06082007 chemoinformatics R bioinformatics
LLで話されるような内容とは対極に近い、Rの統計解析環境としての本。かなりニッチなところをついてきた感があるが、Rのユーザー層を考えるとこっちのほうが普通の使い方なのかも。
RにおけるR Commanderってelispに対するemacsみたいな感じなのかな。
あとRってpythonみたいに対話環境がデフォルトだし。
なんつうか不思議な言語ですな。
06082007 chemoinformatics R bioinformatics
LLで話されるような内容とは対極に近い、Rの統計解析環境としての本。かなりニッチなところをついてきた感があるが、Rのユーザー層を考えるとこっちのほうが普通の使い方なのかも。
RにおけるR Commanderってelispに対するemacsみたいな感じなのかな。
あとRってpythonみたいに対話環境がデフォルトだし。
なんつうか不思議な言語ですな。
05082007 ramen
基本的に食べたものはなんでも写真にとって記録に残すことにしている。
で、つけ麺にとってつけダレは重要アイテムで必ず撮らなければならないものなのだけど、blogにのせるときにのせても美味しそうに見えないし、ただの茶色いスープで見た目的にもあまり見映えがしない。
そういえば日本酒もラベルのくっついた瓶しか撮らんね。実際に呑む時には猪口に注いだときの色合いとかも見てんだけど。
そういう微妙なずれについて少し考える。
子供連れで並んだりすると結構ツライものがあるので、平日にしか行ったことのない藤堂だが、なんか家の中がつけ麺食べたい空気に支配されてたのと、早起きして開店前に着きそうだったので休日の藤堂にチャレンジしてみることにした。
着くこと開店10分前。既に二組待ってたが、開店と同時に入店できるベストなタイミングだったかも。食べ終わって出るころ(12時前)には結構な待ち行列ができてたしな。
僕は細麺の冷麺「はなび」を注文。ジュレ状のスープを絡めて食べる。
おー、これはさっぱりしてるけど、ジュレにコクがあってうまい。あと微妙にピリ辛なのもいい。
U隊長は、トンコツベースのつけ麺(名前忘れた)を頼んでた。夜限定で出しているのを昼にも出すようにしたものらしい。
トンコツベースだけど獣臭くなくさっぱりめ。あと甘酸っぱくてピリ辛なのでちょっと不思議な感じ。
ご飯好きの娘はいつもどおりのチャーシューご飯。
細麺の冷麺はやっぱ絡みがなかなかとれなかったりするので、スープなしの麺は太いほうが好きかも。あと、スープの奥行き的にはつけ麺のほうが面白かった。
伊豆とか遊びに行った帰りとか、メタモの帰りとかに行くといいと思うよ。
05082007 perl
これ読んでブレークポイントの使い方がわかってデバッグが楽になった気がする。
Perl Debugger (Pocket Reference (O'Reilly))Devel::Baysideで公開されてる資料もわかりやすくてよいですな。
03082007 Meadow
pythonにはperlでいうところの__END__みたいなもんはないんか?っていうスレッドを見ていて、MeadowにM-x comment-regionっていうのがあるのを知った。
いままでdmacro.elでちまちまやってた。
さらにキーバインドを設定すればもっと快適だ。
02082007 music drum'n'bass
02082007 music drum'n'bass
02082007 chemoinformatics perl PerlMol
PerlMolにはseparateメソッドがあるので、SMARTSで適当にマッチさせて結合を壊してからseparateすると化合物の構造を分割できる。
芳香環の炭素原子とヘテロ原子の間を切って、分割した構造をsmilesで出力するスクリプトはこう書ける。
use warnings;
use strict;
use Chemistry::File::SMARTS;
use Chemistry::File::SMILES;
use Chemistry::Ring 'aromatize_mol';
my $SMILES = shift;
my $react = Chemistry::Mol->parse($SMILES, format => 'smiles');
my $SMARTS = 'c-A';
my $pattern = Chemistry::Pattern->parse($SMARTS, format => 'smarts');
aromatize_mol($react);
molsplit($react);
sub molsplit {
my $mol = shift;
if($pattern->match($mol)){
my @nbd = $pattern->bond_map;
my @nfg = $pattern->atom_map;
$nbd[0]->delete;
for my $fg (@nfg){
my $hcnt = $fg->implicit_hydrogens();
$fg->implicit_hydrogens(++$hcnt);
}
for my $frag ($mol->separate){
molsplit($frag);
}
}else{
print $mol->print(format => 'smiles', unique => 1, name => 1),"\n";
}
}
試しにpioglitazoneを分割してみると
$ perl molsplit.pl "CCC1=CN=C(C=C1)CCOC2=CC=C(C=C2)CC3C(=O)NC(=O)S3"
CC
c1ccncc1
CCO
c1ccccc1
CC1SC(=O)NC1=O
01082007 work
一緒に仕事をやっている後輩(みたいな関係)に上司にどこまできちんと報告したらいいんですかね~
と聞かれたので、やる気レスな僕がとっさに答えたヨ。
といいつつ、ここ何年かは常にベター狙いの僕がベスト狙っとけとか言うのもおこがましいんだけど。
でも、わかった気にさせるようなプレゼン資料をつくんのも結構楽しいヨ。そのレベルまで降りてってツボついてジャストミートさせなあかんからね。あと僕に割と欠け気味な他人の自尊心を煽るという訓練になるし。