Dr. Bonoの生命科学データ解析

2000の手前くらいから2005のおしまいくらいまでbioinformaticsやっていて、次世代じゃないマイクロアレイとかDNA chipsいじってたくらいで、NGSはDRY本読んだりして押さえてあるけど実務では経験はしてないなーって感じだけど楽しく読みました。

これからバイオインフォマティクスやる人は買って読んでおくべき本かなと思いますね。あとはケモインフォマティクスの人もバイオインフォマティクスは知っておいたほうがいいので読んでおくといいです。両方できると確実に幅が広がるのでキャリア的に有利です。

ProductName Dr. Bonoの生命科学データ解析
坊農秀雅
メディカルサイエンスインターナショナル / 3240円 ( 2017-09-29 )


ざっとバイオインフォマティクスを知るには良い本だと思いました。個別の具体的な問題に答えるというよりは、それらの問題に取り掛かるために知っておかないといけない前提知識を手っ取り早く理解する本という位置づけなのかな。

章立てはこんな感じです。個人的には一章の歴史が面白かった(会社に入ってからバイオインフォマティクスに関与したので自分の関わっている年代の前後がどうだったかをよく知らなかったため)

  • 第1章 生命科学データ解析の歴史
  • 第2章 生命科学分野の公共データベース
  • 第3章 データの形式とその取り扱い方
  • 第4章 基本データ解析
  • 第5章 実用データ解析

第4,5章をきちんと学びたかったらDRY本を読めばいいと思います。

以下、読んでいて付箋を貼ったあたりを。

p.6 表1.3

年表の1990, 1997,2002にBLAST論文の出来事が記述されているのだが、2002年のBLASTで何が起こったのかがわからなかった。読書会で 「マニアしか知らないBLASTの歴史」 みたいなLT希望w

p.15

いきなりsuffix arrayが出てきていたのでざっと知りたければ下の方の高速文字列解析の世界を読むことをオススメします。

p.64

蛋白質構造論文の話は知らなかったのであとでちゃんと把握する。

p.84

~~rsync懐かしかったが、scpにはrsync相当の機能はないのだろうかと思いました。というのは今時のOSだとrsync,rcpはデフォルトでは入らないし、オフになっているのでは(セキュリティの関係で)と思ったので。これに関してはちゃんと調べてないからわからん。rshはデフォルトではオフにはなっているはず~~

追記:ボケてた

その他

最近の出来事なんだけど、同僚に「clustalw入れたら?」ってアドバイスしたら、「それってclustalomegaのことなんですね!」と言われて、調べたらそういうのがあって時代を感じたことがありました。本書にはそのあたりが触れてあってなるほどー!とおもいましたね。

読書会があるそうです。

静岡でやるみたいなので、ホテル取って次の日の旅行計画を立てつつ、バイオインフォマティクスやりにくるのがいいと思います。発表者も製薬企業の一線級の方々が熱い思いを語る感じなので楽しみだしね(ハードルあげdone w)

DRY本

僕は今では実務ではバイオインフォマティクスはやらんのだけど、新規ターゲット探索したりあれやこれやする時に公共データを自由に解析できる手段があると強いのでキャッチアップは出来る限りやっています。ハンズオンは経験値上がりますね。

もちろん読書もおすすめ

ProductName 次世代シークエンサーDRY解析教本 (細胞工学別冊)

学研メディカル秀潤社 / 5832円 ( 2015-10-15 )


高速文字列解析の世界

インフォマティクスはゲノムも蛋白質もヌクレオチドやアミノ酸を文字列として抽象化した後に、ゴニョゴニョ処理するので文字列関係のアルゴリズムにアンテナを張っておいたほうがお得です。

というわけでバイオインフォマティクスに関係なさそうなこんな本もきちんと読んで理解しておく必要があります。

GitHubクローンとしてGiteaを使う

GitHubクローンを使いたかったので調べてみたところ次の3つが良さそうだった。

GitLabは有名どころで定番っぽいけど、インストールがめんどくさそう。GitBucketはjavaの環境が必要だけど、今つかっているLinuxにjavaの環境入れるのは手間がかかりそうだったので見送り。

というわけでGo製のGiteaを。

gitea web

とうつだけで、初回はインストールのメニューが起動し大変便利。SQLiteで運用するならこれだけでサクッとインストールが終了するのもいい。

本番環境はsuperviserに管理させていて

[program:gitea]
command=/home/git/gitea web
directory=/home/git
user=git
autostart=true
autorestart=unexpected
stdout_logfile=/home/git/log/stdout.log
stderr_logfile=/home/git/log/stderr.log

