Now pen and I are planning to develop a library for a Electronic-Structure Informatics named Psikit (Psi4 + RDKit).

Which coding style do you like?

The repository is here.

psikit as a wrapper library?

import psikit
import numpy as np
from rdkit import Chem

psikit.core.set_output_file("out.dat", True)
psikit.set_memory('4 GB')
psikit.set_num_threads(4)

mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1")
benz = psikit.geometry(mol)
scf_e, scf_wfn = psikit.energy("B3LYP/cc-pVDZ", return_wfn=True)
HOMO = psikit.get_homo(scf_wfn)
LUMO = psikit.get_lumo(scf_wfn)
print(HOMO, LUMO, scf_e)

or psikit as a set of util functions library?

import psi4
from psikit import mol2xyz, get_homo, get_lumo
import numpy as np
from rdkit import Chem
psi4.core.set_output_file("out.dat", True)
mol = Chem.MolFromSmiles("c1ccccc1")
xyz, mol = mol2xyz(mol)
psi4.set_memory('4 GB')
psi4.set_num_threads(4)
benz = psi4.geometry(xyz)
scf_e, scf_wfn = psi4.energy("B3LYP/cc-pVDZ", return_wfn=True)
HOMO = get_homo(scf_wfn)
LUMO = get_lumo(scf_wfn)
print(HOMO, LUMO, scf_e)

I got a this error. Conda always irritates me ;-)

>>> import psi4
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/__init__.py", line 55, in <module>
    from . import core
ImportError: dlopen(/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so, 2): Library not loaded: @rpath/libiomp5.dylib
  Referenced from: /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so
  Reason: image not found

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/__init__.py", line 60, in <module>
    raise ImportError("{0}".format(err))
ImportError: dlopen(/Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so, 2): Library not loaded: @rpath/libiomp5.dylib
  Referenced from: /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so
  Reason: image not found

@rpathという変数がMacでは何らかの理由により正しく設定されないらしい

朝からイラツキすぎてまともに解決する気力もないので、当面放置するかも。これから買い物いかないといけないし。 それにしてもCondaよくわからんエラー多すぎるわ。RDKitもそうだったしさー。あんまよくないんじゃないの？職場では使ってないしー

forum見たけど報告されてないっぽいし、あとで気力が戻ったら投げておきます（未定）。

追記 0800くらい

エントリ書いて朝ごはん食べたら冷製になったのでなおした。

$ install_name_tool -change @rpath/libiomp5.dylib /Users/kzfm/anaconda3/pkgs/intel-openmp-2018.0.0-h8158457_8/lib/libiomp5.dylib /Users/kzfm/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/psi4/core.so

久しぶりに大瀬崎に行ってきた。コンディションはここ数年で一番良かったのでかなり潜っていた気がする。超楽しかった。

風は若干強めだったけどよく晴れたいた。

透明度はこんな感じ。

キンギョハナダイとスズメダイ

ふぐとたい

知らん魚とタカッパ

岩の間にカサゴが隠れていたのと、チョウチョウウオ。カサゴは美味しそうなサイズだった（刺したかったｗ）

今回は満足の大瀬崎だった。

前回からかなり時間が経ってしまいましたが、Shizuoka.py #7やります

• Shizuoka.py #7
• Shizuoka.py #7 懇親会

皆さまの参加をお待ちしています( ･`ω･´)

クックパッドを見ると鳥とご飯を一緒に炊くレシピばかりなのですが、鳥を茹でてからそのスープを使いタイ米を炊くのが正しいそうなのでその方法に倣ってつくってみた。鳥は沸騰したら弱火で7,8分煮てしっとり柔らかく仕上げるのがコツだそうです。沸騰した湯に鳥を入れて火をとめる、冷めたら鳥を取り出し再度沸騰させて鳥を再投入して火をとめるという手間のかかったレシピも発見したので今度余裕があるときに作ってみよう。

