13092024 chemoinformatics life

Mishima.syk #21やります

ちょっと間が空いてしまいましたが、MIshima.syk #21をやります。

発表したい方は早めに時間を取っておいてください（いつも駆け込みでぶっこんでくるので、、、） それからオンラインで参加したい場合には私に連絡をください。zoomのアドレスを送ります。

今回はLLMの話とか、ケモインフォマティクスの深い話とかになりそうですが、今回もディープな話で盛り上がれることを期待しています。

余談ですが、今JCUP XIIに出ているのですが、知り合いからラボの先輩がYouTuberになって量子化学に関して熱く語っていという話を聞いて驚きました。

そして私の講演は難しくてわからんとも。わかりやすいように周辺知識も追加したのに、、、 ちなみにトークでの私の主張は以下です。

  • Our aim is to describe the ligand association/dissociation process as a chemical reaction, where reactants and products remain unchanged.
  • LBDD can be regarded as SBDD in ligand-protein complex is unknown.

共感してくれる人がいると嬉しいのですが。

21082024 work life

LLMは「独創的でないが、一見創造的に見える仕事」を肩代わりさせるとよいのでは？

前回も書きましたが、私は「LLMは単語の並べ方の新しいカタチのデータベース」と捉えているので、使い方もそんな感じになっています。

大体よくやるのはより簡潔な表現を探索するというタスクで、長い文章のアブストラクト書かせたり、ビジーなPowerPointのスライドの表現を簡潔にしたりとか、真面目にやると意外と時間がかかる仕事が捗るので重宝しています。

あと、最近使ってみて良かったのが表題の通りで、いわゆる標語の作成です。なんかアツい思いの長文書いて、「これを完結に表現する標語を3つ提案してくれ」とかやれば、なかなか良い感じの「単語の並び」が返ってきます。それをちょっと手直しすればあっという間に作品の完成です。標語の作成にそれは邪道では？とか思いがのってないんじゃないの？とか思わないこともないのですが、そもそも長文書いている時点で想いがのっているので、それを簡潔な表現にするところは単なる作業で「単語の並びに想いは乗らんよ」ということで割り切っています。ちなみに効率はよいです。

とか、書いていて、そもそもPowerPointのスライドの内容からタイトル提案させるのしょっちゅうやっているので、それと変わらんやんと気がついた次第。

18082024 work bioinformatics

生命科学研究のためのデジタルツール入門

ChatGPTとDeepLの使い分けをどうしているのだろうかと気になっていたので、発売日と同時に生命科学研究のためのデジタルツール入門を買ったのだけど、忙しくてレビューを書いていなかったので。

対象読者は、ラボに配属されたばかりの学生だと思いますが、その前の学部2回生くらいから読んでおいてもいいと思います（というわけで今週帰省してくる娘に読ませようと思っている）。

自分としては冒頭書いたように８章のAIツールの活用に興味があったので、勉強になるところが多かったです。

LLMは「単語の並べ方のデータベース」として、よい表現（よい単語の並べ方）を得るのに使うことが多いです。そのあたりはニュアンスの説明が難しいのですがなんというか将棋ウォーズの棋神みたいな使い方になっている気がします。

