？
散策コースでした。