余ったタイ米は次の日にカレーにして食べた。

なお、カオマンガイとシンガポールライスって何が違うの？ってことで調べてみたんだけど、ソースの他に取りにどういうテクスチャを求めるのかで色々バリエーションがあるみたい

• 4か国のチキンライスの違い

小洒落たプレート欲しいなぁ、どこかの火まつりでも行ってくるかな。

謎のドラえもん神社として一部では有名な富知六所浅間神社に、これまた一部では有名なFPMがDJに来るということなのでウキウキしながら行ってきた。

FPM知らんのなんてあれじゃねーかとか思うんだけど、一般人は知らないらしいですね（会社で調べてみたけどみんな知らんかった）。神社のDJタイムにも「あの人って有名なの？」とかいう会話が聞こえてきたし、先頭陣取って楽しそうに踊っている人と、後ろのほうで突っ立っているクラブ知らんのかな？っていう層で割とくっきり別れていたように見えて、朝霧JAMって地元少なめ？なんて思ってしまったがどうなんだろうね。

僕は学生時代に京都のメトロに入り浸ってたから、大変楽しめた。人多かったといってもゆったりしてたし気持ちよく踊れて満足だった。フェス気分が高まったのでどこか行こうかな。

なお、FPMのアナグラムであるところのpfmももちろんよい。

お盆の初日は息子をバアサンの家に送り届けるために東京駅まで一緒についていって、引き渡しが終了したらちょろっと立石まで足を伸ばしてみた。

宇ち多は残念ながら終了していたので、四ツ木製麺所に行ってみた。

ゆるい感じのお店だった。チューハイは自分で配合するスタイルなので、話題のスーパーストロング(アルコール度数12%)だってもっと凄いのだって作れちゃう。ぼんじりの天ぷらをつまみながら飲みます。

ツルムラサキの天ぷらは普通かも。お浸しのほうが好き。造りの盛り合わせはタコの食感が好みだった。

うどんで締める。良かったのでまた来たい。

ブラブラしてから神田のツミキでちょっとつまんで帰った。

店は神田駅からすぐだし、焼き物が安くて美味しいので気に入っている。八重洲の駅チカを歩き回るくらいだったら 神田にピューッと出たほうがいいかもしれないと思った。

ジェフリー・ムーアのキャズムは古典だと思う。

キャズム
ジェフリー・ムーア
翔泳社 / ?円 ( 2002-01-23 )

読んでない人は一度は目を通すべきでしょう。図書館にもあるだろうし、借りて読めばOK。

コアとコンテクストはよく考えたほうがいいでしょう。何がコアなのかは自分たちがどういう強みを持ちたいのか と密接に関連するかと思います。

コンテクストをコアとみなすのは無駄な仕事が増えるだけで、結果忙しくなるだけなので別に構わないけど、コアをコンテクストとみなしてしまうのは、技術力とか強みが一気に劣化するので許容できないですね。

今週も機会が作れたので井田に潜りに行った。

今回大瀬崎ビューポイントで行き帰りの二度ソルロックに遭遇して二匹ともげっと。 やっとコンプした。嬉しい。

カゴカキダイと尻尾が白い黒い魚

岩場に溜まっていたスズメダイ

チョウチョウウオも結構いたけど撮れなかった。

息が続かないので会社の行き帰りの電車で息止めの練習しないとなと思った。

あと今日は富士まつりだったけど、なんか時間が経つのが早すぎて、もっとシャキシャキっと暮らさないと なと改めて思った。

流石に今年はソロキャン行きたいし、台湾も行きたいし、タイにも行きたい。

真栄田岬で潜るぞーと沖縄に行ったのに潜れなくて残念だったので、先週は井田に行ってきた。

夏休み前なので人は少ない。そして水温も高く最高。しかし、プランクトンが大量発生したのかどうなのかわからんけど海水が濁りすぎていて視界が悪すぎた。

全然見えないので、立てるくらいの浅瀬の魚しか撮れなかった。

サンゴOK

息止めの練習しないとなー