Drkcore

論文を読んで一日を過ごした(PROTAC, GWAS)

夜中にじんわりとした原因不明の腹痛で目を覚まし、「なんじゃこりゃー」ってなったんだけど、もう一度寝たら治るかなって感じで寝てみたけど結局治らず会社を休むことにした。

というわけで、昼過ぎまで寝てたら楽になったので積んである論文を読んでみた。働かないで論文を読んで過ごす一日も良いですな。たまには突然休もうｗ

The support of human genetic evidence for approved drug indications.

このツイートで教えてもらった論文。

上市されている薬剤の既知のターゲットタンパク質の中でLoF,GoFはどのくらい確認されているのか？または全く確認されてないけど薬剤のターゲットになっているものはあるのか調べた論文はないでしょうか？またはそれを簡単に調べるようなサイトはないでしょうか？地味にclinvarごそごそするしかない？
— kzfm (@fmkz___) December 17, 2019

一度年末に読んだんだけど、メソッドの当たりがいまいちピンとこないのでSIを追いかけてみた。

結局pharmaprojectsとかtrialtroveを使ってるみたいなので、そのうちこのプロトコルに倣ってデータ弄ってみたいけどとりあえずChEMBL動かせるようにしたからそっちでDrug-Targetの関連データは抜き出したい。

個人的には臨床段階でターゲット遺伝子と遺伝多型との関連性を見るよりはターゲット探索時のターゲットの期待感を定量化したいとかそっちのほうが良いのではなかろうかと思っている。ツール作ってもしょうがないしね。

Proteolysis-Targeting Chimeras as Therapeutics and Tools for Biological Discovery

Protacなんてそんな簡単じゃないよねー。

siRNAオルタネーティブって感じ。結局の効果は同じだろうから、低分子で干渉できてメドケムにとって嬉しいって感じかな。低分子だとPKに幅が広がるのが嬉しいけど、選択性とか結合能とかどうなんかね？っていうのとRNA系の特異性、結合のメリット・デメリットの兼ね合いで使い分けてくんですかね？
— kzfm (@fmkz___) January 11, 2020

このあたりのPros, Consが書かれていたので参考になった。しかし、著者がProtac派なのでProtacにバイアスがかかりすぎていてアンチプロタック派にとっては物申したいだろうなーって説明がちょいちょい散見された。

PDPSとかでE3リガーゼをリクルートするペプチドを揃えておいてC末でもN末でも化学修飾でリガンドくっつけて分解するとかできたら面白そうな気もするんだけど。

僕のヒーローアカデミア 24 (ジャンプコミックス)
堀越耕平
集英社 / ?円 ( 2019-08-02 )

余談ですが、「僕のヒーローアカデミア」は海外で人気なので読んでおくと、話を合わせることができて良いです。あと「鬼滅の刃」。これは英語のタイトルが「deamon slayer」だから知らないと「ん？なんの話してんの？」ってなる。

分解つながりで思いついたので追加してみましたw

18012020 bioinformatics

細胞の分子生物学第19,20章

細胞のつなぎ目とがん

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

これで一通り読了。

13012020 life

TOEICで珍しい体験をした

金曜日は大阪に出張。あまり時間がなかったのでモジャカレーでカツカレー（ご飯少なめ）を注文。周りはほぼ、大盛りを頼んでいたのでマジか～ってなってた。ここはご飯の量が多すぎるわ。

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日曜は久しぶりにTOEICを受けてみた。単なる気まぐれだったが、時計がなくてダイソーに調達にでかけた。時刻合わせがめんどくさかったので、アナログのほうが良かったかなと。お昼は千楽北口店でハヤシライスを食べた（もちろんカツはなし）。この店はカツを追加すると値段が倍ぐらいに上がるので？？？となるのだけど、カツの量が大きいためである。なのでカツカレーとかカツハヤシを注文すると相当苦しくなるので注意。

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TOEICまさかの再試験？

TOEIC自体は順調。リスニングの会話の問題(part 3?)で2,3聞き取れない会話があったのと、最後の文章問題3分くらいしかなかったので、最後の一問だけ塗り絵になってしまったくらい。会話の問題唐突に始まるから最初何言ってるかわからないとそのまま引きずってリカバリーできないのは慣れるしかないんかね？

さて試験終了後はいつもなら、問題用紙と解答用紙を回収されたらそのまま解散の流れなんですが、今回は会場全体がロックされて軽く軟禁された。どうも試験中に騒音が発生して、その対応が協議されたらしい。で、結果として、騒音が気になって試験に影響が出たという人は残って再試験するという結論になったそうで。つまりリスニング半分くらいとリーディングすべてを同じ問題を解く時間を与えられるという棚ぼたのラッキーチャンスが降ってきた結果、1割弱の人が再試験のために残っていた。

点数上げたい人はそりゃ残るよね。聞き取り問題２回聞くことになるし、読解問題だって十分に時間が与えられるしなぁと。ちょっと公平性を重視するあまりおかしな結論出しちゃったなーって感じ。TOEICなんて役に立つ資格じゃないんだから気楽にやればいいのにねー。写真のチェックもまともになって、改心したなTOEICと思っていたけど、やっぱおバカ集団だったわｗ。

というわけで、私は再試験するぐらいならティスティングするわってことでビール。

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ホップがいっぱい入ったHazy IPAはもうそろそろなくなりそうらしいんで、あと一回飲めるとラッキーかな。

13012020 chemoinformaticsbioinformatics

細胞の分子生物学第17,18章

細胞周期とアポトーシス

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

細胞周期の方はなぜうまいこと分裂するのかについて物理化学的な説明がきちんとなされていなくて、なんとなくもやっとしたものが残った。

相分離生物学が切り開いていくことを期待している。

相分離生物学
白木賢太郎
東京化学同人 / 3520円 ( 2019-08-02 )

11012020 bioinformatics

細胞の分子生物学第16章

細胞骨格

細胞の分子生物学
Bruce Alberts
ニュートンプレス / 22300円 ( 2010-01 )

あまり興味なかった。

10012020 chemoinformatics

ChEMBL25をMBAにいれる

25を入れたときのログ。今回は高速化のために postgres.confのfsyncをoff にしておいた。

dropdb chembl_23
psql -l
createdb chembl_25
psql -l
pg_ctl -D /usr/local/var/postgres stop
# vim postgres.conf -> fsync=off
pg_ctl -D /usr/local/var/postgres -l logfile start
$ pg_restore -j 2 -d chembl_25_postgresql.dmp