前置詞の使い方とTeXの使い方

たまに前置詞の使い分けで混乱するのでなんかいい本ないかなーと買ったのがこれ。まぁイマイチだったら娘に譲ればいいやと思ったけど重宝している。

前置詞って日本語で言う助詞の代わりみたいなもんだからノンネイティブには細かいニュアンスがわからんよねっていう。

あとは、TeXの本を再度買いました。前回5版を買ったんだけど、まったく読まずに、、、でした。最近文書を書くことが増えてTeXの手ほどきを受けたらpdf作るなら断然TeXだなと思うようになった。あと、そろそろ本を出したい。

ProductName [改訂第7版]LaTeX2ε美文書作成入門
技術評論社 / ¥3,520 (2017-01-24)

GitHubでHTMLとPDFを共存させるならasciidocがいいと思っている。

竹岡式ラーメンを作った

ろたすのチャンネルで竹岡式ラーメンの作り方がアップされていたので試してみた。

麺は西友に唯一売っている、乾麺の棒のやつ

ネギは細めのネギなので大量に投入。チャーシューの色がいい感じになっているが、実際いい感じ。

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玉ねぎが良い感じ。スープにコクがないのが嫌だったので、気持ち鶏ガラスープ顆粒を投入した。

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かなり満足の出来上がりとなった。

あとは乾麺にこだわるかどうかだけど、個人的にはストレートでもう少し太い麺が良いかなと。

それからもうちょい小洒落たラーメンどんぶりがほしい。器は重要だよなー、秋にどこか火祭り行くかな。

今月の分子で興味をひかれたもの

PDBjの今月の分子を眺めて興味が湧いたもののメモ

tRNA

下の図は、PDBエントリー 4tna のフェニルアラニン運搬RNAの構造で、3つの塩基の相互作用を示している。シトシンとグアニンは、DNAでも見られる典型的な塩基対を形成するが、2つ目のグアニンはメチル基(右端中央の灰色の球)が付加されており、通常見られない相互作用を塩基対と形成する。

FMO案件

シャペロン

シャペロンも改めて考えてみるとよくわからん。フォールディングしやすく空間を与えるのか、熱変性しにくくする空間を与えるのか?HSPの名前の由来であれば後者の気もするけど。

多くのシャペロンタンパク質は「熱ショックタンパク質」(heat shock protein)と呼ばれ、HSP-60のように名付けられている。こう呼ばれるのは細胞が熱にさらされた時大量に作られるからである。一般的に熱はタンパク質を不安定化させ、誤った折りたたみをより起きやすくしてしまう。だから本当に熱くなった時、細胞はこれらシャペロンの追加支援を必要とするのである。

Gタンパク質

G蛋白質をあまり丁寧にみたことはなかった。

βサブユニットを見ることにも時間を費やして欲しい。ペプチド鎖を主鎖表現やリボン表現で表示すると、鎖がきれいなプロペラ型の構造をとっているのが分かるだろう

主要組織適合性複合体(Major Histocompatibility Complex)

FMOかけよ

MHCタンパク質は、黄色い星印で示したチロシン(tyrosine)の各末端でペプチドをつかんでいる。2つの構造でこの3つの位置が似ていることに注目して欲しい。ペプチドはこの場所でMHCにつながれているが、他のアミノ酸は外側に伸びてタンパク質から外れている。

オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ

正しくないフォールディングってのは物性的にわかりやすい駄目な指標があるってことかな?免疫系の抗原提示みたいなことが蛋白質レベルで行われているってことかな?

オーキシンがユビキチンに結合した構造によって別の驚くべきことが分かった。オーキシンは、Aux/IAAタンパク質がリガーゼに結合するのを促してそれらの破壊を導くが、タンパク質の形を変えることでこの仕事を行っている訳ではない。そうではなく、2つの分子の間に架橋する分子のりとして働くのである。オーキシンはユビキチンリガーゼの深い窪みの中に結合して穴を埋め、Aux/IAAタンパク質に完全に合致した表面を作り出す。

低酸素誘導因子

虚血も興味がある。

酸素が不足した細胞は、多くの赤血球を生み出しより多くの血管をつくるよう身体に伝える信号を送り出す。また、代謝のしくみを変えて、あまり多くの酸素を必要としないエネルギー代謝経路を使うようにする。

スプライソソーム

わからん

ケチャップをめぐる冒険

ここではケチャップを説明したいと思う。なぜそんなことをするのか、それは僕にもまったくわからない。しかしだからこそ、やってみるべきだという気もする。

ProductName 羊をめぐる冒険(上) (講談社文庫)
講談社 / ¥616 (2004-11-15)

ProductName 羊をめぐる冒険(下) (講談社文庫)
講談社 / ¥616 (2004-11-16)

I thought that ketchup was a sour and sweet condiment made from tomatoes, but my conception of it was completely wrong.There are many kinds of ketchup made from ingredients other than tomato, like banana, mushroom, and fish.

I couldn't imagine the taste of ketchup made from fish. After searching for fish ketchup, I found that the name "ketchup" comes from the fish sauce of China or East Asian countries.