LLM使ってどういう面白いことをするのかは次回のMishima.sykで少し触れる予定です。

13082024 静岡 清水 用宗

用宗でビールを飲んだ

久しぶりに行ってきました、WCB

その後、流れで清水の金の字本店へ。開店前から行列で我々は最後の組として座ることができました。日頃の行いが良いせいでしょう。

当然もつカレー

軟骨

最近色々と考えることが多いです。

12082024 松本 長野

常念岳に登った

仕事関係で一泊二日の登山に行ってきました。

始発だとぎりぎりすぎるし疲れるので前泊で。

日本酒とビールを飲んで登山に備えます。

常念小屋からの日の出は最高でした。

頂上からの雲海

登山熱が再燃した出来事でした。

18072024 Motreal

モントリオール6日目

帰国日も早起きしたのでとりあえず走った。

近くにワールドトレードセンターっていgrammableな建物があるそうなので、早朝人いないしちょうどいいじゃんと。

ベルリンの壁です。実は何年か前にベルリンに行ったことがあるのだけど壁にはいかなかったので回収できた。

その他気になったこと

  • montrealも車道と自転車道が分かれていて走りやすそうだった。日本もそうなればいいのに
  • フライトが4時間ディレイするという連絡を見逃し、7時間くらい空港で過ごす羽目になった。メールの確認は忘れないように、
  • 行きも帰りも3列シートの真ん中が空いていたので快適であった。

17072024 Motreal

Montreal5日目

朝は早朝に起きて川沿いを走った。

ホテルの近くに酒屋があったので入ってみた。

よくわからんが、ラベルの良さそうなものをいくつか買ってみた。

その他気になったこと

  • お菓子甘すぎ問題
  • 自転車が多く、電動キックボードはほとんどみかけなかった（セグウェイ一回見かけたくらい）

16072024 Motreal

Montreal4日目

今日からMLCSBと3DSigのセッションが始まったので聞きたい演題がてんこ盛りでした。

今日も朝から川沿いを走ったのですが、カロリーの暴力の前には焼け石の上の鯉的な。

さて、夕飯はいつものところでフライドチキンかなーと思っていたら休みだったので、急遽代わりを探したら、スモークドミートサンドの店が見つかりました。

当然テイクアウトなのですが、クレジットカードで決済をしたら、なぜかチップを要求されました（端末の仕様）。コロナ以後そういう風潮になっているとは知ってはいたのですが、いざ払うとなるとモヤッとした気分になりました。それだったら席で食べて帰ってもいいじゃんと。

ぶっちゃけ昨日のところでクラフトビール飲んだほうが、、、

その他気になったこと

  • フライドポテト見たくないっていう気分を味わった、見ただけでもたれる。一方でオートミールは最高、そして粥への愛が深まった。
  • とはいえ勢いで、スーパーマーケットにてPoutineの素を買ってしまった。
  • スモークドミートが宗教的な（ユダヤ教の）縛りをうけている食べ物だと知った。

16072024 Motreal

Montreal3日目

知り合いに誘われてBrewskeyにクラフトビールを飲みに行った。

そして今日も映っている。

その他気になったこと

  • 「busyなスライドですいません」って謝罪にみせかけた言い訳をするのは世界共通なんだなぁと思った。「だったら最初から直してこい！」って心のなかで突っ込むのも世界共通なのであろう
  • 去年も思ったけど、WIPなポスター意外に多いですね。

14072024 Motreal

Montreal2日目

時差ボケはましになったのだけど、5時前に目が覚めてしまったので軽く走ってみた。川沿いはランナーが多かったので安心でした。

もともとはモンロイヤル公園ランニングというものを見つけて、走ってみるかなぁと用意してみたのだけどgooglemapで距離を測ったら遠いし、傾斜きつくね？っていうことで躊躇して川沿いランニングに変えたのであった。学会で他社の知り合いにあって、雑談してたら、彼は昨日登ったらしく、良かったとのことなので私も一回行ってみることにしました(21時まで明るいし朝も5時すぎれば明るくなるから活動時間は長い)。一時間弱で山頂？に着いてそこからの写真です。

標高233mなので小高い丘って感じなのだろうけど、かなり多くの人が集まっていました。でもちょっと走るのはきついかなーってことで、やはり残りの滞在期間も川沿いを走ることに決めました。

余談ですが、午後はFunctionのセッションに出ていたので、ここに私も映っているのですが、ウォーリーを探せよりも難問に仕上がっています。

その他気になったこと

  • ホテルの朝食のオートミールがうまい。アジア旅行だと粥しか食べない私にとっては非常に気に入っている。
  • 逆に夜は食べるものがなくて困っており、Benny & Coでオンライン注文して受け取るというルーチンになりそう