面白そう。

基礎量子化学―軌道概念で化学を考える
友田 修司
東京大学出版会 / ￥ 4,410 ()
在庫あり。

読んでみよう

複合体結晶構造から重要な残基とのインタラクションを見積もるのに、リガンドと特定の残基のシンプルなモデルを切り出してきて、きちんと計算すればよかろうと。

とか書いておいて、FMOの結果から相互作用の強いアミノ酸残基とリガンドを切り出してきて、morokuma-analysisしてみたけど、ちっとも収束しなかった。

うーん、これは困ったと、切り出したモデルでオプティマイズかけて再度計算してみたけどやっぱり収束しなかった。

結晶構造の座標みたいにあまり安定でないデータからエナジー出して、その成分をELECTROSTATIC,EXCHANGE REPULSION,POLARIZATION,CHARGE TRANSFERに分解する技術はきちんと押さえておく必要があるんだけど、どうやればいいんだろうか？

やっぱPIEDAの論文読んでおく必要ある？

FMO references

43 Pair interaction energy decomposition analysis, D. G. Fedorov, K. Kitaura, J. Comp. Chem. 28 (2007) 222-237.

娘がDSで遊びたがるので買ってみた。

考える力をぐんぐん伸ばす! DS幼児の脳トレ

小学館プロダクション / ￥ 3,990 (2008-07-24)
在庫あり。

本当は中古で1000円くらいになっているのを期待していたのだけど、値崩れしないのね。娘は楽しそうに遊んでいるので良しとしたい。

あと、ちょっと触ってみた感じでは、ひらがな書き取り判定は結構シビアな気がする。僕が書き取りしても、書き順があってても、気を抜いて線からはみ出て「ぶーーーー」とか言われてちょっとむかついた。

【タイトルデザイン】修悦文字:東京新宿駅や日暮里駅などでガムテープ案内人として話題の佐藤修悦氏による制作。今回、はじめてこども向けの商品タイトルを手がける。

正直ガムテフォントが幼児の脳トレにとってどういう意味があるのかわからん。

MOROKUMA ANALYSISのサンプル(EXAM28)を。

水とアンモニアのダイマー計算

 $contrl scftyp=rhf runtyp=morokuma coord=zmt $end
 $basis gbasis=n31 ngauss=4 $end
 $guess guess=huckel $end
 $morokm iatm(1)=3 $end
 $data
water-ammonia dimer
Cs

H
O 1 rOH
H 2 rOH 1 aHOH
N 2  R  1 aHOH    3    0.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 1  180.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 5 +120.0
H 4 rNH 3 aHNaxis 5 -120.0

rOH=0.956
aHOH=105.2
rNH=1.0124
aHNaxis=112.1451 ! makes HNH=106.67
R=2.93
 $end

結果

                                     HARTREE    KCAL/MOLE
ELECTROSTATIC ENERGY             ES=   -0.022336     -14.02
EXCHANGE REPULSION ENERGY        EX=    0.014308       8.98
POLARIZATION ENERGY              PL=   -0.001786      -1.12
CHARGE TRANSFER ENERGY           CT=   -0.003780      -2.37
HIGH ORDER COUPLING ENERGY      MIX=   -0.000687      -0.43
TOTAL INTERACTION ENERGY,   DELTA-E=   -0.014282      -8.96

DECOMPOSITION OF CT
CHARGE TRANSFER ENERGY, MON=  1  CT=   -0.000494      -0.31
CHARGE TRANSFER ENERGY, MON=  2  CT=   -0.003286      -2.06

DECOMPOSITION OF PL
EPL,                    MON=  1  PL=   -0.001068      -0.67
EPL,                    MON=  2  PL=   -0.000584      -0.37
HIGH ORDER COUPLING FOR PL,    PMIX=   -0.000133      -0.08

複合体結晶構造から重要な残基とのインタラクションを見積もるのに、リガンドと特定の 残基のシンプルなモデルを切り出してきて、きちんと計算すればよかろうと。

すぐできる 量子化学計算ビギナーズマニュアル (KS化学専門書)

講談社 / ￥ 3,360 ()
在庫あり。

パクチー順調。本葉も出てきた。

朝顔もダイソーで買った支柱をつけて準備万端。半分くらいはラティスにからませる。

シールでチューンされた。

ボードの板みたいだ。

Apple MacBook 2.0GHz Core 2 Duo/13.3"/2G/160G/8xSuperDrive DL/Gigabit/802.11n/BT/Mini DisplayPort MB466J/A

アップル / ￥ 148,800 (2008-10-15)
在庫あり。

整数で割る際にfloatの数値が欲しいときに2.0と書いてたけど0は必要ないらしい

>>> 1/2
0
>>> 1/2.
0.5
>>> 1./2
0.5

でもちょっと読みにくいので、今まで通りきちんと書くかな。

青みのかかった透明な一升瓶に、花火のラベルで涼を感じさせる。

キリリと美味い、夏ノ純米。

夏までにどれか一冊消化したい。

Programming Clojure (Pragmatic Programmers)
Stuart Halloway
Pragmatic Bookshelf / 2890円 ( 2009-06-03 )

The Art of the Metaobject Protocol
Gregor Kiczales
The MIT Press / 5303円 ( 1991-07-30 )

Debug Hacks -デバッグを極めるテクニック&ツール
吉岡 弘隆
オライリージャパン / 3360円 ( 2009-04-27 )

AcOHのMolecular Electrostatic Potentialを描かせてみた。

これはなかなかよいですな。

そういえば、最近またJPC AとかJPC Bを読み始めた。

あと余談ですが、某ソフトウェアのユーザ会で発表させていただけることになりました。よろしくお願いします。