これで安定して動いているので快適

Mishima.syk #11やりました

無事に終了しました、参加されたみなさんお疲れ様でした。

今回話すのが忙しくて写真取ってない…

尚、12月には生命科学データ解析本の読書会が静岡で開催されるそうなので、興味のある方は参加すると良いかと思います。僕も行けたら行きます(懇親会は日本酒が美味しいお店になるという噂です)。

ProductName Dr. Bonoの生命科学データ解析
坊農秀雅
メディカルサイエンスインターナショナル / 3240円 ( 2017-09-29 )


船堀に行ってきました

エリックサウスに始まりエリックサウスに終わるといった出張でした。

お昼はエリックサウスでビリヤニという定番の流れ。

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夜はなにげに入った小池屋というホルモン屋さん。

ガツだったかな。あとはタン塩

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左は忘れた、右はポテサラかな

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厚揚げは美味しかった。

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ゴヴィンタスで昼食。ココらへんはインド人が多いそうなので本場感あるレストランが多いそうです。 南インド的なランチを頂いたけど量が多かった。料理の写真はロストした。

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山城屋酒場。結構前から気になっていて行ってみたところの一つ

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ブツはまあまあ、天井にあるのは扇風機なのかな?

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ナンコツの唐揚げ、ニラのおひたしはショウガのアクセントがよい。

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豆アジの素揚げもカリッとしていて美味でした

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帰りにまたエリックサウスに寄って軽くつまんだ。

インド版梅割りって感じ。梅干しの代わりにタマリンドで焼酎の代わりにヴォッカだった。 小洒落た感じで美味しかった。それからナスのアチャール最高

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パパドは美味い、フィッシュアンドチップスもいけた

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カリフラワーのスパイシー揚げ物(ゴビだっけ)は本当に美味しい。

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今回は色々と行けてよかった

mishima-syk.github.io

今までのみなさんのスライドが分散している状態なのもあれなのでMishima.sykのGitHubPageを用意しました。

歴代の料理写真をつけたりして華やかさを出せればよかったんだけどあまりjekyllも知らんので一通りまとめたら、やった感が出てしまった。

気になる人はリポジトリをいじってください。

ProductName Working with Static Sites: Bringing the Power of Simplicity to Modern Sites
Raymond Camden
O'Reilly Media / ?円 ( 2017-03-03 )


ポケモンGO ジョウトもコンプ

昨晩タマゴからクヌギダマが孵化して、50km歩かずに飴が溜まった。

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進化させてコンプ

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あとはレベルをあげるかサニーゴ獲りにいくかという。あとは近所のジムを金色にするくらいかな。

ProductName Nintendo Pokemon Go Plus

Nintendo / 4499円 ( )


ポケモンGO カントーやっとコンプ

やっとプテラが出た。長かった…w

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カントーよりも先にジョウトがコンプしそうだった。あとクヌギダマ50km連れ回すだけなので一週間くらいかな。

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これでサニーゴ狩りに台湾か沖縄に行く理由が出来た。台湾で美味しいもの食べたいから台湾に安く行ける方法を探し始めてる。

金のコイキングもやっと捕獲できたので赤ギャラドス作った。飴を投入するかどうかはわからない。

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純正のバリヤード。横浜産なんてパチもんやで( ・`ω・´)

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テーゲル空港で見かけたカブトムシ。欲しいなぁ…

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python-amazon-product-api doesn't work

ここ2,3ヶ月python-amazon-product-apiが動かなくなっていて、仕様かなんか変わったのかなーなんて放置していたんだけど。

手元の開発環境ではあっさり動いたので、なんだかなーと原因追求したところ、さくらVPSのほうの時間がズレていた。

というオチ。

今は動くので、これからも精力的にアフィリエイトポチポチ貼りたいw

Jupyterの本が出ていた

買うかどうかは中身見てから決める。

ProductName PythonユーザのためのJupyter[実践]入門
池内 孝啓
技術評論社 / ?円 ( 2017-09-09 )


ポケモンGO(Lv35)

9/11にLv35に到達していました。一ヶ月弱くらいかかった。

そこから2週間経つのにいまのところ50万XPしか稼いでないのでこれから頑張りたいところ。

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それから個体値100%のスイクンもゲットしました。

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図鑑コンプはクヌギダマ連れ回してるからフォレトスは時間の問題なんだけど、プテラがいまだに出ないんだよねー。

もしプテラ取れたらサニーゴ狩りに台湾行くわ☆