It was a really interesting story that the origin of soy sauce and tomato ketchup is the same. We should call soy sauce as "soy ketchup" instead of "shou-yu" :-)

https://en.wikipedia.org/wiki/Ketchup

というわけで、インドネシアのケチャップマニスは鹿児島あたりの甘い醤油の近縁なのではなかろうかということが推測される。

ProductName ABC ケチャップマニス
Abc Sales & Marketing / ¥1,198 (発売時期不明)

フィリピンもバナナケチャップにそろえて、patisをフィッシュケチャップと呼べばいいのに。

ProductName LORINS PATIS パティス 1000ml フィリピン産魚醤油
LORENZANA FOOD / ¥700 (発売時期不明)

ケチャップについて調べた結果、また東南アジアに遊びに行きたい欲が高まった。

次は何を食べようか、、、

細胞の分子生物学の「細胞の内部構造」のパートを精読してた

ちょっと色々調べないといけなかったのだが、知らんことが多すぎたので週末は細胞の分子生物学の「細胞の内部構造」のパートを精読していた。

  • 10: 膜の構造
  • 11: 少分子の膜輸送と膜の電気的性質
  • 12: 細胞内区画と蛋白質の選別
  • 13: 細胞内における小胞の移動
  • 15: 細胞の情報伝達

ProductName 細胞の分子生物学
ニュートンプレス / ¥19,800 (2010-01T)

在宅勤務していると調理器具がほしいという物欲に抗えない

在宅していると料理ばかり作っているので色々欲しくなってしまう。

東南アジア系の屋台ユーチューブ動画をみているとだれも中華おたまを使ってないので、「時代はヘラやな!」ということでポチッとした

ProductName 工房アイザワ ステン 中華返し 70313
工房アイザワ(Kobo-aizawa) / ¥1,166 (発売時期不明)

じゃがいもを蒸していたら、「あーマッシャーでぐしゃっと潰したいなー」と衝動的にポチった。

どこかでコンビーフでも買ってきてマッシャーで潰したポテトとあえてサンドイッチにでもする予定だったのだが、じゃがいもをちょうど切らしてしまって、ぐしゃっとできてない。

ジェイミー・オリバーかなんかのお料理動画を見ていたら、「やっぱじゃがいもと人参は波型カットがよろしいおますな」と物欲がそそられたので、購入。

ひよこ豆のポタージュをつくってみたけど、家にあるザルではうまくこせなかったのでなめらかなポタージュという目標を達成するために買ってしまった。

公立小中学校のオンライン授業について

コロナのせいで学校が休校になってそろそろ三ヶ月に差し掛かろうとしているが、私のいる市立の小中学校ではオンライン授業に移行する気配がまったくない。

そもそも、休校になってすぐのタイミングで、家庭にネットワーク回線がひかれているかとか、子供が使えるタブレットとかPCはあるかというアンケートが来ていたので、当初はその方向で動こうとしていたのであろうが、おそらく、ネット回線とかタブレットのない家庭が学校で負担しろとごねたり、一部の公平厨の教師職の人が揉めたり、ネットに疎い世代の方々の強い抵抗にあったんだろうなーと容易に想像できるので、まぁそれは公立あるあるということで。

というわけで、YouTubeを探してそれっぽい動画を探して息子に見せて、そのあと適当に買ったZ会の問題集をやらせてみているが、なかなか良い。

とある男が授業をしてみたの算数の動画とかめちゃくちゃわかりやすい。

自分がこの時代に生まれていたら多分学校行かなかったかもw

あとは、ブックオフで100円コーナーの小説で息子が読めそうな乙一とか道尾秀介とか買って読ませている。

小学生6年生向けに登録しておくとよいチャンネルとかあれば教えてもらえると嬉しい。ちなみにヒカキンは小3くらいで卒業したw

教えてもらったサイト

ゲノム系計算科学

筆者らはバイオインフォマティクスを「DNAやアミノ酸の配列情報を主に文字の配列と見てその検索や文法を解析する学問」とするのに対し、ゲノム系計算科学を「ゲノムを物理的実体と見て自然科学的に理解するための学問」としている。

DNAとそれに結合するタンパク質の間の電気的相補性はどうも分子認識の特異性にはあまり関係しないと考えられる。

このあたりですね。

色々と面白いことが書いてあったが、膜貫通蛋白の構造生物学が好きな人向けかな。

ゲノムデータ解析

GWAS関連の解析の具体的な方法や、そのためのRパッケージの紹介など、GWAS関連の論文を読むときに知っておくといいことがわかりやすく説明されているので良かった。

これが一番現場向けかもしれないが、Haploviewの結果の読み方の説明などはないので、そのあたりもう少し厚めに解説してあると嬉しかったかも。とはいえそんなのは自分で調べればいいだけなので、調べるべきことのポインタが示されている本書は重宝するだろう。

ProductName ゲノムデータ解析 (統計学One Point 1)
共立出版 / ¥2,420 (2016-09-08)

ちなみに私くらいの知識だと遺伝統計学入門を行ったり来たりしながら読み勧めないといけなかったので、別途入門書は必要かなとは思う。

ゲノム医学のための遺伝統計学

読んだ。

GWASのあたりをわかりやすく解説していたので非常に良かった。